Public awareness of and attitudes towards research biobanks in Latvia

Background: Public awareness and engagement are among the main prerequisites for protecting the rights of research participants and for successful and sustainable functioning of research biobanks. The aim of our study was to analyse public awareness and attitudes towards research biobanks in Latvia, and to compare these data with the results of the 2010 Eurobarometer study. We also analysed the influence of awareness and attitudes towards biobanks on willingness to participate in biobank studies and on preferred type of informed consent. Methods: We developed a 12-question survey repeating seven questions about biobanks from the 2010 Eurobarometer questionnaire and adding five others. After describing the study variables, we performed a two-stage analysis of the results. In the first stage we analysed differences between the answers from 2010 and 2019 and conducted univariate analyses of relationships among particular variables, and between those variables and the socio-demographic characteristics of participants. In the second stage we investigated multivariable associations of willingness to participate and type of consent with awareness, trust and the socio-economic characteristics of participants. Results: According to our study, the general public in Latvia is still not well informed about research biobanks. Fewer respondents have heard about research biobanks than in 2010. At the same time, the number of respondents who are willing to donate biological samples and personal data to a biobank has increased, e.g. the number of respondents who would definitely or probably be willing to provide information about themselves has increased from 25.8.% to 40.7 since 2010. Overall, concerns about the donation of different types of biological samples and data to a biobank have slightly decreased. Conclusions: Public awareness about biobanks is important for their sustainability. It needs to be increased not only by traditional methods of informing the public, but also by more innovative and participatory approaches, e.g. by citizen science projects. There is a need to strengthen the public visibility and trustworthiness of ethics committees in Latvia in the field of biobanking

Опыт применения ниволумаба у российских пациентов с метастатическим почечно‑клеточным раком в рамках программы расширенного доступа. Подгрупповой анализ корреляции экспрессионных маркеров и эффективности терапии ниволумабом

Abstract: Nivolumab was registered in Russia in December 2016 as a monotherapy for advanced renal cell carcinoma (RCC) and it remains a second‑line treatment choice for patients with disease progression after the use of tyrosine kinase inhibitors. Even though immunotherapy has already proven to be an effective approach for the treatment of RCC, predictive biomarkers for the rational selection of patients remain unidentified.Seventy‑five patients with metastatic renal cell carcinoma (mRCC) who received nivolumab in the 2nd and subsequent lines of therapy from 2015 to 2020 under the expanded access program were enrolled in this study. The objective response rate was 21,3 %. Median progression‑free survival (PFS) was 5,5 months. Median overall survival (OS) was not reached.To analyze molecular biomarkers correlated with the response to immunotherapeutic treatment, we performed whole‑transcriptome RNA sequencing of 16 samples (FFPE) in 15 patients with the assessment of the expression level for individual genes (PDCD1, CD274, CD8A, CD8B, CD4) and gene signatures (Angio, Teff, Myeloid Inflammation).Disease control rates were not different for the subgroups of patients with high and low expression of any of the signatures examined, and further principal component analysis did not reveal clustering of patients with and without objective response.Further studies on a larger sample of patients will help confirm or deny the predictive role of biomarkers selected for analysis in a heterogeneous population of RCC patients.Аннотация: В России ниволумаб был зарегистрирован в декабре 2016 года в качестве монотерапии распространенного почечно-клеточного рака (ПКР) и до сих пор остается препаратом выбора при проведении терапии второй линии у пациентов с прогрессированием процесса после использования тирозинкиназных ингибиторов. Несмотря на то, что иммунотерапия уже зарекомендовала себя в качестве эффективного подхода для лечения ПКР, предиктивные биомаркеры для рационального отбора пациентов по-прежнему не идентифицированы.В данное исследование было включено 75 пациентов с метастатическим почечно-клеточным раком (мПКР), получивших ниволумаб во 2-й и последующих линиях терапии с 2015 по 2020 года в рамках программы расширенного доступа к препарату. Частота объективного ответа составила 21,3%. Медиана выживаемости без прогрессирования (ВБП) составила 5,5 мес. Медиана общей выживаемости (ОВ) не достигнута.С целью анализа молекулярных биомаркеров, коррелирующих с ответом на иммунотерапевтическое лечение, мы провели полнотранскриптомное РНК-секвенирование 16 образцов (FFPE) у 15 пациентов с оценкой уровня экспрессии отдельных генов (PDCD1, CD274, CD8A, CD8B, CD4) и генных сигнатур (Angio, Teff, Myeloid Inflammation). Частота контроля заболевания не отличалась в подгруппах пациентов с высоким и низким значением экспрессии какой-либо из исследованных сигнатур, а дальнейший анализ методом главных компонент не позволил выявить кластеризацию пациентов с наличием и отсутствием объективного ответа.Дальнейшие исследования на большей выборке пациентов помогут подтвердить или опровергнуть предиктивную роль выбранных для анализа биомаркеров в гетерогенной популяции больных ПКР

Персонализированная терапия при солидных опухолях: результаты ретроспективного многоцентрового исследования клинической применимости теста FoundationOne® Medicine

