Receptor Binding Domain (RBD) Structural Susceptibility in the SARS-CoV-2 Virus Spike Protein Exposed to a Pulsed Electric Field

SARS-CoV-2 is responsible for causing the Coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic, which has so far infected more than thirty million people and caused almost a million deaths. For this reason, it has been a priority to stop the transmission of the outbreak through preventive measures, such as surface disinfection, and to establish bases for the design of an effective disinfection technique without chemical components. In this study, we performed in silico analysis to identify the conformational alterations of the SARS-CoV-2 Spike Receptor Binding Domain (RBD) caused by the effect of a pulsed electric field at two different intensities. We found that both stimuli, especially the one with the highest angular frequency and amplitude, modified the electrical charge distribution in the RBD surface and the number of hydrogen bonds. Moreover, the secondary structure was significantly affected, with a decrease of the structured regions, particularly the regions with residues involved in recognizing and interacting with the receptor ACE2. Since many regions suffered conformational changes, we calculated RMSF and ΔRMSF to identify the regions and residues with larger fluctuations and higher flexibility. We found that regions conformed by 353-372, 453-464, and 470-490 amino acid residues fluctuate the most, where the first is considered a therapeutic target, and the last has alreadybeen characterized for its flexibility. Our results indicate that a pulsed electric field can cause loss of stability in the Spike-RBD, and we were able to identify the vulnerable sites to be used as a starting point for the development of viral inhibition or inactivation mechanisms

Densidad y distribución de ungulados silvestres en la reserva ecológica el Edén, Quintana Roo, México

The forests of the northeast Yucatan Peninsula supports wild ungulate populations such as the white-tailed deer (Odocoileus virginianus (Hays 1874), brocket deer (Mazama americana Erxleben 1777 and M. pandora Merriam 1901) and collared pecari (Pecari tajacu Merriam 1901). For its conservation and use, it is necessary to know the current status of wild ungulates populations. Basic ecological aspects such as density and distribution of the ungulate populations in different vegetation types were evaluated. The study area was El Edén Ecological Reserve (EER), located in the northern Yucatan Peninsula in Quintana Roo State, Mexico. The method used to assess ungulate density and distribution was the strip transect counts. The transects were set on the existing roads and footpaths. Using GIS, the habitat and five vegetation types were classified: secondary vegetation (acahual), tropical evergreen forest, tintales, savanna of palms and aquatic vegetation. Thirty eight observations of white-tailed deer were obtained, 14 of brocket deer and 6 groups of pecaries in 293.4 km of routes. The observation period was between September 2004 and April 2005 (six months of sampling). The absolute density of the white-tailed deer was 5,5 ± 4,1 ind/km2, for the pecari was 1,9 ± 0,8 ind/km2 or 0,2 ± 0,1 herd/km2 and for brocket deer was 1,7 ± 1,8 ind/km2. Acahual was the vegetation type where white-tailed deer and collared pecari were found. This is the first time that M. americana was registered in this region of the State. These results suggest the important role that have the EER to conserve ungulates, nevertheless the continued risk of hurricanes and fires. The white-tailed deer population is high compared with other tropical zones.Las selvas del noreste de la Península de Yucatán albergan poblaciones de ungulados silvestres como el venado cola blanca (Odocoileus virginianus Hays 1874), temazates (Mazama americana Erxleben 1777 y M. pandora Merriam 1901) y pecarí de collar (Pecari tajacu Merriam 1901) por lo que para su conservación y posible aprovechamiento es necesario evaluar el estado de las mismas. En el presente estudio se evaluaron aspectos ecológicos como la densidad y distribución en distintos tipos de vegetación de las poblaciones de estos ungulados silvestres en la Reserva Ecológica El Edén (REE), al norte de Quintana Roo. Se aplicó el método de conteo directo de animales en transectos de franja en senderos existentes. Mediante Sistemas de Información Geográfica se clasificó el hábitat en cinco tipos de vegetación: acahual, selva, tintales, sabana de palmas y vegetación acuática. Se obtuvieron 38 observaciones de venado cola blanca, 14 de temazates y 6 grupos de pecaríes en 293.4 km de recorridos repartidos en 6 meses de muestreos diurnos entre septiembre de 2004 y abril de 2005. La densidad absoluta del venado cola blanca fue de 5.5 ± 4.1 ind/km2, para el pecarí de collar fue 1.9 ± 0.8 ind/km2 o 0.2 ± 0.1 manadas/km2 y para los temazates fue de 1.7 ± 1.8 ind/km2. El acahual fue el tipo de vegetación donde se distribuyen más frecuentemente el venado cola blanca y el pecarí de collar. Este trabajo registró por primera vez a Mazama americana para esta región de Quintana Roo. Los resultados sugieren que la REE tiene un papel importante en la conservación de los ungulados, ya que a pesar de la perturbación continua por incendios y huracanes, en la REE se tiene una densidad relativamente alta, principalmente del venado cola blanca en comparación con otros sitios tropicales

