Natural polymorphism in the thrombospondin-related adhesive protein of Plasmodium falciparum

We have developed a typing system using natural sequence variation in the thrombospondin-related adhesive protein (TRAP) gene of Plasmodium falciparum. This method permits a haplotype to be assigned to any particular TRAP gene. We have applied this method to a hospital-based, case control-study in Mali. Previous sequence variation and conservation in TRAP has been confirmed. Particular TRAP haplotypes can be used as geographic hallmarks. Because of the high level of conflict between characters, we have examined the phylogenetic relationships between parasites using a network approach. Having received patient samples from urban and periurban areas of Bamako, the majority of haplotypes were closely related and distinct from TRAP sequences present in other continents. This suggests that the structure of TRAP can only tolerate a limited number of sequence variations to preserve its function but that this is sufficient to allow the parasite to evade the host's immune system until a long-lived immune response can be maintained. It may also reflect host genetics in that certain variants may escape the host immune response more efficiently than others. For vaccine design, sequences from the major regional variants may need to be considered in the production of effective subunit vaccines

Reproductive Behavior of Female Dromedaries under Sahelian and Sub-humid Conditions in Mali

Citation correct de ce document / Correct citation of this document: Ouologuem, B. et al. (2020). Comportement reproductif des dromadaires femelles dans les conditions d’élevage sahélien et subhumide du Mali. In: N'Diaye, I. et al. (eds.) Adaptation de l'Agriculture et de l'Élevage au Changement Climatique au Mali: Résultats et leçons apprises au Sahel. Bamako, Mali: Institut d'Economie Rurale. pp. 351-360.Le livre complet est accessible sur le site internet suivant / The complete book can be accessed from the following link https://hdl.handle.net/11250/2687372Résumé: En 2013, un troupeau de dromadaires a été introduit dans le ranch de la Station de Recherche Agronomique de Niono, situé en zone sahélienne et un autre dans la Station de Recherche Agronomique de Sotuba, sise en zone subhumide du Mali. L’objectif de cette introduction a été d’évaluer la capacité d’adaptation de cette espèce en zones sahélienne Sud et subhumide. Les femelles ont fait l’objet de suivi de la reproduction. Les données collectées ont porté sur la conception, la durée de la gestation, les avortements, la durée de l’intervalle entre la mise-bas (post-partum) et la saillie fécondante et le poids à la naissance des chamelons. Entre février 2013 et juin 2016, 15 des 17 femelles ont été saillies à Niono soit 88 % et 11 des 12 femelles à Sotuba soit 92 %. Le taux de misebas a été de 64 % à Niono et 91 % à Sotuba. La durée de la gestation a été en moyenne 366 ± 11,9 jours. Il n’a pas été constaté de différence statistiquement significative entre les deux sites (369 ± 20,1 jours à Sotuba et 362 ± 13,1 jours à Niono). L’intervalle entre mise-bas - saillie a été de 100,4 ± 27,8 jours à Sotuba et 234,5 ± 50,1 jours à Niono. Le sexe du chamelon n’a pas eu d’effet statistiquement significatif sur la durée de la gestation (P = 0,233). Le poids moyen des chamelons à la naissance a été de 29,1 ± 1,3 kg. Il n’a pas été observé de différence significative ni entre les sites (29,8 ± 2,1 kg à Sotuba et 28,3 ± 0,9 kg à Niono) et ni entre les mâles (30,2 ±1,9 kg) et les femelles (27,7 ± 0,6 kg). Ces résultats préliminaires permettraient d’affirmer que les dromadaires s’adaptent aux conditions du Sud-sahélien et subhumide. Ils permettent d’envisager l’introduction du dromadaire dans ces zones pour une exploitation plus rationnelle des ressources naturelles. Toutefois, des investigations de plus longues durées sont encore nécessaires pour la création de fermes de production.Abstract: In 2013, a herd of dromedaries was introduced in the ranch of the Agronomic Research Station of Niono, located in the Sahelian zone of Mali and another one in the Agricultural Research Station of Sotuba, located in the sub-humid zone. The objective of this introduction was to assess the adaptability of this species to the conditions in the Southern Sahel and sub-humid zones. The reproductive behavior of females dromedaries was monitored. The data collected included conception, the duration of gestation, abortion cases, the duration of the interval between farrowing (postpartum) and fertilizing mating, and birth weight of young dromedaries. Between February 2013 and June 2016, 15 of out the 17 female dromedaries were mated in Niono (88%) and 11 out of the 12 ones in Sotuba (92%). The farrowing rate was 64% in Niono and 91% in Sotuba. The average duration of gestation was 366 ± 11.9 days. There was no statistically significant difference between the two sites (369 ± 20.1 days in Sotuba and 362 ± 13.1 days in Niono). The interval between parturitions and farrowing was 100.4 ± 27.8 days in Sotuba and 234.5 ± 50.1 days in Niono. Sex of the young dromedary did not have any statistically significant impact on the duration of gestation (P = 0.233). The average birth weight of the young dromedary was 29.1 ± 1.3 kg. There was no significant difference between sites (29.8 ± 2.1 kg in Sotuba and 28.3 ± 0.9 kg in Niono) nor between males (30.2 ± 1.9 kg) and females (27.7 ± 0.6 kg). These preliminary results show that dromedaries are adapting themselves to South-Sahelian and sub-humid conditions. This allows considering the introduction of dromedaries in these zones for a more rational exploitation of natural resources. However, longer investigations are still needed as for the creation of production farms

