Seroprevalence of rubella in Colombia: a birth-year cohort analysis

OBJETIVO : Estimar la seroprevalencia de rubéola y factores asociados. METODOS : Estudio de seroprevalencia poblacional con una muestra aleatoria de 2.124 individuos de seis a 64 años, representativa por edad, sexo y área en Medellín, Colombia, 2009. Se analizó la asociación de variables biológicas y socioeconómicas con la seroprotección para rubéola, según la cohorte del año de nacimiento antes (1954 a 1990) y después (1991 a 2003) del inicio de la vacunación universal. Se determinaron los títulos de IgG con pruebas de alta sensibilidad (AxSYM ® Rubella IgG – Laboratorio Abbott) y especificidad (VIDAS RUB IgG II ® – Laboratorio BioMerieux). Se estimaron proporciones y promedios ponderados derivados de un muestreo complejo incluyendo un factor de corrección por las diferencias en la participación por sexo. Se analizó la asociación de la protección por grupos de variables biológicas y sociales con un modelo de regresión logística, según la cohorte de nacimiento. RESULTADOS : Los títulos promedio de IgG fueron más altos en los nacidos antes del inicio de la vacunación (media 110 UI/ml; IC95% 100,5;120,2) que en los nacidos después (media 64 UI/ml; IC95% 54,4;72,8), p = 0,000. La proporción de protección fue creciente de 88,9% en los nacidos en 1990-1994, de 89,2% en 1995-1999 y de 92,1% en 2000 a 2003, posiblemente relacionado con la administración del refuerzo desde 1998. En los nacidos antes del inicio de la vacunación, la seroprotección estuvo asociada con el antecedente de contacto con casos (RD 2,6; IC95% 1,1;5,9), el estado de salud (RD 2,5; IC95% 1,05;6,0), el nivel de escolaridad (RD 0,2; IC95% 0,08;0,8) y los años de residencia del hogar en el barrio (RD 0,96; IC95% 0,98;1,0), luego de ajustar por todas las variables. En los nacidos después se asoció con el tiempo de sueño efectivo (RD 1,4; IC95%1,09;1,8) y el estado de salud (RD 5,5; IC95%1,2;23,8). CONCLUSIONES : La vacunación masiva generó un cambio en el perfil de seroprevalencia, siendo mayores los títulos en quienes nacieron antes del inicio de la vacunación. Se recomienda monitorear el sostenimiento del nivel de protección a largo plazo y concertar acciones para el mejoramiento de las condiciones socioeconómicas potencialmente asociadas.OBJECTIVE : To estimate the seroprevalence of rubella and associated factors. METHODS : Population-based seroprevalence study in a random sample of 2,124 individuals, aged six to 64 years, representative by age, sex and area in Medellín, Colombia, 2009. Biological and socioeconomic variables were analyzed for their association with serum protection against rubella, according to birth-year cohort; those born before (1954-1990) and after (1991-2003) the introduction of universal immunization. Titer of IgG antibodies against the rubella virus was detected using a high sensitivity (AxSYM®Rubella IgG – Abbott Laboratories) and a high specificity test (VIDAS RUB IgG II®– BioMerieux Laboratories). Proportions and weighted averages derived from a complex sample, including a correction factor for differences in gender participation, were estimated. Association with protection for groups of biological and social variables according to birth cohort was analyzed using a logistic regression model. RESULTS : Titers of IgG antibodies were higher in those born before (mean 110 UI/ml, 95%CI 100.5;120.2) compared to those born after (mean 64 UI/ml; 95%CI 54.4;72.8; p = 0.000) the introduction of mass immunization. The proportion of protection increased from 88.9% in those born 1990-1994, to 89.2% in those born 1995-1999 and to 92.1% in those born between 2000 and 2003, possibly due to boosters being administered from 1998 onwards. In those born before the introduction of the immunization, seroprotection was associated with previous contact with cases (OR 2.6; 95%CI 1.1;5.9), self- perceived health status (OR 2.5; 95%CI 1.05;6.0), educational level (OR 0.2; 95%CI 0.08;0.8) and years of residence in the neighborhood (RD 0,96; 95%CI 0.98;1.0) after adjusting for all variables. In those born after, serum protection was associated with effective sleep time (OR 1,4; 95%CI 1.09;1.8) and self-perceived health status (OR 5.5; 95%CI 1.2;23.8). CONCLUSIONS : The seroprevalence profile changed with the mass immunization plan, with higher titers of IgG antibodies in those born before the start of the immunization. It is recommended that the level of long-term protection be monitored and concerted action taken to improve potentially associated socioeconomic conditions.OBJETIVO : Estimar a soroprevalência de rubéola e fatores associados. MÉTODOS : Estudo de soroprevalência em população a través de uma amostra aleatória de 2.124 indivíduos de seis a 64 anos, representativa por idade, sexo e área em Medellín, Colômbia, 2009. Foi analisada a associação de variáveis biológicas e socioeconômicas com a soroproteção para rubéola, de acordo com a coorte de nascimento antes (1954 a 1990) e depois (1991 a 2003) do inicio da vacinação universal. Foram determinados os títulos de IgG com testes de alta sensibilidade (AxSYM® Rubella IgG – Laboratório Abbott) e especificidade (VIDAS RUB IgG II® – Laboratório BioMerieux). Foram estimadas proporções e médias ponderadas derivadas de amostragem complexa incluindo um fator de correição pelas diferenças na participação por sexo. Foi analisada a associação da proteção por grupos de variáveis biológicas e sociais com um modelo de regressão logística, segundo a coorte de nascimento. RESULTADOS : As médias dos títulos de IgG foram maiores nos nascidos antes do inicio da vacinação (média 110UI/ml; IC95% 100,5;120,2) do que nos nascidos posteriormente (média 64 UI/ml; IC 95% 54,4;72,8), p = 0,000. A proporção de proteção foi crescente de 88,9% nos nascidos em 1990-1994, de 89,2% em 1995-1999 e de 92,1% em 2000 a 2003, provavelmente relacionado à administração do reforço desde 1998. A soroproteção esteve associada nos nascidos antes com o fato de ter contato com casos (RD 2,6; IC95% 1,1;5,9), o estado de saúde (RD 2,5; IC95% 1,05;6,0), o nível de escolaridade (RD 0,2; IC95% 0,08;0,8) e os anos morando no bairro (RD 0,96; IC95% 0,98;1,0), após ajuste por todas as variáveis. Nos nascidos posteriormente, houve associação com o tempo de sono efetivo (RD 1,4; IC95% 1,09;1,8) e o estado de saúde (RD 5,5; IC95% 1,2;23,8). CONCLUSÕES : A vacinação massiva gerou mudanças no perfil da soroprevalência, sendo maiores os títulos naqueles nascidos antes do inicio da vacinação. Propõe-se realizar monitoramento do nível de proteção em longo prazo e concertar ações para aprimorar as condições socioeconômicas potencialmente associadas

