Workshop de ciência e inovação em pecuária

O 2º Workshop de Ciência e Inovação em Pecuária se estabelece como um evento que propicia enorme contribuição para a difusão e o fortalecimento da diversidade científica no estado de Santa Catarina nas áreas temáticas: pastagens e forragicultura; produção de bovinos e ovinos de corte e leite; biotecnologia na pecuária; indicação geográfica e outros signos; apicultura e desenvolvimento sustentável. Promove, desta forma, a construção de novos horizontes e realidades através do estabelecimento de um diálogo crítico sobre o panorama atual, os cenários e as tendências da pecuária e sua importância econômica para o estado de Santa Catarina. O intercâmbio científico entre as universidades, centros de pesquisa, cooperativas, agências de extensão rural e profissionais liberais do setor agrícola propiciarão espaços de debate e de troca de experiências e a "expertise" dos palestrantes e apresentadores de trabalhos visam proporcionar uma nova visão da pecuária, das tecnologias atualmente disponíveis e das estratégias integradas de utilização das mesmas

Potencial biotecnológico de leveduras selvagens provenientes de regiões vinícolas de Santa Catarina

Os vinhedos estão entre as formas mais intensivas de plantio e a diversidade de leveduras associadas a estes vinhedos ainda não foram caracterizadas e, informações concernentes à ecologia e diversidade ainda é limitada. Neste contexto, o trabalho tem como objetivo estudar a diversidade e riqueza de leveduras associadas a regiões produtoras de vinho, selecionar linhagens do gênero Saccharomyces com fenótipos desejáveis para vinificação. As leveduras foram isoladas de três vinhedos localizados em Pinheiro Preto, Serra do Marari e Campos Novos no sul do Brasil. Em Pinheiro Preto, o mais antigo, foi coletado 20 pontos localizados nos vinhedos e na cantina para um estudo transversal, nos outros dois vinhedos foram coletados cachos de uvas. Após o isolamento em meio enriquecido (YPD), foram incubados por 48 horas a 28°C. Foi utilizado um procedimento de triagem consistindo de agrupamento de leveduras com o mesmo perfil obtido com (GTG)5 MSP-PCR fingerprinting, seguido de identificação por sequenciamento do domínio D1/D2 (LSU rDNA) ou região ITS1-5.8S-ITS2 de um ou alguns representantes selecionados de cada grupo de leveduras, porém espécies não relacionadas foram agrupados em um mesmo grupo. Resultando em sensibilidade alta e especificidade baixa de (GTG)5 MSP-PCR fingerprinting. Para análise da biodiversidade e riqueza de espécies foram sequenciados 106 linhagens identificadas em 22 espécies. Os índices de estimativas de riqueza aplicados variaram entre as espécies para cada vinhedo (ICE1, ACE, Jackknife 2, Bootstrap, p<0,001). A comparação da diversidade taxonômica de leveduras provenientes destas regiões usando o índice Recíproco de Simpson apresentou diferença significativa entre os vinhedos de Serra do Marari e Campos Novos (5,72±1,18 e 2,92±0,36, p<0,0001). Em geral, observamos que os vinhedos diferenciaram entre si para os índices avaliados (FAD2, FDc e Rao p<0,0001). Foi observada uma possível dispersão de S. cerevisiae entre a cantina e o parreiral em Pinheiro Preto. Através da análise fenotípica sugere-se que os isolados 06CE, 11 CE e 33CE sejam de Saccharomyces cariocanus. Foi possível determinar 4 perfis genotípicos com o primer EI1. De acordo com o perfil de compostos voláteis produzidos foi possível agrupar as linhagens. Os vinhedos apresentaram uma biodiversidade de leveduras, demonstrando ser um ambiente para o isolamento de linhagens do gênero de Saccharomyces de interesse industrial e enológico.The vineyards are among the most intensive forms of crop and the diversity of yeasts associated with vineyards have not yet been characterized, and information concerning the ecology and diversity is restricted. In this context, the work aims to study the diversity and richness of yeasts associated with wine-producing regions, select Saccharomyces strains with desirable phenotypes for winemaking. The yeasts were isolated from three vineyards located in Pinheiro Preto, Serra do Marari and Campos Novos in southern Brazil. Samples were collected from 20 sites located in the vineyards. In Pinheiro Preto cross evaluation since it is the oldest of the vineyards studied, were collected 20 points located in the vineyards and in the winery, the other two vineyards were collected bunches of grapes. After isolation in YPD enrichment medium were incubated for 48 hours at 28 °C. We used a screening procedure group consisting of yeast with the same profile obtained (GTG)5 MSP-PCR fingerprinting, followed by sequencing to identify the D1/D2 domain (LSU rDNA) or ITS1-5.8S-ITS2 region of one or some selected representatives from each group of yeasts, but unrelated species were clustered into one group. For analysis of biodiversity and species richness were sequenced 106 strains identified in 22 species. The estimated species richness applied varied between species for each vineyard (ICE1, ACE, Jackknife 2, Bootstrap, p <0.001). A comparison of the taxonomic diversity of the yeasts from these regions using the reciprocal Simpson index showed a significant difference between the Serra do Marari and Campos Novos vineyards (5.72 ± 0.36 and 2.92 ± 0.36, p <0.0001). The possible spreading of Saccharomyces cerevisiae from the winery to the vineyard in Pinheiro Preto was observed. By phenotypic analysis suggests that the isolated 06CE, 33CE and 11CE is Saccharomyces cariocanus. Was determined 4 genotypic patterns using primer EI1.By the determination of the volatile profile was possible to group the strains of Saccharomyces. The vineyards showed a biodiversity yeast, demonstrating to be an environment for the isolation of the strains Saccharomyces of industrial interest oenological

