BClass: A Bayesian Approach Based on Mixture Models for Clustering and Classification of Heterogeneous Biological Data

Based on mixture models, we present a Bayesian method (called BClass) to classify biological entities (e.g. genes) when variables of quite heterogeneous nature are analyzed. Various statistical distributions are used to model the continuous/categorical data commonly produced by genetic experiments and large-scale genomic projects. We calculate the posterior probability of each entry to belong to each element (group) in the mixture. In this way, an original set of heterogeneous variables is transformed into a set of purely homogeneous characteristics represented by the probabilities of each entry to belong to the groups. The number of groups in the analysis is controlled dynamically by rendering the groups as 'alive' and 'dormant' depending upon the number of entities classified within them. Using standard Metropolis-Hastings and Gibbs sampling algorithms, we constructed a sampler to approximate posterior moments and grouping probabilities. Since this method does not require the definition of similarity measures, it is especially suitable for data mining and knowledge discovery in biological databases. We applied BClass to classify genes in RegulonDB, a database specialized in information about the transcriptional regulation of gene expression in the bacterium Escherichia coli. The classification obtained is consistent with current knowledge and allowed prediction of missing values for a number of genes. BClass is object-oriented and fully programmed in Lisp-Stat. The output grouping probabilities are analyzed and interpreted using graphical (dynamically linked plots) and query-based approaches. We discuss the advantages of using Lisp-Stat as a programming language as well as the problems we faced when the data volume increased exponentially due to the ever-growing number of genomic projects.

Antonio Smith ¿Historia del paisaje en Chile?

Esta publicación ha sido financiada por el Consejo Nacional de la Cultura y las Artes, Fondo del Libro y la Lectura, Fomento a la Industria 2014 – Línea de Apoyo a Ediciones.Este libro revisa la figura de Antonio Smith (Santiago, 1832-1877) en el campo de las artes visuales de Santiago a fines del siglo XIX. Tanto en su rol en la consolidación en los géneros del paisaje y de la caricatura, como en la formación artística, dada la importancia que tuvo su taller versus la academia. Además, estudia la recepción de su obra por el coleccionismo y la comercialización de las artes y las condiciones de catalogación que han influido en la investigación y difusión de su legado. Catalogando además su producción visual, que se encuentra dispersa en colecciones estatales y privadas, escasamente publicada y, en general, deficientemente registrada

Ética y orientación profesional

The exercise of a professional career was the cusp of a school year of several years, developing and maintaining a job to exercise it from the knowledge acquired in both the theoretical and practical aspects and skills was relatively simple, and then retire and enjoy an income Monthly decorous. At present, the new labor dynamic, of “social security” and even of education, poses new horizons as well as complex challenges to face and solve. Analyze how these new rules impact on individuals, their families and social relationships, is the primary objective of this work, which seeks to unravel what are the practices that the market modifies in the workplace and the mechanisms they use from of forgetting the interests of the individuals and exalting the profits of the companies, at the cost of the benefits or rights that as a worker or employee were acquired by union achievements.El ejercicio de una carrera profesional era la cúspide de un recorrido escolar de varios años, desarrollar y mantener un trabajo para ejercerlo desde el conocimiento adquirido tanto en el aspecto teórico como práctico y de habilidades resultaba relativamente sencillo, para después jubilarse y gozar de un ingreso mensual decoroso. En la actualidad, la nueva dinámica laboral, de “seguridad social” e incluso de la educación, plantea nuevos horizontes así como retos complejos a enfrentar y resolver. Analizar cómo éstas nuevas reglas impactan en los individuos, sus familias y las relaciones sociales, es el objetivo primordial del presente trabajo, en el que se busca desentrañar cuáles son las prácticas que el mercado modifica en el ámbito laboral y los mecanismos que utilizan a partir de olvidar los intereses de los individuos y enalteciendo las ganancias de las empresas, a costa de los beneficios o derechos que como trabajador o empleado se adquirieron por logros sindicales

La discapacidad como parte de la diversidad humana.

EE 121 Influir en la aceptación de la discapacidad como parte de la diversidad humana. Cuando se habla de discapacidad la mayoría de la población asume que se trata de limitaciones físicas y cognitivas que segregan a las personas de la sociedad, sin embargo, en países desarrollados en el tema y tomando en cuenta la discriminación que las personas con discapacidad sufren han innovado nuevos términos como es el caso de diversidad que hace referencia a las características diferenciales de cada persona con el fin de eliminar toda clase de rechazo y burlas. Tomando como referente teórico “Discapacidad y Diversidad” se llevó a cabo el trabajo de investigación con el objetivo de influir en la población infantil como agentes de cambio. El trabajo que hemos realizado es el resultado de un taller de sensibilización realizado con niños de 7 a 11 años que cursan primero, segundo y cuarto primaria del Liceo Antigüeño, en busca de mejorar en ellos el conocimiento previo sobre tales temas por medio de actividades creativas y dinámicas que expandan la diversidad inmersa en el ser humano, buscando conocer la forma en que interpretan y reflejan la experiencia que vivieron durante el desarrollo del mismo. Así mismo se presenta el análisis de la conducta manifiesta de los alumnos y la actitud que tomaron frente a situaciones que los llevó al nivel de asumir un tipo de discapacidad que creó en ellos admiración al comprobar que todos podemos hacer las mismas cosas, pero de diferente manera. Para finalizar se elaboraron las conclusiones del trabajo de investigación, así como recomendaciones para beneficio de la institución, personal docente y alumnos

