A Sigmoidal Model for the Interpretation of Quantitative PCR (QPCR) Experiments

Real-time or quantitative PCR (qPCR) is the most commonly used technique for estimating the amount of starting nucleic acids in a PCR or RT-PCR reaction. Quantification of PCR product is achieved in real time by measuring the increase in fluorescence of intercalating dyes, labeled primers or oligonucleotides in the presence of double stranded DNA. This amplification curve follows a sigmoid behavior and is used to estimate the relative and/or absolute amount of template using different methods and assumptions. Estimation of C0 normally requires the measurement of a threshold cycle and some assumption about the efficiency of the reaction. An accurate estimation of efficiency is paramount for a precise determination of template levels at time zero. Several non-linear fitting methods have been implemented to model the sigmoid behavior using different empirical models with varying amounts of parameters; however, interpretation of the corresponding parameters is not straightforward. In this paper a model of PCR amplification is deduced and used in the interpretation of qPCR experiments. A non-linear regression analysis of this equation gives a direct estimation of C0 and automatically calculates a parameter k related to the reaction efficiency. This model takes into account non-idealities in the amplification reaction and avoids a priori assumptions about efficiency

Diseño de un sistema de costos por procesos, aplicando la metodología ABC para la empresa Martha Lucia Guzmán Sánchez – Tex & Color

El estudio de costos es uno de los factores más importantes en las empresas, especialmente en las empresas que se dedican a las actividades comerciales como es el caso de la empresa Martha Lucia Guzmán Sánchez - Tex & Color, empresa dedicada a la fabricación y venta de acabados para obra blanca (vinilos, estucos y grafiado). De igual manera este estudio de costeo será la base para el mejoramiento de la productividad de la empresa, lo cual representará a la empresa una mayor competitividad en el mercado de la obra blanca; esto se dará gracias a que con el estudio se logrará determinar el costo real de cada uno de los productos que fabrica la empresa, ayudando así a establecer un precio de venta competitivo y atractivo para los potenciales clientes.PregradoCONTADOR(A) PÚBLIC

Análisis del índice de rugosidad internacional. Aplicación al aeropuerto Enrique Olaya Herrera de Medellín, Colombia

The international roughness index surges as the need to worldwide unify criteria to measure terminated pavement quality, where transportation management is a very critical aspect within the logistic system, and where any error may result in great economic consequences; therefore, several roadways have been awarded nationwide, and more recently, several airports of Colombia. One of these concessions is the Center North regional, managed by Airplan company, and which includes Enrique Olaya Herrera airport, in Medellin city. The term ‘roughness’ refers to imperfections of rolling surface, which impact velocity, operation cost, roadway safety, and user comfort when circulating on pavement; however, within the context of this article, the term ‘surface regularity’ will be used as a more suitable adjective. The purpose of the analysis is to show that this method may be adopted either as an acceptation or rejection criterion in airstrips awarded on concession in Colombia, and in this manner ensure users a determined level of safety, comfort, and airstrip efficiency.El índice de rugosidad internacional surge como una necesidad de unificar mundialmente los criterios para medir la calidad del pavimento terminado en donde la gestión del transporte en un aspecto muy sensible dentro del sistema logístico y un error puede significar importantes consecuencias económicas, es por esto que se ha optado por concesionar varias vías a nivel nacional y más recientemente varios de los aeropuertos del país. Una de estas concesiones es la regional Centro Norte que administra la empresa Airplan y de la cual hace parte el aeropuerto Enrique Olaya Herrera de la ciudad de Medellín. El término rugosidad se refiere a las imperfecciones de la superficie de rodadura que inciden en la velocidad, costos de operación, seguridad vial y la comodidad de los usuarios al circular por los pavimentos, sin embargo, en el contexto de este artículo se utilizará el término regularidad superficial como un calificativo más adecuado. El análisis tiene como objeto mostrar que esta metodología puede ser adoptada como criterio de aceptación o rechazo en las pistas aeroportuarias dadas en concesión en nuestro país y de esta manera se pueda garantizar a los usuarios un determinado nivel de seguridad, comodidad y eficiencia en las pistas