Detecção de listeria spp em frango resfriado pelos métodos convencional em condições de aerobiose e microaerofilia

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias.A ocorrência e detecção de Listeria spp foi avaliada através de uma metodologia convencional recomendada pelo FDA, com modificações, pela introdução de (1) segunda etapa de enriquecimento em condições aerobiose e (2) do uso de microaerofilia . Um total de 48 unidades de frango inteiro resfriado de diferentes marcas comercializadas na região de Florianópolis foram analisadas durante o período de maio à julho. Encontrou-se, através do método convencional em condições de microaerofilia, 18 (37,5%) amostras positivas para Listeria spp. Através do método convencional em condições de aerobiose, 14 (29,2%) amostras foram positivas para Listeria spp. Testes posteriores de identificação empregando-se API Listeria mostraram que, das 18 amostras positivas para Listeria spp em microaerofilia, foram identificadas 13 (27,1%) como Listeria monocytogenes, 1 (2,1%) como Listeria innocua, 3 (6,2%) como Listeria seeligeri, 1 (2,1%) como Listeria welshimeri. Das 14 amostras positivas para Listeria spp isoladas em condições de aerobiose, 7 (14,6%) foram identificadas como L. monocytogenes, 6 (12,5%) como L. innocua e 1 (2,1%) como L. seeligeri. Com relação à detecção, os métodos convencional em condições de microaerofilia e aerobiose apresentaram ausência de resultados falso-positivos, demonstrando especificidade de 100% e, sensibilidade de análise, de 84% e 67%, respectivamente. Concluindo-se, assim, que existem diferenças significativas entre as médias dos métodos avaliados para o nível descritivo de 1 e 5%

(GTG)₅ MSP-PCR Fingerprinting as a Technique for Discrimination of Wine Associated Yeasts?

<div><p>In microbiology, identification of all isolates by sequencing is still unfeasible in small research laboratories. Therefore, many yeast diversity studies follow a screening procedure consisting of clustering the yeast isolates using MSP-PCR fingerprinting, followed by identification of one or a few selected representatives of each cluster by sequencing. Although this procedure has been widely applied in the literature, it has not been properly validated. We evaluated a standardized protocol using MSP-PCR fingerprinting with the primers (GTG)₅ and M13 for the discrimination of wine associated yeasts in South Brazil. Two datasets were used: yeasts isolated from bottled wines and vineyard environments. We compared the discriminatory power of both primers in a subset of 16 strains, choosing the primer (GTG)₅ for further evaluation. Afterwards, we applied this technique to 245 strains, and compared the results with the identification obtained by partial sequencing of the LSU rRNA gene, considered as the gold standard. An array matrix was constructed for each dataset and used as input for clustering with two methods (hierarchical dendrograms and QAPGrid layout). For both yeast datasets, unrelated species were clustered in the same group. The sensitivity score of (GTG)₅ MSP-PCR fingerprinting was high, but specificity was low. As a conclusion, the yeast diversity inferred in several previous studies may have been underestimated and some isolates were probably misidentified due to the compliance to this screening procedure.</p></div

Yeasts species from bottled wines sampled in Rio Grande do Sul and Santa Catarina, South Brazil.

<p>* These species were assessed for clustering analysis.</p><p>**We considered these species as not identified.</p><p>Yeasts species from bottled wines sampled in Rio Grande do Sul and Santa Catarina, South Brazil.</p

Dendrograms of the clustering of the strains from the "lower diversity" dataset by Hierarchical Clustering using: (a) average linkage (b) complete linkage, (c) single linkage, and (d) Ward´s method.

<p>The distance was computed using the Euclidean distance between the genetic profiles based on the MSP-PCR fingerprinting with the primer GTG₅.</p

Specificity, sensitivity and kappa index of MSP-PCR fingerprinting using the primer (GTG)₅ in comparison with rDNA sequencing as the gold standard for the two datasets (“lower diversity” and “higher diversity”), using two ranges of band sizes: 200–3500bp or 200–900 bp.

<p>Specificity, sensitivity and kappa index of MSP-PCR fingerprinting using the primer (GTG)₅ in comparison with rDNA sequencing as the gold standard for the two datasets (“lower diversity” and “higher diversity”), using two ranges of band sizes: 200–3500bp or 200–900 bp.</p