Hybrids of the bHLH and bZIP Protein Motifs Display Different DNA-Binding Activities In Vivo vs. In Vitro

Minimalist hybrids comprising the DNA-binding domain of bHLH/PAS (basic-helix-loop-helix/Per-Arnt-Sim) protein Arnt fused to the leucine zipper (LZ) dimerization domain from bZIP (basic region-leucine zipper) protein C/EBP were designed to bind the E-box DNA site, CACGTG, targeted by bHLHZ (basic-helix-loop-helix-zipper) proteins Myc and Max, as well as the Arnt homodimer. The bHLHZ-like structure of ArntbHLH-C/EBP comprises the Arnt bHLH domain fused to the C/EBP LZ: i.e. swap of the 330 aa PAS domain for the 29 aa LZ. In the yeast one-hybrid assay (Y1H), transcriptional activation from the E-box was strong by ArntbHLH-C/EBP, and undetectable for the truncated ArntbHLH (PAS removed), as detected via readout from the HIS3 and lacZ reporters. In contrast, fluorescence anisotropy titrations showed affinities for the E-box with ArntbHLH-C/EBP and ArntbHLH comparable to other transcription factors (Kd 148.9 nM and 40.2 nM, respectively), but only under select conditions that maintained folded protein. Although in vivo yeast results and in vitro spectroscopic studies for ArntbHLH-C/EBP targeting the E-box correlate well, the same does not hold for ArntbHLH. As circular dichroism confirms that ArntbHLH-C/EBP is a much more strongly α-helical structure than ArntbHLH, we conclude that the nonfunctional ArntbHLH in the Y1H must be due to misfolding, leading to the false negative that this protein is incapable of targeting the E-box. Many experiments, including protein design and selections from large libraries, depend on protein domains remaining well-behaved in the nonnative experimental environment, especially small motifs like the bHLH (60–70 aa). Interestingly, a short helical LZ can serve as a folding- and/or solubility-enhancing tag, an important device given the focus of current research on exploration of vast networks of biomolecular interactions

Processos de democracia direta: sim ou não? Os argumentos clássicos à luz da teoria e da prática

Regularmente surgem controvérsias sobre os processos de democracia direta, dos quais os mecanismos mais frequentes são a iniciativa popular, o plebiscito e o referendo. Por um lado, há autores que defendem a posição de que essas instituições tornam o jogo político mais lento, caro, confuso e ilegítimo; outros defendem a posição contrária e argumentam que processos de democracia direta são fundamentais para os cidadãos e a qualidade da democracia. O presente estudo analisa esse tema em torno de sete questões, baseadas em considerações teóricas e pesquisas empíricas: 1. A questão entre o minimalismo e o maximalismo democrático; 2. A concorrência entre maioria e minoria; 3. A concorrência entre as instituições representativas e os processos de democracia direta; 4. A questão da competência dos cidadãos; 5. A questão dos efeitos colaterais dos processos de democracia direta; 6. A questão do tamanho do eleitorado; 7. A questão dos custos dos processos de democracia direta. As sete questões são analisadas a partir de uma revisão bibliográfica que considera tanto fontes nacionais como internacionais. O estudo mostra que os processos de democracia direta podem ser um complemento para as instituições representativas em um sistema democrático. O bom desempenho dos plebiscitos, referendos e iniciativas populares depende tanto da regulamentação destes como também do desempenho das outras instituições políticas e da situação socioeconômica de um país. O estudo permite ampliar e aprofundar o debate sobre processos de democracia direta no Brasil

Post-translational selective intracellular silencing of acetylated proteins with de novo selected intrabodies

The ability to selectively interfere with post-translationally modified proteins would have many biological and therapeutic applications. However, post-translational modifications cannot be selectively targeted by nucleic-acid-based interference approaches. Here we describe post-translational intracellular silencing antibody technology (PISA), a method for selecting intrabodies against post-translationally modified proteins. We demonstrate our method by generating intrabodies against native acetylated proteins and showing functional interference in living cells