Clostridium botulinum hunajantuotannossa liittyen imeväisbotulismiin

Infant botulism is a rare illness caused by spores of Clostridium botulinum, which are ubiquitous in nature and harmless for healthy adults. Due to the immaturity of infantile intestinal microflora, the spores carried into the intestinal canal may germinate and produce toxin in vivo. The course of the infant botulism can vary from a prolonged constipation to sudden death of an infant, but several child-dependent predisposing factors are known to influence susceptibility to infection. Honey was the only food item associated with infant botulism until 2005, when a suspected case of infant milk formula-derived infant botulism was described. This thesis is based on the previously recognized association between honey and infant botulism. The autopsy specimens of a suddenly deceased 11-week-old boy were studied with multiplex polymerase chain reaction (PCR), and Clostridium botulinum group I type B was detected in the intestinal contents and in the vacuum cleaner dust of the patient's household. Genetic similarity of these isolates was demonstrated with pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) typing and randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis, confirming that dust can act as a vehicle for infant botulism, resulting in sudden death. This was the first reported case of infant botulism in Finland. To evaluate the prevalence of C. botulinum in honey, a test protocol for reliable PCR-based detection of spores was developed. The inhibiting effects of honey were overcome by using a supernatant filtration method of in the preparation of samples before enrichment and PCR. PFGE analysis was optimized to study C. botulinum group I isolates, and applied to analyse the diversity of 55 strains of C. botulinum types A, AB, B and F. A total of nine restriction enzymes were tested, from which SacII, SmaI and XhoI were chosen for the cluster analysis of the 55 strains. Of these three enzymes, SacII was shown to be superior for analysis of C. botulinum group I isolates. C. botulinum group I was found to be heterogeneous, and in the majority of cases, PFGE enabled discrimination between individual strains of types A and B. However, certain clustering of type B strains was observed, and type F strains were located in a single cluster. A total of 190 samples from honey sold in Finland were studied by PCR to determine whether C. botulinum spores of types A and B were present. Spores of C. botulinum were detected in 8 of the 114 Finnish (7%) and in 12 of the 76 imported honey samples (16%). In addition, 294 honey samples produced in Denmark, Norway and Sweden were studied using multiplex-PCR for the presence of C. botulinum type A, B, E and F spores. The prevalence of C. botulinum showed a significant variation between Denmark, Norway and Sweden, the proportions of positive samples in each country being 26%, 10% and 2%, respectively. Type B was most frequently detected. The 24 strains isolated were confirmed to be proteolytic and were analysed with PFGE using restriction enzyme SacII. Twelve different PFGE patterns were produced. Three clearly distinguishable clusters containing more than three strains were noted, one of which included strains isolated in both from Denmark and Norway. Factors influencing C. botulinum contamination in the honey production environment were evaluated in a three-year survey. A total of 1168 samples from 100 apiaries and related facilities in Finland were analysed for the presence of C. botulinum types A, B, E and F using multiplex-PCR. Production methods and environmental factors were registered using a questionnaire and personal observation. C. botulinum was shown to be common throughout the whole honey production chain, with the type most frequently detected being group I type B. A PFGE analysis of 202 group I type B isolates suggested the existence of different genetic lineages. Only six PFGE profiles were observed, two of which predominated, covering 96% of the isolates. The high prevalence of C. botulinum in soil and in samples associated with beeswax suggests the accumulation of soil-derived botulinal spores in wax. In addition, based on the most significant bivariate Spearman's rank order correlations, production hygiene and extent of production were shown to have significant influences on the prevalence of botulinal spores in extracted honey. According to a logistic multivariable regression model, the presence of hand-washing facilities in the extraction room had a significant impact on decreasing the number of spores. Based on the results it is concluded that the number of spores in honey may be diminished. However, due to the observed wide existence of C. botulinum spores in the environment, it is not possible to produce honey totally free from spores.Clostridium botulinum hunajantuotannossa liittyen imeväisbotulismiin Clostridium botulinum on ympäristössä tavattava bakteeri, joka hapen läsnäollessa esiintyy lepomuodossa, erittäin kestävänä itiönä. C. botulinumin itiöt ovat terveelle aikuiselle vaarattomia, mutta kasvulle