Seroprevalencia de rubeola en Colombia: un analisis por cohorte de nacimiento

OBJETIVO : Estimar la seroprevalencia de rubéola y factores asociados. METODOS : Estudio de seroprevalencia poblacional con una muestra aleatoria de 2.124 individuos de seis a 64 años, representativa por edad, sexo y área en Medellín, Colombia, 2009. Se analizó la asociación de variables biológicas y socioeconómicas con la seroprotección para rubéola, según la cohorte del año de nacimiento antes (1954 a 1990) y después (1991 a 2003) del inicio de la vacunación universal. Se determinaron los títulos de IgG con pruebas de alta sensibilidad (AxSYM ® Rubella IgG – Laboratorio Abbott) y especificidad (VIDAS RUB IgG II ® – Laboratorio BioMerieux). Se estimaron proporciones y promedios ponderados derivados de un muestreo complejo incluyendo un factor de corrección por las diferencias en la participación por sexo. Se analizó la asociación de la protección por grupos de variables biológicas y sociales con un modelo de regresión logística, según la cohorte de nacimiento. RESULTADOS : Los títulos promedio de IgG fueron más altos en los nacidos antes del inicio de la vacunación (media 110 UI/ml; IC95% 100,5;120,2) que en los nacidos después (media 64 UI/ml; IC95% 54,4;72,8), p = 0,000. La proporción de protección fue creciente de 88,9% en los nacidos en 1990-1994, de 89,2% en 1995-1999 y de 92,1% en 2000 a 2003, posiblemente relacionado con la administración del refuerzo desde 1998. En los nacidos antes del inicio de la vacunación, la seroprotección estuvo asociada con el antecedente de contacto con casos (RD 2,6; IC95% 1,1;5,9), el estado de salud (RD 2,5; IC95% 1,05;6,0), el nivel de escolaridad (RD 0,2; IC95% 0,08;0,8) y los años de residencia del hogar en el barrio (RD 0,96; IC95% 0,98;1,0), luego de ajustar por todas las variables. En los nacidos después se asoció con el tiempo de sueño efectivo (RD 1,4; IC95%1,09;1,8) y el estado de salud (RD 5,5; IC95%1,2;23,8). CONCLUSIONES : La vacunación masiva generó un cambio en el perfil de seroprevalencia, siendo mayores los títulos en quienes nacieron antes del inicio de la vacunación. Se recomienda monitorear el sostenimiento del nivel de protección a largo plazo y concertar acciones para el mejoramiento de las condiciones socioeconómicas potencialmente asociadas

