A vastagbéltumor-asszociált fibroblasztok által kibocsátott extracelluláris vezikulák vizsgálata

A dolgozat témája a vastag- és végbélrák szövetében található sztromális fibroblasztok vizsgálata. A kísérletekhez normál (NF), peritumorális (PTF) és tumorasszociált (CAF) fibroblasztokat használtam. TGFβ kezelést követően a sejteket jellemeztem, és extracelluláris vezikula (EV) termelésüket vizsgáltam. Kimutattuk, hogy valamennyi fibroblaszt típus képes EV szekrécióra. A TGFβ sejtes heterogenitást hoz létre, azonban szerepét az EV kibocsátás szabályozásában nem tudtuk egyértelműen igazolni

Animal DNA anlysis and recognition

Élelmiszer hamisítások egyre gyakrabban fordulnak elő, ezért szükség van olyan analitikai módszerekre, amikkel hatásosan ki lehet védeni őket. Munkánk során halakból vett minta alapján DNS izolálást végeztünk, majd a PCR egyszálú DNS konformáció polimorfizmus módszert fejlesztetünk. A felvitt mintákat poliakrilamid gélen futtattuk, majd az eredmények segítségével fajazonosítást végeztünk a fajra specifikus konformációk alapján.BSc/BAbiológiag

Selective enrichment, identification, and isolation of diclofenac, ibuprofen, and carbamazepine degrading bacteria from a groundwater biofilm

Diclofenac, ibuprofen, and carbamazepine are three of the most widely detected and most concerning pharmaceutical residues in aquatic ecosystems. The aim of this study was to identify bacteria that may be involved in their degradation from a bacterial biofilm. Selective enrichment cultures in mineral salt solution containing pharmaceutical compounds as sole source of carbon and energy were set up, and population dynamics were monitored using shotgun metagenome sequencing. Bacterial genomes were reconstructed using genome-resolved metagenomics. Thirty bacterial isolates were obtained, identified at species level, and tested regarding pharmaceutical biodegradation at an initial concentration of 1.5 mg l −1 . The results indicated that most probably diclofenac biodegrading cultures consisted of members of genera Ferrovibrio , Hydrocarboniphaga , Zavarzinia , and Sphingopyxis , while in ibuprofen biodegradation Nocardioides and Starkeya , and in carbamazepine biodegradation Nocardioides , Pseudonocardia , and Sphingopyxis might be involved. During the enrichments, compared to the initial state the percentage relative abundance of these genera increased up to three orders of magnitude. Except Starkeya , the genomes of these bacteria were reconstructed and annotated. Metabolic analyses of the annotated genomes indicated that these bacteria harbored genes associated with pharmaceutical biodegradation. Stenotrophomonas humi DIC_5 and Rhizobium daejeonense IBU_18 isolates eliminated diclofenac and ibuprofen during the tests in the presence of either glucose (3 g l −1 ) or in R2A broth. Higher than 90% concentration reduction was observed in the case of both compounds