Grau de multicolinearidade e variáveis envolvidas na dependência linear em modelos aditivo-dominantes

The objective of this work was to assess the degree of multicollinearity and to identify the variables involved in linear dependence relations in additive-dominant models. Data of birth weight (n=141,567), yearling weight (n=58,124), and scrotal circumference (n=20,371) of Montana Tropical composite cattle were used. Diagnosis of multicollinearity was based on the variance inflation factor (VIF) and on the evaluation of the condition indexes and eigenvalues from the correlation matrix among explanatory variables. The first model studied (RM) included the fixed effect of dam age class at calving and the covariates associated to the direct and maternal additive and non-additive effects. The second model (R) included all the effects of the RM model except the maternal additive effects. Multicollinearity was detected in both models for all traits considered, with VIF values of 1.03 - 70.20 for RM and 1.03 - 60.70 for R. Collinearity increased with the increase of variables in the model and the decrease in the number of observations, and it was classified as weak, with condition index values between 10.00 and 26.77. In general, the variables associated with additive and non-additive effects were involved in multicollinearity, partially due to the natural connection between these covariables as fractions of the biological types in breed composition

Perfil genético das linhagens de touros leiteiros Holandês e Jersey disponíveis no Brasil

The Holstein and Jersey dairy cattle breeds are among the most prevalent in Brazil. To evaluate differences among the PTAs (predicted transmitting abilities) of these breeds and their lines, data were collected on 385 Holstein bulls and 82 Jersey sires with semen commercially available from nine Brazilian companies. Three different sire lines for each breed were found. The general linear models method was used for the comparison among lines and between breeds. The two most prevalent lines of Holstein breed presented higher average PTAs for milk yield (1,061.04 pounds and 975.32 pounds) and lower PTAs for percentage of milk solids (from -0.05% to -0.0003%) (P<0.05). These results indicate the supply of sires that mostly increase the milk yield in the Brazilian market. The Jersey breed presented a higher inbreeding coefficient (6.62%) than the Holstein breed (5.14%) (P<0.05). Although the Holstein breed presented higher PTAs for milk yield and lower PTAs for percentage of milk solids (P<0.05), the productive life of the Jersey breed (1.17 months) was longer than it was in the Holstein breed (0.40 months) (P<0.05). We identified the existence of an important variability of the available genetic profiles, what allows the Brazilian producers to choose the most adequate semen for their production system. It is necessary to consider the genetic profiles of sires' lines offered for artificial insemination in Brazil to understand and direct the genetic pattern of Brazilian dairy cattle

Genomic selection and association analysis in simulated data and meat quality of Santa Inês sheep breed

Informações de milhares de marcadores genéticos têm sido incluídas nos programas de melhoramento genético, permitindo a seleção dos animais considerando estas informações e a identificações de regiões genômicas associadas às características de interesse econômico. Devido ao alto custo associado a esta tecnologia e às coletas de dados, os dados simulados apresentam grande importância para que novas metodologias sejam estudadas. O objetivo deste trabalho foi avaliar a eficiência do método ssGBLUP utilizando pesos para os marcadores genéticos, informações de genótipo e fenótipos, com ou sem as informações de pedigree, para seleção e associação genômica ampla, considerando diferentes coeficientes de herdabilidade, presença de efeito poligênico, diferentes números de QTL (quantitative trait loci) e pressões de seleção. Adicionalmente, dados de qualidade da carne de ovinos da raça Santa Inês foram comparados com a os padrões descritos para esta raça. A população estudada foi obtida por simulação de dados, e foi composta por 8.150 animais, sendo 5.850 animais genotipados. Os dados simulados foram analisados utilizando o método ssGBLUP com matrizes de relacionamento com ou sem informações de pedigree, utilizando pesos para os marcadores genéticos obtidos em cada iteração. As características de qualidade da carne estudadas foram: área de olho de lombo, espessura de gordura subcutânea, cor, pH ao abate e após 24 horas de resfriamento das carcaças, perdas por cocção e força de cisalhamento. Quanto maior o coeficiente de herdabilidade, melhores foram os resultados de seleção e associação genômica. Para a identificação de regiões associadas a características de interesse, não houve influência do tipo de matriz de relacionamento utilizada. Para as características com e sem efeito poligênico, quando considerado o mesmo coeficiente de herdabilidade, não houve diferenças para seleção genômica, mas a identificação de QTL foi melhor nas características sem efeito poligênico. Quanto maior a pressão de seleção, mais acuradas foram as predições dos valores genéticos genômicos. Os dados de qualidade da carne obtidos de ovinos da raça Santa Inês estão dentro dos padrões descritos para esta raça e foram identificas diversas regiões genômicas associadas às características estudadas.Thousands of genetic markers data have been included in animal breeding programs to allow the selection of animals considering this information and to identify genomic regions associated to traits of economic interest. Simulated data have great importance to the study of new methodologies due to the high cost associated with this technology and data collection. The objectives of this study were to evaluate the efficiency of the ssGBLUP method using genotype and phenotype information, with or without pedigree information, and attributing weights for genetic markers, for selection and genome-wide association considering different coefficients of heritability, the presence of polygenic effect, different numbers of quantitative trait loci and selection pressures. Additionally, meat quality data of Santa Ines sheep breed were compared with the standards for the breed. The population of simulated data was composed by 8.150 individuals and 5.850 genotyped animals. The simulated data was analysed by the ssGBLUP method and by two relationship matrix, with or without pedigree information, and weights for genetic markers were obtained in every iteration. The traits of meat quality evaluated were: rib eye area, fat thickness, color, pH at slaughter and 24 hours after the carcass cooling, cooking losses and shear force. The results of selection and genomic association were better for the traits with the highest heritability coefficients. For traits with the greater selection pressure, more accurate predictions of the genomic breeding values were obtained. There was no difference between the relationship matrix studied to identify the regions associated with traits of interest. For the traits with and without polygenic effect, considering the same heritability coefficient, they did not show differences in genomic selection, but the identification of the QTL was better for traits without polygenic effect. The meat quality data obtained from Santa Ines sheep breed are in accordance with the standards for this breed and different genomic regions associated to the studied characteristics were identified

