Identificación de polimorfismos de nucleótido simple y su asociación con el diámetro de fibra en alpacas Huacaya (Vicugna pacos)

Universidad Nacional Agraria La Molina. Escuela de Posgrado. Doctorado en Ciencia AnimalEl objetivo de la investigación fue la identificación de polimorfismos de nucleótido simple (PNSs) y su asociación con el diámetro de fibra en alpacas Huacaya. En una primera etapa se genotipificaron muestras de ADN de 40 alpacas Huacaya utilizando una micromatriz de 777,962 PNSs diseñada para bovinos (BovineHD Genotyping Beadchip, Illumina). El análisis de datos incluyó el uso de combinaciones de los parámetros umbral de no determinación (≥ 0.05, ≥ 0.15 y ≥ 0.25) y frecuencia de genotipificación (≥ 0.9 y = 1.0); también se consideraron la puntuación “GenCall” (GC) promedio (≥ 0.70) y la puntuación “GenTrain” (≥ 0.25). Los PNSs con frecuencia alélica menor (FAM) ≥ 0.05 o ≥ 0.01 fueron conservados. Todas las secuencias flanqueantes de PNSs positivos con alineaciones perfectas entre los genomas bovino y de alpaca para los primeros 21 o 26 nucleótidos que flanquean el nucleótido variante en ambos lados fueron seleccionados. Los PNSs localizados en un único andamio fueron considerados únicos. Los PNSs únicos identificados en ambos genomas de referencia se conservaron y mapearon en el genoma de Vicugna_pacos-2.0.2. El uso del umbral de no determinación ≥ 0.25, frecuencia de genotipificación = 1 y puntuación GC promedio ≥ 0.7 resultó en el menor número de PNSs identificados (6,756 PNSs), de los cuales 400 eran únicos y polimórficos (FAM ≥ 0.01). La asignación a los cromosomas de alpaca fue posible para 292 PNSs. Asimismo, 209 PNSs se localizaron en 202 loci de genes de alpaca. En una segunda etapa se colectaron muestras de ADN de 881 alpacas Huacaya hembras de color blanco procedentes de dos regiones geográficas andinas, considerando tres rebaños de alpacas dentro de cada región. Las muestras se genotipificaron utilizando una micromatriz de 76,508 PNSs, diseñada para alpacas (Affymetrix Custom Alpaca genotyping array). Se desarrollaron dos controles de calidad utilizando los programas Axiom Analysis Suite v.4.0.3.3 y PLINK v1.90p. Se realizaron cuatro métodos de estudio de asociación del genoma completo (GWAS, por sus siglas en inglés): (i) GWAS basado en un modelo lineal, (ii) Análisis de haplotipos y marcadores, (iii) GWAS con descomposición de autovectores (EigenGWAS) y (iv) Señales de selección basadas en homocigosidad de haplotipo extendido entre poblaciones (XP-EHH, por sus siglas en inglés). Después del primer control de calidad, se conservaron 861 muestras y 69,685 PNSs. Luego del segundo control de calidad, se retuvo un total de 61,814 PNSs, ubicados en 1,838 andamios. De14 acuerdo con cada método se identificaron: (i) 39 PNSs no significativos con p-value menor a 1 x 10-4, (ii) once haplotipos con una heredabilidad estandarizada superior a 6 desviaciones estándar, (iii) 50 PNSs con p-value corregido menor a 8.09 x 10-7, (iv) 217 PNSs con valores estandarizados de XP-EHH superiores a |3|. Se identificaron 337 PNSs distribuidos en 149 regiones, de las cuales 53 regiones se encuentran formadas por dos o más PNSs separados a una distancia máxima de 500 kbp. Las anotaciones Gene Ontology (GO) de estos genes incluyeron la morfogénesis del folículo piloso (BCL2, SOSTDC1, WNT10A), el desarrollo del folículo piloso (EDA, TNFRSF19, WNT10A) y el desarrollo de la piel (ABCB6, EDA, WNT10A). Cuatro regiones candidatas con PNSs adyacentes identificados por dos métodos se ubicaron en los cromosomas VPA2, VPA5, VPA18 y VPA26. PNSs significativos localizados en los cromosomas