Genome sequencing of two iBell pepper endornavirus/i (BPEV) variants infecting iCapsicum annuum/i in Colombia

Transcriptome analysis of chili and bell pepper samples from commercial plots in the municipalities of Santa Fe de Antioquia and El Penol in the province of Antioquia revealed the presence of viral sequences with significant similarity to genomes of members of the genus Endornavirus. Assembly of the chili and bell pepper transcriptomes resulted in consensus sequences of 14,727 nt and 14,714 nt that were identified as Bell pepper endornavirus (BPEV). Both sequences were nearly identical by 99.9 % at both nucleotide and amino acid levels. The presence of BPEV was confirmed by RT-qPCR, RT-PCR and Sanger sequencing using RdRp-specific primers designed from the assembled sequences in ten independent random samples taken from the investigated bell pepper stands. The phylogenetic analysis of both BPEV variants and their affiliation within the genus Endornavirus is discussed. For our knowledge, this is the first study on this group of viruses in Colombia

Detection of pmtv using polyclonal antibodies raised against a capsid-specific peptide antigen / detección de pmtv utilizando anticuerpos policlonales contra un péptido antigénico derivado de la cápside viral

Potato mop-top virus (PMTV; genus Pomovirus;family Virgaviridae) is the causing agent of the spraing disease in potato (Solanum tuberosum). PMTV is transmitted by Spongospora subterranea f. sp. subterranea (Sss). This disease has a widespread distribution in potato growing regions around the world. The possibility of obtaining strain specific antibodies at low cost can greatly increase the sensitivity and use of serological tests in seed certification programs, plant breeding and quarantine regulations to avoid dissemination of this injurious virus. This work presents an alternative procedure for the production of PMTV specific antibodies useful in serological test such as ELISAand lateral flow. In contrast to standard methods requiring theisolation of viral particles or expression of recombinant capsid, this method uses peptides mimicking the N-terminal region of PMTV capsid protein as antigen for the production of specific polyclonal antibodies. The antibodies were tested against bait plants grown in soil infested with viruliferous Sss, as well as potato plants obtained from naturally Sss infested fields in Colombia. PMTV was detected in 9/14 and 24/28 foliage samples of N. benthamiana and S. phureja, respectively. In the case of field plants, the virus wasdetected in eight out of 12 root tissues evaluated. The minimumpeptide concentration detected by ELISA was of the order of 0.1 nM. / Potato mop-top virus (PMTV; género Pomovirus; familia Virgaviridae) es transmitido por Spongospora subterranea f. sp. subterranea (Sss), agente causal de la sarna polvosa de la papa. Esta enfermedad tiene una amplia distribución en las regiones cultivadoras de papa alrededor del mundo. La posibilidad de obtener anticuerpos específicos contra cepas de este virus, puede incrementar la sensibilidad y la utilización de pruebas serológicas en programas de certificación de semilla, mejoramiento genético y regulaciones cuarentenarias que eviten su diseminación azonas libres de la enfermedad. En esta investigación, se presenta un procedimiento alternativo para la producción de anticuerpos específicos para PMTV de utilidad en pruebas serológicas comoELISA y flujo lateral. A diferencia de los métodos estándar querequieren del aislamiento de partículas virales o de la expresión de cápside recombinante, este sistema utiliza un péptido que simula la región N-terminal de la proteína de la cápside de PMTV, como antígeno para la producción de anticuerpos policlonales. Dichos anticuerpos fueron evaluados en plantas señuelo sembradas en suelos infestados con quistosoros de Sss, así como en plantas de papa obtenidas de suelos de Colombia con infección natural de Sss. La utilización de estos anticuerpos permitió la detección delPMTV en 9/14 y 24/28 muestras foliares de N. benthamianay S. phureja, respectivamente. Para el caso de plantas de papa obtenidas del campo, las pruebas detectaron el virus en ocho de 12 raíces evaluadas. La concentració