Background. The use of targeted sequencing panels makes it possible to optimize and personalize the treatment strategy for cancer patients. Given the lack of a clear «portrait of the patient», the role of large panels (200 or more genes) in the treatment of a patient has not yet been determined.Aim. Assessment of the relationship between the results of targeted sequencing of tumor tissue or ctDNA and the treatment carried out after obtaining these data in patients with various solid tumors.Materials and methods. We retrospectively evaluated the NGS results and the treatments, provided to the 184 patients after NGS testing between 06.2016 and 06.2021. For analysis, one of two methods is used: a histological sample or the patient’s blood plasma. Evaluation of the results and determination of treatment tactics were carried out within the framework of a multidisciplinary commission. The frequency of detection of molecular disorders, the number of mutations in each sample, and the frequency of detection of targets for targeted therapy were assessed.Results. Molecular disorders were detected in 88.5 % (n = 163). The average number of mutations in one sample was 6. The maximum was detected in colorectal cancer patients; their average value was 8. The minimum was determined in non-small cell lung cancer and ovarian cancer patients, the average number of mutations was 3 in each localization. The average time from the moment the material was received by the laboratory to the generation of the report was 11 days. Targeted targets were identified in 25 (13.6 %) patients and therapy was started. Therapy with tyrosine kinase inhibitors of the first – third generations were performed in 12 (48 %) patients, PARP inhibitors – in 3 (24 %), BRAF and MEK inhibitors – in 2 (8 %), anti-HER2 therapy – in 1 (4 %). Targeted therapy within international clinical trials was initiated in 4 (16 %) patients. Immunotherapy was recommended in 3 (12 %) patients. In multivariate analysis, the chance of prescribing therapy based on the results of FM1 analysis was influenced by: mRAS (odds ratio 0.08; 95 % confidence interval 0.01–0.65; p = 0.018) and mEGFR (odds ratio 4.8; 95 % confidence interval 1.4–16.3; p = 0.012).Conclusion. The effectiveness of the FM1 test in real clinical practice in the Russian Federation corresponds to international data. In the presence of a mutation in the RAS genes, an additional FM1 test determines a low chance of detecting clinically significant disorders for which personalized treatment can be prescribed. The high frequency of prescription of therapy based on the results of blood plasma tests is due to the cohort of patients with non-small cell lung cancer and the detection of a mutation in the EGFR gene.Введение. Применение панелей таргетного секвенирования дает возможность оптимизировать и персонализировать стратегию лечения онкологических пациентов. Учитывая отсутствие четкого «портрета пациента», на сегодняшний день не определена роль больших панелей (200 и более генов).Цель исследования – оценка связи результатов таргетного секвенирования ткани опухоли или циркулирующей опухолевой ДНК и проведенного после получения этих данных лечения у больных с различными солидными опухолями.Материалы и методы. На базе 6 российских центров за период с июня 2016 г. по июнь 2021 г. было выполнено таргетное секвенирование FoundationOne® Medicine 184 пациентам с солидными опухолями. Для проведения анализа использовали 1 из 2 методов: гистологический образец или плазма крови пациента. Оценка результатов и определение тактики лечения проводились в рамках мультидисциплинарной комиссии. Оценивали частоту выявления молекулярных нарушений, число мутаций в каждом образце, частоту выявления мишеней для таргетной терапии.Результаты. Молекулярные нарушения выявлены у 88,5 % (n = 163). Среднее число мутаций в 1 образце – 6. Максимальное число выявлено при колоректальном раке, их среднее значение составило 8. Минимальное же число определялось при немелкоклеточном раке легкого и раке яичников, среднее число мутаций составило по 3 в каждой локализации. Среднее время с момента поступления материала в лабораторию до формирования отчета составило 11 дней. У 25 (13,6 %) пациентов выявлены таргетные мишени и начато лечение. Терапия ингибиторами тирозинкиназы I–III поколений проведена 12 (48 %) пациентам, PARP-ингибиторами – 3 (24 %), BRAF- и MEK-ингибиторами – 2 (8 %), анти-HER2 терапия – 1 (4 %). Таргетная терапия в рамках международных клинических исследований начата у 4 (16 %) пациентов. Иммунотерапия рекомендована 3 (12 %) пациентам. При многофакторном анализе на шанс назначения терапии по результатам анализа FM1 влияли mRAS (отношение шансов 0,08; 95 % доверительный интервал 0,01–0,65; р = 0,018) и mEGFR (отношение шансов 4,8; 95 % доверительный интервал 1,4–16,3; р = 0,012).Выводы. Эффективность применения теста FM1 в реальной клинической практике в РФ соответствует международным данным. При наличии мутации в генах RAS дополнительное проведение теста FM1 определяет низкий шанс выявления клинически значимых нарушений, к которым можно будет назначить персонализированное лечение. Высокая частота назначения терапии по результатам анализа плазмы крови обусловлена когортой пациентов с немелкоклеточным раком легкого и выявлением мутации в гене EGFR