A systematic comparison of pan-Trk immunohistochemistry assays among multiple cancer types

AIMS NTRK rearranged tumours are rare but can be successfully treated using anti-TRK-targeted therapies, making NTRK testing important for treatment choices in patients with advanced cancers. Pan-Trk immunohistochemistry (IHC) has become a valuable and affordable screening tool in many laboratories. Unfortunately, the choice of antibodies and IHC protocols to investigate biomarkers is not standardised. In this study, we compared the performance of four pan-Trk IHC methods, using three different clones, primarily in NTRK fusion-positive tumours. METHODS AND RESULTS We studied the performance of four pan-Trk IHC methods using three different clones: EPR17341 (Abcam and Ventana), EP1058Y (Abcam) and A7H6R (Cell Signaling) in 22 molecularly confirmed NTRK rearranged tumours. Additionally, selected NTRK fusion-negative tumours were further included: NTRK mutated (n = 8) and amplified (n = 15) tumours as well as NTRK fusion-negative tumours driven by other gene fusions, such as ALK, ROS1 and BCOR (n = 20), as well as salivary gland tumours (n = 16). Inter-rater agreement of three pathologists was additionally calculated, including H-score. With clone EPR17341 (Abcam in-house and ready-to-use Ventana protocol), all molecularly confirmed NTRK1-3 rearranged tumours were positively detected by immunohistochemistry, while the other clones missed NTRK2-3 rearranged tumours. For the fusion-negative cohort we found the best performance (least false-positive cases) using the clone A7H6R (Cell Signalling). CONCLUSION Given the therapeutic importance, testing for NTRK rearrangements in daily practice has become necessary and, despite IHC being a fast and affordable tool, using it in routine diagnostics is complicated and requires a high level of expertise

When the murmur becomes word

El presente artículo tiene como objetivo compartir la experiencia comunicacional que viene llevando a cabo la Central de Trabajadores de la Argentina (CTA) de la Provincia de Buenos Aires en articulación con la Universidad Nacional de La Plata (UNLP) a raíz del convenio de cooperación firmado entre ambos para la ejecución conjunta y coordinada de proyectos de investigación, de docencia y de extensión. En este marco, se propuso que la Facultad de Periodismo y Comunicación Social (FPyCS), desde la Tecnicatura en Comunicación Popular, brindara capacitación específica en comunicación a los/las trabajadores/as. La propuesta consistió en brindar talleres de comunicación para la capacitación de las y los trabajadores sindicalizados para que pudieran producir su propia información, apropiándose de las herramientas para construir sus propios mensajes, con el objetivo de generar un espacio de capacitación para que puedan ejercer el derecho a la comunicación.This article aims to share the communicational experience that has been carrying out the Central of Argentine Workers (CTA) of the Province of Buenos Aires in coordination with the National University of La Plata (UNLP) following a cooperation agreement signed between both institutions for joint and coordinated execution of research, teaching and extension projects. In this context, it was proposed that the Faculty of Journalism and Communication (FPyCS), from the Tecnicatura in Popular Communication, would provide specific training in communication to the workers. The proposal was to provide communication workshops for training of unionized workers so they could produce their own information, appropriating the tools to build their own messages, with the aim of creating a space for training so they can exercise the right of communication.Informes de Proyectos - Programas de ExtensiónFacultad de Periodismo y Comunicación Socia

