Discrete Mutations in Colorectal Cancer Correlate with Defined Microbial Communities in the Tumor Microenvironment

Variation in the gut microbiome has been linked to colorectal cancer (CRC), as well as to host genetics. However, we do not know whether genetic mutations in CRC tumors interact with the structure and composition of the microbial communities surrounding the tumors, and if so, whether changes in the microbiome can be used as a predictor for tumor mutational status. Here, we characterized the association between CRC tumor mutational landscape and its proximal microbial communities by performing whole exome sequencing and microbiome profiling in tumors and normal colorectal tissue samples from the same patient. We find a significant association between loss of function mutations in relevant tumor genes and pathways and shifts in the abundances of specific sets of bacterial taxa. In addition, by constructing a risk index classifier from these sets of microbes, we accurately predict the existence of loss of function mutations in cancer related genes and pathways, including MAPK and Wnt signaling, solely based on the composition of the microbiota. These results can serve as a starting point for understanding the interactions between host genetic alterations and proximal microbial communities in CRC, as well as for the development of individualized microbiota targeted therapies

Pre-hospital management protocols and perceived difficulty in diagnosing acute heart failure

Aim To illustrate the pre-hospital management arsenals and protocols in different EMS units, and to estimate the perceived difficulty of diagnosing suspected acute heart failure (AHF) compared with other common pre-hospital conditions. Methods and results A multinational survey included 104 emergency medical service (EMS) regions from 18 countries. Diagnostic and therapeutic arsenals related to AHF management were reported for each type of EMS unit. The prevalence and contents of management protocols for common medical conditions treated pre-hospitally was collected. The perceived difficulty of diagnosing AHF and other medical conditions by emergency medical dispatchers and EMS personnel was interrogated. Ultrasound devices and point-of-care testing were available in advanced life support and helicopter EMS units in fewer than 25% of EMS regions. AHF protocols were present in 80.8% of regions. Protocols for ST-elevation myocardial infarction, chest pain, and dyspnoea were present in 95.2, 80.8, and 76.0% of EMS regions, respectively. Protocolized diagnostic actions for AHF management included 12-lead electrocardiogram (92.1% of regions), ultrasound examination (16.0%), and point-of-care testings for troponin and BNP (6.0 and 3.5%). Therapeutic actions included supplementary oxygen (93.2%), non-invasive ventilation (80.7%), intravenous furosemide, opiates, nitroglycerine (69.0, 68.6, and 57.0%), and intubation 71.5%. Diagnosing suspected AHF was considered easy to moderate by EMS personnel and moderate to difficult by emergency medical dispatchers (without significant differences between de novo and decompensated heart failure). In both settings, diagnosis of suspected AHF was considered easier than pulmonary embolism and more difficult than ST-elevation myocardial infarction, asthma, and stroke. Conclusions The prevalence of AHF protocols is rather high but the contents seem to vary. Difficulty of diagnosing suspected AHF seems to be moderate compared with other pre-hospital conditions

American Gut: an Open Platform for Citizen Science Microbiome Research

McDonald D, Hyde E, Debelius JW, et al. American Gut: an Open Platform for Citizen Science Microbiome Research. mSystems. 2018;3(3):e00031-18

Peut-on réduire l'usage des Céphalosporines de troisième génération et des Fluoroquinolones dans les pneumopathies aux urgences ?

Introduction : Les recommandations de l'AFSSAPS 2010 laissent le choix au prescripteur d'instaurer un traitement soit par Amoxicilline-Acide clavulanique, soit par Céphalosporines de troisième génération (C3G) (Céfotaxime ou Ceftriaxone), ou soit par Fluoroquinolone (FQ) anti-pneumococcique (Lévofloxacine) chez les patients âgés ou présentant des comorbidités hospitalisés pour pneumopathie aigüe communautaire (PAC), sans signes de gravité. Or les C3G et FQ sont deux classes d'antibiotiques particulièrement incriminées dans l'émergence et la dissémination de résistances bactériennes, sources d'échecs thérapeutiques. Nous proposons de limiter leur usage aux patients présentant une allergie ou une intolérance aux pénicillines, ou en situation d'échec d'une antibiothérapie ambulatoire par Amoxicilline ou Amoxicilline-Acide Clavulanique, ou traités dans les 3 mois précédents par Amoxicilline ou Amoxicilline-Acide Clavulanique, ou encore, pour les FQ, aux cas de forte suspicion de légionellose. L'objectif de ce travail est d'évaluer parmi les prescriptions de C3G et de FQ initiées aux urgences dans le traitement des PAC celles qui seraient évitables. Matériels et méthodes : Il s'agit d'une étude observationnelle, rétrospective, réalisée aux urgences adultes non traumatologique du CHU de Nantes, de janvier 2002 à décembre 2012. Résultats : 1100 dossiers ont été tirés au sort et analysés, dont 732 inclus. Les C3G et les FQ représentaient respectivement les deuxième et troisième classes d'antibiotiques les plus prescrites. Les prescriptions de C3G ont augmenté de 13,89 % en 2002 à 29,51 % en 2012 (p = 0,02), alors qu'elles ont diminué de 15,28 % à 1,64 % pour les FQ (p = 0,001). Parmi les 147 prescriptions de C3G, 4 (2,72 % [0,83 % - 7,02 %]) n'étaient pas conformes aux recommandations de l'AFSSAPS, et selon nos critères, 114 (79,72 % [72,35 % - 85,54 %]) n'étaient pas justifiées. Ainsi, 80,27 % [73,06 % - 85,94 %] des prescriptions de C3G étaient évitables. Parmi les 114 prescriptions de FQ, 83 (72,81 % [63,96 % - 80,16 %]) n'étaient pas conformes aux recommandations de l'AFSSAPS, et selon nos critères, 21 prescriptions (67,74 % [50,03 % - 81,54 %]) n'étaient pas justifiées. Ainsi, 91,23 % [84,44 % - 95,33 %] des prescriptions de FQ étaient évitables. Conclusion : Dans un contexte où l'arrivée de nouvelles molécules d'antibiotiques sur le marché est rare et l'émergence de souches bactériennes résistantes conséquente, il est nécessaire d'économiser les C3G et les FQ afin d'éviter les impasses thérapeutiques.NANTES-BU Médecine pharmacie (441092101) / SudocSudocFranceF

