Des races localement adaptées et adoptées, une condition de la durabilité des activités d'élevage

International audienceUsing the diversity of animal genetic resources is considered as one possible way towardsustainability of livestock farming systems. Emphasis is generally put on local breeds regarding theiradaptation to the conditions and farming systems in their territory of origin. In this paper, we show how usingsome breeds, local or not, may modify farming systems and, then, contribute to their sustainability. Two casestudies were conducted on dairy farming systems in Western France, one dealing with two cattle breedsrecently introduced in this region, namely the Montbéliarde and Simmental breeds, the other one dealing withthe rare and local Bretonne Pie Noir breed. The results of these studies were interpreted within a conceptualframework inspired by the pragmatist theory of inquiry. We conclude that the concept of “locally adaptedbreed” has to be associated with the concept of “locally adopted breed”.Dans une perspective de durabilité des activités d’élevage, le recours à la diversité des ressourcesgénétiques animales disponibles est présenté comme un levier potentiel. Les races locales notamment sontmises en avant pour leur adaptation aux territoires et aux systèmes d’élevage de leur berceau d’origine. Cetarticle vise à comprendre comment la mobilisation de ressources animales, locales ou non, peut contribuer àune adaptation des systèmes de production et à leur durabilité. Deux études de cas ont été conduites surl’élevage bovin laitier dans le Grand Ouest de la France, l’une concernant deux races récemment introduitesdans la région, la Montbéliarde et la Simmental, l’autre concernant la Bretonne Pie Noir, race locale à petiteffectif. Les résultats de ces études ont été mis en perspective à l’aide d’un cadre conceptuel inspiré de lathéorie pragmatiste de l’enquête. Cela nous conduit à réinterroger la notion même de « race localementadaptée » et à lui associer celle de race « localement adoptée »

Microarray-Based Sketches of the HERV Transcriptome Landscape

Human endogenous retroviruses (HERVs) are spread throughout the genome and their long terminal repeats (LTRs) constitute a wide collection of putative regulatory sequences. Phylogenetic similarities and the profusion of integration sites, two inherent characteristics of transposable elements, make it difficult to study individual locus expression in a large-scale approach, and historically apart from some placental and testis-regulated elements, it was generally accepted that HERVs are silent due to epigenetic control. Herein, we have introduced a generic method aiming to optimally characterize individual loci associated with 25-mer probes by minimizing cross-hybridization risks. We therefore set up a microarray dedicated to a collection of 5,573 HERVs that can reasonably be assigned to a unique genomic position. We obtained a first view of the HERV transcriptome by using a composite panel of 40 normal and 39 tumor samples. The experiment showed that almost one third of the HERV repertoire is indeed transcribed. The HERV transcriptome follows tropism rules, is sensitive to the state of differentiation and, unexpectedly, seems not to correlate with the age of the HERV families. The probeset definition within the U3 and U5 regions was used to assign a function to some LTRs (i.e. promoter or polyA) and revealed that (i) autonomous active LTRs are broadly subjected to operational determinism (ii) the cellular gene density is substantially higher in the surrounding environment of active LTRs compared to silent LTRs and (iii) the configuration of neighboring cellular genes differs between active and silent LTRs, showing an approximately 8 kb zone upstream of promoter LTRs characterized by a drastic reduction in sense cellular genes. These gathered observations are discussed in terms of virus/host adaptive strategies, and together with the methods and tools developed for this purpose, this work paves the way for further HERV transcriptome projects

Peut-on entrevoir les contours de la nouvelle industrie touristique ?

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Chapitre 4. Vendre en commun

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Évolution de rétrotransposons à LTR dans les génomes de Drosophila melanogaster et Drosophila simulans