Manos de la tierra, voces con aire

Este trabajo pretende compartir la experiencia pedagógica realizada entre el Taller de producción y realización de contenidos, de la Tecnicatura en Comunicación Popular de la Facultad de Periodismo y Comunicación Social en conjunto con el proyecto Manos de la tierra que convoca productores y productoras del cinturón hortícola de La Plata y Gran la Plata. A partir de una propuesta curricular adaptada al trabajo con la organización, con docentes y dirigentes guiando el proceso, se llegó a un diagnostico participativo de las necesidades comunicacionales y se logró evaluar , planificar y gestionar una estrategia conjunta, en la que los saberes de las personas participantes, tanto estudiantes como productoras, se combinaron y potenciaron . Se trabajó la producción de mensajes, propios, grupales a partir de las necesidades de las personas productoras hortícolas, analizando sus problemática, poniendo relieve y énfasis en sus vivencias vinculadas a la producción y la construcción de la organización. Durante el proceso se problematizó la perspectiva de género en la construcción del discurso abriendo espacios de reflexión al respecto. Y se puso énfasis de contenidos en comunicación popular teniendo esa perspectiva, teniendo en cuenta que en manos de la Tierra, la mayoría son mujeres. La feria y radio abierta que se realizó al finalizar la cursada sumo a otras cátedras de la Tecnicatura en Comunicación Popular, y dio cuenta de un proceso que recién comienza, ya que a partir de esta experiencia se abrieron perspectivas de trabajo conjunta para dar respuesta a las necesidades de un sector muy importante y muy vulnerable de la sociedad local, como son las personas que se dedican a la agricultura familiar en el cinturón hortícola de La Plata y Gran La Plata.Trabajo publicado en Giordano, Carlos José y Morandi, Glenda (comps.). Memorias de las 2º Jornadas sobre las Prácticas Docentes en la Universidad Pública. La enseñanza universitaria a 100 años de la reforma: legados, transformaciones y compromisos. Universidad Nacional de La Plata: La Plata, 2019.Presidenci

Manos de la tierra, voces con aire

Este trabajo pretende compartir la experiencia pedagógica realizada entre el Taller de producción y realización de contenidos, de la Tecnicatura en Comunicación Popular de la Facultad de Periodismo y Comunicación Social en conjunto con el proyecto Manos de la tierra que convoca productores y productoras del cinturón hortícola de La Plata y Gran la Plata. A partir de una propuesta curricular adaptada al trabajo con la organización, con docentes y dirigentes guiando el proceso, se llegó a un diagnostico participativo de las necesidades comunicacionales y se logró evaluar , planificar y gestionar una estrategia conjunta, en la que los saberes de las personas participantes, tanto estudiantes como productoras, se combinaron y potenciaron . Se trabajó la producción de mensajes, propios, grupales a partir de las necesidades de las personas productoras hortícolas, analizando sus problemática, poniendo relieve y énfasis en sus vivencias vinculadas a la producción y la construcción de la organización. Durante el proceso se problematizó la perspectiva de género en la construcción del discurso abriendo espacios de reflexión al respecto. Y se puso énfasis de contenidos en comunicación popular teniendo esa perspectiva, teniendo en cuenta que en manos de la Tierra, la mayoría son mujeres. La feria y radio abierta que se realizó al finalizar la cursada sumo a otras cátedras de la Tecnicatura en Comunicación Popular, y dio cuenta de un proceso que recién comienza, ya que a partir de esta experiencia se abrieron perspectivas de trabajo conjunta para dar respuesta a las necesidades de un sector muy importante y muy vulnerable de la sociedad local, como son las personas que se dedican a la agricultura familiar en el cinturón hortícola de La Plata y Gran La Plata.Trabajo publicado en Giordano, Carlos José y Morandi, Glenda (comps.). Memorias de las 2º Jornadas sobre las Prácticas Docentes en la Universidad Pública. La enseñanza universitaria a 100 años de la reforma: legados, transformaciones y compromisos. Universidad Nacional de La Plata: La Plata, 2019.Presidenci