suotuisissa, hapettomissa olosuhteissa ne voivat muuttua eläviksi bakteerisoluksi tuottaen voimakkainta tunnettua biologista myrkkyä, botulinumtoksiinia. Toksiini aiheuttaa botulismina tunnetun sairauden, jonka oireena on etenevä velttohalvaus. Toisin kuin terveillä aikuisilla, alle vuoden ikäisillä lapsilla suolistoon joutuneet C. botulinumin itiöt voivat aiheuttaa imeväisbotulismiksi kutsutun sairauden. Lapsen suoliston kehittymätön mikrobisto sekä tämän lisäksi useat yksilöstä johtuvat altistavat tekijät voivat edesauttaa suolistoon joutuneiden itiöiden muuntumista toksiinia tuottaviksi bakteerisoluiksi. Imeväisbotulismin tyypilliset oireet vaihtelevat itsestään rajoittuvasta ummetuksesta lapsen äkilliseen, kätkytkuolemaa muistuttavaan menehtymiseen. Tyypillisimpinä itiölähteinä imeväisbotulismitapauksissa pidetään hunajaa ja pölyä, mutta usein tartunnan lähde jää selvittämättä. Hunajan on ainoana elintarvikkeena osoitettu liittyvän imeväisbotulismiin. Hunajan bakteerikasvua estävästä koostumuksesta johtuen C. botulinumin itiöt eivät pysty muuntumaan hunajassa kasvukykyisiksi soluiksi, mutta voivat säilyä hunajassa vuosikausia. Itiöitä ei voida tuhota hunajasta kuumentamalla, sillä vaadittava lämpökäsittely muuttaisi hunajan rakennetta heikentäen merkittävästi hunajan laatua. Koska imeväisbotulismin ja kätkytkuoleman välinen yhteys on aikaisemmin tunnistettu, tutkittiin väitöskirjatyön osana kätkytkuolleiden lasten elinnäytteitä C. botulinumin varalta. Äkillisesti menehtyneen, 11 viikon ikäisen poikalapsen näytteistä, sekä lapsen kodin pölynimurin pölypussista voitiin eristää C. botulinum bakteeri ja molekyylibiologisten tyypitysmenetelmien avulla voitiin osoittaa, että lapsesta ja pölystä eristetyt kannat olivat geneettisesti samankaltaiset. Lapsen tartunnan lähteenä voidaan tässä tapauksessa pitää ympäristöä, eikä tapaukseen liittynyt hunajan syöttämistä lapselle. Löydös osoittaa, että myös Suomessa, jossa imeväisbotulismitapauksia ei ole aikaisemmin diagnosoitu, voi C. botulinum olla osallisena joihinkin kätkytkuolemantapauksiin. Väitöstyössä kehitetyn, polymeraasiketjureaktioon (PCR) perustuvan analyysimenetelmän avulla tutkittiin C. botulinumin esiintymistä Suomessa kaupan olevassa tuontihunajassa, sekä suoraan tuottajilta kerätyistä hunajanäytteistä Norjassa, Ruotsissa, Suomessa ja Tanskassa. C. botulinumin itiöitä todettiin maakohtaisesti 0-26 %:ssa näytteistä. Pohjoismaista Tanskassa tuotetussa hunajassa todettiin itiöitä selvästi useammin muihin Pohjoismaihin verrattuna. Tutkimuksessa kehitettiin lisäksi geneettistä tyypitysmenetelmää, pulssikenttäelektroforeesia, soveltuvaksi sellaisille C. botulinum kannoille, jotka todettiin yleisiksi hunajantuotantoympäristössä. Menetelmän avulla havaittiin, että hunajantuotannosta kerätyistä näytteistä eristetyissä C. botulinum kannoissa oli vallitsevana kaksi genotyyppiä, jotka kuitenkin erosivat toisistaan merkittävästi. Onkin mahdollista, että saman C. botulinum ryhmän sisällä esiintyisi useita erilaisia geneettisiä sukulinjoja. Kolmivuotisessa seurantatutkimuksessa selvitettiin reittejä, joiden kautta itiöt kulkeutuvat hunajaan, ja arvioitiin mehiläistarhaajan mahdollisuuksia vaikuttaa itiöiden määrään hunajassa. C. botulinumin todettiin olevan erittäin yleinen löydös Suomen maaperässä. Mehiläispesässä C. botulinumin itiöiden esiintyminen oli selvästi yleisintä mehiläisvahaan liittyvissä näytteissä, ja on todennäköistä, että maa-aineksen sisältämät itiöt kulkeutuvat pölyssä mehiläisten mukana mehiläispesään ja kertyvät kennoja peittävään mehiläisvahaan. C. botulinumin itiöiden kierto hunajantuotannossa voitaisiin näin ollen katkaista sulattamalla tyhjiksi lingotut vahakakut riittävän korkeassa lämpötilassa, jotta vahaan kertyneet itiöt tuhoutuvat. Sulatetusta vahasta valetut uudet, pesiin laitettavat vahapohjukkeet olisivat tällöin tuotantokauden alussa itiöttömiä. Mehiläispesään kertyvien itiöiden määrää voidaan lisäksi vähentää sijoittamalla mehiläistarhat kasvillisuuden peittämille alueille, jolloin kasvillisuus voi rajoittaa maan pölyämistä. Tuotantohygieeniset tekijät nousivat analyysissä tilastollisesti merkittäviksi lingotun hunajan saastumisessa. On todennäköistä, että tuottajan sekä välineistön mukana kulkeutuu linkoomotiloihin ja sitä kautta lingottuun hunajaan pölyä, joka sisältää itiöitä. Itiöiden esiintymistodennäköisyys lingotussa hunajassa vähenee merkittävästi, mikäli tiloissa on käsienpesumahdollisuus sekä käytössä on erilliset sisäjalkineet. Lisäksi tilojen riittävä valaistus tehostaa tilojen puhtaanapitoa vähentäen pölyn ja sitä kautta itiöiden määrä tuotantotiloissa. Myös tuotannon laajamittaisuus vaikuttaa itiöpitoisuuteen: mitä suurempi on tuotannon kapasiteetti, sitä pienempi on todennäköisyys itiöiden kertymiselle hunajaan. Tämä viittaa siihen, että ammattimaisessa hunajantuotannossa hygieniatekijät huomioitaneen paremmin kuin harrastetyyppisessä toiminnassa. Tutkimus osoittaa, että C. botulinumin itiöiden määrää hunajassa voidaan vähentää. Koska itiöiden esiintyminen ympäristössä on hyvin yleistä, näyttää siltä, että täysin itiöttömän hunajan tuotanto ei kuitenkaan ole mahdollista