Comparison of loop-mediated isothermal amplification, polymerase chain reaction, and selective isolation assays for detection of Xanthomonas albilineans from sugarcane

A loop-mediated isothermal amplification (LAMP) assay was developed and compared to polymerase chain reaction (PCR), nested PCR, and selective isolation assays for detection of Xanthomonas albilineans, the causal agent of sugarcane leaf scald. The pathogen was isolated on selective medium from 44 out of 45 (98%) samples taken from symptomatic stalks, and from 44 out of 70 (63%) samples from asymptomatic stalks that were collected from plots with symptomatic stalks. Forty-two (93%), 41 (91%), and 42 (93%) symptomatic samples tested positive by LAMP, PCR and nested PCR, respectively. The pathogen was detected in 19 (27%), 8 (11%), and 25 (36%) of the 70 asymptomatic samples by LAMP, PCR and nested PCR, respectively. Symptomatic stalks were mainly, but not always, associated with high populations of the pathogen (107–109 CFU/ml), and asymptomatic stalks with low populations (<103 CFU/ml) or no bacteria. Although our LAMP and nested PCR methods detected 10 CFU/ml of X. albilineans in suspensions prepared with pure culture, they sometimes failed to detect the pathogen in samples with low pathogen populations. Isolation on selective medium along with another method should therefore be used for detection of the pathogen in asymptomatic stalks, especially in quarantine programs

Eight Species of Poaceae Are Hosting Different Genetic and Pathogenic Strains of Sugarcane Mosaic Virus in the Everglades Agricultural Area

International audienceSugarcane mosaic virus (SCMV) was detected by reverse transcription polymerase chain reaction in eight different species of the Poaceae family in the Everglades Agricultural Area (EAA) of south Florida: broadleaf signalgrass (Urochloa platyphylla), Columbus grass (Sorghum almum), goosegrass (Eleusine indica), maize (Zea mays), sorghum (Sorghum bicolor), St. Augustine grass (Stenotaphrum secundatum), southern crabgrass (Digitaria ciliaris), and sugarcane (Saccharum interspecific hybrids). Based on their coat protein (CP) gene sequence, 62 isolates of SCMV from Florida and 29 worldwide isolates representing the known genetic diversity of this virus were distributed into eight major phylogenetic groups. SCMV isolates infecting Columbus grass, maize, and sorghum in Florida formed a unique group, whereas virus isolates infecting sugarcane in the United States (Florida and Louisiana) clustered with isolates from other countries. Based on the entire genome coding region, SCMV isolates infecting sugarcane in Florida were closest to virus isolates infecting sorghum species or St. Augustine grass. Virus isolates from Columbus grass, St. Augustine grass, and sugarcane showed different virulence patterns after mechanical inoculation of Columbus grass, St. Augustine grass, and sugarcane plants, thus proving that these isolates were different pathogenic strains. Sugarcane was symptomless and tested negative for SCMV by tissue blot immunoassay after inoculation with crude sap from SCMV-infected Columbus grass, indicating that Columbus grass was not a reservoir for SCMV infecting sugarcane in the EAA. Close CP sequence identity between isolates of SCMV from Columbus grass, maize, and sorghum suggested that the same virus strain was naturally spreading between these three plants in south Florida