A biomimetic algorithm for the improved detection of microarray features,

One the major difficulties of microarray technology relate to the processing of large and - importantly - error-loaded images of the dots on the chip surface. Whatever the source of these errors, those obtained in the first stage of data acquisition - segmentation - are passed down to the subsequent processes, with deleterious results. As it has been demonstrated recently that biological systems have evolved algorithms that are mathematically efficient, this contribution attempts to test an algorithm that mimics a bacterial-"patented" algorithm for the search of available space and nutrients to find, "zero-in" and eventually delimitate the features existent on the microarray surface

'Extremotaxis': Computing with a bacterial-inspired algorithm

We present a general-purpose optimization algorithm inspired by “run-and-tumble”, the biased random walk chemotactic swimming strategy used by the bacterium Escherichia coli to locate regions of high nutrient concentration The method uses particles (corresponding to bacteria) that swim through the variable space (corresponding to the attractant concentration profile). By constantly performing temporal comparisons, the particles drift towards the minimum or maximum of the function of interest. We illustrate the use of our method with four examples. We also present a discrete version of the algorithm. The new algorithm is expected to be useful in combinatorial optimization problems involving many variables, where the functional landscape is apparently stochastic and has local minima, but preserves some derivative structure at intermediate scales

Medida da força de flexão dos dedos da mão através de órtese dinâmica com dinamômetro

PURPOSE AND METHODS: In order to determine forces acting upon an articular joint during hand rehabilitation, a dynamic splint was built and connected to a dynamometer (capable of measuring forces in the range 0 - 600 gf). Through trigonometric calculation, the authors measured the flexing force in the proximal interphalangeal joint of the middle finger at 30°, 45°, 60°, and 90° of flexion. Measurements were obtained in a population of 40 voluntary adults, 20 females and 20 males, This flexing force was correlated with age, sex, and anthropometric measures. RESULTS: Force in the flexing tendon is maximal at the start of flexion, and decreases as the angle of joint flexion increases. A relationship was observed between finger length and the magnitude of the force exerted on the tendon: the longer the finger, the greater the force exherted upon the tendon. Force is greater at all the measured angles, (except 30°) in males and in individuals of higher stature, and bigger arm span. CONCLUSIONS: The flexing force can be effectively measured at all flexing angles, that it correlates with a number of different anthropometric parameters, and that such data are likely to open the way for future studies.OBJETIVO E MÉTODOS: Em virtude do desconhecimento relativo às forças que atuam em uma articulação durante o processo de reabilitação da mão, foi confeccionada uma órtese dinâmica que, acoplada a um dinamômetro, mediu, através de cálculos trigonométricos, a força (entre 0 a 600gf), flexora na articulação interfalângica proximal do terceiro dedo, a 30º, 45º, 60º e 90º de flexão. Estas medidas foram obtidas, em uma população de 40 adultos voluntários, 20 do sexo feminino e 20 do masculino, e confrontadas com idade, sexo e medidas antropométricas como estatura, envergadura e comprimento do dedo. RESULTADOS: Os resultados do estudo demonstraram que o tendão flexor é submetido à máxima força no início da flexão e que a força no tendão flexor diminui conforme aumenta o grau de amplitude articular. Observou uma relação entre o comprimento do dedo e a magnitude da força exercida no tendão durante a flexão do dedo, sendo que nos dedos mais compridos os tendões são submetidos a forças maiores. Quando comparou a estatura e envergadura com a magnitude da força aplicada no tendão flexor, observou uma relação positiva em todos os graus de flexão estudados, exceto a 30º. O sexo masculino apresentou maior força em todos os graus de amplitude articular. CONCLUSÕES: Conclui que é possível medir a força de flexão transmitida pelos tendões flexores através de uma órtese acoplada a um dinamômetro, que esta força é maior nos indivíduos do sexo masculino, com dedos mais longos, de maior altura e envergadura e que tais dados permitirão o desenvolvimento de futuros trabalhos no campo da reabilitação da mão, auxiliando pacientes portadores de lesões de tendões, retração cicatricial, deformidades e rigidez articular

Adherence to cervical and breast cancer programs is crucial to improving screening performance