Challenges in using administrative enforcement measures in local food control

We surveyed Finnish local food control officials' opinions about the use and challenges of administrative enforcement measures. Responses to the questionnaire were received from a total of 129 food control officials, covering 72.6% of the 62 local food control units in Finland. In the opinion of 42.7% of the respondents, enforcement measures are not used often enough in their unit to ensure forod safety. Based on our results, large units have better practical tools such as templates for enforcement decisions and guidelines that facilitate the use of enforcement measures than small units, but uncertain practices and a lack of routine appear to impede the use of the measures in many units. Particular challenges highlighted by the officials were related to laboriousness and slowness of the administrative process and reasoning for using enforcement measures. Moreover, impairment of cooperation with the food business operator as a consequence of using enforcement measures was of concern for many officials. The officials assessed the expertise of the head of the unit more positively in the units in which enforcement measures were used than in the units in which enforcement measures were not used, and participation in trainings was the strongest explanatory factor for the use of enforcement measures among the inspectors. Our results indicate that development of operating procedures and provision of specific training on administrative procedure with a practical approach play a key role in strengthening officials' expertise and confidence in using enforcement measures. Moreover, merging the small units with the large ones may promote uniform practices and better capabilities to use enforcement measures in all units. (C) 2017 Elsevier Ltd. All rights reserved.Peer reviewe