Manos de la tierra, voces con aire

Este trabajo pretende compartir la experiencia pedagógica realizada entre el Taller de producción y realización de contenidos, de la Tecnicatura en Comunicación Popular de la Facultad de Periodismo y Comunicación Social en conjunto con el proyecto Manos de la tierra que convoca productores y productoras del cinturón hortícola de La Plata y Gran la Plata. A partir de una propuesta curricular adaptada al trabajo con la organización, con docentes y dirigentes guiando el proceso, se llegó a un diagnostico participativo de las necesidades comunicacionales y se logró evaluar , planificar y gestionar una estrategia conjunta, en la que los saberes de las personas participantes, tanto estudiantes como productoras, se combinaron y potenciaron . Se trabajó la producción de mensajes, propios, grupales a partir de las necesidades de las personas productoras hortícolas, analizando sus problemática, poniendo relieve y énfasis en sus vivencias vinculadas a la producción y la construcción de la organización. Durante el proceso se problematizó la perspectiva de género en la construcción del discurso abriendo espacios de reflexión al respecto. Y se puso énfasis de contenidos en comunicación popular teniendo esa perspectiva, teniendo en cuenta que en manos de la Tierra, la mayoría son mujeres. La feria y radio abierta que se realizó al finalizar la cursada sumo a otras cátedras de la Tecnicatura en Comunicación Popular, y dio cuenta de un proceso que recién comienza, ya que a partir de esta experiencia se abrieron perspectivas de trabajo conjunta para dar respuesta a las necesidades de un sector muy importante y muy vulnerable de la sociedad local, como son las personas que se dedican a la agricultura familiar en el cinturón hortícola de La Plata y Gran La Plata.Trabajo publicado en Giordano, Carlos José y Morandi, Glenda (comps.). Memorias de las 2º Jornadas sobre las Prácticas Docentes en la Universidad Pública. La enseñanza universitaria a 100 años de la reforma: legados, transformaciones y compromisos. Universidad Nacional de La Plata: La Plata, 2019.Presidenci

Cross-species evaluation of fibroblast activation protein alpha as potential imaging target for soft tissue sarcoma: a comparative immunohistochemical study in humans, dogs, and cats

INTRODUCTION: Complete surgical tumor resection is paramount in the management of soft tissue sarcoma (STS) in humans, dogs, and cats alike. Near-infrared targeted tracers for fluorescence-guided surgery (FGS) could facilitate intraoperative visualization of the tumor and improve resection accuracy. Target identification is complicated in STS due to the rarity and heterogeneity of the disease. This study aims to validate the expression of fibroblast activation protein alpha (FAP) in selected human, canine, and feline STS subtypes to assess the value of FAP as a target for FGS and to validate companion animals as a translational model. METHODS: Formalin-fixed and paraffin-embedded tissue samples from 53 canine STSs (perivascular wall tumor (PWT), canine fibrosarcoma (cFS), and STS not further specified (NOS)), 24 feline fibrosarcomas, and 39 human STSs (myxofibrosarcoma, undifferentiated pleomorphic sarcoma, dermatofibrosarcoma protuberans, and malignant peripheral nerve sheath tumor) as well as six canine and seven feline healthy controls and 10 inflamed tissue samples were immunohistochemically stained for their FAP expression. FAP labeling in tumor, peritumoral, healthy skin, and inflamed tissue samples was quantified using a visually assessed semiquantitative expression score and digital image analysis. Target selection criteria (TASC) scoring was subsequently performed as previously described. RESULTS: Eighty-five percent (85%) of human (33/39), 76% of canine (40/53), and 92% of feline (22/24) STSs showed FAP positivity in over 10% of the tumor cells. A high expression was determined in 53% canine (28/53), 67% feline (16/24), and 44% human STSs (17/39). The average FAP-labeled area of canine, feline, and human STSs was 31%, 33%, and 42%, respectively (p > 0.8990). The FAP-positive tumor area was larger in STS compared to healthy and peritumoral tissue samples (p < 0.0001). TASC scores were above 18 for all feline and human STS subtypes and canine PWTs but not for canine STS NOS and cFS. CONCLUSION: This study represents the first cross-species target evaluation of FAP for STS. Our results demonstrate that FAP expression is increased in various STS subtypes compared to non-cancerous tissues across species, thereby validating dogs and cats as suitable animal models. Based on a TASC score, FAP could be considered a target for FGS

Molecular and immunophenotypic characterization of SMARCB1 (INI1) - deficient intrathoracic Neoplasms