Publicado onlineINTRODUCTION: Cervical and breast cancer are the most common malignancies among women worldwide. Effective screening can facilitate early detection and dramatically reduce mortality rates. The interface between those screening patients and patients most needing screening is complex, and women in remote areas of rural counties face additional barriers that limit the effectiveness of cancer prevention programs. This study compared various methods to improve compliance with mass screening for breast and cervical cancer among women in a remote, rural region of Brazil. METHODS: In 2003, a mobile unit was used to perform 10,156 mammograms and Papanicolaou smear tests for women living in the Barretos County region of São Paulo state, Brazil (consisting of 19 neighbouring cities). To reach the women, the following community outreach strategies were used: distribution of flyers and pamphlets; media broadcasts (via radio and car loudspeakers); and community healthcare agents (CHCAs) making home visits. RESULTS: The most useful intervention appeared to be the home visits by healthcare agents or CHCAs. These agents of the Family Health Programme of the Brazilian Ministry of Health reached an average of 45.6% of those screened, with radio advertisements reaching a further 11.9%. The great majority of the screened women were illiterate or had elementary level schooling (80.9%) and were of 'poor' or 'very poor' socioeconomic class (67.2%). CONCLUSIONS: Use of a mobile screening unit is a useful strategy in developing countries where local health systems have inadequate facilities for cancer screening in underserved populations. A multimodal approach to community outreach strategies, especially using CHCAs and radio advertisements, can improve the uptake of mass screening in low-income, low-educational background female populations

Parallel Mapper

The construction of Mapper has emerged in the last decade as a powerful and effective topological data analysis tool that approximates and generalizes other topological summaries, such as the Reeb graph, the contour tree, split, and joint trees. In this paper, we study the parallel analysis of the construction of Mapper. We give a provably correct parallel algorithm to execute Mapper on multiple processors and discuss the performance results that compare our approach to a reference sequential Mapper implementation. We report the performance experiments that demonstrate the efficiency of our method

ÍNDICES FISIOLÓGICOS E RENDIMENTO DA ALFACE AMERICANA UTILIZANDO DIFERENTES FONTES E DOSES DE NITROGÊNIO

A horticultura gera nos dias de hoje um grande número de empregos, já que é uma pratica que emanda um grande número de mão-de-obra. Como é constituída basicamente por folhas, uma nutrição baseada em nitrogênio é de suma importância, pois promove um maior incremento no crescimento vegetativo, e conseqüentemente, na produtividade e peso médio das plantas. A adubação de cobertura logo após o transplante oferece condições melhores de desenvolvimento para a planta. O objetivo deste trabalho foi avaliar a resposta da cultivar de alface americana com adubação nitrogenada utilizando três fontes (uréia, sulfato de amônio e nitrato de potássio) e cinco doses de nitrogênio no cultivo a campo, utilizadas em cobertura, para o melhor rendimento da cultura na região de Três Corações-MG. A área foi dividida em três blocos sendo testado em cada bloco um tipo de fertilizante. Os blocos foram divididos em parcelas e cada parcela conteve uma testemunha e os 4 tratamentos, possuindo 16 plantas cada. Foram realizadas 3 repetições. A primeira aplicação foi realizada aos 30 dias após o transplante e a segunda aos 45 dias. As quantidades de fertilizante usada foram calculadas de acordo com o tamanho da área. Sua aplicação foi efetuada através de fertirrigação, as doses foram diluídas em 800 ml de água e cada planta recebeu 50 ml. Os resultados analisados nos permitiram efetuar as seguintes conclusões: A utilização do Sulfato de Amônio foi a que melhor apresentou resultados, sendo que para massa comercial e massa total a melhor dosagem foi de 120 kg ha-1, para a circunferência e comprimento a dosagem foi de 30 kg ha-1. A adubação com Uréia apresentou bons resultados na área foliar e clorofila total com dosagem de 30kg ha-1 e 120 kg ha-1, respectivamente. Para massa seca o melhor tratamento foi utilizando 30 kg ha-1 de Nitrato de Potássio e para teor de proteína 120 kg ha-1 de Nitrato de Potássio