VPA5, VPA18 y VPA27 fueron localizados dentro o cercano a genes reportados en cabras para características de fibra, y podrían ser considerados como PNSs candidatos. Este es el primer estudio de asociación del genoma completo con el diámetro de fibra en alpacas Huacaya, utilizando una micromatriz de PNSs diseñada para alpacas.The aim of the research was the identification of single nucleotide polymorphisms (SNPs) and their association with fiber diameter in Huacaya alpacas. In a first stage, DNA samples from 40 Huacaya alpacas were genotyped using a 777,962 SNPs microarray designed for cattle (BovineHD Genotyping Beadchip, Illumina). The data analysis included the use of combinations of the threshold parameters of no-call threshold (≥0.05, ≥0.15, and ≥0.25) and call frequency (≥0.9 and =1.0); Average GenCall (GC) score (≥0.70) and GenTrain score (≥0.25) were also considered. SNPs with minor allele frequency (MAF) ≥ 0.05 or ≥ 0.01 were retained. All positive SNP flanking sequences showing perfect alignments between the bovine and alpaca genomes for the first 21 or 26 nucleotides flanking the variant nucleotide at either side were selected. Only SNPs localized in one scaffold were assumed unique. Unique SNPs identified in both reference genomes were kept and mapped on the Vicugna_pacos-2.0.2 genome. The use of the no-call threshold ≥ 0.25, call frequency = 1 and average GC score ≥ 0.7 resulted in the lowest number of SNPs identified (6,756 SNPs), of which 400 were unique and polymorphic (MAF ≥ 0.01). Assignment to alpaca chromosomes was possible for 292 SNPs. Likewise, 209 SNPs were localized in 202 alpaca gene loci. In a second stage, DNA samples were collected from 881 female Huacaya alpacas from two geographical Andean regions, considering three herds of alpacas within each region. The samples were genotyped using a microarray of 76,508 SNPs, designed for alpacas (Affymetrix Custom Alpaca genotyping array). Two quality controls were developed using Axiom Analysis Suite v.4.0.3.3 and PLINK v1.90p. Four genome wide association study (GWAS) methods were performed: (i) GWAS based on a linear model, (ii) Haplotype and marker analysis, (iii) GWAS with eigenvector decomposition (EigenGWAS) and (iv) Selection signatures based on Cross Population Extended Haplotype Homozygosity (XP-EHH). After the first quality control, 861 samples and 69,685 SNPs were selected. After the second quality control, a total of 61,814 SNPs, localized on 1,838 scaffolds, were retained. According to each method: (i) 39 not significant SNPs with p-value less than 1 x 10-4, (ii) eleven haplotypes with standardized haplotype heritability higher than 6 standard deviations, (iii) 50 SNPs with corrected p-value less than 8.09 x 10-7, (iv) 217 SNPs with standardized XP-EHH values greater than |3|, were identified. A set of 337 SNPs distributed16 in 149 regions were identified, of which 53 regions are formed by two or more SNPs separated at a maximum distance of 500 kbp. Gene Ontology (GO) annotations of these genes included hair follicle morphogenesis (BCL2, SOSTDC1, WNT10A), hair follicle development (EDA, TNFRSF19, WNT10A) and skin development (ABCB6, EDA, WNT10A). Four candidate regions with adjacent SNPs identified by two methods were located on chromosomes VPA2, VPA5, VPA18 and VPA26. Significant SNPs localized on chromosomes VPA5, VPA18 and VPA27 were localized within o close to genes reported in goats for fiber traits, and could be considered candidate SNPs. This study represents the first alpaca genome wide association study for fiber diameter in Huacaya alpacas, using a SNP microarray designed for alpacas