Concordance of vaccination status and associated factors with incomplete vaccination: a household survey in the health district of Segou, Mali, 2019

Introduction: the region of Segou recorded 36.8% of children were incompletely vaccinated in 2018. In 2019, the district of Segou was one of the districts with the lowest vaccination coverage in the region, with 85.1% coverage for the three doses of the pentavalent vaccine and 85.4% for the measles vaccine. This study was initiated to better understand this low vaccination coverage, in the absence of specific studies on vaccination coverage in the district of Segou. Methods: a prospective cross-sectional study was conducted from May to August 2020 with 30 clusters. We performed Kappa coefficient, bivariate, and multiple logistic regression analysis. Results: findings showed that 18.46% (101/547) [15.44-21.93] of children were incompletely vaccinated. Mothers correctly reported the vaccination status of their children in 67.30% of cases (Kappa coefficient). Uneducated (OR[IC95%]=2.13[1.30-3.50]), living in rural area (OR[IC95%]=2.07[1.23-3.47]), lack of knowledge of Expanded Program on Immunization (EPI) target diseases (OR[IC95%]=2.37[1.52-3.68]), lack of knowledge of vaccination schedule (OR[IC95%]=3.33[1.90-5.81]) and lack of knowledge of the importance of vaccination (OR[IC95%]=3.6[2.35-6.32]) were associated with incomplete vaccination. In multivariate analysis, uneducated (ORa[IC95%>]=1.68[1.004-2.810]) and lack of knowledge of the importance of vaccination were associated with incomplete vaccination (ORa[IC95%]=3.40[2.049-5.649]). Conclusion: findings showed a good concordance of the vaccination status. Living in a rural area, no education, lack of the knowledge of EPI target diseases, lack of the knowledge of vaccination schedule and lack of knowledge of the importance of vaccination were associated with incomplete vaccination

ATTITUDES D’ELEVES ET ELEVES-MAITRES ENVERS LES SCIENCES PHYSIQUES ET CHIMIQUES ET APPROPRIATION DE L’APC PAR DES ENSEIGNANTS DU SECONDAIRE / STUDENTS AND STUDENTS-TEACHERS’ ATTITUDES TOWARD PHYSIC AND CHEMISTRY SCIENCES AND AC APPRIATION BY SECONDARY TEACHERS

Ce travail de recherche a lieu dans un contexte d’innovation curriculaire, marquée par une diminution drastique des effectifs dans les séries scientifiques maliennes comme partout ailleurs. Nous avons donc réalisé une enquête auprès de 600 élèves de Seconde CG (14-15 ans) et 100 élèves-maîtres de 2e année IFM, afin d’identifier leurs rapports aux Sciences physiques et chimiques (SPC), ainsi qu’auprès de 50 enseignants du secondaire sur leur mode d’appropriation de l’APC. Les résultats ont mis en évidence une relation entre l’attitude négative et les sujets d’évaluation de la part de 52% et 85%, respectivement des élèves et élèves-maîtres enquêtés. Ces pourcentages défavorables envers les SPC, qui sont les plus élevés parmi nos résultats, peuvent être minimisés par l’application correcte de l’Approche Par Compétence (APC), non encore effective par manque de formation des enseignants ; car 56,5% des élèves de seconde CG sont désireux de poursuivre en 1re Science.  This research takes place in a context of curricular innovation, marked by a drastic decrease in enrollments in Malian science programs as elsewhere. We conducted a survey of 600 Seconde CG students (14-15 years old) and 100 student-teachers in their 2nd year of IFM to identify their relationships with Physical and Chemical Sciences (PCS), as well as 50 secondary school teachers on their mode of appropriation of the APC. The results highlighted a relationship between negative attitude and evaluation topics among 52% and 85%, respectively, of the surveyed students and student-teachers. These unfavorable percentages towards PCS, which are the highest among our results, can be minimized by the correct application of the Competency-based Approach (CA), which is not yet effective due to lack of teacher training; because 56.5% of high school 1st year students are willing to pursue in 2nd year Sciences.  Article visualizations