Seleção e associação genômica ampla para o melhoramento genético animal com uso do método ssGBLUP

O objetivo deste trabalho foi avaliar a eficiência do método ssGBLUP quanto à seleção e à associação genômica ampla, com atribuição de pesos a marcadores genéticos e uso de informações de genótipos e fenótipos, com ou sem informações de pedigree, com diferentes coeficientes de herdabilidade. A população estudada foi obtida por simulação de dados com 8.150 animais, 5.850 dos quais eram genotipados. Utilizou-se o método ssGBLUP para a análise dos dados, com duas matrizes de relacionamento – com ou sem informações de pedigree –, e pesos para os marcadores genéticos obtidos em cada iteração. O aumento do coeficiente de herdabilidade melhorou os resultados de seleção e associação genômica. O melhor desempenho quanto à habilidade preditiva foi obtido quando não se utilizaram informações de pedigree. O tipo de matriz de relacionamento utilizada não influenciou a identificação de regiões associadas a características de interesse. O método ssGBLUP é eficiente tanto para a seleção quanto para a identificação de regiões associadas às características estudadas.The objective of this work was to evaluate the efficiency of the ssGBLUP method for genome‐wide selection and association, attributing weights to genetic markers and using genotype and phenotype information, with or without pedigree information, considering different coefficients of heritability. The studied population was obtained by data simulation with 8,150 animals, 5,850 of which were genotyped. The ssGBLUP method was used for data analysis, with two relationship matrices – with or without pedigree information –, and weights for the genetic markers obtained in each iteration. Increasing heritability coefficients improved the results of genomic selection and association. The best performance for predictive ability was obtained without pedigree information. The type of relationship matrix used did not affect the identification of regions associated with traits of interest. The ssGBLUP method is efficient both for selection and identification of regions associated with the studied traits

Genome‑wide selection and association in animal breeding using ssGBLUP

O objetivo deste trabalho foi avaliar a eficiência do método ssGBLUP quanto à seleção e à associação genômica ampla, com atribuição de pesos a marcadores genéticos e uso de informações de genótipos e fenótipos, com ou sem informações de pedigree, com diferentes coeficientes de herdabilidade. A população estudada foi obtida por simulação de dados com 8.150 animais, 5.850 dos quais eram genotipados. Utilizou-se o método ssGBLUP para a análise dos dados, com duas matrizes de relacionamento – com ou sem informações de pedigree –, e pesos para os marcadores genéticos obtidos em cada iteração. O aumento do coeficiente de herdabilidade melhorou os resultados de seleção e associação genômica. O melhor desempenho quanto à habilidade preditiva foi obtido quando não se utilizaram informações de pedigree. O tipo de matriz de relacionamento utilizada não influenciou a identificação de regiões associadas a características de interesse. O método ssGBLUP é eficiente tanto para a seleção quanto para a identificação de regiões associadas às características estudadas.The objective of this work was to evaluate the efficiency of the ssGBLUP method for genome‑wide selection and association, attributing weights to genetic markers and using genotype and phenotype information, with or without pedigree information, considering different coefficients of heritability. The studied population was obtained by data simulation with 8,150 animals, 5,850 of which were genotyped. The ssGBLUP method was used for data analysis, with two relationship matrices – with or without pedigree information –, and weights for the genetic markers obtained in each iteration. Increasing heritability coefficients improved the results of genomic selection and association. The best performance for predictive ability was obtained without pedigree information. The type of relationship matrix used did not affect the identification of regions associated with traits of interest. The ssGBLUP method is efficient both for selection and identification of regions associated with the studied traits

Imunocastração e ractopamina na qualidade de lombos suínos processados com sal e tripolifosfato

O objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito da imunocastração e da suplementação com ractopamina na qualidade do lombo suíno processado com sal e tripolifosfato de sódio. Os tratamentos consistiram de condição sexual dos suínos (fêmeas, machos castrados fisicamente e imunocastrados) e suplementação ou não com ractopamina na dieta de terminação. Os cortes de lombos submetidos ao processamento com tripolifosfato de sódio e sal foram avaliados quanto aos parâmetros físico-químicos, microbiológicos e sensoriais. Não houve interação entre condição sexual e ractopamina nas características do lombo cru. A adição de ractopamina na dieta aumentou a força de cisalhamento dos lombos crus. Também não houve efeito da condição sexual nem da ractopamina na perda de peso por exsudação e no teor proteico dos lombos. Lombos de animais imunocastrados apresentaram menor perda de peso por cocção, enquanto lombos de animais não suplementados com ractopamina apresentaram maior umidade do que os dos suplementados. O processamento diminuiu a força de cisalhamento dos cortes, que foi menor nos animais imunocastrados sem suplementação com ractopamina. A imunocastração proporcionou lombos com altos valores de a* e L*. Diferenças na aparência e na textura dos lombos suínos, independentemente da condição sexual e da ractopamina, não são percebidas pelos consumidores, o que mostra que o processamento padroniza os cortes