An immune dysfunction score for stratification of patients with acute infection based on whole-blood gene expression

Dysregulated host responses to infection can lead to organ dysfunction and sepsis, causing millions of global deaths each year. To alleviate this burden, improved prognostication and biomarkers of response are urgently needed. We investigated the use of whole-blood transcriptomics for stratification of patients with severe infection by integrating data from 3149 samples from patients with sepsis due to community-acquired pneumonia or fecal peritonitis admitted to intensive care and healthy individuals into a gene expression reference map. We used this map to derive a quantitative sepsis response signature (SRSq) score reflective of immune dysfunction and predictive of clinical outcomes, which can be estimated using a 7- or 12-gene signature. Last, we built a machine learning framework, SepstratifieR, to deploy SRSq in adult and pediatric bacterial and viral sepsis, H1N1 influenza, and COVID-19, demonstrating clinically relevant stratification across diseases and revealing some of the physiological alterations linking immune dysregulation to mortality. Our method enables early identification of individuals with dysfunctional immune profiles, bringing us closer to precision medicine in infection.peer-reviewe

TA 2018/9 Kongsgårdsgata 1E, Trondheim. Arkeologisk overvåking i forbindelse med reparasjon av vannlekkasje

Sammendrag Tiltaket fant sted ved inngangsporten til gata mellom Artilleribygget og Vertshuset Grenaderen. Overvåkingen viste at området har vært gjenstand for flere moderne inngrep forbundet med vann og avløp, strømkabler og fjernvarme, og det ble for det meste gravd i fyllmasser i større moderne nedgravinger. Lengre mot øst i gata ble det derimot påvist en intakt steinbrolegning og et kulturlag i kanten av en nedgravning. Graving ble stanset her. Brolegningen er trolig rester av et eldre dekke til gata mellom Artilleribygget og Vertshuset Grenaderen (17-1800-talls?). Under dette lå et tykt trekullspettet leirelag som var minst 1 meter tykt. Dette er rasleira som har blitt påvist ved flere undersøkelser i nærheten. Leira stammer fra et ras som gikk i det 1. århundre e.Kr. og som har dannet dagens domkirkeplatå

TA 2018/14 Brattørgata ved Brattørgata 3b. Arkeologisk overvåking av graving i forbindelse med reparasjon av avløp

Overvåkingen av graving for reparasjon av kloakk fant sted 05.09.-06.09.2018. Hullet målte ca 6 m x 6m x 4m dyp. Det ble hovedsakelig fjernet omrørte masser, for det meste fyllmasser i diverse ledningstraseer i gateløpet. Overvåkingen viste at denne delen av Brattørgata er omfattende utsjaktet grunnet graving for flere typer moderne ledninger. Det ble registrert verken intakte lag, gjenstander eller strukturer fra middelalderen. Kun et mindre parti med intakte kulturlag og strukturer fra nyere tid ble påvist i hullets NV hjørne, nærmere bestemt fyllmasse i en avfallsbinge/grop fra tidlig 1700-tallet og en liten del av østre veggen i en utbrent trekjeller. Kjelleren har trolig brent enten i 1681 eller 1708. Kun et mindre parti med uberørt sand undergrunn ble påvist i hullets østre kant. Dette lå ca 1 m under dagens asfalt.Trondheim Kommun

TA2017/13 Børsa Gamle Kirkested, Viggja, Sør-Trøndelag. Etterkontroll i forbindelse med funn av beinrester

Det ble funnet beinrester ved graving av en fiberkabelgrøft i en gate ved nordøstre kanten til Børsa gamle kirkested, Viggja. NIKU gjennomført en etterkontroll 29.09.2017. Grøften ble gravd gjennom en «kokesteinslag» som stammer fra eldre bosetning. Beinrestene funnet på stedet var fra dyr, og trolig utgjør matavfall som er dumpet sammen med steinene. Grøften var dermed ikke gravd i kirkegårdsjord, og ligger utenfor forminnegrensen, som dermed ikke trenger revidering.Riksantikvare

TA2016/25 Munkholmen, Trondheim. Arkeologisk overvåking i forbindelse med sikring av kasematter samt etablering av sti

