Association of microsatellite markers with contents of oil and protein in soybean

O objetivo deste trabalho foi avaliar a associação de marcadores microssatélites localizados próximos a locos de caracteres quantitativos (QTL) descritos na literatura, com os teores de óleo e proteína de genótipos de soja cultivados no Brasil. Quarenta e nove genótipos de soja foram avaliados em Viçosa, MG (12/2009); Visconde do Rio Branco, MG (2/2010); e São Gotardo, MG (2/2010 e 10/2011). Utilizou-se o delineamento de blocos ao acaso, com três repetições. Os teores de óleo e proteína foram determinados por espectrometria do infravermelho. Foi observada ampla variabilidade genética para esses teores. Dos 65 marcadores microssatélites testados, 35 apresentaram associação significativa com pelo menos um dos teores, mas poucos foram consistentes com a mudança de ambiente. Ao se levar em conta a consistência da associação em todos os ambientes, os marcadores Satt239, Satt384 e Satt562 destacam-se para a seleção assistida quanto aos teores de óleo e de proteína, enquanto o Satt310 destaca-se para seleção quanto ao teor de óleo, e o Satt567, quanto ao de proteína.The objective of this work was to evaluate the association of microsatellite markers located close to quantitative trait loci (QTL) described in the literature, with contents of oil and protein soybean genotypes cultivated in Brazil. Forty-nine soybean genotypes were evaluated in Viçosa, MG (12/2009), Visconde do Rio Branco, MG (2/2010), and São Gotardo, MG (2/2010 and 10/2011). A randomized complete block design, with three replicates, was used. The oil and protein contents were determined by infrared spectroscopy. A high genetic variability was observed for oil and protein contents. Among the 65 tested microsatellite markers, 35 showed significant association with at least one of these contents, but few of them were consistent with the change of environment. Considering the consistency of the association in all environments, the markers Satt239, Satt384, and Satt562 stand out for assisted selection as to oil and protein contents, whereas Satt310 stands out for the selection as to oil content, and Satt567, as to protein content

Characterization of a new GmFAD3A allele in Brazilian CS303TNKCA soybean cultivar

Soybean is one of the most important crops cultivated worldwide. Soybean oil has 13% palmitic acid, 4% stearic acid, 20% oleic acid, 55% linoleic acid and 8% linolenic acid. Breeding programs are developing varieties with high oleic and low polyunsaturated fatty acids (linoleic and linolenic) to improve the oil oxidative stability and make the varieties more attractive for the soy industry. The main goal of this study was to characterize the low linoleic acid trait in CS303TNKCA cultivar. We sequenced CS303TNKCA GmFAD3A, GmFAD3B and GmFAD3C genes and identified an adenine point deletion in the GmFAD3A exon 5 (delA). This alteration creates a premature stop codon, leading to a truncated protein with just 207 residues that result in a non-functional enzyme. Analysis of enzymatic activity by heterologous expression in yeast support delA as the cause of low linolenic acid content in CS303TNKCA. Thus, we developed a TaqMan genotyping assay to associate delA with low linolenic acid content in segregating populations. Lines homozygous for delA had a linolenic acid content of 3.3 to 4.4%, and the variation at this locus accounted for 50.83 to 73.70% of the phenotypic variation. This molecular marker is a new tool to introgress the low linolenic acid trait into elite soybean cultivars and can be used to combine with high oleic trait markers to produce soybean with enhanced economic value. The advantage of using CS303TNKCA compared to other lines available in the literature is that this cultivar has good agronomic characteristics and is adapted to Brazilian conditions