Assessment of Welfare Problems in Finnish Cattle and Pig Farms Based on Official Inspection Reports

The competent authorities of the Member States of the European Union are required to perform animal welfare inspections on livestock farms. The data obtained from these official inspections performed in Finnish cattle and pig farms in 2010–2015 were used with the aim of estimating the prevalence of the most common non-compliances and identifying underlying risk factors. The prevalence of non-compliant cattle and pig farms was 24.2% and 27.9%, respectively. In cattle, the most common problem was an inadequate lying area followed by deficient housing conditions for calves; in pigs, it was a lack of enrichment material. The non-compliances concerning cattle were most frequently detected in autumn and in farms with small herd size, with tie-stall housing and outdoor rearing year-round. The pig farms with a farrow-to-finish unit had a higher prevalence of non-compliances than other production types. The prevalence of the non-compliant farms differed notably between the regions. It can be concluded that the cattle welfare inspections should be performed with a focus on the cold and rainy seasons and at small farms, whereas the pig welfare inspections should mainly focus on farrow-to-finish units. The data received from official inspections should be efficiently utilized in the development of animal welfare inspection system, with the aim of risk-based, consistent and uniform inspections. In addition, the data should be utilized in targeting information for farmers

Veterinarians Experience Animal Welfare Control Work as Stressful

The aim of the study was to evaluate the job satisfaction of official veterinarians working in the field of animal welfare control and identify both positive features and challenges of their work. An electronic questionnaire was designed to evaluate job satisfaction. The questionnaire was responded to by 73 of the 98 Finnish official veterinarians working in the field of animal welfare control. The Spearman's rank correlation coefficient was used to evaluate the relation between stress and different work-related factors. More than half of the respondents reported work-related stress or fatigue. Threatening situations, disturbed work–private life balance and a high amount of overtime work were found to be frequent underlying causes of stress. Fieldwork, especially when working alone, was perceived as the most challenging part of the work. Of the respondents, three out of four performed animal welfare inspections mainly alone. Although the respondents reported getting additional help to perform an inspection most of the times they needed it, a wish to work in a pair was highlighted. The results of the present study indicate that official veterinarians often experience work-related stress and fatigue. By testing interventions shown to be beneficial, such as providing adequate support within the work community, decreasing the workload and enabling inspections to be done in pairs, job satisfaction could be improved.Peer reviewe

Evaluation of criminal sanctions concerning violations of cattle and pig welfare

EU legislation requires the violations of animal welfare standards to be sanctioned. Our aim was to evaluate criminal sanctions concerning violations of cattle and pig welfare on Finnish farms. We analysed 196 court cases heard in Finnish district courts from 2011 to 2016. Almost all the cases (95%) concerned the violations of cattle welfare, of which 61% occurred on small farms. The lack of cleanliness and inadequate feeding and watering were the most common reported violations. The median time span from the known start date of the crime to the judgement was nearly two years. Of the cases, 96% resulted in conviction. The court did not perceive the violations as being highly blameworthy as a small fine and a short conditional imprisonment were the most often imposed sanctions. A ban on the keeping of animals was used as a precautionary measure in half of the cases. Veterinarians were shown to have an important role in the initiation of criminal procedures, providing evidence for the police and acting as witnesses. Therefore, it is crucial to achieve a well-functioning collaboration between veterinarians and the police and prosecutors. The expertise of these authorities on animal welfare legislation should also be emphasized to improve the efficacy of the criminal procedures.Peer reviewe

Consistency and risk-basis of using administrative enforcement measures in local food control