Caracterización molecular del Potato virus V (PVV) infectando Solanum phureja mediante secuenciación de nueva generación

Las enfermedades virales son uno de los problemas más limitantes para la producción de papa en el mundo. Uno de los materiales de papa más susceptibles a los virus corresponde a Solanum phureja; sin embargo, en Colombia son pocos los estudios adelantados sobre los agentes causales que lo afectan. En este trabajo se realizó una caracterización molecular del Potato virus V (PVV) infectando plantas de S. phureja en Antioquia, utilizando métodos de secuenciación de nueva generación (NGS), pruebas de DAS-ELISA, RT-PCR en tiempo real (RT-qPCR) y RT-PCR convencional. Los resultados indican la ocurrencia de niveles muy variables de incidencia del virus entre lotes de cultivo (6,7 % a 86 %). El PVV tiene un genoma de 9828 nt que codifica para una poliproteína de 3066 aa y presenta dos variantes principales (Var_A y Var_B) en proporciones de 72 y 28 %. Estas variantes comparten altos niveles de identidad genética (99,7 % en todo el genoma) entre ellas y con respecto a la cepa PVV-Phureja reportada en Colombia, pero no con otras cepas del mundo (82-83 %). Con base en dichos genomas, se diseñaron y evaluaron en muestras foliares de S. phureja, dos pares de cebadores para la detección del virus en pruebas de RT-PCR (459 pb) y RT-qPCR (89 pb, Ct=12,08-21,86 y Tm= 78,7 °C-80,2 °C), confirmándose la presencia de este virus en tejidos sintomáticos y asintomáticos de papa criolla. La ocurrencia generalizada de PVV en los cultivos de S. phureja indica la necesidad de incorporar en los programas de certificación de tubérculos-semilla de S. phureja en Colombia el diagnóstico de este virus.Viral diseases are one of the most limiting problems in the production of potato worldwide. Solanum phureja constitutes one of the most susceptible materials to viral diseases in Colombia; however, there are few studies on viruses infecting this crop. In the current study, we performed a molecular characterization of Potato virus V (PVV) that infects S. phureja, using different potato plots located in the province of Antioquia, using Next-Generation Sequencing (NGS), DAS-ELISA, real time RT-PCR (RT-qPCR) and RT-PCR. Results revealed variable levels of incidence among plots (6.7 %-86 %) and the presence of two slightly different variants (Var_A and Var_B) present in approximately 72 %:28 % ratio. These PVV strains have a genome of 9828 nt codifying for a polyprotein of 3066 aa and share high nucleotide sequence identity (99,7 % in their complete genome) with respect to PVV-Phureja, recently described in Colombia, but are very divergent with respect to currently available PVV genomes (82-83 %). The genome information was used to design two sets of primers, useful in the specific detection of this virus in S. phureja leaf samples through RT-PCR (459 bp) and RT-qPCR (89 bp, Ct=12.08-21.86; Tm=78.7 °C-80.2 °C). This study underscores the importance of including diagnostics of PVV in S. phureja tuber-seed certification programs in Colombia

Pirosecuenciación del Genoma de una Cepa Andina de Potato Virus S (PVS, Carlavirus) Infectando Solanum phureja (Solanaceae) en Colombia

