First autochthone case of sporotrichosis by Sporothrix globosa in Portugal

In this study, we characterize the first autochthone case of human sporotrichosis reported in Lisbon, Portugal. Phenotypic and genotypic characterization revealed that the infection was caused by Sporothrbc globosa. We conclude that sporotrichosis may be underdiagnosed particularly in Southern Europe and suggest Portugal as an emerging area for this fungal infection.This research was supported by FEDER funds through the Operational Programme COMPETE and national funds through Fundação para a Ciência e Tecnologia, in the scope of project PEst-C/BIA/UI4050/ 2011, and by FAPERJ/Rio de Janeiro, Brazil (grant proc. E-26/110.619/ 2012) R. M. Z-O. is supported in part by CNPq 350338/2000-0 and FAPERJ E-26/103.157/2011. M. M. E. O. was supported by a grant from CAPES 2445/11-5.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Paecilomyces variotti in deep dental caries

Paecilomyces variotti (P. variotti) is a fungal species found in soil, wood and some foods, and has been associated with some severe systemic infections. P. variotti has not been previously identified in carious tissue, and the aim of the present study i

Evaluation of T3B fingerprinting for identification of clinical and environmental Sporothrix species

In this study, PCR fingerprinting using the universal primer T3B was applied to distinguish among clinical and environmental species of the Sporothrix complex, Sporothrix brasiliensis, S. globosa, S. mexicana, S. pallida, S. luriei and S. schenckii sensu stricto. The T3B fingerprinting generated clearly distinct banding patterns, allowing the correct identification of all 43 clinical and environmental isolates at the species level, what was confirmed by partial calmodulin gene sequence analyses. This technique is reproducible and provides the identification of all species of the Sporothrix complex with sufficient accuracy to be applied in clinical mycology laboratories as well as in epidemiological studies in order to obtain a better understanding of the epidemiology of sporotrichosis.This study was approved by the Research Ethics Committee of IPEC/Fiocruz. Financial support for this work was provided by FAPERJ (Grant Proc. E-26/111.619/2008). R.M.Z.O. is in part supported by CNPq 350338/2000-0. M.M.E.O. was supported in part by a grant from CAPES 2445/11-5 and CAPES-PNPD for his work at CBMA, Universidade do Minho, Braga, PT.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Influência do estresse ocupacional sobre a prevalência da Síndrome metabólica

-OBJETIVOS: A importância do diagnóstico da síndrome metabólica (SM) decorre dos altos índices de morbidade e mortalidade ligadas à doença cardiovascular aterosclerótica. Estudos recentes apontam o estresse ocupacional como fator de risco para SM. O objetivo do presente estudo foi determinar a freqüência dos diversos componentes da SM, em uma população de agentes penitenciários e de trabalhadores civis, verificando a possível relação entre o estresse ocupacional e a SM. MATERIAL E MÉTODOS: Foram avaliados 52 agentes penitenciários (grupo 1) e 35 trabalhadores civis (grupo 2). Cada indivíduo respondeu a questionário para avaliação do grau de estresse no trabalho e submeteu-se a exame clínico e a dosagens de glicose, lípides e ácido úrico. RESULTADO: A média de idade foi 32±5anos, no grupo 1 e 31±11 anos, no grupo 2. O tempo de trabalho foi 4,2±3,9 anos, no grupo 1 e 2,3±0,9 anos, no grupo 2 (NS). No questionário de avaliação do estresse, que possuía o número máximo de 184 pontos, a média foi 73±32 pontos, para o grupo 1 e 42±23 pontos para o grupo 2 (p<0,05). A média do IMC foi 28±5kg/m2 e 25,1±5,8kg/m2 e da circunferência da cintura 92±13cm e 84±14cm, nos grupos 1 e 2, respectivamente (p<0,05). A pressão arterial sistólica foi 118±13mmHg e 116±10mmHg e a pressão arterial diastólica 76±11mmHg e 74±7mmHg, nos grupos 1 e 2, respectivamente (NS). O perfil lipídico mostrou colesterol total: 202±38mg/dl e 169±34mg/dl; colesterol LDL: 132±35mg/dl e 108±28mg/dl; triglicérides: 146±86mg/dl e 92±56mg/dl, glicose 80±10mg/dl e 89±6mg/dl, nos grupos 1 e 2, respectivamente (p<0,05). A média do ácido úrico foi 4,9±1,4mg/dl e 5,1±2,5mg/dl e do colesterol HDL 40±11mg/dl e 42±9mg/dl, nos grupos 1 e 2, respectivamente (NS). O teste do qui-quadrado mostrou razão de prevalência de SM de 6,43, entre os agentes penitenciários e o grupo controle (p<0,05). DISCUSSÃO: Vários estudos apontam o estresse ocupacional como fator de risco para o desenvolvimento da SM. No presente estudo, os agentes penitenciários, indivíduos submetidos a elevado nivel de estresse no exercício da profissão mostraram, paralelamente ao maior nível de estresse, maior peso corporal e maior circunferência da cintura, além de perfil metabólico mais desfavorável e maior prevalência de SM. CONCLUSÃO: A maior freqüência de componentes da SM entre os indivíduos submetidos a maior demanda psicológica, no exercício da profissão sugere possível relação entre estresse ocupacional e essa síndrome

