Involvement of p63 in the herpes simplex virus-1-induced demise of corneal cells

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>The transcription factor p63 plays a pivotal role in the development and maintenance of epithelial tissues, including the ocular surface. In an effort to gain insight into the pathogenesis of keratitis caused by HSV-1, we determined the expression patterns of the p63 and Bax proteins in the Staatens Seruminstitute Rabbit Cornea cell line (SIRC).</p> <p>Methods</p> <p>SIRC cells were infected with HSV-1 at various multiplicities and maintained for different periods of time. Virus replication was measured by indirect immunofluorescence assay and Western blot analysis. Cell viability was determined by MTT assay. The apoptotic response of the infected cells was quantified by ELISA detecting the enrichment of nucleosomes in the cytoplasm. Western blot analysis was used to determine the levels of p63 and Bax proteins.</p> <p>Results</p> <p>Indirect immunofluorescence assays and Western blot analyses demonstrated the presence of HSV-1 glycoprotein D (gD) in the infected SIRC cell line, and the pattern of gD expression was consistent with efficient viral replication. The results of MTT and ELISA assays showed that HSV-1 elicited a strong cytopathic effect, and apoptosis played an important role in the demise of the infected cells. Mock-infected SIRC cells displayed the constitutive expression of ΔNp63α. The expressions of the Bax-β and TAp63γ isoforms were considerably increased, whereas the level of ΔNp63α was decreased in the HSV-1-infected SIRC cells. Experiments involving the use of acyclovir showed that viral DNA replication was necessary for the accumulation of TAp63γ.</p> <p>Conclusion</p> <p>These data suggest that a direct, virus-mediated cytopathic effect may play an important role in the pathogenic mechanism of herpetic keratitis. By disturbing the delicate balance between the pro-survival ΔN and the pro-apoptotic TA isoforms, HSV-1 may cause profound alterations in the viability of the ocular cells and in the tissue homeostasis of the ocular surface.</p

Can Triplet Loss Be Used for Multi-Label Few-Shot Classification? A Case Study

Few-shot learning is a deep learning subfield that is the focus of research nowadays. This paper addresses the research question of whether a triplet-trained Siamese network, initially designed for multi-class classification, can effectively handle multi-label classification. We conducted a case study to identify any limitations in its application. The experiments were conducted on a dataset containing Hungarian legal decisions of administrative agencies in tax matters belonging to a major legal content provider. We also tested how different Siamese embeddings compare on classifying a previously non-existing label on a binary and a multi-label setting. We found that triplet-trained Siamese networks can be applied to perform classification but with a sampling restriction during training. We also found that the overlap between labels affects the results negatively. The few-shot model, seeing only ten examples for each label, provided competitive results compared to models trained on tens of thousands of court decisions using tf-idf vectorization and logistic regression

Mondatszám-meghatározás hatása a magyar nyelvű jogi szövegek extraktív kivonatainak minőségére

Az egyes dokumentumok tartalmi összefoglalása során a cél egy dokumentum rövidebb változatának előállítása úgy, hogy annak fő információtartalma a kivonatban megőrződjön. Cikkünkben az anonimizált bírósági határozatokhoz készült extraktív kivonatoló rendszer fejlesztése során szerzett tapasztalatokat ismertetjük, különös tekintettel a kivonatok hosszával (mondatszám) kapcsolatban felmerült kérdésekre, és az azokra adott válaszainkra. A kivonatokkal egy jogi adatbázis felhasználóinak találati listában való könnyebb orientációját kívántuk támogatni

Mondatszám-meghatározás hatása a magyar nyelvű jogi szövegek extraktív kivonatainak minőségére

Az egyes dokumentumok tartalmi összefoglalása során a cél egy dokumentum rövidebb változatának előállítása úgy, hogy annak fő információtartalma a kivonatban megőrződjön. Cikkünkben az anonimizált bírósági határozatokhoz készült extraktív kivonatoló rendszer fejlesztése során szerzett tapasztalatokat ismertetjük, különös tekintettel a kivonatok hosszával (mondatszám) kapcsolatban felmerült kérdésekre, és az azokra adott válaszainkra. A kivonatokkal egy jogi adatbázis felhasználóinak találati listában való könnyebb orientációját kívántuk támogatni

Fehérjék konformációs dinamikája mint a biomolekuláris felismerés és jelátvitel meghatározó eleme = Protein conformational dynamics as a key determinant in biomolecular recognition and signal transmission

A térszerkezet alapján, a konformációs dinamika figyelembevételével kíséreltük meg az intramolekuláris és molekulák közötti jelátvitel megértését atomi felbontással. Kísérleti objektumok: a komplement rendszer, azon belül is a nemrég felfedezett lektin út fehérjekomplexei, a flagelláris exportrendszer valamint moduláris monomer, dimer és oligomer felépítésű enzimek álltak. Megállapítottuk, hogy FliI ATPáz, amely képes az exportálandó fehérjéje kitekerésére, a FliJ, FliH és FliS komponensekkel együtt képez olyan szupramolekuláris komplexet, amely képes az export szubsztrátumok felismerésére. Leírtuk a foszfoglicerát kináz enzim alloszterikus működési mechanizmusát, atomi felbontással. Feltártuk az izopropilmalát dehidrogenáz molekuláris csuklóinak működését és szerepét az alegységek kölcsönhatásaiban. Szelektív inhibitorokkal a tankönyvi tézissel ellentétes felismerésre jutottunk, miszerint a komplement rendszer lektin útjának meghatározó aktivátora a MASP-1 szerin proteáz. Így a komplement aktiválással összefüggő betegségek új gyógyszercélpont molekuláját azonosítottuk. Felfedeztük, hogy a MASP-1 képes a kininogén hasítása útján, bradikinint felszabadítva, komplement függő gyulladást keltésére. Felfedeztük, hogy a trombinhoz hasonlóan a MASP-1, PAR-4 receptoron keresztül endotél sejteket aktivál. Bizonyítékot találtunk arra, hogy a fehérjék konformációs dinamikája meghatározza a szerkezet evolúciójának lehetséges irányait, több milliárd éves időskálán is. | The CUB2 domain of C1r without calcium has disordered structure. This flexibility, necessary for autocativation of C1r inside the C1 complex, is regulated by calcium. Using MASP-selective inhibitors we proved that, in contrast to the previous textbook picture, MASP-1 is the exclusive activator of MASP-2. Blocking the proteolytic activity of MASP-1 prevents activation of the lectin pathway, therefore MASP-1 is a new target in treating complement related diseases. We solved the structure of the catalytic region of MASP-1. The structure explains the special enzymatic characteristics of this complement protease. We discovered a new, inflammation related function of the complement system: MASP-1 is able to directly activate endothelial cells through cleaving protease activated receptor-4. We discovered that MASP-1 is able to cleave kininogen and liberates bradykinin. In this way MASP-1 can contribute to the local inflammatory reaction triggered by complement activation. The allosteric mechanismnof human PGK has been explored at atomic details. In the dimeric enzyme IPMDH structural and site-directed mutagenesis studies revealed the operation of the two main molecular hinges and their relationship with the subunit interactions. We have shown that conformational motions are linked to protein evolution by producing structural variants that can be evolutionarily stabilized. This process is exemplified by segment-swapped proteins, a new group of proteins discovered by us