Taxonomy and phylogeny of white-rot polypores: case studies in Hymenochaetales and Polyporales (Basidiomycota)

Tutkimus käsittelee kääpien sukulaisuussuhteita. Käävät ovat kantasienten (Basidiomycota) muotoryhmä, joiden itiöemien alapinta muodostuu yhteensulautuneista pilleistä. Muotoryhmänä kääpiä voi verrata vaikka puihin siinä mielessä, että käävät kuten puutkaan eivät ole samankaltaisuudestaan huolimatta kaikki sukua toisilleen. DNA:n käyttö sukulaisuussuhteiden selvittämisessä on aloittanut mullistuksen kääpien luokittelussa. Aiemmin käytetty, itiöemien ominaisuuksiin perustunut luokittelu on osoittautunut keinotekoiseksi sukulaisuussuhteiden kannalta. Tutkimuksessani syvennyttiin useamman kääpäsuvun polveutumishistoriaan hyödyntäen DNA:ta ja perinteisiä menetelmiä. Tutkimuksen keskeisimmät tulokset liittyvät sitkokääpien sukuun (Antrodiella). Tämä noin 70 lajia sisältävä suku osoittautui rikkonaiseksi - sitkokääpiin luetut lajit kuuluvat kahteen sienilahkoon ja oikesti vähintään 13 sukuun. Tutkimuksessa löytyi kaksi Suomelle uutta sitkokääpää, leppikääpä (A. ichnusana) ja nipukkakääpä (A. leucoxantha). Uudet suvut kuvattiin Suomessa esiintyville sirppikääville (Sidera) ja talikääville (Obba). Uusi kääpäsuku ja -laji kuvattiin myös Indonesiasta (Sebipora aquosa). Valtaosa sitkokääpiin luetuista lajeista kuuluu orakarakoiden heimoon (Steccherinaceae), joka rajattiin tässä tutkimuksessa uudelleen. Heimoon kuuluvat mm. karakäävät (Junghuhnia) ja orakasmaiset orakarakat (Steccherinum). Sen sisällä selvitettiin kääpien ja orakkaiden sukulaisuussuhteita. Perinteisesti käävät ja orakkaat on viety eri sukuihin riippumatta niiden mikroskooppisesta samankaltaisuudesta. Tulosten valossa orakarakoiden heimossa käävät ja orakkaat pysyvät pääosin erillisissä suvuissa, mutta tästä on myös poikkeuksia (Antrodiella, Metuloidea ja Steccherinum). Lähes kaikki DNA:n perusteella määriteltävissä olevat suvut ovat tunnistettavissa itiöemien ominaisuuksiensa perusteella. Tulokset antavat eväitä kääpien luokitteluun laajemminkin osoittamalla, mitkä ominaisuudet ovat luokittelun kannalta merkityksellisiä. Tarkentunut tieto lajimäärästä ja lajien sukulaisuussuhteista hyödyttää ekologista tutkimusta sekä arvioita lajien uhanalaisuudesta. Tutkimuksen aikana luotua DNA-kirjastoa käytetään lajien tunnistamiseen. Tuloksia voidaan hyödyntää myös etsittäessä bioteknologisia sovelluksia käävistä, sillä sovellusten kannalta kiinnostavat ominaisuudet seuraavat usein sienten sukupuuta.This thesis deals with genealogy of polypores. Polypores are a form group of basidiomycete fungi (Basidiomycota). Their underside is formed of fused tubes. As a form group polypores can be compared to trees in that neither all polypores nor all trees are related despite their similar appearance. The use of DNA is revolutionising our understanding of how polypores are related. The classification formerly in use was based on fruiting body characters, and has turned out to be highly unnatural from the perspective of genealogy. In the thesis work I studied evolutionary history of several polypore genera using DNA and traditional methods. Main results of the study are related to the polypore genus Antrodiella, which includes about 70 species. Antrodiella turned out to be a heterogeneous assemblage of species. Species currently included in the genus belong to two orders and to a minimum of 13 genera. Two Antrodiella species new to Finland were found during the study (A. ichnusana and A. leucoxantha). Three new polypore genera were also described (Obba, Sidera and Sebipora). Majority of Antrodiella belong to the family Steccherinaceae, which was redefined in this study. In addition to polypore genera, Steccherinaceae includes genera with fruiting bodies that have a spinose (hydnoid) underside. Typically poroid and hydnoid fungi are classified in separate genera regardless of their microscopic similarity. This study focused on the evolutionary relationship between hydnoid and poroid species within Steccherinaceae. The results show that poroid and hydnoid fungi mostly seem to belong to separate genera, but there are also exceptions (Antrodiella, Metuloidea and Steccherinum). Almost all genera that were defined with the aid of DNA could be characterised with fruiting body and microscopic characters. The results have wider implications in polypore classification by showing which characters are significant in classifying polypores. Increased information about species diversity and genealogy produced in this study benefits ecological research and assessments about endangered species. The DNA-library created during the study is in use for identification of polypores. The results can also be utilised in the search for biotechnological applications from polypores, since characters that are interesting from the biotechnological perspective often follow polypore genealogies