The switch/sucrose-non-fermenting (SWI/SNF) complex is an ATP-dependent chromatin remodeling complex that plays important roles in DNA repair, transcription and cell differentiation. This complex consists of multiple subunits and is of particular interest in thoracic malignancies due to frequent subunit alteration of SMARCA4 (BRG1). Much less is known about SMARCB1 (INI1) deficient intrathoracic neoplasms, which are rare, often misclassified and understudied. In a retrospective analysis of 1479 intrathoracic malignant neoplasms using immunohistochemistry for INI1 (SMARCB1) on tissue micro arrays (TMA) and a search through our hospital sarcoma database, we identified in total nine intrathoracic, INI1 deficient cases (n = 9). We characterized these cases further by additional immunohistochemistry, broad targeted genomic analysis, methylation profiling and correlated them with clinical and radiological data. This showed that genomic SMARCB1 together with tumor suppressor alterations drive tumorigenesis in some of these cases, rather than epigenetic changes such as DNA methylation. A proper diagnostic classification, however, remains challenging. Intrathoracic tumors with loss or alteration of SMARCB1 (INI1) are highly aggressive and remain often underdiagnosed due to their rarity, which leads to false diagnostic interpretations. A better understanding of these tumors and proper diagnosis is important for better patient care as clinical trials and more targeted therapeutic options are emerging

Addressing Modern Diagnostic Pathology for Patient-Derived Soft Tissue Sarcosphere Models in the Era of Functional Precision Oncology

Responses to therapy often cannot be exclusively predicted by molecular markers, thus evidencing a critical need to develop tools for better patient selection based on relations between tumor phenotype and genotype. Patient-derived cell models could help to better refine patient stratification procedures and lead to improved clinical management. So far, such ex vivo cell models have been used for addressing basic research questions and in preclinical studies. As they now enter the era of functional precision oncology, it is of utmost importance that they meet quality standards to fully represent the molecular and phenotypical architecture of patients' tumors. Well-characterized ex vivo models are imperative for rare cancer types with high patient heterogeneity and unknown driver mutations. Soft tissue sarcomas account for a very rare, heterogeneous group of malignancies that are challenging from a diagnostic standpoint and difficult to treat in a metastatic setting because of chemotherapy resistance and a lack of targeted treatment options. Functional drug screening in patient-derived cancer cell models is a more recent approach for discovering novel therapeutic candidate drugs. However, because of the rarity and heterogeneity of soft tissue sarcomas, the number of well-established and characterized sarcoma cell models is extremely limited. Within our hospital-based platform we establish high-fidelity patient-derived ex vivo cancer models from solid tumors for enabling functional precision oncology and addressing research questions to overcome this problem. We here present 5 novel, well-characterized, complex-karyotype ex vivo soft tissue sarcosphere models, which are effective tools to study molecular pathogenesis and identify the novel drug sensitivities of these genetically complex diseases. We addressed the quality standards that should be generally considered for the characterization of such ex vivo models. More broadly, we suggest a scalable platform to provide high-fidelity ex vivo models to the scientific community and enable functional precision oncology

Baseline Dietary Restraint Predicts Negative Treatment Outcomes after 12 Months in Children and Adolescents with Obesity Participating in a Lifestyle Intervention

Objective: Current lifestyle interventions for children and adolescents with obesity often exclude patients with an eating pathology, leaving the impact of eating pathologies on treatment outcomes largely unconsidered. We investigated the predictive value of disordered eating symptoms on BMI z-score reduction in a sample of 111 German children and adolescents with overweight (90th percentile ≤ BMI &#x3c; 97th percentile) and obesity (BMI &#x3e; 97th percentile) aged 7–15 years in an outpatient lifestyle intervention program. Methods: We defined a BMI z-score reduction of more than 5% after 12 months as a successful outcome. Disordered eating symptoms (i.e., dietary restraint, emotional eating, external eating, and binge eating) were assessed at baseline with the Eating Pattern Inventory (EPI-C) and the “bulimia” scale of the Eating Disorder Inventory (EDI-2). Covariates were: baseline z-BMI, age, gender, and maternal education level. Results: Multiple regression analysis revealed that dietary restraint significantly predicted change in BMI z-scores between baseline and T1. Higher levels of dietary restraint were associated with a lower BMI z-score reduction between T0 and T1. To compare non-completers with completers on the 4 eating behavior scales, we used MANCOVA. At baseline, children who subsequently dropped out of the program prematurely showed significantly higher dietary restraint scores than children who completed the intervention, irrespectively of their gender, age, and BMI z-score at baseline and their mother’s education level. Discussion: Our results provide further evidence that the analysis of treatment processes in lifestyle intervention programs for children and adolescents with overweight and obesity should take into account a broader multidimensional approach including eating and dietary habits