Impacto de los efectos climáticos sobre la producción de leche de ganado Holstein en Lima, Perú

The results of 443 763 periodic controls of daily milk production (DMP) carried out between January 2006 and December 2018 in five Holstein dairy farms in the Lima region were related to meteorological information (maximum and minimum temperature and relative humidity), under temperature-humidity indexes (THI) to represent the current state and the trends of the relationships between DMP and possible thermal stress (TS) identified by the level of THI. The DMP levels along the THI levels showed a response curve with a THI tolerance zone where there is little variation in DMP and threshold point at THI >68 from which DMP is reduced at a rate of -0.413 kg of milk per unit of increase in THI. Analyzed as a whole, this negative response represents an impact of -365 kg of milk per cow per year. It is concluded that all the trends are consistent in pointing out antagonism between TS and DMP, which is a warning call to authorities to take actions to mitigate this effect.Los resultados de 443 763 controles periódicos de la producción diaria de leche (PL) realizados entre enero de 2006 a diciembre de 2018 en cinco establos de vacas Holstein de la región de Lima fueron relacionados con información meteorológica (temperatura máxima y mínima y humedad relativa), bajo índices de temperatura y humedad (ITH) para representar el estado actual y las tendencias de las relaciones entre PL y posible estrés térmico (ST) identificado por el nivel de ITH. Los niveles de PL a lo largo de la trayectoria de ITH manifiestan una curva de respuesta con una zona de tolerancia ITH dentro de la cual existe poca variación en PL y un punto de inflexión a ITH >68 a partir del cual se reduce la PL a razón de -0.413 kg de leche por cada unidad de incremento en ITH. Esta respuesta negativa en conjunto representa un impacto de -365 kg anuales de leche por vaca. Se concluye que todas las tendencias son coherentes en señalar antagonismo entre ST y PL, lo cual es un llamado de alerta a las autoridades para tomar acciones que mitiguen ese efecto

Estimación del valor genético predicho en bovinos lecheros mestizos en un hato en la sierra alta de Chimborazo, Ecuador

The aim of this study was to estimate genetic parameters and predict genetic merit for milk production adjusted to 305 days (PL) in crossbred cattle as selection criteria. Records of productive data was used from 289 purebred and crossbred animals with 349 lactations between 2000 and 2019. To obtain the PL, the incomplete gamma equation proposed by Woods was applied. The statistical and animal models included the random effects: additive genetic, permanent and temporary environments, while the fixed effects were breed composition, lactation and year of initiation of lactation. To analyze the variance components for the calculation of heritability (h2) and repeatability (r) for PL, the VCE v. 6.0 program was used and the breeding values through the animal model using the MTDFRELM software. Eleven inbred animals were reported with a mean inbreeding coefficient of 0.107 ± 0.115. The mean PL was 2972.1 ± 51.1 kg. Differences were found in breed composition (p<0.05), number of lactations and year of initiation of lactation (p<0.01). The h2 was 0.26 ± 0.16 and r was 0.51 ± 0.15. The predicted genetic values for evaluated animals ranged between -241.5 and +266.5 kg of PL, highlighting the trihybrid breed composition between Holstein, Jersey, Monbéliarde and Red Swedish. Most of the breeding values are pronounced from the fourth lactation. It is concluded that the additive genetic effect is moderately heritable, which indicates the feasibility of increasing the PL, through the adequate selection of elite animals.El objetivo del estudio fue estimar parámetros genéticos y predecir el mérito genético para producción de leche ajustada a 305 días (PL) en bovinos mestizos como criterio de selección. Se utilizó información productiva de 289 animales entre puros y mestizos con 349 registros de lactancias entre los años 2000 y 2019. Para obtener la PL se aplicó la ecuación gamma incompleta propuesta por Woods. Los modelos estadístico y animal incluyeron los efectos aleatorios: genético aditivo, ambientes permanente y temporal, mientras que los efectos fijos fueron: composición racial, lactancia y año de inicio de lactancia. Para analizar los componentes de la varianza para el cálculo de la heredabilidad (h2) y repetibilidad (r) para PL se utilizó el programa VCE v. 6.0 y los valores de cría a través del modelo animal mediante el software MTDFRELM. Se reportaron 11 animales endogámicos con coeficiente de consanguinidad promedio de 0.107 ± 0.115. La PL media fue de 2972.1 ± 51.1 kg. Se hallaron diferencias en composición racial (p<0.05), número de lactancias y año de inicio de lactancia (p<0.01). La h2 fue de 0.26 ± 0.16 y r de 0.51 ± 0.15. Los valores géticos predichos para animales evaluados variaron entre -241.5 y +266.5 kg de PL, destacándose las composiciones raciales trihíbridas entre Holstein, Jersey, Monbéliarde y Sueco rojo. La mayoría de los valores de cría se pronuncian a partir de la cuarta lactancia. Se concluye que el efecto genético aditivo es moderadamente heredable, lo que indica la factibilidad de aumentar la PL, a través de la adecuada selección de animales élite