El Potato virus S (PVS) es uno de los virus prevalentes en los cultivos de papa del mundo. En Colombia este virus es de los más incidentes en diferentes variedades de S. tuberosum subsp.andigena y S. phureja. Estudios previos basados en análisis de secuencias del gen de la cápside viral (CP) de aislamientos colombianos de PVS, detectaron la presencia de las dos razas del patógeno (PVSO y PVSA), así como un alto nivel de variación entre aislamientos de PVSA. En esta investigación se secuenció el 98% (8330 nt) del genoma de la cepa RL5 de PVS obtenida a partir de una planta naturalmente infectada de S. phureja var. Criolla Colombia en el municipio de La Unión (Antioquia). Para esto se realizó una pirosecuenciación del ADNc obtenido a partir del ARNm de dicha planta, utilizando el sistema 454 Life Sciences (Roche). El genoma del aislamiento RL5 de PVSA (Número de Accesión JX683388) fue ensamblado a partir de un total de 10899 reads, con una profundidad promedio de 470.8 y resultó filogenéticamente relacionado con la cepa BB-AND de PVSA de Brasil, con la que compartió una identidad genética del 94%. Un análisis de agrupamiento basado en el gen CP, permitió identificar a dicha cepa como perteneciente al clado III de PVSA. La información de este genoma puede ser utilizada para el diseño de cebadores y sondas específicas que apoyen los programas de certificación de tubérculo-semilla y manejo del PVS en Colombia

Detección Serológica y Molecular de Virus en Áfidos Asociados a Cultivos de Tomate de Árbol con Síntomas de Virosis en Antioquia, y Nariño (Colombia)

La virosis del tomate de árbol es una de las enfermedades de mayor importancia económica en las regiones productoras de este frutal en Colombia. Recientemente, se ha determinado que esta enfermedad es causada por un complejo viral, del cual hacen parte entre otros: potyvirus, cucumovirus, alfamovirus y polerovirus. Algunas de las especies de estos géneros virales son transmitidas en los cultivos por áfidos. El manejo de las enfermedades virales se fundamenta en el uso de semilla sana y en el control de las poblaciones de sus vectores. Esta investigación se planteó con el fin de identificar algunas de las principales especies de áfidos presentes en los cultivos de tomate de árbol en los cultivos de Antioquia y Nariño, evaluando su posible participación como vectores de los virus Cucumber mosaic virus (CMV), Potato leaf roll virus (PLRV) y Potyvirus, mediante la utilización de pruebas de ELISA, RT-PCR y secuenciación de la cápside viral. Los áfidos obtenidos en los dos departamentos fueron inicialmente diferenciados con base en su morfología en dos grupos: áfidos negros y verdes, procediéndose a su identificación con base en las secuencias de una región del gen mitocondrial Citocromo oxidasa subunidad I (COI), como Aphis gossypii y Macrosiphum euphorbiae. Los resultados de las pruebas serológicas indicaron la presencia de Potyvirus y PLRV para las muestras de A. gossypii de Nariño y Antioquia, mientras que CMV se detectó en ambas especies de áfidos en cultivos de Nariño, pero no en Antioquia. Las pruebas de RT-PCR permitieron la obtención de los amplicones esperados para PLRV y Potato virus Y (PVY) a partir del ARN extraído de individuos de A. gossypii, situación que fue confirmada por secuenciación. Esta investigación plantea la necesidad de realizar estudios epidemiológicos que evalúen la prevalencia de los áfidos detectados en diferentes regiones cultivadoras de tomate de árbol del país, su eficiencia en la transmisión de los virus detectados y su posible patogenicidad cruzada con cultivos como papa, tomate y otras solanáceas en los Andes de Colombia

Identificación molecular de Potyvirus infectando cultivos de papa en el oriente de Antioquia (Colombia)

