Uncertainty-Aware Organ Classification for Surgical Data Science Applications in Laparoscopy

Objective: Surgical data science is evolving into a research field that aims to observe everything occurring within and around the treatment process to provide situation-aware data-driven assistance. In the context of endoscopic video analysis, the accurate classification of organs in the field of view of the camera proffers a technical challenge. Herein, we propose a new approach to anatomical structure classification and image tagging that features an intrinsic measure of confidence to estimate its own performance with high reliability and which can be applied to both RGB and multispectral imaging (MI) data. Methods: Organ recognition is performed using a superpixel classification strategy based on textural and reflectance information. Classification confidence is estimated by analyzing the dispersion of class probabilities. Assessment of the proposed technology is performed through a comprehensive in vivo study with seven pigs. Results: When applied to image tagging, mean accuracy in our experiments increased from 65% (RGB) and 80% (MI) to 90% (RGB) and 96% (MI) with the confidence measure. Conclusion: Results showed that the confidence measure had a significant influence on the classification accuracy, and MI data are better suited for anatomical structure labeling than RGB data. Significance: This work significantly enhances the state of art in automatic labeling of endoscopic videos by introducing the use of the confidence metric, and by being the first study to use MI data for in vivo laparoscopic tissue classification. The data of our experiments will be released as the first in vivo MI dataset upon publication of this paper.Comment: 7 pages, 6 images, 2 table

Cultivo de arroz irrigado orgânico no Rio Grande do Sul.

bitstream/item/46576/1/sistema-17.pd

Identificação e controle com antibióticos de bactérias endofíticas contaminantes em explantes de batata micropropagados.

Este trabalho teve por objetivos isolar, caracterizar e identificar bactérias endofíticas contaminantes encontradas em tecidos de batata durante a micropropagação e selecionar antibióticos para o controle in vitro desses microrganismos por meio da determinação da concentração bactericida mínima inibitória. Brotações de batata apresentando contaminação bacteriana durante a etapa de multiplicação in vitro, foram superficialmente esterilizadas e os internódios transferidos para placas de Petri com ágar nutriente, onde permaneceram incubadas a 28°C por até cinco dias. Após purificação, as bactérias foram caracterizadas e identificadas por testes taxonômicos. Um total de oito estirpes bacterianas foram isoladas e identificadas como pertencentes às famílias Acetobacteriaceae (1) e Enterobacteriaceae (2) e aos gêneros Corynebacterium (3), Pseudomonas (1) e Xanthomonas (1). Os melhores resultados para a inibição do crescimento bacteriano foram obtidos com os antibióticos ampicilina, cloranfenicol, estreptomicina e tetraciclina em concentrações que variaram de 32 a 256 mg L-1

Lack Of Mutations Of Exon 2 Of The Men1 Gene In Endocrine And Nonendocrine Sporadic Tumors.

In addition to the mutations that underlie most cases of the multiple endocrine neoplasia type 1 (MEN1) syndrome, somatic mutations of the MEN1 gene have also been described in sporadic tumors like gastrinomas, insulinomas and bronchial carcinoid neoplasm. We examined exon 2 of this gene, where most of the mutations have been described, in 148 endocrine and nonendocrine sporadic tumors. DNA was obtained by phenol/chloroform extraction and ethanol precipitation from 92 formalin-fixed, paraffin-embedded samples, and from 40 fresh tumor tissue samples. We used 5 pairs of primers to encompass the complete coding sequence of exon 2 of the MEN1 gene that was screened by the polymerase chain reaction-single-stranded conformation polymorphism (PCR-SSCP) technique in 78 sporadic thyroid cancers: 28 follicular adenomas, 35 papillary carcinomas, 14 follicular carcinomas, and 1 anaplastic thyroid carcinoma. We also examined 46 adrenal lesions (3 hyperplasias, 3 adenomas and 35 adrenocortical carcinomas, 2 pheochromocytomas, 2 ganglioneuroblastomas, and 1 lymphoma) and 24 breast cancers (6 noninvasive, 16 infiltrating ductal, and 2 invasive lobular tumors). The PCR product of 5 tumors suspected to present band shifts by SSCP was cloned. Direct sense and antisense sequencing did not identify mutations. These results suggest that the MEN1 gene is not important in breast, thyroid or adrenal sporadic tumorigenesis. Because the frequency of mutations varies significantly among tumor subgroups and allelic deletions are frequently observed at 11q13 in thyroid and adrenal cancers, another tumor suppressor gene residing in this region is likely to be involved in the tumorigenesis of these neoplasms.34861-

Suprimento de nutrientes para a produção orgânica de arroz irrigado.

bitstream/item/31630/1/comunicado97.pd

Análise multiespectral de medidas de complexidade utilizando o software CompPlexus aplicado a dados do sensor ASTER.

Neste trabalho, será avaliado a eficiência do software CompPlexus na análise multiespectral de complexidade de alvos distintos utilizando bandas do sensor ASTER ? Advanced Spaceborne Thermal Emission and Reflection Radiometer

Criticalidade auto-organizada no cerrado? Invariância escalar dos padrões texturais e espectrais de fitosionomias do cerrado paulista.

Padrões presentes em uma paisagem podem estar associados importantes processos relativos à organização e dinâmica do sistema. Objetivo: O objetivo do presente trabalho foi avaliar, a partir de algumas métricas derivadas do paradigma da complexidade, a complexidade dos padrões texturais e espectrais de fisionomias do Cerrado paulista a fim de verificar quais propriedades relativas à sua organização e dinâmica tais padrões podem revelar. Metodologia: Para tanto, imagens do sensor Aster de três unidades de conservação do estado de São Paulo foram analisadas, utilizando-se dois tipos de medidas (dimensão fractal e medidas baseadas na entropia informacional) para avaliar a complexidade dos padrões texturais e espectrais das fisionomias. Resultados e discussão: Todas as fisionomias, nas três localidades estudadas e para todas as medidas usadas, apresentarem em diversas ocasiões a ocorrência de padrões texturais e espectrais que se repetem em diferentes escalas. A principal implicação desses resultados diz respeito às inferências sobre a dinâmica do Cerrado: a invariância escalar é uma característica marcante de sistemas que se desenvolvem longe do equilíbrio. Mais do que isso, é um grande indicativo de que o sistema pode apresentar criticalidade auto-organizada.Edição especia