El efecto del número de opciones de respuesta sobre las propiedades psicométricas de la medida de estrés con un instrumento aplicado a niños

The main objective of this study was to use Item Response Theory (IRT) models to measure the effect exerted by the number of response options on the psychometric properties of a test measuring stress in children. In this study, we applied the 30-item Child Stress Perception Inventory (CSPI) scale to 583 children; the items have different response alternatives (3, 5, or 7). We studied whether the scales measure the same trait and whether the alternatives that the same items possess are equivalent. As evidenceof validity, we present measurements that examine the internal structure of the instrument and its relationship with other variables. The result indicates that the three forms measure the same trait, but that there is no equivalency among the categories.The scale adjustment of 7 response alternatives is best; however, validity in relation to other variables is optimal for 5 response alternatives, which in addition, performs best in terms of reliability and information.El presente trabajo tiene como principal objetivo analizar mediante modelos de la Teoría de Respuesta al Ítem (TRI) el efecto que tiene el número de alternativas de respuesta sobre las propiedades psicométricas de un test que mide estrés infantil. En el presente estudio se aplicó la escala de “Percepción de Estrés para Niños” (IPEI) de 30 ítems a 583 niños, los ítems tenían diferentes alternativas de respuesta (3, 5 o 7). Se estudio si las escalas miden el mismo rasgo y si las alternativas que tienen las mismas etiquetas son equivalentes. Como evidencias de validez se presentan medidas que examinan la estructura interna del instrumento y su relación con otras variables. Los resultados indican que las tres escalas miden el mismo rasgo pero no existe equivalencia entre las categorías. El ajuste de escala de 7 alternativas de respuesta es mejor, sin embargo, la validez en relación con otras variables es óptima para 5 alternativas de respuesta, que además muestra el mejor comportamiento en términos de fiabilidad e información

Bioinformatics as a Tool for the Structural and Evolutionary Analysis of Proteins

This chapter deals with the topic of bioinformatics, computational, mathematics, and statistics tools applied to biology, essential for the analysis and characterization of biological molecules, in particular proteins, which play an important role in all cellular and evolutionary processes of the organisms. In recent decades, with the next generation sequencing technologies and bioinformatics, it has facilitated the collection and analysis of a large amount of genomic, transcriptomic, proteomic, and metabolomic data from different organisms that have allowed predictions on the regulation of expression, transcription, translation, structure, and mechanisms of action of proteins as well as homology, mutations, and evolutionary processes that generate structural and functional changes over time. Although the information in the databases is greater every day, all bioinformatics tools continue to be constantly modified to improve performance that leads to more accurate predictions regarding protein functionality, which is why bioinformatics research remains a great challenge

Aplicación de vermicomposta y producción de biomasa en cultivo de maíz de temporal

La pérdida de fertilidad en suelos agrícolas es un problema mundial, donde las prácticas de manejo son determinantes, como el excesivo uso de agroquímicos y mínima reincorporación de materia orgánica. Ante esta problemática el uso de materiales orgánicos es una práctica que debe retomarse si se desea lograr sistemas productivos sostenibles. La vermicomposta se ha venido probando en los últimos años, considerando el beneficio físico, químico y biológico al suelo. El maíz de temporal es producido en Michoacán en condiciones de baja o nula rentabilidad, por el elevado costo de los fertilizantes químicos. El objetivo del presente trabajo fue evaluar diferentes dosis de vermicomposta combinada con dosis reducidas de fertilizante químico (50%) sobre la producción de biomasa vegetal y de grano, en maíz de temporal. Se probaron en campo cuatro dosis de vermicomposta: 4, 8, 16 y 32 t ha-1, con un testigo absoluto y un tratamiento químico convencional. Los resultados mostraron un efecto positivo de la vermicomposta sobre el desarrollo vegetativo, en la producción de biomasa de hojas, tallos y raíces, así como en la biomasa del grano (Tukey p < 0.05), superando siempre al testigo absoluto y compitiendo con el tratamiento químico. Los tratamientos con 16 y 32 t ha-1 tuvieron las medias de rendimiento más altas (4.55 y 4.46 t ha-1). En las variables: número de granos, número de hileras y porcentaje de humedad del grano no se obtuvieron diferencias significativas. Es posible la reducción gradual de fertilizantes químicos utilizando vermicomposta sin afectar la producción de grano

Isolated HBsAg positivity in a Mexican patient with newly diagnosed lupus nephritis