Evaluación de la suplementación de aminoácidos ramificados sobre el desempeño productivo y variables bioquímicas en lechones destetados

Weaning in mammals is an event of maximum stress that generates metabolic wear with mobilization of nutrients for the maintenance of body homeostasis. Piglets experience decreased feed intake and lower productive performance. The objective of the present study was to evaluate the effect of dietary supplementation of branched-chain amino acids (BCAA) in weaned piglets by measuring productive performance and biochemical blood tests. A total of 16 piglets distributed in four treatments were used: T1 = control 1 (without milk supplement), T2 = control 2 (milk supplement), T3 = milk supplement + BCAA (0.5% form milk supplement composition), T4 = milk supplement + BCAA (1%). The piglets of the four groups presented a similar productive performance in all the variables analyzed: daily weight gain, feed consumption and feed conversion. Regarding blood variables, no statistical difference was found either. BCAA supplementation through feed did not improve productive performance or biochemical variables in piglets weaned at 28 days after 7 days of administration.El destete en mamíferos es un evento de máximo estrés que genera un desgaste metabólico con movilización de nutrientes para el mantenimiento de la homeostasis corporal. Los lechones en el destete experimentan descenso del consumo de alimento y menor rendimiento productivo. El objetivo del presente estudio fue evaluar el efecto de la suplementación alimenticia de aminoácidos de cadena ramificada (AACR) en lechones destetados mediante la medición del rendimiento productivo y pruebas bioquímicas en sangre. Se utilizó un total de 16 lechones distribuidos en cuatro tratamientos: T1 = Testigo 1 (sin suplemento lácteo); T2 = Testigo 2 (suplemento lácteo - SL); T3 = SL + 0,5% AACR y T4 = SL + 1% AACR de la composición del suplemento lácteo. Los lechones de los cuatro grupos presentaron un rendimiento productivo similar en todas las variables analizadas: ganancia diaria de peso, consumo de alimento y conversión alimenticia. Respecto a las variables sanguíneas tampoco se encontró diferencia estadística. La suplementación de AACR a través del alimento no mejoró el rendimiento productivo ni las variables bioquímicas en lechones destetados a los 28 días tras 7 días de administración

Caracterización faneróptica y morfométrica del vacuno criollo en Ayacucho, Puno y Cajamarca