Identification by MALDI-TOF MS of Sporothrix brasiliensis isolated from a subconjunctival infiltrative lesion in an immunocompetent patient

Sporotrichosis is a globally distributed subcutaneous fungal infection caused by dimorphic fungi belonging to the Sporothrix species complex that affects the skin of limbs predominantly, but not exclusively. A rare case of ocular sporotrichosis in an immunocompetent Brazilian patient from the countryside of Rio de Janeiro State is reported. A 68-year-old woman presented with a subconjunctival infiltrative lesion in the right eye with pre-auricular lymphadenopathy of onset 4 months ago that evolved to suppurative nodular lesions on the eyelids. Conjunctival secretion was evaluated by histopathological examination and inoculated on Sabouraud Dextrose Agar (SDA). Histopathology showed oval bodies within giant cells and other mononucleated histiocytes. Fungus grown on SDA was identified as Sporothrix sp. by morphological observations. The isolated strain was finally identified by Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time-of-Flight Mass Spectrometry (MALDI-TOF MS) associated with an in-house database enriched with reference Sporothrix complex spectra. The strain presented a MALDI spectrum with the ion peaks of the molecular mass profile of S. brasiliensis. The patient was adequately treated with amphotericin B subsequently replaced by itraconazole. Due to scars left by the suppurative process, the patient presented poor final visual acuity. The present work presents an overview of ocular sporotrichosis and discusses the diagnostic difficulty that can lead to visual sequelae in these cases.Financial support for this work by Fundação de Amparo à Pesquisa do Rio de Janeiro [FAPERJ] (Grants: INST E-26/010.001784/2016; JCNE E-26/203.301/2017), by Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico [CNPq] (Grant Proc. 409227/2016-1). This study was financed in part by the Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Brasil (CAPES). MALDI-TOF MS analyses were partially developed using equipment funded by CONICYT/Chile through the project Fondequip EQM160054 2016. The Universidad de La Frontera (Temuco, Chile) partially funded this work through the Project DIUFRO PIA19-0001. Furthermore, this study was also supported by FCT under the scope of the strategic funding of UID/BIO/04469/2019 unit and BioTecNorte operation (NORTE-01-0145-FEDER-000004) funded by the European Regional Development Fund under the scope of Norte2020 - Programa Operacional Regional do Norte.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Colonized patients by Candida auris: Third and largest outbreak in Brazil and impact of biofilm formation

ObjectiveTo describe the clinical–epidemiological features of patients colonized by Candida auris in the largest outbreak in Brazil and to show the biofilm formation capacity of yeast strains.MethodsClinical yeasts suspected of C. auris isolated from urine and surveillance samples were seeded on chromogenic media at 30°C and Sabouraud agar at 42°C. matrix-assisted laser desorption/ionization–time of flight mass spectometry was used for reliable identification. After proteomic confirmation, the genomic approach and culture on Chromagar Candida Plus media were carried out. Biofilm formation was investigated based on metabolic activity, and the clinical–epidemiological profile of patients was described.ResultsA total of 11 C. auris clinical yeasts from nine patients were identified between the end of December 2021 and March 2022. Two clinical yeasts were isolates from urine and nine clinical yeasts were isolates from axillary and inguinal surveillance swabs. No case is related to previous Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) infection. However, all the yeasts showed a high ability of biofilm formation.ConclusionC. auris requires great vigilance as its high capacity to colonize and form biofilms contributes to its dissemination. The rapid and precise identification of this species is essential for the management, control, and prevention of infections

Análise filogenética e implementação de ferramentas moleculares na identificação de isolados do complexo Sporothrix spp