Abstract Introduction: Hepatitis B surface antigen (HBsAg) is usually regarded as a marker of hepatitis B virus (HBV) infection. The concurrence of lupus nephritis (LN) and HBsAg-positivity is a challenge for the clinician, since immunosuppressant use may be associated with an increase in viral replication and an exacerbation of liver disease. Case presentation: Here, we describe the case of a 30-year-old Mexican woman with newly diagnosed focal proliferative LN who also tested repeatedly positive for HBsAg by chemiluminescent microparticle immunoassay (CMIA). She had no clinical features of hepatitis and her liver function tests were within normal limits. Her abdominal ultrasound was also normal. While waiting for further results, she was started on lamivudine (100 mg daily). However, total HBV core antibody test was negative. Owing to the infrequency of this serological pattern, an in vitro polymerase chain reaction (PCR) assay was performed and HBV was not detected. Overall, we interpreted these results as a false-positive screening. Methylprednisolone pulse therapy was subsequently given (1 g daily for three doses) without hepatic repercussion, neither clinically nor biochemically. Conclusions: Isolated HBsAg positivity may result from multiple causes, one of which is crossreactivity. To the best of our knowledge, this is the first report of a false-positive reading using CMIA technique in an active lupus patient. It is reasonable to stress that lupus patients with a positive screening for HBV should undergo a confirmatory assay (such as genomic detection), since this diagnosis may have important therapeutic implications. � 2016 Egyptian Society of Rheumatic Diseases. Publishing services provided by Elsevier. B.V. This is an open access article under the CC BY-NC-ND license (http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/

Homologue expression of a fungal endo-1,4-β-Dxylanase using submerged and solid substrate fermentations

The xyn5 gene, which encodes an endo-β-1,4-xylanase (Xyn5), in Aspergillus niger GS1 was cloned into an expression cassette under the control of constitutive glyceraldhehyde-3-phosphate dehydrogenase gene promoter. The expression system was designed to produce the recombinant enzyme containing a six-histidine peptide fused to the carboxyl end of the protein. The efficiency of Xyn5 production under submerged (SmF) and solid-state (SSF) fermentation was investigated using the homologous cotransformed A. niger AB4.1. A productivity of 17.1 U/(l·h) was estimated for SSF and 3.2 U/(l·h) for SmF calculated at peak value of enzyme titers. Recombinant Xyn5 obtained by SSF on polyurethane fiber, was purified 5.1-fold by anion exchange and immobilized metal affinity chromatography, with 35.7% recovery. The purified recombinant enzyme showed an apparent molecular weight of 30 kDa and optimal activity (522 U/mg protein) at pH 5.5 and 50°C.Key words: Aspergillus niger GS1, xylanolytic activity, solid-state fermentation, homologue expression, polyurethane fiber

Eficiencia de selección indirecta en maíz para ambiente futuro por cambio climático

En la Mesa Central Mexicana se siembran en marzo y abril, más de 800 mil ha de maíz con humedad residual  y más de 650 mil bajo secano en junio. Se puede esperar que por cambio climático desaparecerá la humedad residual y toda la superficie tendrá que ser sembrada bajo secano. Existen muchos trabajos de mejoramiento genético de maíz en humedad residual, y nos podemos preguntar si será útil el avance por selección actualmente alcanzado al verse forzados a retrasar la fecha de siembra. Se evaluaron 40 familias de medios hermanos de una población criolla mejorada en ambos ambientes. Se midieron días a floración masculina y femenina, asincronía floral, largo y ancho basal de la hoja de la mazorca principal, número de hojas sobre y debajo de la mazorca, altura de mazorca, altura total de planta y peso de mazorca en 8 plantas de cada familia y cada repetición. Se estimó heredabilidad, correlación genética, respuesta a selección directa en ambiente de humedad residual e indirecta en secano. La correlación genética entre ambos ambientes fue positiva para todas las variables, excepto peso de mazorca. Los valores de heredabilidad fueron mayores en la siembra de humedad residual para días a floración masculina y femenina, número de hojas, altura de planta y de mazorca, e inferiores para el resto, excepto asincronía. La selección en humedad residual provocará en cambios en el mismo sentido al mover a la población al ambiente de secano, excepto para peso de mazorca

La importancia de la Odontología Forense en la identificación de individuos. Revisión bibliográfica.

La odontología forense ha sido de gran utilidad a través del tiempo como parte de la identificación de víctimas, agresores y cadáveres aún no identificados, en especial dentro de catástrofes naturales y homicidios. Como se ha estudiado, los órganos dentarios, permanecen ante estos tipos de situaciones, por lo que son de gran ayuda para la identificación de individuos. Se realizó una revisión bibliografía de los últimos 5 años en PubMed-Medline con palabras clave en inglés: “forensic dentistry” (n=401) y “bite marks” (n=80). De igual manera, se utilizó la base de datos SciELO con los términos en español: “odontología forense” (n=40), “marcas de mordida” (n=2) y “antropología forense” (n=25). De los cuales se trabajaron 6 por su estrecha relación con el tema de investigación. Después de esta revisión, se concluyó que los métodos odontológicos forenses son de gran utilidad ya que tienen grandes ventajas, conllevan un proceso rápido y confiable