Mapping QTL for protein and oil content in soybean

O objetivo deste trabalho foi detectar e mapear locos de caracteres quantitativos (QTL) que afetam os conteúdos de proteína e óleo em soja (Glycine max L. Merr.). Plantas F2, derivadas do cruzamento entre a linhagem CS3032PTA276 e a variedade UFVS2012, foram cultivadas em casa de vegetação e forneceram as folhas para extração e análise de DNA. Quarenta e oito marcadores microssatélites (SSR) polimórficos foram avaliados na população F2. A avaliação dos fenótipos foi realizada em 207 famílias das progênies F2:3, em um delineamento em blocos ao acaso, com três repetições, conduzido em Viçosa, MG, em 2006. Foram detectados quatro QTL associados ao conteúdo de proteína, nos grupos de ligação D1a, G, A1, e I, e três QTL associados ao conteúdo de óleo, nos grupos A1, I e O. A variação fenotípica explicada pelos QTL variou de 6,24 a 18,94% e 17,26 a 25,93%, respectivamente, para os conteúdos de proteína e óleo. Foram detectados novos QTL associados aos conteúdos de proteína e óleo, além dos previamente relatados em outros estudos. Regiões distintas das atualmente conhecidas podem estar envolvidas no controle genético do teor de proteína e óleo na soja.The objective of this study was to detect and map quantitative trait loci (QTL) affecting soybean (Glycine max L. Merr.) protein and oil contents. F2 plants, derived from the cross between the CS3032PTA276 line and the variety UFVS2012, were grown in a greenhouse and provided the leaves for DNA extraction and analysis. Forty-eight polymorphic microsatelite markers (SSR) were evaluated in the F2 population. Evaluation of the phenotype was performed in 207 families from F2:3 progenies, in a complete block design with three replicates, carried out in Viçosa, MG, Brazil, in 2006. Four QTL associated with protein content, in linkage groups D1a, G, A1, and I, and three QTL for oil content in groups A1, I and O were identified. Phenotypic variation for protein and oil explained by QTL ranged from 6.24 to 18.94% and 17.26 to 25.93%, respectively. New QTL associated with protein and oil contents were detected, besides those previously reported in other studies. Other regions may be involved in the genetic control of protein and oil contents in soybean besides those already known

Biometrics and molecular analysis aiming at the development of soybean lines with high-protein and productive