El objetivo de la presente investigación fue evaluar las características fanerópticas y morfométricas del ganado vacuno criollo peruano en Ayacucho, Puno y Cajamarca; abarcando características del pelaje, medidas e índices biométricos. Los datos fueron tomados de 421 animales (194 machos y 227 hembras), con cuatro o más dientes permanentes. Las características fanerópticas (patrón de coloración, denominación de pelaje y color primario), se evaluaron mediante observación y registro fotográfico. Las características biométricas se evaluaron en dos regiones (Ayacucho y Puno). Las características fanerópticas fueron analizadas mediante tabulaciones de frecuencias y comparación de proporciones. El análisis de las medidas biométricas comprendió el cálculo de estadísticos de tendencia central y de dispersión; la comparación entre regiones mediante un Diseño Completamente al Azar; la evaluación del efecto del sexo y la edad mediante un arreglo factorial (2x3); y la evaluación de las asociaciones aplicando la correlación de Pearson. Los resultados indican una mayor incidencia de pelaje negro y patrón simple (92,5 y 83,6; 62,8 y 42; 47,1 y 38,8 por ciento en Puno, Cajamarca y Ayacucho, respectivamente). Los criollos puneños presentaron un mayor desarrollo corporal que los ayacuchanos (124,89 ± 0,59 cm vs. 113,53 ± 1,15 cm de altura a la cruz; 169,55 ± 1,44 cm vs. 157,09 ± 1,03 cm de perímetro torácico; 146,20 ± 2,46 cm vs. 127,56 ± 1,51 cm de longitud corporal, respectivamente). Los índices biométricos del criollo ayacuchano no corresponden a una orientación lechera o cárnica (índices dáctilo torácico de 10,42 ± 0,08 y corporal lateral de 89,13 ± 1,02); mientras que la fineza del esqueleto de los criollos puneños muestra una orientación lechera (índice dáctilo torácico de 9,89 ± 0,08). Los vacunos criollos muestran diferencias en sus características fanerópticas y morfométricas según la región evaluada, lo cual debería ser considerado en programas de mejoramiento genético.The aim of this research was to evaluate the phaneroptic and morphometric traits of the peruvian creole cattle in Ayacucho, Puno and Cajamarca; including coat traits, biometric measures and indexes. The data was collected from 421 cattles (194 males and 227 females) with four or more permanent teeth. The phaneroptic traits (color pattern, coat denomination and primary color) were evaluated by observation and photographic record. The biometric traits were evaluated in two regions (Ayacucho y Puno). The phaneroptic traits were analyzed by frequency tabulations and comparison of proportions. The analysis of the biometric measures included the estimation of central tendency and dispersion, a completely ramdomized design was used to compare the differences between regions, a factorial arrangement (2x3) was used to evaluate the effect of the sex and the age, and pearson correlation was used to evaluate the associations amount the traits. The results indicate higher incidence of black coat and simple pattern (92,5 and 83,6; 62,8 and 42; 47,1 and 38,8 percentage in Puno, Cajamarca, Ayacucho, respectively). The creoles in Puno had more body development than the creoles in Ayacucho (124,89 ± 0,59 cm vs. 113,53 ± 1,15 cm of height at withers; 169,55 ± 1,44 cm vs. 157,09 ± 1,03 cm of toracic perimeter; 146,20 ± 2,46 cm vs. 127,56 ± 1,51 cm of body length, respectively). The biometric indexes of creole of Ayacucho do not correspond to a dairy or beef orientation (dactylo-thoracic index of 10,42 ± 0,08 and body side index of 89,13 ± 1,02); while the fineness of the skeleton of the creole of Puno show a milk orientation (dactyle-thoracic index of 9,89 ± 0,08). The creole bovines show differences in their phaneroptic and morphometric traits according to the region; which they should be considered in breeding programs.TesisUniversidad Nacional Agraria La Molina. Escuela de Posgrado. Maestría en Producción Anima

Calidad microbiológica de la leche de cabra del caserío San José, Comunidad Campesina José Ignacio Távara Pasapera (2013)

El presente trabajo tuvo como objetivo determinar la calidad microbiológica de la leche de cabra producida en los predios del Caserío San José de la Comunidad Campesina José Ignacio Távara Pasapera, considerando los criterios microbiológicos de la leche cruda según la Norma Técnica Sanitaria N°071-MINSA/DIGESA-2008, analizándose 5 muestras semanales de 5 predios determinando el recuento de microorganismos aerobios mesófilos a través del método de recuento en placa y el recuento de microorganismos coliformes totales a través del método del número más probable. Dentro de la zona de estudio, el promedio del recuento de aerobios mesófilos fue 4,9 x 10 4 UFC/ml y el promedio del recuento de coliformes totales fue 126 NMP/ml, siendo estos niveles aceptables para las categorías. Se determinó que todos los predios presentan niveles aceptables de aerobios mesófilos (55x10 5 UFC/ml), y un predio no presenta niveles aceptables de coliformes totales. Se concluye que la leche procedente de 4 predios analizados es de buena calidad microbiológica, y la leche procedente de un predio analizado es de mala calidad microbiológica al presentar niveles inaceptables de coliformes totales