Consistency and risk-basis are core elements of effective enforcement of food safety legislation. In Finland, inspections of food retail premises have been conducted since 2013 based on new national guidelines for evaluation and grading. According to the guidelines, food control authorities should initiate an administrative enforcement process to ensure compliance if the food business operator (FBO) is given the poorest grade in the inspection. In this study, we examined the consistency within and between local food control units on the threshold of initiating an enforcement process. The study was conducted through an analysis of inspection reports of FBOs and by an electronic survey and interviews of local food control officials. The results reveal that most officials consider the national evaluation guidelines as helpful in improving the consistency of using enforcement measures. However, inconsistencies exist between and within the local food control units in the alignments of initiating an enforcement process. Enforcement measures are mainly used on a risk-basis and gradually, as in most enforcement cases the FBO had multiple non-compliances and the FBO had been given a prior request to correct the non-compliance before initiating an enforcement process. The results, however, revealed rather weak compliance and repeated violations among some FBOs. Based on the observed persistence of non -compliances and the efficacy of enforcement measures in inducing compliance, a lower threshold of initiating an enforcement process towards FBOs with repeated violations appears beneficial in enhancing the correction of violations. Increasing the consistency of the enforcement process begins with unifying the practices within the local food control units by establishing clear procedures for enforcement and ensuring adequate orientation of personnel. Further strengthening of cooperation, peer-review and discussion on interpretations of required control actions between the units is needed for nationally consistent implementation of the evaluation and disclosure system and use of enforcement measures. (C) 2017 Elsevier Ltd. All rights reserved.Peer reviewe

Developing official control in slaughterhouses through internal audits

In the European Union, competent authorities are obligated to arrange audits to ensure that the official control (comprising meat and food safety inspections) in slaughterhouses is performed according to legislation. Previous information on the functionality of these audits and on non-conformities observed in the official control of slaughterhouses is limited. In this study, non-conformities of the official control of slaughterhouses and their correction were analysed from the internal audit reports of the Finnish Food Safety Authority Evira. To further assess the benefits and needs for improvement of the audits, we conducted interviews with the chief official veterinarians (OVs) responsible for the controls in slaughterhouses and the auditors of Evira. According to our results, non-conformities, especially in the inspection of intestines of bovines and swine, were common. Regarding food safety inspections, OVs should develop their documentation, perform the follow-up of the correction of non-compliances more systematically, and improve the enforcement, especially in smaller red meat slaughterhouses. Based on our results, internal audits appeared to be beneficial, as non-conformities in the official control were noticed, most non-conformities were corrected or corrective measures had been taken, and the audits were assessed as necessary by both the auditors and auditees. Our results can be utilized in improving the official control and audit procedures in slaughterhouses. In the future, the uniformity of meat inspection could be improved by auditing also differences in the rejections and their reasons between official auxiliaries in post-mortem inspection.Peer reviewe

Most common meat inspection findings of sheep in a Finnish slaughterhouse : a descriptive study

Peer reviewe

Lihantarkastuksen ja valvonnan tehtäväjako teurastomoissa viranomaisen ja teollisuuden välillä : Loppuraportti (1.1.2013–31.3.2016)