Overvåking av gravearbeidet forbundet med istandsetting av nordre og søndre kasemattene samt anleggelse av en sti sør for Vaktboligen ble overvåket stykkevis i perioden fra 05.10.2017 til 13.02.2017. Graving foregikk for det meste i meget omrotede lag, fylt med mye bygningsavfall i form av tegl, mørtel og stein. Dette viser til omfattende bygge- og rivningsarbeid, samt gravearbeid og masseforflytning i tiden etter reformasjonen, og spesielt fra slutten av 1600-tallet og fram til 1940- og 1960-tallet. Det ble imidlertid påvist et område med intakte kulturlag fra middelalderen i to stående profiler like sør og øst for nordre kasematten (profil 2 og 3). Det er mulig at en del intakte vernete kulturlag ble gravd bort like sør for søndre kasematt grunnet en misforståelse under gravearbeid. I tillegg ble det påvist et støpt betongplate over nordre kasemattens hvelv som har utgjort gulvet i en tysk toalettbrakke, samt en støpt betongplate som ble anlagt i 1968 til å dekke trappenedgangen til nordre kasematten. Det ble ellers avdekket en del av en avlang, nedbrutt konstruksjon som er av usikker datering like øst for betonggulvet, og deler av en steinbrolegning i forgården til søndre kasematten

TA2016/25 Munkholmen, Trondheim. Arkeologisk overvåking i forbindelse med sikring av kasematter samt etablering av sti

Overvåking av gravearbeidet forbundet med istandsetting av nordre og søndre kasemattene samt anleggelse av en sti sør for Vaktboligen ble overvåket stykkevis i perioden fra 05.10.2017 til 13.02.2017. Graving foregikk for det meste i meget omrotede lag, fylt med mye bygningsavfall i form av tegl, mørtel og stein. Dette viser til omfattende bygge- og rivningsarbeid, samt gravearbeid og masseforflytning i tiden etter reformasjonen, og spesielt fra slutten av 1600-tallet og fram til 1940- og 1960-tallet. Det ble imidlertid påvist et område med intakte kulturlag fra middelalderen i to stående profiler like sør og øst for nordre kasematten (profil 2 og 3). Det er mulig at en del intakte vernete kulturlag ble gravd bort like sør for søndre kasematt grunnet en misforståelse under gravearbeid. I tillegg ble det påvist et støpt betongplate over nordre kasemattens hvelv som har utgjort gulvet i en tysk toalettbrakke, samt en støpt betongplate som ble anlagt i 1968 til å dekke trappenedgangen til nordre kasematten. Det ble ellers avdekket en del av en avlang, nedbrutt konstruksjon som er av usikker datering like øst for betonggulvet, og deler av en steinbrolegning i forgården til søndre kasematten.Statsbygg Midt-Norg

TA 2014/2 Melhus kirke, Sør-Trøndelag. Befaring og arkeologisk kontroll av funn under gulvet

Utført på oppdrag fra Riksantikvare

TA 2016/16 Artilleribygget, Erkebispegården, Trondheim. Arkeologiske forundersøkelse i forbindelse med etablering av dreneringsløsning

Det ble gravd i alt 6 mindre prøvehull for å kartlegge grunnforholdene foran Artilleribygget i forkant av et dreneringstiltak. I prøvehullene 3 og 4 ble det påvist en moderne kabelgrøft som lå nord for og parallell med dagens helledekke. Grøften var ca 1 m dyp og minst 0,70 m bred og fylt med påført masse. Grøften ble ikke påvist i hull 5, noe som tyder på at grøften svinger mot NØ like øst for hull 4. I dette hullet ble det påvist del av en mulig stein grunnmur på en dybde på 30 cm som kan være av enten senmiddelaldersk eller nyer tids datering. Lengre vest viste både hull 6 og hull 2 til at det eldre nivået med betongheller som ligger under dagens heller har blitt fjernet her. Området har trolig samtidig blitt oppgravd og gjenfylt med større steiner samt fragmenter av betonghellene som ble fjernet