Lyomyces denudatus, a new species with a disjunct distribution

We describe a new corticioid species Lyomyces denudatus based on morphological and molecular data (nuc rDNA ITS). It occurs both in the extreme south of South America and New Zealand. Our phylogenetic analyses place it near L. densiusculus from Africa and L. fimbriatus from East Asia. In addition, we comment on the status of L. leptocystidiatus and L. fumosus.Peer reviewe

Syzygospora lapponica sp. nova (Syzygosporaceae, Heterobasidiomycetes) from Finland

A new Syzygospora species from Finland, S. lapponica is described and illustrated. The hitherto collections derive from Finnish Lapland and the species is apparently a mycoparasite of the rare old-growth forest dwelling polypore Antrodia infirma. The new species deviates from other species in the genus in having cylindrical, slightly bent spores and having a polypore as the host

Obba and Sebipora, new polypore genera related to Cinereomyces and Gelatoporia (Polyporales, Basidiomycota)

Cinereomyces clade is a newly proposed monophyletic group of polypores containing currently four genera and five species, including two promising biopulping fungi,Ceriporiopsis rivulosa and C. subvermispora. The Cinereomyces clade is well-delimited in nrDNA-based phylogenetic analysis, but its position in Polyporales remainsunclear. Its closest relative may be found in the core polyporoid clade. Only a few morphological characters are common for all the species in the clade, e.g. CB– and CRB+hyphae, white fruiting bodies, presence of oil, and middlesized spores. Culturally, the species are unified by producing simple-septate generative hyhpae in the margin, which produce simple-clamped hyphae backwards. The genus Gelatoporia is the correct place for Ceriporiopsis subvermispora. Two new genera are described in the group: Obba to incorporate C. rivulosa and a new austral species, Obba valdiviana, known from southern Argentina and recorded here also from Tasmania, and Sebipora to accommodate a new species from tropical Asia, S. aquosa. ITS sequences imply that Eurasian Gelatoporia subvermispora may belong to a different species from the North American one. G. subvermispora is recorded as new to Indonesia.Fil: Miettinen, Otto. University of Helsinki; FinlandiaFil: Rajchenberg, Mario. Centro de Investigación y Extensión Forestal Andino Patagónico; Argentina. Centro de Investigación y Extensión Forestal Andino Patagónico; Argentin

Notes on Heterobasidiomycetes from St. Helena

In total, 7 species of heterobasidiomycetes are reported for the first time from St. Helena. A new genus Dendrogloeon (Auricularilaes) is introduced for the new species D. helenae based on both DNA and morphological data. Saccoblastia media, sp. nova, is the sole representative of the Pucciniomycotina, so far found in the study area.Non peer reviewe

Diplomitoporus dilutabilis belongs to Cinereomyces (Polyporales, Basidiomycota)

Peer reviewe

Käyttäjäkeskeistä tutkimusta kaikille; Työkirjat globaalia yrityksenlaajuista käyttäjätutkimusta varten

