PDE Based Approach for Segmentation of Oriented Patterns

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Détection robuste et automatique des contours myocardiques sur des séquences IRM cardiaques marquées

L'évaluation non invasive de la fonction cardiaque présente un intérêt majeur pour le diagnostic et le suivi de pathologies cardio-vasculaires. L'IRM cardiaque marquée (ou taggée) permet de mesurer des paramètres anatomiques et fonctionnels du myocarde. Ce protocole fait apparaître de manière non invasive une grille sur la zone ventriculaire gauche se déformant avec le myocarde. Le suivi de cette grille permet ainsi d'estimer le déplacement intra-myocardique. L'objectif de notre étude est d'automatiser la détection et le suivi des contours endocardique et épicardique du ventricule gauche afin d'optimiser l'étude quantitative 2D+T de la contraction pariétale. La méthode que nous avons développée est fondée sur l'utilisation de l'analyse de texture associée à un modèle de contour actif. En effet, l'analyse de texture permet de générer de meilleures cartes de potentiels que les méthodes classiques (telles que le calcul du gradient par exemple) inefficaces compte-tenu de la faible qualité des images. Cette approche permet l'obtention de résultats satisfaisants à la fois en terme de précision et de reproductibilité

Processing and quantitative analysis of tagged cardiac MRI sequences

The noninvasive evaluation of the cardiac function presents a great interest for the diagnosis of cardiovascular diseases. Cardiac tagged MRI allows the measurement of anatomical and functional myocardial parameters. This protocol generates a dark grid which is deformed with the myocardium. As a consequence, the tracking of the grid allows the displacement estimation in the myocardium. The work described in this paper aims to automate the myocardial contours detection and the following of the grids of tags on Short-Axis time sequences, in order to firstly optimize the 2D+T study of the parietal contractions and secondly make possible its clinical use. The method we have developed for endocardial and epicardial contours detection is based on the use of texture analysis and active contours models. Texture analysis allows us to define energy maps more efficient than those usually used in active contours methods where attractor is often based on gradient and which were useless in our case of study. The follow-up of the grid of tags that we have implemented is based on a grid of active contours (B-snakes) which part of the energy is issued from a particular selective diffusion process which leading equation is based on the recent work of [8]. The results obtained with our method is fully automatic and correct on Short-Axis sequences, when previous works on cardiac tagged MR images analysis always used manual contours detection.L'évaluation non invasive de la fonction cardiaque présente un intérêt majeur pour le diagnostic et le suivi de pathologies cardio-vasculaires. L'IRM cardiaque marquée permet de mesurer des paramètres anatomiques et fonctionnels du myocarde. Ce protocole fait apparaître sur les images des séquences temporelles cardiaques Petit-Axe (PA) une grille se déformant avec le myocarde. Le suivi de cette grille permet ainsi d'estimer le déplacement intramyocardique. L'objectif de notre étude est de rendre robuste le suivi automatique de la grille de tags sur les séquences PA afin de mener une analyse quantitative 2D+T de la fonction contractile du Ventricule Gauche (VG). La méthode que nous avons développée dans ce but, utilise un modèle de contour actif sous forme de grille dont l'énergie image se construit grâce à une diffusion sélective permettant la sauvegarde de l'information de tag au détriment du reste sur chacune des images PA extraites des séquences IRM cardiaques marquées. Cette approche, couplée à une détection automatique des contours du VG sur ces mêmes images, permet l'obtention de résultats quantitatifs (paramètres cliniques) satisfaisants à la fois en terme de précision, de robustesse, de reproductibilité et de rapidité

Restauration d'images par diffusion sélective

La restauration anisotrope d'images par utilisation d'Équations aux Dérivées Partielles (EDP) a suscité et suscite toujours un intérêt important de par la possibilité qu'elle offre de lisser une image tout en préservant ses discontinuités. Les applications pratiques de ces méthodes de restauration sont nombreuses et touchent divers domaines (photographie, médical, etc.). Dans cet article, nous proposons une approche variationnelle pour la restauration d'images se fondant sur une fonctionnelle énergétique différente de celle rencontrée dans la littérature. L'EDP résultante se caractérise alors par la possible intégration dans le processus de diffusion d'information a priori sur des structures particulières de l'image que l'on désire restaurer. Nous présentons tout d'abord des résultats obtenus sur des images ad hoc, puis nous montrons la possible extension de ce processus de diffusion sélective à une application concrète : la restauration de séquences IRM cardiaques marquées