A melhoria do potencial produtivo das cultivares de soja é o principal objetivo de todos os programas de melhoramento genético conduzidos no país. No entanto, em alguns programas de melhoramento, o aumento do teor de proteína nos grãos vem também sendo privilegiado. Com o propósito de desenvolver variedades produtivas e com alto conteúdo de proteína, este trabalho teve como objetivos específicos: a) comparar diferentes estratégias de seleção para a predição de ganhos em produção de grãos (PROD), altura da planta na maturação (APM), número de dias para maturação (NDM), teor de proteína (PTN) e teor de óleo (OL); b) comparar diferentes critérios de seleção por meio de índices de seleção; e c) identificar marcadores SSR ligados a QTLs que contribuam para o aumento do teor de proteína em uma população de linhagens quase isogênicas (NILs). Para alcançar estes objetivos, foram utilizadas duas populações neste trabalho, a primeira chamada população de seleção foi derivada de retrocruzamento parcial envolvendo uma linhagem de alto teor protéico e uma possuindo resistência ao herbicida glifosato. Nesta população RC1F4 segregante, foram estimados os parâmetros genéticos e praticada a seleção durante três ciclos em função do ano agrícola. Na primeira etapa, utilizaram-se as seguintes estratégias: seleção entre (SE), seleção entre e dentro (SED), seleção massal (SM) e seleção combinada (SC). A herdabilidade no sentido restrito dentro apresentou reduzido valor para PROD (8,1%), comprometendo a eficiência de seleção em nível de indivíduo. Na segunda etapa, utilizaram-se 205 progênies, pré- selecionadas para PROD, na seleção simultânea de famílias para as características PROD, PTN e OL empregando os critérios de seleção baseados nos índices de Smith e Hazel (SH), Kempthorne e Nordskog (KN), Pesek e Baker (PB) e Pesek e Baker generalizado por Tai (PB-Tai). Correlações genéticas significativas só foram detectadas para PTN × OL com valor de -0,398. Foram selecionadas as 40 famílias que maximizaram os ganhos para PTN e que proporcionaram ganhos moderados em PROD e redução mínima em OL. O índice PB-Tai apresentou melhores predições, em função do objetivo proposto, com um ganho de 4,2%, 8,9% e -3,68%, enquanto a seleção direta para PTN proporcionou um ganho de 4,45%, 3,91% e -5,85% para PTN, PROD e OL, respectivamente. Na terceira etapa, procedeu-se à estimação dos parâmetros genéticos e à predição de ganhos tanto para PROD e PTN com informação de família e planta, empregando- se diferentes estratégias e critérios de seleção. Para PTN, a herdabilidade restrita entre foi de 60,7% (superior à restrita dentro que foi de 15,6%), o que revelou uma pequena superioridade dos ganhos proporcionados por estratégias que também empregam a informação do individuo. Nesta etapa, a combinação da seleção simultânea utilizando o índice clássico de Smith e Hazel com a seleção praticada entre e dentro proporcionou ganhos significativos para PTN e PROD, porém inferiores aos da segunda etapa devido à redução da variabilidade genética. O terceiro ciclo de seleção foi realizado no ano 2006/2007 em um ensaio utilizando o DBC com as 84 famílias RC1F4:6 selecionadas no primeiro e multiplicadas no segundo ciclo com o objetivo de aumentar PTN e PROD e reduzir NDM. Para este fim, utilizou-se a seleção simultânea baseada nos índices de SH, PB, KN e PB-Tai. Novamente o índice PB-Tai foi o critério de seleção mais indicado, pois proporcionou a seleção de um grupo de progênies que em média possuíam maior produtividade e menor ciclo do que a variedade comercial Monarca e outro grupo com maior PTN e menor NDM do que Monarca. Na segunda população, foi realizado um estudo de mapeamento para identificar marcadores SSR associados à QTLs que controlam o teor de proteína nos grãos de soja. Esta população chamada de população de mapeamento foi composta de 168 NILs (isolinhas na geração RC4F6) e foi obtida a partir de retrocruzamentos entre o genótipo com alto teor protéico BARC-8 com a variedade recorrente Monarca. De um total de 350 primers de microssatélites utilizados nos progenitores, apenas 20 foram polimórficos na população de NILs. Utilizando-se a análise de associação pelo método da ANOVA e regressão linear simples, foram encontrados dois marcadores (Satt 239 e Satt 384) associados à QTLs que explicavam 19,04% e 7,42% da variação do fenótipo. Empregando-se regressão linear múltipla com o procedimento stepwise, esses mesmos QTLs foram mantidos e explicaram 26,01% da variação fenotípica. Utilizando-se o mapeamento por intervalo simples no GL E, foi estimado o efeito aditivo do QTL (+ 0,54) na expressão do caráter e determinada a posição do marcador em relação ao QTL. Esta marca foi posicionada muito próxima ou coincidente do QTL, o que resulta em uma marca extremamente confiável para futuros trabalhos de seleção assistida.The improvement of the productive potential of soybean cultivars is the main objective of all the genetic breeding programs conducted in the country. However, in some breeding programs, the increase of the protein content in grains has been focused. In order to develop productive varieties with high protein content, this work had the following specific objectives: a) use different selection strategies for the prediction of gains in grain production (PROD), plant height in maturation (APM), number of days for maturation (NDM), protein content (PTN) and oil content (OL); b) compare