La place des animaux dans la culture Judéo-Chrétienne ou comment parler de l'animal revient à parler de l'homme

L'attitude de l'homme vis à vis du monde animal est un bon indice pour évaluer le regard qu'il pose sur le monde en général et sur l'homme en particulier. Ceci est intéressant pour le vétérinaire dont le travail est lié à une vision d'ensemble des rapports de l'homme et de l'animal. L'étude de la place des animaux dans la culture judéo-chrétienne est intéressante parce qu'elle est le fondement de notre civilisation occidentale. L'objectif de ce travail est de découvrir ce qu'est l'Homme grâce à l'étude de la place de l'animal dans la Bible; la relation homme/animal qui, hier comme aujourd'hui épouse tous les aspects, de l'idolâtrie à la tyrannie, nécessite en effet d'être redéfinie. Ce travail s'appuie en premier lieu sur l'étude de l'homme et de l'animal dans les récits de la Création, en second lieu sur le refus biblique de la supériorité animale, puis sur l'utilisation de l'animal par l'Homme et les limites imposées par la Bible, enfin il abordera la participation éventuelle de l'animal au salut par la réconciliation de l'Homme avec la nature. L'étude proposée des textes bibliques utilise la méthode herméneutique ou technique d'interprétation des textes sacrés selon une démarche de type scientifique. La spécificité du discours biblique sur les représentations animales tient dans le fait que parler de l'animal revient à parler de l'homme, ce qui donne sens au langage symbolique tiré du monde animal. Loin de nous figer dans le passé, la lecture de la Bible nous donne des éléments de réflexion pour faire face aux problèmes actuels, tels que la bioéthique et l'écologie

Adaptation witnesses of opportunistic bacterial pathogens associated with cystic fibrosis : from ribosomal operons to therapeutic implications