In order to apply user experience based strategy on employee level, KONE arranged a global single day event where employees were sent to customer buildings to do user centred research. The purpose was to increase the employees' understanding and gather data of user experience in KONE customer buildings, consisting of the use of elevators, escalators and automatic doors as well as the overall use experience in the building not directly related to current KONE products. Workbooks were made to support the participants in doing the study. The workbooks were built on the theoretical foundation of definitions of user experience components, the methods to research them and the possibilities to represent those methods as tasks. The workbooks included tasks labelled DO, ASK and OBSERVE according to the user centred study methods applied in the different task types. The application of the study methods was limited by the scale of the event, as the tasks needed to be doable in various contexts. The employees reported the results in a web survey, which added a layer between the data and the observations. The OBSERVE-task type was the most liked amongst the employees, and they also considered it to yield the best results. The ASK-tasks were the least liked, because the employees found interviewing people challenging. The quality of the data from DO-tasks divided opinions between employees with an R&D background and others. The richness of the collected data was not comparable to studies performed by UX professionals, as the data included a lot of single-worded answers and answers that did not explain the findings thoroughly enough. However the event got positive feedback from the participants and the project managers, who both considered that the event substantially raised the employees' understanding of user experience. Thus most of the insight gathered was stored in the employees' knowledge. Because of the short duration and perceived effect of the event, the approach could be used as an effective way to apply a user experience based strategy in employee level by increasing the understanding of the concept inside the company.Jalkauttaakseen käyttäjäkokemukseen perustuvaa strategiaa, KONE järjesti maailmanlaajuisen tapahtuman, jonka aikana työntekijöitä lähetettiin asiakkaiden rakennuksiin tekemään käyttäjäkeskeistä tutkimusta. Tarkoitus oli kasvattaa työntekijöiden ymmärrystä ja kerätä dataa hissien, liukuportaiden, automaattiovien ja koko rakennukseen käyttöön liittyvästä käyttäjäkokemuksesta KONE:n asiakkaiden rakennuksissa. Osallistujien tukemiseksi tehtiin työkirjat avustamaan tutkimuksen tekemisessä. Työkirjat perustuivat teoreettiselle pohjalle, joka koostui käyttäjäkokemuksen komponenttien määrittelyistä, niiden tutkimiseen soveltuvista metodeista ja mahdollisuuksista soveltaa metodeja tehtävämuodossa. Työkirjat sisälsivät tehtäviä jaoteltuna DO-, ASK- ja OBSERVE- tyyppeihin riippuen niissä sovelletuista käyttäjäkeskeisen tuotekehityksen menetelmistä. Menetelmien soveltamista rajoitti tapahtuman koko, sillä tehtävien piti olla tehtävissä eri konteksteissa. Työntekijät raportoivat tulokset web-kyselyssä, joka lisäsi kerroksen tulosdatan ja havaintojen väliin. OBSERVE-tehtävätyyppi oli pidetyin osallistujien keskuudessa ja sen katsottiin myös tuottaneen parhaita tuloksia. ASK-tehtävätyyppi oli vähiten pidetty, sillä työntekijät pitivät ihmisten haastattelua haastavana. DO-tehtävien tuottaman datan laatu jakoi mielipiteitä R&D-taustaisten työntekijöiden ja muiden kesken. Kerätyn datan laatu ei ollut verrattavissa käytettävyysammattilaisten tekemien tutkimusten tuloksiin, koska data sisälsi monia yksisanaisia vastauksia ja vastauksia, joissa havaintoja ei ollut selitetty tarpeeksi perusteellisesti. Tapahtuma sai kuitenkin positiivista palautetta osallistujilta ja tapahtuman eri sijainneissa järjestäneiltä projektipäälliköiltä, joiden mielestä tapahtuma merkittävästi lisäsi osallistujien ymmärrystä käyttäjäkokemuksesta. Siten suuri osa kerätystä ymmärryksestä tallentui osallistujien tiedoksi. Tapahtuman lyhyen keston ja havaitun vaikutuksen vuoksi tapahtumaa voidaan käyttää tehokkaana tapana jalkauttaa käyttäjäkokemukseen perustuvaa strategiaa työntekijätasolla lisäten käsitteen ymmärrystä yrityksen sisällä

Taxonomy and phylogeny of white-rot polypores : case studies in Hymenochaetales and Polyporales (Basidiomycota)