Comportement reproductif des dromadaires femelles dans les conditions d’élevage sahélien et subhumide du Mali

Résumé: En 2013, un troupeau de dromadaires a été introduit dans le ranch de la Station de Recherche Agronomique de Niono, situé en zone sahélienne et un autre dans la Station de Recherche Agronomique de Sotuba, sise en zone subhumide du Mali. L’objectif de cette introduction a été d’évaluer la capacité d’adaptation de cette espèce en zones sahélienne Sud et subhumide. Les femelles ont fait l’objet de suivi de la reproduction. Les données collectées ont porté sur la conception, la durée de la gestation, les avortements, la durée de l’intervalle entre la mise-bas (post-partum) et la saillie fécondante et le poids à la naissance des chamelons. Entre février 2013 et juin 2016, 15 des 17 femelles ont été saillies à Niono soit 88 % et 11 des 12 femelles à Sotuba soit 92 %. Le taux de misebas a été de 64 % à Niono et 91 % à Sotuba. La durée de la gestation a été en moyenne 366 ± 11,9 jours. Il n’a pas été constaté de différence statistiquement significative entre les deux sites (369 ± 20,1 jours à Sotuba et 362 ± 13,1 jours à Niono). L’intervalle entre mise-bas - saillie a été de 100,4 ± 27,8 jours à Sotuba et 234,5 ± 50,1 jours à Niono. Le sexe du chamelon n’a pas eu d’effet statistiquement significatif sur la durée de la gestation (P = 0,233). Le poids moyen des chamelons à la naissance a été de 29,1 ± 1,3 kg. Il n’a pas été observé de différence significative ni entre les sites (29,8 ± 2,1 kg à Sotuba et 28,3 ± 0,9 kg à Niono) et ni entre les mâles (30,2 ±1,9 kg) et les femelles (27,7 ± 0,6 kg). Ces résultats préliminaires permettraient d’affirmer que les dromadaires s’adaptent aux conditions du Sud-sahélien et subhumide. Ils permettent d’envisager l’introduction du dromadaire dans ces zones pour une exploitation plus rationnelle des ressources naturelles. Toutefois, des investigations de plus longues durées sont encore nécessaires pour la création de fermes de production

Integrated seroprevalence-based assessment of Wuchereria bancrofti and Onchocerca volvulus in two lymphatic filariasis evaluation units of Mali with the SD Bioline Onchocerciasis/LF IgG4 Rapid Test.

BACKGROUND:Mali has become increasingly interested in the evaluation of transmission of both Wuchereria bancrofti and Onchocerca volvulus as prevalences of both infections move toward their respective elimination targets. The SD Bioline Onchocerciasis/LF IgG4 Rapid Test was used in 2 evaluation units (EU) to assess its performance as an integrated surveillance tool for elimination of lymphatic filariasis (LF) and onchocerciasis. METHODOLOGY/PRINCIPAL FINDINGS:A cross sectional survey with SD Bioline Onchocerciasis/LF IgG4 Rapid Test was piggy-backed onto a transmission assessment survey (TAS) (using the immunochromatographic card test (ICT) Binax Filariasis Now test for filarial adult circulating antigen (CFA) detection) for LF in Mali among 6-7 year old children in 2016 as part of the TAS in two EUs namely Kadiolo-Kolondieba in the region of Sikasso and Bafoulabe -Kita-Oussoubidiagna-Yelimane in the region of Kayes. In the EU of Kadiolo- Kolondieba, of the 1,625 children tested, the overall prevalence of W. bancrofti CFA was 0.62% (10/1,625) [CI = 0.31-1.09]; while that of IgG4 to Wb123 was 0.19% (3/1,600) [CI = 0.04-0.50]. The number of positives tested with the two tests were statistically comparable (p = 0.09). In the EU of Bafoulabe-Kita-Oussoubidiagna-Yelimane, an overall prevalence of W. bancrofti CFA was 0% (0/1,700) and that of Wb123 IgG4 antibody was 0.06% (1/1,700), with no statistically significant difference between the two rates (p = 0.99). In the EU of Kadiolo- Kolondieba, the prevalence of Ov16-specific IgG4 was 0.19% (3/1,600) [CI = 0.04-0.50]. All 3 positives were in the previously O. volvulus-hyperendemic district of Kolondieba. In the EU of Bafoulabe-Kita-Oussoubidiagna-Yelimane, an overall prevalence of Ov16-specific IgG4 was 0.18% (3/1,700) [CI = 0.04-0.47]. These 3 Ov16 IgG4 positives were from previously O.volvulus-mesoendemic district of Kita. CONCLUSIONS/SIGNIFICANCE:The SD Bioline Onchocerciasis/LF IgG4 Rapid test appears to be a good tool for integrated exposure measures of LF and onchocerciasis in co-endemic areas