Détection et suivi des déformations intra-myocardiques en IRM cardiaque marquée

L'évaluation non invasive de la fonction cardiaque présente un intérêt majeur pour le diagnostic et le suivi de pathologies cardiovasculaires. L'IRM cardiaque marquée (ou taggée) permet de mesurer des paramètres anatomiques et fonctionnels du myocarde. Ce protocole fait apparaître sur les images des séquences temporelles cardiaques Petit-Axe (PA) et Grand-Axe (GA) une grille se déformant avec le myocarde. Le suivi de cette grille permet ainsi d'estimer le déplacement intra-myocardique. L'objectif de notre étude est de rendre robuste le suivi automatique de la grille de tags à la fois sur les séquences PA et aussi sur les séquences GA. La méthode que nous avons développée pour le suivi de la grille de tags utilise un modèle de contour actif dont l'énergie image se construit grâce à une diffusion anisotrope non linéaire paramétrée, optimisée par une détection locale des lignes de tags à l'échelle optimale. Cette approche permet l'obtention de résultats satisfaisants à la fois en terme de précision et de reproductibilité

Architecture of Burkholderia cepacia complex σ70 gene family: evidence of alternative primary and clade-specific factors, and genomic instability

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>The <it>Burkholderia cepacia </it>complex (Bcc) groups bacterial species with beneficial properties that can improve crop yields or remediate polluted sites but can also lead to dramatic human clinical outcomes among cystic fibrosis (CF) or immuno-compromised individuals. Genome-wide regulatory processes of gene expression could explain parts of this bacterial duality. Transcriptional σ⁷⁰factors are components of these processes. They allow the reversible binding of the DNA-dependent RNA polymerase to form the holoenzyme that will lead to mRNA synthesis from a DNA promoter region. Bcc genome-wide analyses were performed to investigate the major evolutionary trends taking place in the σ⁷⁰family of these bacteria.</p> <p>Results</p> <p>Twenty σ⁷⁰paralogous genes were detected in the <it>Burkholderia cenocepacia </it>strain J2315 (<it>Bcen</it>-J2315) genome, of which 14 were of the ECF (extracytoplasmic function) group. Non-ECF paralogs were related to primary (<it>rpoD</it>), alternative primary, stationary phase (<it>rpoS</it>), flagellin biosynthesis (<it>fliA</it>), and heat shock (<it>rpoH</it>) factors. The number of σ⁷⁰genetic determinants among this genome was of 2,86 per Mb. This number is lower than the one of <it>Pseudomonas aeruginosa</it>, a species found in similar habitats including CF lungs. These two bacterial groups showed strikingly different σ⁷⁰family architectures, with only three ECF paralogs in common (<it>fecI</it>-like, <it>pvdS </it>and <it>algU</it>). <it>Bcen</it>-J2315 σ⁷⁰paralogs showed clade-specific distributions. Some paralogs appeared limited to the ET12 epidemic clone (<it>ecfA2</it>), particular Bcc species (<it>sigI</it>), the <it>Burkholderia </it>genus (<it>ecfJ</it>, <it>ecfF</it>, and <it>sigJ</it>), certain proteobacterial groups (<it>ecfA1</it>, <it>ecfC</it>, <it>ecfD</it>, <it>ecfE</it>, <it>ecfG</it>, <it>ecfL</it>, <it>ecfM </it>and <it>rpoS</it>), or were broadly distributed in the eubacteria (<it>ecfI</it>, <it>ecfK</it>, <it>ecfH</it>, <it>ecfB</it>, and <it>rpoD</it>-, <it>rpoH</it>-, <it>fliA</it>-like genes). Genomic instability of this gene family was driven by chromosomal inversion (<it>ecfA2</it>), recent duplication events (<it>ecfA </it>and <it>RpoD</it>), localized (<it>ecfG</it>) and large scale deletions (<it>sigI</it>, <it>sigJ</it>, <it>ecfC</it>, <it>ecfH</it>, and <it>ecfK</it>), and a phage integration event (<it>ecfE</it>).</p> <p>Conclusion</p> <p>The Bcc σ⁷⁰gene family was found to be under strong selective pressures that could lead to acquisition/deletion, and duplication events modifying its architecture. Comparative analysis of Bcc and <it>Pseudomonas aeruginosa </it>σ⁷⁰gene families revealed distinct evolutionary strategies, with the Bcc having selected several alternative primary factors, something not recorded among <it>P. aeruginosa </it>and only previously reported to occur among the actinobacteria.</p