Los potyvirus son uno de los grupos de virus más limitantes en los cultivos de papa (Solanum tuberosum y S. phureja) en el mundo, siendo PVY, PVV y PVA las especies más prevalentes. En este trabajo se evaluó la presencia de estos potyvirus en cuatro lotes de S. tuberosum cv. Diacol-Capiro y cuatro lotes de S. phureja cv. Criolla-Colombia ubicados en el oriente de Antioquia, analizando la cápside viral mediante RT-PCR/secuenciación Sanger y secuenciación de nueva generación (NGS) para S. tuberosum. Los resultados indicaron la ocurrencia de los potyvirus PVY y PVV en las muestras de S. tuberosum y S. phureja, respectivamente; siendo detectadas mediante cebadores específicos la presencia de tres diferentes cepas de PVY (PVYN, PVYNTN y PVYO) en la región de estudio. Este hallazgo fue confirmado por NGS, obteniendo las secuencias completas de los genomas de estas tres cepas, lo que representa el primer reporte de PVYO en Colombia. Por su parte, los análisis de secuencias de la región CP de PVV indicaron niveles de identidad superiores a 99% con respecto a aislamientos del linaje PVVPhu reportado previamente en Antioquia. Estos hallazgos evidencian la necesidad de ajustar los sistemas de detección de virus en los programas de certificación de tubérculo-semilla de papa adelantados en el país.Potyviruses are one of the most limiting viruses for the potato (Solanum tuberosum and S. phureja) production worldwide, being PVY, PVV and PVA the most prevalent species. In this work, we tested the presence of these viruses in four commercial S. tuberosum cv. Diacol-Capiro and S. phureja cv. Criolla-Colombia plots in eastern Antioquia using RT-PCR and Sanger sequencing of the coat protein (CP) region, as well as next generation sequencing (NGS) for S. tuberosum samples. Our results revealed the presence of a PVV strain infecting S. phureja with high sequence identity (99%) to lineage PVVPhu previously reported in Antioquia. Three strains of PVY (PVYN, PVYNTN and PVYO) were found to infect S. tuberosum. The presence of these three PVY strains was confirmed by NGS, allowing the assembly of their complete genomes. This is the first report of the full genome sequence of PVYo strain in Colombia. These findings highlight the need to adjust the tuber-seed certification programs currently implemented in the country

Generalidades de los uredinales(fungi: basidiomycota) y de sus relaciones filogenéticas

RESUMEN Los hongos-roya (Uredinales, Basidiomycetes) representan uno de los grupos de microorganismos fitoparásitos más diversos y con mayor importancia económica mundial en la producción agrícola y forestal. Se caracterizan por ser patógenos obligados y por presentar una estrecha coevolución con sus hospedantes vegetales. Su taxonomía se ha basado fundamentalmente en el estudio de caracteres morfológicos, resultando en muchos casos en la formación de taxones polifiléticos. Sin embargo, en los últimos años se han tratado de incorporar herramientas moleculares que conduzcan a la generación de sistemas de clasificación basados en afinidades evolutivas. En esta revisión se ofrece una mirada general a las características de los uredinales, enfatizando en el surgimiento reciente de estudios filogenéticos que plantean la necesidad de establecer una profunda revisión de la taxonomía de este grupo. Finalmente se alerta sobre la necesidad de que en dichos estudios taxonómicos se incluya un alto número de especies de royas neotropicales, pues esta zona es reconocida no sólo por su alta diversidad de hongos-royas, sino también por las características únicas de sus ciclos de vida. Palabras clave: filogenia, hongos-roya, Puccinia, secuenciación, teliosporas.ABSTRACT Rust fungi (Uredinales, Basidiomycetes) are one of the most diverse and economically important plant pathogens of crops world-wide. They are obligated parasites and have a close evolutionary relationship with their plant hosts. Taxonomy of this group has been based on morphological treats, resulting in generation of polyphyletic taxa. Recently, different studies have incorporated molecular techniques addressed to establishing evolutionary affinities between these fungi. This review presents a general view of the biological characteristics of rust fungi, with a detailed discussion on the phylogenetic studies regarding the group. Finally, the review proposes the necessity to establish phylogenetic studies on rust fungi from the neotropics, where these fungi present a very high diversity and unique life cycles. Key words: phylogeny, Puccinia, rust fungi, sequencing, teliospores