Main Pathologies of Newly Introduced Dromedaries in Southern Sahel and in Subhumid Zones of Mali

Citation correct de ce document / Correct citation of this document: Baradji, I. et al. (2020). Principales pathologies des dromadaires nouvellement introduits en zones sahélienne-Sud et subhumide du Mali. In: N'Diaye, I. et al. (eds.) Adaptation de l'Agriculture et de l'Élevage au Changement Climatique au Mali: Résultats et leçons apprises au Sahel. Bamako, Mali: Institut d'Economie Rurale. pp. 335-350.Le livre complet est accessible sur le site internet suivant / The complete book can be accessed from the following link https://hdl.handle.net/11250/2687372Résumé: Deux troupeaux de dromadaires ont été introduits en février 2013 dans le ranch de la Station de Recherche Agronomique de Niono sis en zone sahélienne et dans la Station de Recherche Agronomique de Sotuba, située en zone subhumide du Mali, sites qui n’ont jamais abrité cette espèce animale. Les animaux ont été suivis de 2013 à 2015 sur le plan sanitaire par des visites quotidiennes à Sotuba ou deux à trois visites par semaine à Niono. Ils ont subi des déparasitages contre les parasites gastro-intestinaux et sanguins deux fois par an, contre les parasites externes en cas de nécessité durant la saison sèche mais tous les mois durant la saison des pluies. En plus, ils étaient tous vaccinés deux fois par an contre la pasteurellose et le charbon symptomatique. Les données collectées ont porté sur le nombre d’animaux malades, d’animaux morts, le prix et les quantités de produits utilisés dans les traitements et la prophylaxie. Le taux de morbidité a baissé au cours des trois ans de suivi de 40 % à 13 % à Niono et de 17 % à 13 % à Sotuba. Les principales pathologies ont été les parasitoses externes et internes aussi bien à Niono qu’à Sotuba, les dermatoses et les blessures. Parmi les parasites externes, l’espèce Hyaloma spp était la plus fréquente (92,3 %), suivie par Amblyomma sp (3,8 %) et Boophilus spp (3,8 %). À Sotuba, 50 % des échantillons avaient un niveau de nombre d’oeufs par gramme (OPG) faible, tandis que le niveau moyen et le niveau lourd ont constitué chacun 25 %. Dans les parasitoses gastro-intestinales, Trichostrongylus sp a été l’espèce la plus fréquente (41 à 100 % à Sotuba) et 41 à 98 % à Niono. Le coût sanitaire d’entretien du dromadaire a été en moyenne de 1 540 F CFA/tête/an à Sotuba, 1 130 F CFA à Niono. Le coût de la prophylaxie a été le poste budgétaire le plus coûteux avec un coût annuel de 2 280 F CFA par animal à Sotuba et 1 184 F CFA à Niono comparativement au coût de traitement de 767 F CFA à Sotuba et 646 F CFA à Niono. Ces informations permettent de mieux conseiller les éleveurs de dromadaires dans l’entretien de leurs troupeaux dans les zones d’étude.Abstract: In February 2013, a herd of dromedaries was introduced in the ranch of the Agronomic Research Station of Niono, located in the Sahelian zone of Mali and another one in the Agricultural Research Station of Sotuba, located in the sub-humid zone, both stations having never housed this animal species before. These animals were monitored from 2013 to 2015 from a health perspective through daily visits (in Sotuba) or two to three visits per week (in Niono). They were ridded of gastrointestinal and blood parasites twice a year and of external parasites whenever necessary during the dry season, but every month during the rainy season. In addition, they were all vaccinated twice a year against pasteurellosis and blackleg. The data collected focused on the number of sick animals, the number of dead animals and the price and quantities of veterinary products used in treatment and prophylaxis. The morbidity rate dropped from 40% to 13% in Niono and from 17% to 13% in Sotuba over the three years. The main pathologies were external and internal parasitosis, dermatitis and injuries in both Niono and Sotuba. The most common the external parasite was Hyaloma spp (92.3%), followed by Amblyomma sp (3.8%) and Boophilus spp (3.8%). In Sotuba, 50% of the samples had a low egg per gram (EPG) level, while the average level and heavy level were 25% each. Among gastrointestinal parasites, Trichostrongylus sp was the most common one (41% to 100% in Sotuba and 41% to 98% in Niono). The average health care cost of dromedary maintenance was 1,540 CFA/head/year in Sotuba and 1,130 CFA in Niono. The cost of prophylaxis was the most expensive budget item with an annual cost of 2,280 F CFA per animal in Sotuba and 1,184 F CFA in Niono compared to the cost of treatment of 767 F CFA in Sotuba and 646 F CFA in Niono. This information makes it possible to better advise dromedary farmers with regard to the maintenance of their herds in the study areas