different selection criteria through selection indices; and c) identify SSR markers linked to the QTL s which contribute for the increase of the protein content in a population of almost isogenic lineages (NIL s). To achieve these objectives, two populations were used in this work; the first one, called selection population, derived from the partial backcrossing involving a lineage with high protein content and another presenting resistance to the glyfosate herbicide. In the segregant population RC1F4, the genetic parameters were estimated and the selection was carried out during three cycles, due to the agricultural year. In the first phase, the following strategies were used: selection between (SE), selection between and inside (SED), massal selection (SM) and combined selection (SC). The heritability, in the restrict sense inside, presented reduced value for PROD (8.1%), affecting the selection efficiency at the individual level. In the second phase, 205 pre-selected progenies were used for PROD, in the simultaneous selection of families for the characteristics PROD, PTN and OL employing the selection criteria based upon the indices of Smith and Hazel (SH), Kempthorne and Nordskog (KN), Pesek and Baker (PB) and Pesek and Baker, generalized by Tai (PB-Tai). Significant genetic correlations were detected only for PTN × OL, with the value of -0.398. It was performed the selection of the 40 families that maximized gains for PTN and provided moderate gains in PROD and minimum reduction in OL. The PB-Tai index presented better predictions as to the proposed objective, with gains of 4.2%, 8.9% e -3.68%, while the direct selection for PTN provided gains of 4.45%, 3.91% and -5.85% for PTN, PROD and OL, respectively. In the third phase, it was carried out the genetic parameter estimation and the gain prediction for PROD and PTN, with family and plant information, through the use of different strategies and selection criteria. For PTN, the restricted heritability between was of 60.7% (higher than the restrict inside, which was of 15.6%), which revealed a small superiority of gains provided by the strategies that employed the information of the individual. In this phase, the combination of the simultaneous selection using the classic index of Smith and Hazel, with the selection used between and inside, provided significant gains for PTN and PROD, lower, however, than those of the second phase, due to the reduction of the genetic variability. The third selection cycle was carried out in the year of 2006/2007, in an essay that used the DBC, with the 84 families RC1F4:6 selected in the first cycle and multiplied in the second cycle, with the objective of increasing PTN and PROD and reducing NDM. For such, the simultaneous selection was used, based upon the indices of SH, PB, KN and PB-Tai. Again, the PB-Tai index was the most suitable selection criterion, because it provided the selection of a group of progenies which presented, in average, higher productivity and smaller cycle than the commercial variety Monarca and another group, with higher PTN and lower NDM, in comparison to Monarca. A mapping study was carried out, in the second population, in order to identify SSR markers associated to the QTL s, which control the protein content in soybean grains. This population, called mapping population, was composed of 168 NIL s (isolines in the generation RC4F6) and was achieved from the backcrossing between the BARC-8 genotype, with high protein content, and the recurrent Monarca variety. Out of the 350 primers of microsatellites used in the parents, only 20 were polymorphic in the population of NIL s. Using the association analysis by the method of the ANOVA and the simple linear regression, two markers were found (Satt 239 and Satt 384), associated to QTL s, which explained 19.04% and 7.42% of the phenotype variation. With the use of the multiple linear regression, with the stepwise procedure, these very QTL s were maintained and explained 26.01% of the phenotypical variation. With the use of the mapping by simple interval in the GL E, it was estimated the additive effect of the QTL (+ 0.54) in character expression and it was determined the position of the marker in relation to the QTL. This mark was placed very near to the QTL or on it, resulting in an extremely trustable mark for future works of assisted selection

Low linolenic soybeans for biodiesel: Characteristics, performance and advantages

Soybean is one of the main raw materials used for biodiesel production. However, the polyunsaturated fatty acids present in soybean seeds are not desirable for this purpose due to their low oxidative stability. Therefore, it is expected that the use of soybean cultivars with low linolenic acid content for biodiesel production will improve its oxidative stability and the cold filter plugging point (CFPP). This work presents the main characteristics, the advantages and performance of low linolenic acid soybean (LL) as compared to a conventional soybean variety (CO) for biodiesel production. The results showed that LL oil and protein contents were similar to those of CO. Phosphatide concentration was higher in LL oil, while total tocopherol content was lower in relation to CO. With respect to LL biodiesel performance, oxidative stability was much higher than that produced from CO, and the CFPP did not change even with the improved fatty acid profile of LL