Les génomes de Drosophila melanogaster et Drosophila simulans sont constitués de 10% à 15% d'éléments transposbles. Nous présentons, tout d'abord, une étude de la région régulatrice du rétrotransposon à LTR 412 aux seins de populations des espèces D. melanogaster et D. simulans. Cet élément existe en quantité variable dans les génomes de ces espèces et populations. Nous avons découvert l'existence de sous-familles dans certaines de ces populations. Nous nous sommes ensuite penchés sur les copies des rétrotransposons à LTR hétérochromatiques du génome séquencé de D. melanogaster. Nous avons daté ces copies afin de détecter des variations d'activité de rétrotransposition au cours du temps. Cette étude a permis de démontrer que l'hétérochromatine du génome de D. melanogaster avait subi la vague de transposition observée dans l'euchromatine, il y a moins de 500 000 ansDrosophila melanogaster and Drosophila simulans genomes have 10% to 15% of transposable elements. We present an analyses of the regulatory region of the LTR retrotransposon 412 within D. melanogaster and D. simulans populations. There is a variable amount of 412 element on the genomes of these populations. We discovered sub-families in some of these populations. We have then studied heterochromatic LTR retrotransposons in the sequenced genome of D. melanogaster. The datation of these copies was execute in order to find variations in the retrotranspotion activity along times. This study allowed us to confirme that heterochromatin was subject to the recent vawe of transposition that happened in the D. melanogaster genome this last 500 000 years agoLYON1-BU.Sciences (692662101) / SudocSudocFranceF

Module d’enseignement 3ème année de formation ingénieur en agronomie « Travail en agriculture : Enjeux et méthodes d’approche ».

National audienceEn dernière année de formation ingénieur cursus agronomie, AgroSup Dijon, l'Institut national supérieur des sciences agronomiques de l'alimentation et de l'environnement, propose un module optionnel d’une durée de 24 heures intitulé : Travail en agriculture : "Enjeux et méthodes d’approches" qui a regroupé douze étudiants en 2015 et vingt en 2016

Mobilisation des races, d'ici ou d'ailleurs, en vue de l'adaptation des activités d'élevage

Session V-SP5-2. Session spéciale : Génétique et santé animaleNational audienceDepuis toujours, les activités d’élevage se transforment de manière plus ou moins visible, à des rythmes plus ou moins soutenus, en lien avec l’environnement dans lequel elles s’inscrivent. Avec la montée en puissance d’enjeux exprimés en termes de développement durable ou plus récemment d’agro-écologie, et la mise en œuvre de politiques publiques spécifiques, on assiste à de multiples transformations, légères ou en profondeur, des systèmes d’élevage déjà en place. De même, les modalités d’installation ainsi que les conceptions du travail et de l’agriculture qui les sous-tendent évoluent. Parmi ces transformations, certaines concernent très directement les races animales mobilisées et les savoirs et savoir-faire qui leurs sont associés. Cette communication propose une interprétation de la mobilisation de races, d’ici ou d’ailleurs, dans le développement de systèmes alternatifs et plus généralement dans les processus d’adaptation des activités d’élevage. Nous y analysons deux cas différents de transformations au sein du bassin laitier du Grand Ouest de la France en nous appuyant sur un cadre conceptuel inspiré d’un courant de la philosophie pragmatiste. Un premier cas correspond à des éleveurs qui substituent à leurs vaches de race Holstein des vaches appartenant à des races extérieures à la région, la Montbéliarde ou la Simmental Française. Le second cas est celui d’éleveurs bretons qui font le choix de s’installer avec une race locale à petits effectifs, la Bretonne Pie Noir. Nous interprétons la mobilisation de races « d’ici ou d’ailleurs » comme la mobilisation de ce qui apparait à un moment donné comme une ressource à des éleveurs pour adapter leurs activités d’élevage à leur environnement local et que de par leurs activités ils contribuent à transformer, plus ou moins en profondeur, leur environnement local

Enseigner le travail des agriculteurs à des futurs ingénieurs agronomes

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Des races localement adaptées et adoptées, une condition de la durabilité des activités d’élevage

Dans une perspective de durabilité des activités d’élevage, le recours à la diversité des ressources génétiques animales disponibles est présenté comme un levier potentiel. Les races locales notamment sont mises en avant pour leur adaptation aux territoires et aux systèmes d’élevage de leur berceau d’origine. Cet article vise à comprendre comment la mobilisation de ressources animales, locales ou non, peut contribuer à une adaptation des systèmes de production et à leur durabilité. Deux études de cas ont été conduites sur l’élevage bovin laitier dans le Grand Ouest de la France, l’une concernant deux races récemment introduites dans la région, la Montbéliarde et la Simmental, l’autre concernant la Bretonne Pie Noir, race locale à petit effectif. Les résultats de ces études ont été mis en perspective à l’aide d’un cadre conceptuel inspiré de la théorie pragmatiste de l’enquête. Cela nous conduit à réinterroger la notion même de « race localement adaptée » et à lui associer celle de race « localement adoptée »