Characterizing carbapenemase-producing Escherichia coli isolates from Spain: high genetic heterogeneity and wide geographical spread

IntroductionCarbapenemase-Producing Escherichia coli (CP-Eco) isolates, though less prevalent than other CP-Enterobacterales, have the capacity to rapidly disseminate antibiotic resistance genes (ARGs) and cause serious difficult-to-treat infections. The aim of this study is phenotypically and genotypically characterizing CP-Eco isolates collected from Spain to better understand their resistance mechanisms and population structure.MethodsNinety representative isolates received from 2015 to 2020 from 25 provinces and 59 hospitals Spanish hospitals were included. Antibiotic susceptibility was determined according to EUCAST guidelines and whole-genome sequencing was performed. Antibiotic resistance and virulence-associated genes, phylogeny and population structure, and carbapenemase genes-carrying plasmids were analyzed.Results and discussionThe 90 CP-Eco isolates were highly polyclonal, where the most prevalent was ST131, detected in 14 (15.6%) of the isolates. The carbapenemase genes detected were blaOXA-48 (45.6%), blaVIM-1 (23.3%), blaNDM-1 (7.8%), blaKPC-3 (6.7%), and blaNDM-5 (6.7%). Forty (44.4%) were resistant to 6 or more antibiotic groups and the most active antibiotics were colistin (98.9%), plazomicin (92.2%) and cefiderocol (92.2%). Four of the seven cefiderocol-resistant isolates belonged to ST167 and six harbored blaNDM. Five of the plazomicin-resistant isolates harbored rmt. IncL plasmids were the most frequent (45.7%) and eight of these harbored blaVIM-1. blaOXA-48 was found in IncF plasmids in eight isolates. Metallo-β-lactamases were more frequent in isolates with resistance to six or more antibiotic groups, with their genes often present on the same plasmid/integron. ST131 isolates were associated with sat and pap virulence genes. This study highlights the genetic versatility of CP-Eco and its potential to disseminate ARGs and cause community and nosocomial infections

Epidemiología clínica y microbiológica de la infección/colonización por Acinetobacter baumannii en la unidad de cuidados intensivos del Hospital General La Mancha Centro durante los años 2007 /2009

Acinetobacter baumannii (ABA) es una bacteria oportunista con gran capacidad de diseminación en el ambiente hospitalario y una elevada facilidad para desarrollar resistencia a los antimicrobianos. En este trabajo se ha realizado un estudio observacional analítico retrospectivo de casos y controles, llevado a cabo en la UCI del Hospital La Mancha Centro durante un brote por ABA transcurrido entre febrero de 2008 y abril de 2009. En el periodo de estudio se detectaron 40 casos de pacientes infectados/colonizados por ABA. Hemos encontrado la presencia de un brote policlonal con 6 clones circulantes, donde coexistieron clones epidémicos y esporádicos. El estudio de los datos de sensibilidad antibiótica de las cepas de ABA y sus perfiles genéticos (determinados mediante el análisis por electroforesis en campo pulsado) nos ha permitido confirmar que el comportamiento epidémico de los clones aislados de este microorganismo se asociaba con la multirresistencia, identificando al clon 1 (clon mayoritario que afectó a 30 pacientes) como causante del brote. Con nuestro trabajo hemos demostrado que algunos factores de riesgo presentes en el paciente ingresado en UCI se asociaron a la infección/colonización por ABA. Entre ellos destaca la gravedad de la enfermedad (medida según el criterio APACHE II), la ventilación mecánica, la traqueostomía, la nutrición parenteral, la instrumentalización (incluidos cateterismos, sondajes y drenajes), la presencia de úlceras cutáneas o heridas quirúrgicas y la antibioterapia previa. Por grupos de antimicrobianos, el consumo de cabapenemes, cefalosporinas de 3ª generación, glucopéptidos, quinolonas, aminoglucósidos y penicilinas-inhibidor de beta-lactamasas demostró su asociación con la infección/colonización por ABA, incluso después de ajustar por edad y criterios de gravedad con respecto al grupo control. El estudio de series temporales con modelización ARIMA nos ha permitido estudiar la relación temporal entre el consumo de antibióticos y la aparición de cepas de ABA resistente, y describir cómo las relaciones entre ellos se hicieron máximas y estadísticamente significativas para retardos situados entre los 6 meses (ceftazidima) y 9 meses (imipenem y levofloxacino) previos. Por último, en nuestro estudio encontramos que la mortalidad se asoció con el estado de infección por ABA y que tanto la infección como la colonización por este microorganismo produjeron un aumento de la estancia hospitalaria, incluso después de ajustar por criterios de gravedad con respecto al grupo control

Impacto económico del aviso temprano y manejo de bacteriemias por medicina interna en un hospital general