Made available in DSpace on 2018-08-06T13:16:43Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) manoel_oliveira_ipec_dout_2013.pdf: 17476879 bytes, checksum: 37e4c0dd7f859a6aac97c419fdda983d (MD5) Previous issue date: 2013Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.A esporotricose, micose subcutânea causada pelo complexo Sporothrix schenckii, é cosmopolita e a mais frequente na América Latina. Nos últimos anos tem aumentado significativamente o número de casos no Brasil, com destaque para o aumento no estado do Rio de Janeiro. Atualmente, quatro novas espécies dentro do gênero Sporothrix têm sido consideradas, sendo essas: Sporothrix brasiliensis, Sporothrix globosa, Sporothrix mexicana e Sporothrix luriei, as quais são altamente associadas às duas espécies já existentes S. schenckii e S. albicans, sendo a última recentemente renomeada com o S. pallida . A caracterização destas espécies foi realizada por meio da utilização de provas fenotípicas: morfologia de conídios, teste de crescimento à 30ºC e 37ºC , teste de termotolerância, auxonograma e sequenciamento parcial do gene da calmodulina . O princ ipal objetivo deste estudo foi a caracterização de espécies do complexo Sporothrix por meio de taxonomia molecular através do desenvolvimento de metodologia baseada em ácidos nucléicos para a identificação das espécies e a determinação do perfil proteômico do complexo Sporothrix , utilizando metodologia baseada em espectrometria de massa em célula intacta (MALDI - TOF ICMS). No presente trabalho foi realizada a identificação em nível de espécie de isolados clínicos e ambientais oriundos da epidemia de esporotr icose no Rio de Janeiro, de um surto zoonótico familiar no e stado do Espírito Santo e dois isolados clínicos oriundos de Portugal. Por meio da identificação por taxonomia polifásica de 246 isolados clínicos e um ambiental obtidos da en demia de esporotricos e no Estado do Rio de Janeiro foi demonstrado que esta abordagem é fundamental para a identificação das espécies do complexo Sporothrix A identificação em nível de espécies d e cepas d o complexo Sporothrix spp. provenientes de diferentes regiões geográficas, demonstrou S. globosa e S. mexicana circulando em Portugal, sugerindo que a esporotricose seja subdiagnosticada naquele país, e que esta micose poderia ser considerada emergente no sul da Europa. Também descrevemos o pri meiro surto causado por S. brasiliensis fora da zona endêmica do Rio de Janeiro. Para a identificação das espécies de Sporothrix descrevemos uma PCR fingerprinting utilizando o primer universal T3B, o qual distinguiu com sucesso as espécies S. brasiliensis, S. globosa, S. mexicana, e S. schenckii. Essa metodologia gerou padrões de bandas distintos, permitindo a correta identificação de todos os 35 isolados clínicos estudados apresentando 100% de concordância com o sequenciamento parcial do gene da calmoduli na , sendo uma técnica rápida e de fácil execução. A padronização da metodologia do MALDI - TOF ICMS, p ossibilit ou a determinação de perfis proteômicos distintos entre as espécies do complexo Sporothrix , demostrando a aplicabilidade desta técnica na diferenciação das espécies. A caracterização de espécies do complexo Sporothrix em nosso estudo foi a maior reportada na literatura especializada até o presente. Concluimos que a taxonomia polifásica é fundamental para diferenciação das espécies de Sporothrix, podendo ser realizada com as técnicas de T3B Fingerprinting e MALDI - TOF ICMS, tendo importância na epidemiologia e clínica da esporotricoseSporotrichosis, a subcutaneous mycosis caused by the Sporothrix schenckii complex, has a worldwide distribution and is frequent in Latin America. In last years, the number of cases has been significantly increased in Brazil, especially in Rio de Janeiro state. Recently, four new species, in Sporothrix genus have been considered, these species are: Sporothrix brasiliensis, Sporothrix globosa, Sporothrix mexicana, and Sporothrix luriei which are highly associated to the two existing species S. schenckii and Sporothrix albicans that has been recently renamed as Sporothrix pallida. The characterization of these species was performed by the use of phenotypic tests: morphology of conidia, growth rates at 30ºC and 37ºC, thermotolerance, carbohydrate assimilation tests and partial sequencing of the calmodulin gene. The main goal of this study was the characterization of species of Sporothrix complex by molecular taxonomy, through the development of methodology using nucleic acids for identification of species and determination of proteomic profile of Sporothrix using a method based on intact cell mass spectrometry (MALDI-TOF ICMS). In the present work the identification to the species level of clinical and environmental isolates originating from the sporotrichosis endemic in Rio de Janeiro, from an outbreak of zoonotic sporotrichosis in Espírito Santo, and two clinical isolates from Portugal was performed. Through identification by polyphasic taxonomy of 246 clinical isolates and one environmental isolate obtained form the endemic sporotrichosis in Rio de Janeiro state, it has been shown that this approach is essential to identify the species of the Sporothrix complex The identification at species level of strains from the Sporothrix spp. complex from different geographic regions demonstrated S. globosa and S. mexicana circulating in Portugal, suggesting that sporotrichosis should be under diagnosed in that country and that this mycosis could be considered as an emerging mycosis in southern Europe. We also describe the first outbreak caused by S. brasiliensis outside the endemic zone of Rio de Janeiro. To identify the species of Sporothrix we describe a PCR fingerprinting using the universal primer T3B which distinguished successfully the species S. brasiliensis, S. globosa, S. mexicana, and S. schenckii. This methodology has generated different band patterns allowing the correct identification of all 35 clinical isolates studied with 100 % of concordance with partial sequencing of the calmodulin gene, being a methodology fast and easy to apply. The standardization of MALDI-TOF ICMS technique allowed the determination of distinct proteomic profiles between different species of Sporothrix, demonstrating the feasibility of this technique in the differentiation of species. The speciation of Sporothrix complex in this study was the largest reported in the specialized literature up to now. We conclude that the polyphasic taxonomy is essential for differentiation of Sporothrix species and could be performed with the techniques of T3B fingerprinting and MALDI - TOF ICMS, having importance in the epidemiology and clinics of sporotrichosi