Selection of nitrogen-fixing deficient Burkholderia vietnamiensis strains by cystic fibrosis patients: involvement of nif gene deletions and auxotrophic mutations

Burkholderia vietnamiensis is the third most prevalent species of the Burkholderia cepacia complex (Bcc) found in cystic fibrosis (CF) patients. Its ability at fixing nitrogen makes it one of the main Bcc species showing strong filiations with environmental reservoirs. In this study, 83% (29 over 35) of the B. vietnamiensis CF isolates and 100% of the environmental ones (over 29) were found expressing the dinitrogenase complex (encoded by the nif cluster) which is essential in N 2 fixation. Among the deficient strains, two were found growing with ammonium chloride suggesting that they were defective in N 2 fixation, and four with amino acids supplements suggesting that they were harbouring auxotrophic mutations. To get insights about the genetic events that led to the emergence of the N 2 -fixing defective strains, a genetic analysis of B. vietnamiensis nitrogen-fixing property was undertaken. A 40-kb-long nif cluster and nif regulatory genes were identified within the B. vietnamiensis strain G4 genome sequence, and analysed. Transposon mutagenesis and nifH genetic marker exchanges showed the nif cluster and several other genes like gltB (encoding a subunit of the glutamate synthase) to play a key role in B. vietnamiensis ability at growing in nitrogen-free media. nif cluster DNA probings of restricted genomic DNA blots showed a full deletion of the nif cluster for one of the N 2 -fixing defective strain while the other one showed a genetic organization similar to the one of the G4 strain. For 17% of B. vietnamiensis clinical strains, CF lungs appeared to have favoured the selection of mutations or deletions leading to N 2 -fixing deficiencies.Peer Reviewedhttp://deepblue.lib.umich.edu/bitstream/2027.42/75167/1/j.1462-2920.2007.01240.x.pd

Enkele proeven over de invloed van de stikstofvorm op het optreden van stip bij paprika

<p><b>Copyright information:</b></p><p>Taken from "Architecture of complex σgene family: evidence of alternative primary and clade-specific factors, and genomic instability"</p><p>http://www.biomedcentral.com/1471-2164/8/308</p><p>BMC Genomics 2007;8():308-308.</p><p>Published online 4 Sep 2007</p><p>PMCID:PMC2194791.</p><p></p>mes using ACT [36]. -J2315 ORF annotations were assigned using other annotated genomes. ORF numbers assigned by the Sanger Institute are indicated. Dashes indicate missing regions. Phage DNA in (c) indicates a potential phage insertion. Arrows indicating ORF of sigma factors are filled with dots, and of anti-sigma factors are filled with vertical bars

Génétique évolutive de l'adaptation aux contraintes environnementales chez les Burkholderia du complexe cepacia (cas de la famille des facteurs transcriptionnels 70, de la fixation d'azote et des séquences d'insertion)

Les Burkholderia du complexe cepacia (Bcc) sont des pathogènes opportunistes retrouvées chez les patients atteints de mucoviscidose. Elles sont aussi ubiquistes dans l'environnement. Nous avons étudié la génétique évolutive de l'adaptation aux changements de biotopes au sein du Bcc, au travers de 1) l étude de la variabilité génétique en se focalisant sur la famille des facteurs 70. Cette approche a permis d étudier une partie de la plasticité des processus de régulation globaux des génomes et le rôle des facteurs extracytoplasmiques liés à la virulence ; 2) les effets d un changement de biotope sur la fixation de l azote par B. vietnamiensis chez des patients atteints de mucoviscidose. Cette étude a mise en évidence la perte de ces activités lors du passage chez l homme ; 3) l analyse des processus génétiques impliqués dans les réarrangements de génome par les séquences d insertions. Cette approche a permis d étudier l émergence de clones épidémiques chez l espèce B. cenocepaciaLYON1-BU.Sciences (692662101) / SudocSudocFranceF