Objectives: To analyze the impact of early warning of bacteremia in the mean hospital stay and the cost savings that this strategy entails. Material and Methods: We developed a cohort study at Hospital General La Mancha Centro, confronting data from 166 patients with early report of clinically relevant bacteremia in 2010, with those of 128 positive blood cultures obtained in 2009 in which early report strategy was not applied. Results: The mean hospital stay in 2010 applying the early report strategy was 19.47 days and the mean stay in 2009 was 28.67 days. There was a mean difference of 9,2 days favouring early report of bacteremia conducted throughout 2010 (p= 0,032). The mean cost of hospital stay at our center for all services, excluding Paedriatics and Intensive Care Unit, is 650 euro/day. Therefore, the cost-saving benefit obtained per patient amounts to 5.980 euro. Conclusions: Early notice and internist management of clinically relevant blood cultures decreases length of hospital stay, which is an important economic savingObjetivo: Analizar el impacto del aviso temprano de bacteriemias en la estancia media hospitalaria y el ahorro económico que esto supone. Material y Métodos: desarrollamos un estudio de cohortes en el Hospital General La Mancha Centro, comparando los datos de 166 pacientes con aviso temprano de hemocultivos positivos en 2010 frente a los 128 hemocultivos positivos de 2009 en los que no se realizó aviso temprano. Resultados: La estancia media hospitalaria en 2010 aplicando la estrategia de aviso temprano fue de 19,47 días y la estancia media en 2009 fue de 28,67 días. Existe una diferencia media de 9,2 días menos de ingreso a favor de los avisos tempranos realizados en 2010 (p= 0,032). El coste medio de la estancia hospitalaria en nuestro hospital en todos los servicios, excepto Pediatría y Cuidados intensivos, es de 650 euros/día. Por tanto, el ahorro obtenido por paciente es de 5.980 euros. Conclusiones: El aviso temprano de hemocultivos clínicamente relevantes y recomendaciones del internista disminuye la estancia media hospitalaria, lo que supone un ahorro económico important

Impacto económico de la introducción de una técnica de detección precoz de Mycobacterium tuberculosis Complex en las muestras clínicas de un hospital español

Background: Tuberculosis (TB) remains an important public health problem worldwide. Our objective was to estimate the economic and health care impact of the introduction of an early diagnosis tecnique of TB, the Xpert MTB/RIF® assay (Xpert). Methods: The savings was estimated on the basis of reduction in the time of TB hospitalization at avoid the false-negative (FN) and false-positive (FP) TB cases diagnosed by auramine staining that could have been detected by Xpert between 2008-2012 in our hospital. The costs analysis was made by adding the cost arising from FN (hospitalization, special tests and equipment for respiratory isolation) and FP (TB treatment, successive medical consultations, analytical and microbiological controls). Results: We detected 19 FP and 22 FN during the 5-year study. Xpert would have detected 19 FP and 15 FN. It was estimated a minimum cost of 3217 euros per FP (treatment, successive medical consultations, analytical and microbiological controls), while each FN has required an extension of hospitalization from 7 days on average (62229 euros), both translated into a global cost of 62229 euros. After an initial investment of 16250 euros (50 cases with high suspicion of TB at 65 euros/test), the hospital would have saved 45979 euros overall in five years. Conclusions: The introduction of Xpert would improve the quality of health care of patients, avoiding both unnecessary hospitalizations and treatments. Also, Xpert carries a saving for our hospital.Fundamentos: La tuberculosis (TB) continúa siendo un problema importante de salud pública a nivel mundial. El objetivo del estudio fue estimar el impacto económico y asistencial de la introducción de Xpert MTB/RIF® (Xpert), técnica de diagnóstico rápido de TB. Métodos: Se estimó el ahorro en base a la reducción del tiempo de ingreso por TB al evitar los falsos negativos (FN) y falsos positivos (FP) de la baciloscopia que se habrían detectado por Xpert en el periodo 2008-2012. El análisis y cálculo de gastos se hizo sumando el coste de los FN (estancias más pruebas especiales y aislamiento respiratorio) y los FP (tratamiento antituberculoso, consultas sucesivas, analíticas y controles microbiológicos). Resultados: Durante los 5 años de estudio se detectaron 19 FP y 22 FN. Xpert habría detectado los 19 FP y 15 FN. El gasto mínimo estimado para los FP fue de 3.217 euros (tratamiento, consultas sucesivas, analíticas y controles microbiológicos), mientras que cada FN supuso una prolongación de una estancia media de 7 días (59.012 euros), traducidos ambos en un coste total de 62.229 euros. Con una inversión inicial de 16.250 euros (50 casos con elevada sospecha de TB a 65 euros/prueba) el hospital habría ahorrado un global de 45.979 euros en 5 años. Conclusión: La introducción de Xpert supondría un ahorro económico para el hospital y una mejora en la calidad asistencial, evitando estancias y tratamientos innecesarios