Les bactéries des microbiotes vivent avec l'homme une interaction mutualiste et tout facteur perturbant l'un ou l'autre des protagonistes peut rompre l'équilibre établi engendrant diverses modifications des interactions existantes. Dans ce contexte instable, les bactéries pathogènes opportunistes d'origine endogène et environnementale qui ont une grande adaptabilité vont pouvoir étendre leur niche écologique ou trouver une nouvelle niche. La diversité des bactéries atypiques ainsi que l'évolution génétique et génomique des bactéries du microbiote respiratoire des patients atteints de mucoviscidose (CF) illustrent ces phénomènes d'adaptation. Le déficit de l'immunité innée locale va en effet être à l'origine d'une colonisation des voies respiratoires (VRCF) par des bactéries endogènes et exogènes qui vont alors mettre en jeu divers mécanismes d'adaptation à cette niche écologique particulière. Le but de notre travail était d'étudier des marqueurs phénotypiques, génétiques et génomiques, témoins potentiels de l'adaptation bactérienne, en particulier au cours de la mucoviscidose. Pour cela, l'étude de la diversité intragénomique des copies du gène de l'ARN ribosomique 16S (rrs), reflétant la capacité d'adaptation bactérienne à des conditions environnementales fluctuantes, a été réalisée par une méthode de PCR et d'électrophorèse avec dénaturation en gradient de température (PCR-TTGE) sur un grand nombre de Veillonella spp. (n=149), d'Achromobacter xylosoxidans (n=164), ainsi que sur 6 autres espèces impliquées dans la colonisation des VRCF (Pseudomonas aeruginosa, Stenotrophomonas maltophilia, Staphylococcus aureus, Haemophilus influenzae, Moraxella catarrhalis et Streptococcus pneumoniae). L'étude de la dynamique du génome de 90 isolats de 12 patients colonisés chroniquement par A. xylosoxidans a été menée par PCR-TTGE, analyse du polymorphisme des fragments de restriction après électrophorèse en champ pulsé et PCR sur séquences répétées. Enfin, l'effet de contraintes environnementales chimiques sur la croissance d'une partie du microbiote CF a été évalué, incluant une étude approfondie de l'effet du NaCl sur 85 isolats de P. aeruginosa.Ces différentes approches nous ont permis de mettre en évidence : i) la diversité intra-génomique des copies de rrs chez Veillonella (74% d'isolats présentant des copies divergentes), H. influenzae (61%), S. maltophilia (38%), A. xylosoxidans (28%), et S. aureus (17%), ii) la clonalité des isolats d'A. xylosoxidans colonisant chroniquement les patients CF associée à une évolution génétique et/ou génomique intra-clonale, iii) l'effet de contraintes environnementales telles que la salinité, le pH et la température sur le microbiote cultivable des VRCF, iv) l'effet antimicrobien du NaCl inhibant la croissance de 100% des P. aeruginosa isolés des VRCF à une concentration de 6%, inférieure à celle utilisée en thérapeutique, et montrant une action bactéricide sur 90% des isolats à une concentration de 10%, v) l'effet multiple du NaCl sur la croissance, le biofilm et la mobilité de P. aeruginosa. Les rrs et le génome constituent des témoins de l'adaptation des bactéries au sein des microbiotes et permettent de mettre en évidence l'importance et la diversité de ces phénomènes dans la niche pathologique que représentent les VRCF. Les contraintes environnementales de la niche écologique influencent cette adaptation. Au cours de la mucoviscidose, le potentiel thérapeutique de la modification de facteurs environnementaux tels que la salinité ou le pH doit être considéré compte tenu de l'impact de ces perturbations sur les communautés microbiennes pathologiques adaptées aux VRCF.Bacterial microbiotae and human beings developed mutualist interactions. All disrupting factors impacting this equilibrium can modify relationships among microbiota members with diverse consequences. In such an unstable context, opportunistic bacterial pathogens (OBPs) of endogenous or environmental origin showing great adaptability may find favorable conditions leading to ecological niche extension or to new niche colonization. This is illustrated by the diversity of atypical bacteria as well as by genetic and genomic evolution of members of the cystic fibrosis (CF) respiratory tract (CFRT) microbiota. The deficit in local innate immunity allowed colonization by endogenous and exogenous bacteria that will further develop adaptation processes to this particular ecological niche. The aim of this study was to evaluate phenotypic, genetic and genomic potential adaptation markers in different models of OBPs, particularly in CF. For this purpose, we described the variability in the multiple rrs gene copies using PCR and temperature-based denaturing electrophoresis (PCR-TTGE) on large collections of Veillonella (n=149) and Achromobacter xylosoxidans (n=164), as well as on isolates of six other species involved in the CFRT colonization (Pseudomonas aeruginosa, Stenotrophomonas maltophilia, Staphylococcus aureus, Haemophilus influenzae, Moraxella catarrhalis and Streptococcus pneumoniae). Genome dynamics of 90 isolates from 12 patients chronically colonized by A. xylosoxidans was studied by PCR-TTGE, restriction fragment length polymorphism analysis after pulsed-field gel electrophoresis and PCR on repetitive sequences. Finally, the effect of environmental stress was evaluated on part of the growing CF microbiota and a thorough study of NaCl effect on 85 CF P. aeruginosa isolates was performed.These different approaches highlight: i) the intragenomic heterogeneity of the rrs gene copies in Veillonella (74% of isolates), H. influenzae (61%), S. maltophilia (38%), A. xylosoxidans (28%), and S. aureus (17%), ii) a clonal chronic colonization with A. xylosoxidans in 12 CF patients associated with rrs genetic and/or genomic intra-clonal evolution, iii) the effect of environmental stress such as salinity, pH and temperature on the CFRT microbiota, iv) the antimicrobial effect of NaCl on CF P. aeruginosa isolates, a 6% NaCl concentration inhibiting the growth of all the isolates and a bactericidal action being observed for 90% of the isolates with 10% NaCl, v) multiple effects of NaCl on growth, biofilm and mobility of P. aeruginosa. This study shows that rrs genes and genome dynamics witness for bacterial adaptability within microbiota according to environmental constraints and underlines the diversity and importance of adaptation processes in the long-term pathological adapted microbial communities of the CFRT. Modification of environmental factors such as salinity or pH of the CFRT niche may impact the microbiota and should be considered as targets for CF therapeutics

Hétérogénéités intra-génomiques du gène de l'ARN Ribosomal 16S chez les bactéries du genre Veillonella (impact dans les différents domaines d'application de cet outil moléculaire)

MONTPELLIER-BU Pharmacie (341722105) / SudocSudocFranceF

La place des animaux dans le culture judéo-chrétienne ou comment parler de l'animal revient à parler de l'Homme