Lihantarkastuksella ja teurastamovalvonnalla on suuri merkitys lihan laadun ja turvallisuuden sekä eläinten terveyden ja hyvinvoinnin kannalta. Lihantarkastus- ja laitosvalvontatöiden tehtäväjako vaikuttaa oleellisesti teurastamovalvontaan ja sen toimivuuteen. Lihantarkastuksen suorittaminen on Euroopan unionissa (EU) viranomaisen vastuulla ja kaikilla teurastamoilla lihantarkastuksesta vastaa tarkastuseläinlääkäri (EY 854/2004). EU:ssa on käytössä kolme pääasiallista lihantarkastusorganisaatiomallia. Teurastamolinjassa tapahtuva lihantarkastus tehdään punaisen lihan teurastamoissa a) viranomaisen tai b) riippumattoman akreditoidun henkilöstöyrityksen toimesta, mutta c) siipikarjateurastamoissa on mahdollista vaihtoehtoisesti käyttää myös teurastamon palveluksessa olevia lihantarkastusavustajia. Suomessa punaisen lihan teurastamoissa Elintarviketurvallisuusvirasto Eviran palveluksessa olevat tarkastuseläinlääkärit ja lihantarkastajat suorittavat teurastamolinjassa tapahtuvaa lihantarkastusta, kun taas siipikarjateurastamoissa sitä suorittavat teurastamon palveluksessa olevat lihantarkastusavustajat (MMM 2006, MMMa 590/2014). Sekä lihantarkastajat että lihantarkastusavustajat ovat tarkastuseläinlääkärin valvonnassa ja tarkastuseläinlääkäri vastaa tarkastustoiminnasta. Suomessa ja muissa EU-maissa on käyty runsaasti keskustelua lihantarkastustehtävien työnjaosta viranomaisen ja yrityksen välillä sekä lihantarkastuslainsäädännön muuttamisesta. Lisäksi on pohdittu tarkastuseläinlääkärin ja lihantarkastajan työnjakoa lihantarkastuksessa ja laitosvalvonnassa (Anonymous 2006a, Van Dyck 2012, Webber ym. 2012). Keskusteluissa on esitetty mahdollisuutta siirtää osa lihantarkastustehtävistä viranomaisilta yrityksille ja ottaa käyttöön siipikarjamalli punaisen lihan teurastamoihin muun muassa kustannustehokkuuden ja joustavuuden lisäämiseksi. Teurastamovalvonnan toimivuudesta on kuitenkin vain vähän tutkittua tietoa. Nykyisten lihantarkastusmallien toimivuutta on tärkeää selvittää sekä viranomaisen että teurastamoiden kannalta, jotta jatkossa voidaan tehdä tutkimustietoon perustuvia päätöksiä mallien kehittämiseksi tai uusien luomiseksi. EU-lainsäädäntö antaa mahdollisuuksia järjestää lihantarkastusta monella eri tavalla ja lisäksi lainsäädäntö on osin tulkinnanvaraista. Jos lihantarkastuksen tehtäväjaossa on eroja eri teurastamoiden tai Suomen ja muiden EU-maiden välillä, erot tulisi selvittää, jotta parhaita käytäntöjä voidaan hyödyntää kaikissa teurastamoissa. Tehtäväjaon lisäksi lihantarkastuksen ja laitosvalvonnan toimivuuteen vaikuttavat oleellisesti lihantarkastushenkilökunnan koulutus, lihantarkastustaidot, lihantarkastustaitojen ylläpito sekä työmotivaatio. EU-lainsäädännössä on tarkasti esitetty lihantarkastushenkilökunnan koulutusvaatimukset (EY 854/2004), mutta lihantarkastushenkilökunnan koulutuksessa on havaittu ainakin aikaisemmin paljon eroja EU-maiden välillä (Leslie 2003). Suomessa laajempaa selvitystä lihantarkastajien ja lihantarkastusavustajien lihantarkastuskoulutuksesta ja ammattitaidon riittävyydestä ei ole kuitenkaan aikaisemmin tehty. Koulutusvaatimusten lisäksi lainsäädännössä edellytetään, että lihantarkastushenkilökunta toimii lihantarkastuksessa riippumattomina teurastamosta (EY 854/2004). Se yhdessä tarkastuseläinlääkärin suorittaman riittävän lihantarkastuksen arvioinnin kanssa on edellytyksenä myös sille, että teurastamoiden työntekijät voivat siipikarjateurastamoissa tehdä lihantarkastusta (EY 854/2004). Lihantarkastushenkilökunta on teurastamoissa läsnä joka päivä, jolloin erillisyys teurastamosta voi hälventyä. Lisäksi teurastamoilla on toiminnassaan suuret taloudelliset intressit. Onkin tärkeää selvittää, miten riippumattomuus teurastamoissa toteutuu, sillä tehtyjen päätösten pitäisi olla kaikille osapuolille tasapuolisia. Riippumattomuuden varmistamisessa myös tarkastuseläinlääkärin suorittama lihantarkastajien ja lihantarkastusavustajien tekemän lihantarkastuksen arviointi korostuu. Tässäkin parhaat mahdolliset käytännöt tulisi selvittää. Lihantarkastuskustannuksilla on merkittävä vaikutus elinkeinoon ja siten lihantarkastuksen tulee olla kustannustehokasta. Siitä, mistä osista lihantarkastuskustannukset muodostuvat, ei kuitenkaan ole olemassa tarkkaa selvitystä. Ei myöskään tiedetä, miten eri teurastamoiden ja lihantarkastuksen käytännöt vaikuttavat kustannuksiin. Lisäksi olisi syytä selvittää, miten eri maiden lihantarkastusjärjestelmät ovat vaikuttaneet kustannuksiin. Lihantarkastuksen ja laitosvalvonnan kehittämiseksi on tarpeellista tietää, millaisia epäkohtia teurastamoiden omavalvonnassa tyypillisesti on. Sen pohjalta voidaan arvioida, mihin osa-alueisiin teurastamotoimijoiden tulisi omavalvonnassaan keskittyä ja minkä osalta teurastamotoimijat kaipaisivat koulutusta. Teurastamoiden epäkohtien lisäksi myös tutkimusta tarkastuseläinlääkäreiden käyttämistä valvontatoimenpiteistä ja tarkastuseläinlääkäreiden saamasta tuesta esimiehiltään on tärkeää tehdä, jotta viranomaisvalvontaa voidaan teurastamoissa kehittää. Teurastamoiden valvonnan tulee olla kustannustehokasta, laadukasta, tasapuolista, läpinäkyvää, luotettavaa ja vaikuttavaa (EY 882/2004, Kaario & Lundén 2010) ja kaikkien EU-maiden tulee varmistaa, että teurastamoissa valvontaa suoritetaan lainsäädännön mukaisesti. Teurastamovalvonnan vaikuttavuuden arvioimisen ja kehittämisen kannalta on myös tärkeää tietää, millaisia kehittämiskohteita FVO (Food and Veterinary Officen), nykyinen DG SANTE direktoraatti F, ja Eviran valvontaosaston elintarvikehygienia- ja lihantarkastusyksikkö ovat tekemillään laadunvarmistuskäynneillä teurastamovalvonnassa havainneet