Leprosy persistence in the health district of Kenieba despite its elimination as a public health problem at the national level in Mali

WHO defined leprosy elimination as reaching a prevalence < 1 case of leprosy per 10,000 inhabitants. Mali eliminated the disease since 2001 but in 2011, it recorded 226 new cases. This has a serious involvement in term of disease spreading. Therefore, we undertook a cross sectional study in Kenieba health district, still above the WHO recommended elimination threshold to better understand the disease epidemiology and its associated potential factors. The study took place from October 2013 to September 2014. All consenting villagers, living in one of the selected villages were included and clinically examined for leprosy signs

Principales pathologies des dromadaires nouvellement introduits en zones sahélienne-Sud et subhumide du Mali

Résumé: Deux troupeaux de dromadaires ont été introduits en février 2013 dans le ranch de la Station de Recherche Agronomique de Niono sis en zone sahélienne et dans la Station de Recherche Agronomique de Sotuba, située en zone subhumide du Mali, sites qui n’ont jamais abrité cette espèce animale. Les animaux ont été suivis de 2013 à 2015 sur le plan sanitaire par des visites quotidiennes à Sotuba ou deux à trois visites par semaine à Niono. Ils ont subi des déparasitages contre les parasites gastro-intestinaux et sanguins deux fois par an, contre les parasites externes en cas de nécessité durant la saison sèche mais tous les mois durant la saison des pluies. En plus, ils étaient tous vaccinés deux fois par an contre la pasteurellose et le charbon symptomatique. Les données collectées ont porté sur le nombre d’animaux malades, d’animaux morts, le prix et les quantités de produits utilisés dans les traitements et la prophylaxie. Le taux de morbidité a baissé au cours des trois ans de suivi de 40 % à 13 % à Niono et de 17 % à 13 % à Sotuba. Les principales pathologies ont été les parasitoses externes et internes aussi bien à Niono qu’à Sotuba, les dermatoses et les blessures. Parmi les parasites externes, l’espèce Hyaloma spp était la plus fréquente (92,3 %), suivie par Amblyomma sp (3,8 %) et Boophilus spp (3,8 %). À Sotuba, 50 % des échantillons avaient un niveau de nombre d’oeufs par gramme (OPG) faible, tandis que le niveau moyen et le niveau lourd ont constitué chacun 25 %. Dans les parasitoses gastro-intestinales, Trichostrongylus sp a été l’espèce la plus fréquente (41 à 100 % à Sotuba) et 41 à 98 % à Niono. Le coût sanitaire d’entretien du dromadaire a été en moyenne de 1 540 F CFA/tête/an à Sotuba, 1 130 F CFA à Niono. Le coût de la prophylaxie a été le poste budgétaire le plus coûteux avec un coût annuel de 2 280 F CFA par animal à Sotuba et 1 184 F CFA à Niono comparativement au coût de traitement de 767 F CFA à Sotuba et 646 F CFA à Niono. Ces informations permettent de mieux conseiller les éleveurs de dromadaires dans l’entretien de leurs troupeaux dans les zones d’étude