Identificação e análise filogenética de espécies do gênero Sporothrix isoladas em área endêmica de esporotricose no Estado do Rio de Janeiro

Made available in DSpace on 2014-12-22T16:37:24Z (GMT). No. of bitstreams: 2 manoel_oliveira_ipec_mest_2009.pdf: 1307995 bytes, checksum: 3640ed583b88d4d2abacbd6bfad36521 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2014-10-07Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas, Rio de Janeiro, RJ, Brasil.A esporotricose, micose subcutânea causada pelo complexo Sporothrix schenckii, é cosmopolita e a mais freqüente na América Latina. Nos últimos anos tem aumentado significativamente o número de casos no Brasil, com destaque para o aumento no Estado do Rio de Janeiro na última década. Recentemente, foram consideradas quatro novas espécies dentro do gênero Sporothrix, sendo essas: Sporothrix brasiliensis, S. globosa, S. mexicana e S. luriei. Entretanto somente 25 isolados de área endêmica no Rio de Janeiro foram incluídos nos estudos prévios. A caracterização destas foi realizada por meio da utilização de provas fenotípicas: morfologia de conídios, teste de crescimento à 30ºC, teste de termotolerância e auxonograma. No presente trabalho realizamos a caracterização de 248 isolados oriundos de pacientes atendidos no ambulatório de Dermatologia do IPEC, os quais tiveram diagnóstico de esporotricose durante a epidemia de esporotricose, no período de 1998 e 2008. De acordo com as características fenotípicas, 206 isolados (83,1%) foram caracterizados como S. brasiliensis, um isolado (0,4%) como S. mexicana, 15 (6,0%) como S. schenckii e em 26 isolados (10,5%) não foi possível realizar a caracterização da espécie sendo classificadas como Sporothrix spp Dentre esse isolados foi realizada a análise molecular de 8 (31%) isolados que apresentaram resultados inconclusivos nos estudos fenotípicos através do sequenciamento de um locus do gene calmodulina possibilitou a formação de um grande grupo constituído por 7 isolados todos caracterizados genotipicamente como pertencentes à espécie S. brasiliensis. A análise em nível de genótipo deve ser utilizada como ferramenta complementar na identificação de espécies do complexo Sporothrix. A correlação entre dados moleculares e características fenotípicas é fundamental na identificação de espécies complexo Sporothrix, possibilitando a implementação da taxonomia polifásicaSporothrix schenckii is the species responsible for sporotrichosis, an important subcutaneous mycosis with a worldwide distri bution, and very frequent in Latin America, and it has been reported as endemic in Rio de Janeiro, Brazil. Recent molecular studies have demonstrated that this species constitutes a complex of numerous phylogenetic species, which were phenotipically characteri zed using different culture media, growth rates at different temperatur es, and nutritional tests as we ll comparison calmodulin genes and it was proposed four new species Sporothrix brasiliensis , Sporothrix globosa , Sporothrix mexicana and Sporothrix luriei . And just 25 isolates from the endemic occurring in Rio de Janeiro were included in this previous stu dy. We have studied a total of 248 Sporothrix isolates from this endemic obtaine d during the period of 1998 and 2008. The phenotypic characterization was based on th e morphology of conidia, growth rates at 30ºC and 37 ºC, ability to grow at 37 ºC, and auxonographic method. A ccording to the key features for species differentiation, 206 isolates (83.1%) were characterized as S. brasiliensis , one as S. mexicana (0.4%), 15 (6.0%) as S. schenckii and in 26 isolates (10.5%) the species was not differe ntiated being classified as Sporothrix spp. Among 8 (31%) of these unidentified isolates, molecular methodology, by sequence analysis of on protein coding locus (calmodulin) was perfor med, revealing the presence of one major clade, grouping 7 of these isolates with S. brasiliensis, representing this phylogenetic species. The analysis in genotype level should be used as complemental tool in the identification of species of the Sporothrix complex. The correlation among molecular data and phenotipe is fundamental in the identification of species Sporothrix complex , making possible the implementation of the polyphasic taxonom