INNUENDO: A cross-sectoral platform for the integration of genomics in the surveillance of food-borne pathogens

Abstract In response to the EFSA call New approaches in identifying and characterizing microbial and chemical hazards, the project INNUENDO (https://sites.google.com/site/theinnuendoproject/) aimed to design an analytical platform and standard procedures for the use of whole-genome sequencing in surveillance and outbreak investigation of food-borne pathogens. The project firstly attempted to identify existing flaws and needs, and then to provide applicable cross-sectorial solutions. The project focused in developing a platform for small countries with limited economical and personnel resources. To achieve these goals, we applied a user-centered design strategy involving the end-users, such as microbiologists in public health and veterinary authorities, in every step of the design, development and implementation phases. As a result, we delivered the INNUENDO Platform V1.0 (https://innuendo.readthedocs.io/en/latest/), a stand-alone, portable, open-source, end-to-end system for the management, analysis, and sharing of bacterial genomic data. The platform uses Nextflow workflow manager to assemble analytical software modules in species-specific protocols that can be run using a user-friendly interface. The reproducibility of the process is ensured by using Docker containers and throught the annotation of the whole process using an ontology. Several modules, available at https://github.com/TheInnuendoProject, have been developed including: genome assembly and species confirmation; fast genome clustering; in silico typing; standardized species-specific phylogenetic frameworks for Campylobacter jejuni, Yersinia enterocolitica, Salmonella enterica and Escherichia coli based on an innovative gene-by-gene methodology; quality control measures from raw reads to allele calling; reporting system; a built-in communication protocols and a strain classification system enabling smooth communication during outbreak investigation. As proof-of-concepts, the proposed solutions have been thoroughly tested in simulated outbreak conditions by several public health and veterinary agencies across Europe. The results have been widely disseminated through several channels (web-sites, scientific publications, organization of workshops). The INNUENDO Platform V1.0 is effectively one of the models for the usage of open-source software in genomic epidemiology.Peer reviewe