Prise en charge et devenir à 30 et à 90 jours des AIT admis aux urgences du CHU de Nantes

Objectif: Évaluer la prise en charge de l'accident ischémique transitoire (AIT) au service d'accueil des urgences (SAU) du CHU de Nantes en étudiant la survenue d'un événement cardio-vasculaire à J30 et à J90 jours de l'admission aux urgences. Méthode: Étude rétrospective sur 60 patients adressés à la filière AIT du 01/01/2009 au 31/12/2009 et au diagnostic d'AIT confirmé par le neurologue. Les médecins généralistes de tous ces patients ont été contactés afin de dépister la survenue d'un événement cardio-vasculaire. Résultats: Parmi les 60 patients inclus dans l'étude, 1 seul (1,6%) a présenté un événement cardio-vasculaire, à savoir un AVC survenu à moins de 48h du début des symptômes. Son score pronostic ABCD était de 2. Le délai moyen de réalisation du bilan au SAU était de 5,9 heures. Le délai moyen de prise en charge par la filière AIT était de 23,1 jours. La concordance diagnostique entre urgentistes et neurologues était de 67,4%. Conclusion : Les patients pris en charge par la filière AIT, c'est à dire tous les patients sortant sans symptomatologie neurologique des urgences, sont à faible risque de survenue d'AVC et d'autres évènements cardio-vasculaires, à J30 et J90 de leur admission aux urgences. L'utilisation seule du score ABCD ne semble pas apporter de bénéfice en termes de morbi-mortalité alors qu'elle augmente le nombre d'hospitalisation. Les délais de prise en charge au SAU peuvent être améliorés par la possibilité d'un avis neurologique précoce.NANTES-BU Médecine pharmacie (441092101) / SudocSudocFranceF

Devenir des patients admis aux urgences pour une douleur thoracique et directement renvoyés à domicile (étude prospective à 60 jours)

Objectif : Evaluer la prise en charge de la douleur thoracique au service d'accueil des urgences du CHU de Nantes en étudiant la survenue d'un évènement cardio-vasculaire (ECV) 2 mois après la sortie des urgences et définir les facteurs prédictifs de survenue d un ECV. Méthode : Etude prospective sur 189 patients de plus de 25 ans se présentant aux urgences pour une douleur thoracique non traumatique du 19/10/2007 au 24/02/2008. Les patients renvoyés des urgences étaient contactés 60 jours plus tard afin de dépister la survenue d un événement cardio-vasculaire. Résultats : Parmi les 189 patients enrôlés dans l étude, 8 (soit 4,2%) ont présenté un ECV, à savoir 7 SCA et une embolie pulmonaire dans un délai moyen de 17,2 jours. Des facteurs prédictifs de survenue d un ECV ont été mis en évidence: avoir au moins 3 FDRCV (p=0,0005), avoir un antécédent d IDM (p=0,018) ou d angor (p=0,029), avoir une hypercholestérolémie (p=0,08) et surtout le plan clinique présenter une douleur rétrosternale (p=0,02) irradiant aux mâchoires (p=0,03). Conclusion : Les patients se présentant aux urgences pour une douleur thoracique et directement renvoyés à domicile sont à faible risque de développer un SCA mais méconnaître ce diagnostic altère de façon conséquente la survie des patients renvoyés à tort. La mise en place d'un protocole est une perspective pour optimiser la prise en charge de la douleur thoracique aux urgences.NANTES-BU Médecine pharmacie (441092101) / SudocPARIS-BIUM (751062103) / SudocSudocFranceF