L'attitude de l'homme vis à vis du monde animal est un bon indice pour évaluer le regard qu'il pose sur le monde en général et sur l'homme en particulier. Ceci est intéressant pour le vétérinaire dont le travail est lié à une vision d'ensemble des rapports de l'homme et de l'animal. L'étude de la place des animaux dans la culture judéo-chrétienne est intéressante parce qu'elle est le fondement de notre civilisation occidentale. L'objectif de ce travail est de découvrir ce qu'est l'Homme grâce à l'étude de la place de l'animal dans la Bible; la relation homme/animal qui, hier comme aujourd'hui épouse tous les aspects, de l'idolâtrie à la tyrannie, nécessite en effet d'être redéfinie. Ce travail s'appuie en premier lieu sur l'étude de l'homme et de l'animal dans les récits de la Création, en second lieu sur le refus biblique de la supériorité animale, puis sur l'utilisation de l'animal par l'Homme et les limites imposées par la Bible, enfin il abordera la participation éventuelle de l'animal au salut par la réconciliation de l'Homme avec la nature. L'étude proposée des textes bibliques utilise la méthode herméneutique ou technique d'interprétation des textes sacrés selon une démarche de type scientifique. La spécificité du discours biblique sur les représentations animales tient dans le fait que parler de l'animal revient à parler de l'homme, ce qui donne sens au langage symbolique tiré du monde animal. Loin de nous figer dans le passé, la lecture de la Bible nous donne des éléments de réflexion pour faire face aux problèmes actuels, tels que la bioéthique et l'écologie.TOULOUSE3-BU Santé-Centrale (315552105) / SudocTOULOUSE-EN Vétérinaire (315552301) / SudocSudocFranceF

Advances toward the elucidation of hypertonic saline effects on Pseudomonas aeruginosa from cystic fibrosis patients.

OBJECTIVES: Nebulized hypertonic saline (HTS) has beneficial effects including reducing pulmonary exacerbations in Cystic Fibrosis (CF) patients. Several mechanisms may explain these effects but antimicrobial activity of NaCl remains largely unexplored. We aimed to measure the antimicrobial effect of NaCl on Pseudomonas aeruginosa isolated from the respiratory tract in CF patients. METHODS: NaCl minimal inhibitory concentration (MIC) and minimal bactericidal concentration (MBC) were determined for strains characterized for mucoidy, antimicrobial resistance, and ability to form biofilm using 0,9% to 15% NaCl solutions. NaCl effects on biofilm formation, preformed biofilm, and mobility were evaluated. Kinetics of antimicrobial effects was studied. RESULTS: The growth of all isolates (n = 85) from 34 patients was inhibited by 6% NaCl solution. A 10% concentration had a bactericidal activity on 90% of the isolates. Mucoid and multidrug resistant (MDR) isolates displayed lower MICs compared to non-mucoid and to non-MDR isolates, respectively. Time-kill kinetics showed that NaCl exhibited a rapid, dose and growth phase dependent bactericidal effect. Three percent or more of NaCl inhibited biofilm formation for 69% of strongly adherent isolates. A dose-dependent decrease of preformed biofilm viability and an inhibitory activity on bacterial motility were observed. CONCLUSIONS: NaCl inhibited the growth of all isolates and killed 38% of tested isolates within concentration range currently used in therapeutics. Our results suggest that anti-pseudomonal activity is another mechanism of action of HTS to add to those already established. Clinical trials are needed to compare diverse HTS conditions of use (rhythm, dose and mode of delivery) to obtain efficient and optimized anti-P. aeruginosa effects. More generally, NaCl effect on other opportunistic pathogens as well as on global microbiotae recovered during polymicrobial diseases warrants further investigations

Impact of High Diversity of Achromobacter Populations within Cystic Fibrosis Sputum Samples on Antimicrobial Susceptibility Testing

International audienceChronic colonization by opportunistic environmental bacteria is frequent in the airways of cystic fibrosis (CF) patients. Studies of Pseudomonas aeruginosa evolution during persistence have highlighted the emergence of pathoadaptive genotypes and phenotypes, leading to complex and diversified inpatient colonizing populations also observed at the intraspecimen level. Such diversity, including heterogeneity in resistance profiles, has been considered an adaptive strategy devoted to host persistence. Longitudinal genomic diversity has been shown for the emergent opportunistic pathogen Achromobacter, but phenotypic and genomic diversity has not yet been studied within a simple CF sputum sample. Here, we studied the genomic diversity and antimicrobial resistance heterogeneity of 132 Achromobacter species strains (8 to 27 strains of identical or distinct colonial morphotypes per specimen) recovered from the sputum samples of 9 chronically colonized CF patients. We highlighted the high within-sample and within-morphotype diversity of antimicrobial resistance (disk diffusion) and genomic (pulsed-field gel electrophoresis) profiles. No sputum sample included strains with identical pulsotypes or antibiotic susceptibility patterns. Differences in clinical categorization were observed for the 9 patients and concerned 3 to 11 antibiotics, including antibiotics recommended for use against Achromobacter Within-sample antimicrobial resistance heterogeneity, not predictable from colonial morphology, suggested that it may represent a selective advantage against antibiotics in an Achromobacter persisting population and potentially compromise the antibiotic management of CF airway infections

Génotypage SNP : Protocole Hi-Plex2: Application à 5 espèces d’intérêt en écologie et évolution

International audienc