Evolutionary, structural and functional relationships revealed by comparative analysis of syntenic genes in Rhizobiales

BACKGROUND: Comparative genomics has provided valuable insights into the nature of gene sequence variation and chromosomal organization of closely related bacterial species. However, questions about the biological significance of gene order conservation, or synteny, remain open. Moreover, few comprehensive studies have been reported for rhizobial genomes. RESULTS: We analyzed the genomic sequences of four fast growing Rhizobiales (Sinorhizobium meliloti, Agrobacterium tumefaciens, Mesorhizobium loti and Brucella melitensis). We made a comprehensive gene classification to define chromosomal orthologs, genes with homologs in other replicons such as plasmids, and those which were species-specific. About two thousand genes were predicted to be orthologs in each chromosome and about 80% of these were syntenic. A striking gene colinearity was found in pairs of organisms and a large fraction of the microsyntenic regions and operons were similar. Syntenic products showed higher identity levels than non-syntenic ones, suggesting a resistance to sequence variation due to functional constraints; also, an unusually high fraction of syntenic products contained membranal segments. Syntenic genes encode a high proportion of essential cell functions, presented a high level of functional relationships and a very low horizontal gene transfer rate. The sequence variability of the proteins can be considered the species signature in response to specific niche adaptation. Comparatively, an analysis with genomes of Enterobacteriales showed a different gene organization but gave similar results in the synteny conservation, essential role of syntenic genes and higher functional linkage among the genes of the microsyntenic regions. CONCLUSION: Syntenic bacterial genes represent a commonly evolved group. They not only reveal the core chromosomal segments present in the last common ancestor and determine the metabolic characteristics shared by these microorganisms, but also show resistance to sequence variation and rearrangement, possibly due to their essential character. In Rhizobiales and Enterobacteriales, syntenic genes encode a high proportion of essential cell functions and presented a high level of functional relationships

Re-dirección del enfoque de atención de la orientación profesional ante la transmodernidad

Transmodernity has impacted all aspects of life such as culture, education, politics, economics and the labor market, so the way to be educated is not only in the institutions but in the informality that it is offered in the courses on the Internet; how this discourse impacts in the professional decision of young people, since several thinkers such as Jorge Fernández and María Luisa Rodríguez Moreno demonstrate the erosion of the model of both higher education and the "labor market" as it was known it in modernity. In such a way, with the use of a questionnaire applied to young people of Program 1 high school of the UAZ, that are about to graduate, it is sought to find some answers regarding the factors that lead them to make their vocational decision. Factors such as influence of parents, economics and search for improvement guide students to search opportunities, especially in public institutions and to choose more traditional careers because although the students say to know "the future careers", they continue to define their professional trajectories for situations more in the realm of the emotional than the rational or logical.La transmodernidad ha impactado todos los aspectos de la vida tales como la cultura, la educación, la política, la economía y el mercado laboral, así que la única manera de formarse académicamente no es solamente en las instituciones, sino en la informalidad que ofrecen los cursos en Internet; es así como se busca encontrar cómo ese discurso impacta en la decisión profesional de los jóvenes ya que varios pensadores en la actualidad como Jorge Fernández y María Luisa Rodríguez Moreno manifiestan el desgaste del modelo tanto de la educación superior como del “mercado laboral” como se le conocía en la modernidad. De tal manera que con el uso de un cuestionario aplicado a jóvenes de Preparatoria 1 de la UAZ que están por egresar del NMS se busca encontrar algunas respuestas en cuanto a los factores que los llevan a tomar su decisión vocacional. Factores como la influencia de los padres, los económicos y la búsqueda de superación encaminan a los estudiantes a buscar oportunidades sobre todo en instituciones de carácter público y a elegir carreras más bien tradicionales ya que aunque dicen conocer “las de futuro” siguen definiendo sus trayectorias profesionales por situaciones más en el ámbito de lo emocional que de lo racional o lógico

Pursuing the Perfect Performer of Fermented Beverages: GMMs vs. Microbial Consortium

Fermented beverages are widely diverse around the world and their quality is largely based on the organoleptic characteristics developed by the metabolism of the microorganisms present during fermentation. In order to achieve controllable processes in fermented beverages along with organoleptic complexity, two divergent approaches have been followed in terms of inoculum development: (1) the inoculation of multiple microorganisms, intending to promote synergism and favor organoleptic complexity derived from the metabolic diversity, and (2) the genetic modification of a single strain with the intention that it performs multiple functions. In this chapter, we discuss these divergent approaches, their achievements and perspectives