Tutkimus käsittelee kääpien sukulaisuussuhteita. Käävät ovat kantasienten (Basidiomycota) muotoryhmä, joiden itiöemien alapinta muodostuu yhteensulautuneista pilleistä. Muotoryhmänä kääpiä voi verrata vaikka puihin siinä mielessä, että käävät kuten puutkaan eivät ole samankaltaisuudestaan huolimatta kaikki sukua toisilleen. DNA:n käyttö sukulaisuussuhteiden selvittämisessä on aloittanut mullistuksen kääpien luokittelussa. Aiemmin käytetty, itiöemien ominaisuuksiin perustunut luokittelu on osoittautunut keinotekoiseksi sukulaisuussuhteiden kannalta. Tutkimuksessani syvennyttiin useamman kääpäsuvun polveutumishistoriaan hyödyntäen DNA:ta ja perinteisiä menetelmiä. Tutkimuksen keskeisimmät tulokset liittyvät sitkokääpien sukuun (Antrodiella). Tämä noin 70 lajia sisältävä suku osoittautui rikkonaiseksi - sitkokääpiin luetut lajit kuuluvat kahteen sienilahkoon ja oikesti vähintään 13 sukuun. Tutkimuksessa löytyi kaksi Suomelle uutta sitkokääpää, leppikääpä (A. ichnusana) ja nipukkakääpä (A. leucoxantha). Uudet suvut kuvattiin Suomessa esiintyville sirppikääville (Sidera) ja talikääville (Obba). Uusi kääpäsuku ja -laji kuvattiin myös Indonesiasta (Sebipora aquosa). Valtaosa sitkokääpiin luetuista lajeista kuuluu orakarakoiden heimoon (Steccherinaceae), joka rajattiin tässä tutkimuksessa uudelleen. Heimoon kuuluvat mm. karakäävät (Junghuhnia) ja orakasmaiset orakarakat (Steccherinum). Sen sisällä selvitettiin kääpien ja orakkaiden sukulaisuussuhteita. Perinteisesti käävät ja orakkaat on viety eri sukuihin riippumatta niiden mikroskooppisesta samankaltaisuudesta. Tulosten valossa orakarakoiden heimossa käävät ja orakkaat pysyvät pääosin erillisissä suvuissa, mutta tästä on myös poikkeuksia (Antrodiella, Metuloidea ja Steccherinum). Lähes kaikki DNA:n perusteella määriteltävissä olevat suvut ovat tunnistettavissa itiöemien ominaisuuksiensa perusteella. Tulokset antavat eväitä kääpien luokitteluun laajemminkin osoittamalla, mitkä ominaisuudet ovat luokittelun kannalta merkityksellisiä. Tarkentunut tieto lajimäärästä ja lajien sukulaisuussuhteista hyödyttää ekologista tutkimusta sekä arvioita lajien uhanalaisuudesta. Tutkimuksen aikana luotua DNA-kirjastoa käytetään lajien tunnistamiseen. Tuloksia voidaan hyödyntää myös etsittäessä bioteknologisia sovelluksia käävistä, sillä sovellusten kannalta kiinnostavat ominaisuudet seuraavat usein sienten sukupuuta.This thesis deals with genealogy of polypores. Polypores are a form group of basidiomycete fungi (Basidiomycota). Their underside is formed of fused tubes. As a form group polypores can be compared to trees in that neither all polypores nor all trees are related despite their similar appearance. The use of DNA is revolutionising our understanding of how polypores are related. The classification formerly in use was based on fruiting body characters, and has turned out to be highly unnatural from the perspective of genealogy. In the thesis work I studied evolutionary history of several polypore genera using DNA and traditional methods. Main results of the study are related to the polypore genus Antrodiella, which includes about 70 species. Antrodiella turned out to be a heterogeneous assemblage of species. Species currently included in the genus belong to two orders and to a minimum of 13 genera. Two Antrodiella species new to Finland were found during the study (A. ichnusana and A. leucoxantha). Three new polypore genera were also described (Obba, Sidera and Sebipora). Majority of Antrodiella belong to the family Steccherinaceae, which was redefined in this study. In addition to polypore genera, Steccherinaceae includes genera with fruiting bodies that have a spinose (hydnoid) underside. Typically poroid and hydnoid fungi are classified in separate genera regardless of their microscopic similarity. This study focused on the evolutionary relationship between hydnoid and poroid species within Steccherinaceae. The results show that poroid and hydnoid fungi mostly seem to belong to separate genera, but there are also exceptions (Antrodiella, Metuloidea and Steccherinum). Almost all genera that were defined with the aid of DNA could be characterised with fruiting body and microscopic characters. The results have wider implications in polypore classification by showing which characters are significant in classifying polypores. Increased information about species diversity and genealogy produced in this study benefits ecological research and assessments about endangered species. The DNA-library created during the study is in use for identification of polypores. The results can also be utilised in the search for biotechnological applications from polypores, since characters that are interesting from the biotechnological perspective often follow polypore genealogies

Postia caesia complex (Polyporales, Basidiomycota) in temperate Northern Hemisphere

Peer reviewe

Significance of incongruent DNA loci in the taxonomy of wood-decaying Basidioradulum radula

Modern taxonomic studies of Agaricomycetes rely on the integrative analyses of morphology, environmental data, geographic distribution, and usually several DNA loci. However, sampling and selection of DNA loci for the analyses are commonly shallow. In this study, we suggest minimal numbers of necessary specimens to sample and DNA loci to analyze in order to prevent inadequate taxonomic decisions in species groups with minor morphological and genealogical differences. We sampled four unlinked nuclear DNA gene regions (nuc rDNA ITS1-5.8S-ITS2, gh63, rpb2, and tef1) to revise the systematics of a common wood-decaying species Basidioradulum radula (Hymenochaetales) on an intercontinental set of specimens collected in the Northern Hemisphere. The DNA loci analyzed violate the genealogical concordance phylogenetic species recognition principles, thus confirming a single-species interpretation. We conclude that Hyphodontia syringae is a younger synonym of B. radula.Peer reviewe