Temporal Patterns of Nucleotide Misincorporations and DNA Fragmentation in Ancient DNA

DNA that survives in museum specimens, bones and other tissues recovered by archaeologists is invariably fragmented and chemically modified. The extent to which such modifications accumulate over time is largely unknown but could potentially be used to differentiate between endogenous old DNA and present-day DNA contaminating specimens and experiments. Here we examine mitochondrial DNA sequences from tissue remains that vary in age between 18 and 60,000 years with respect to three molecular features: fragment length, base composition at strand breaks, and apparent C to T substitutions. We find that fragment length does not decrease consistently over time and that strand breaks occur preferentially before purine residues by what may be at least two different molecular mechanisms that are not yet understood. In contrast, the frequency of apparent C to T substitutions towards the 5′-ends of molecules tends to increase over time. These nucleotide misincorporations are thus a useful tool to distinguish recent from ancient DNA sources in specimens that have not been subjected to unusual or harsh treatments

The SIB Swiss Institute of Bioinformatics' resources: focus on curated databases

The SIB Swiss Institute of Bioinformatics (www.isb-sib.ch) provides world-class bioinformatics databases, software tools, services and training to the international life science community in academia and industry. These solutions allow life scientists to turn the exponentially growing amount of data into knowledge. Here, we provide an overview of SIB's resources and competence areas, with a strong focus on curated databases and SIB's most popular and widely used resources. In particular, SIB's Bioinformatics resource portal ExPASy features over 150 resources, including UniProtKB/Swiss-Prot, ENZYME, PROSITE, neXtProt, STRING, UniCarbKB, SugarBindDB, SwissRegulon, EPD, arrayMap, Bgee, SWISS-MODEL Repository, OMA, OrthoDB and other databases, which are briefly described in this article

La Chontalpa: ¿tierra de nadie o cuna de la civilización maya?

Bassols Batalla, Ángel, Geografía económica de México,México, Trillas, 1972.Curtis, Jason A., David A. Hodell y Mark Brenner, “Climate Variability in the Yucatan Peninsula (Mexico) during the Past 3500 Years and Implications for Maya Cultural Evolution”, en Quaternary Research, núm. 46,1996, pp. 37-47.Bernal, Ignacio, The Olmec World, Berkeley, University of California Press, 1969.CLIMAP 1984. (Climate: Long-range Investigation, Mapping, and Prediction) Project, World Data Center for Marine Geology and Geophysics, Boulder CO.Conde, Cecilia y Carlos Gay, “Impacts of climate change and climate variability in México”, en: Acclimations, Newsletter of the US national assessment of the Potential Consequences of Climate Variability and Change, septiembre-octubre 1999.Secretaría de Programación y Presupuesto 1979. Carta Geológica 1: 1000 000, Villahermosa, México.Tamayo, Jorge I., Geografía moderna de México, México, Trillas, 1976.West, Robert C., Norbert P. Psuty y Bruce G. Thom, The Tabasco Lowlands of Southern México (Technical report 70) Coastal Studies Institute, Louisiana State University, Baton Rouge, 1969

13.0.0.0.0: una fecha maya carente de significado astronómico. 30. Arqueología

Bernal, Ignacio 1969. The Olmec world, Berkeley, University of California Press.Edmonson, Munro S. 1988. The Book of the Year: Middle American calendarical systems, Salt Lake City, Utah, University of Utah Press.Goodman, John T. 1905. “Maya Dates”, American Anthropologist, vol. 7, pp. 642-647.Jenkins, John Major 2002. “Center and source: the Galactic Center in Maya concepts”, Institute of Maya Studies Newsletter (An Afiliate of Miami Museum of Science), vol. 31(10), pp. 4-5.Malmstrom, Vincent H. 1978. “A Reconstruction of the Chronology of Mesoamerican Calendarical Systems”, Journal for the History of Astronomy, vol. 9, pp. 105-116.1997. Cycles of the Sun, Mysteries of the Moon: The Calendar in Mesoamerican Civilization, Austin, University of Texas Press.1999. “Notas astronómicas al calendario mesoamericano”, Arqueología, núm. 21, pp. 109-117.Reed, Jim 2002. “Tribute to Munro Edmonson”, Institute of Maya Studies Newsletter (An Afiliate of Miami Museum of Science), vol. 31(12), p. 4.Teeple, John E. 1930. “Maya Astronomy”, Contributions to American Archaeology, vol. 1(4), Publication 403, Washington D.C., Carnegie Institution of Washington.Thompson, John Eric Sydney 1927. “A Correlation of the Mayan and European Calendars”, Anthropological Series, publication 241, vol. 17(1), Chicago, Field Museum of Natural History, pp. 3-22.1935. “Maya Chronology: The Correlation Question”, Contributions to American Anthropology and History, publication 456, vol. 3(14), Washington D.C., Carnegi

. 30. Arqueología

En este número, al igual que en los anteriores, se han seleccionado artículos que proporcionan información original e inédita de diversas localidades del país, y también propuestas de interpretación teórico-metodológica desde la perspectiva multidisciplinaria y de la arqueología simbólica. En el primer trabajo, Alfonso Grave Tirado resalta la frescura de los datos y la propuesta de reinterpretación general del patrón de asentamiento de la zona costera de la porción sur de Sinaloa y norte de Nayarit. Su revaloración regional desmitifica la versión fragmentaría anterior de las culturas arqueológicas construidas por elementos de tipología cerámica, sin querer demeritar las intuiciones de los primeros investigadores. Posteriormente, nos complace presentar el trabajo de Roberto García Moll, quien movido por su profundo y añejo interés por los sitios mayas, emprende el rescate de viejos papeles sobre Palenque. Su “arqueología de la arqueología” nos devela un valioso cuerpo de datos que deberá ser tomado en cuenta en el momento de construir enfoques teóricos y propuestas de interpretación. Continuando en el área maya, el artículo de paleoantropología física, escrito por Manuel Arias y Noé Pool, nos ofrece otras formas de conocimiento de la población maya del periodo Clásico, a través de la detección de patologías y su interpretación en el contexto social. La correlación de datos biológicos y de cultura material, les permiten a los autores formular una interpretación sobre las condiciones de vida y la inserción social de los individuos. El siguiente escrito, obra de Noemí Castillo y Raúl Arana en el área de Teticpac —zona norte del estado de Guerrero—, nos presenta información inédita de 18 sitios y de sus materiales de superficie, sobre todo cerámicos, cuya cronología abarca desde el Preclásico superior hasta el Posclásico tardío. El trabajo de Salvador Guilliem representa una acuciosa recopilación de la arqueología de los entierros y ofrendas de Tlatelolco desde 1940 a la fecha. El archivo de Francisco González Rul, junto con la demás información del Archivo Tlatelolco, le ofrece “la memoria”, las notas, los viejos dibujos y fotografías para empezar a reinterpretar estos contextos e intentar correlaciones con Tenochtitlan. Los dos artículos siguientes entran en el terreno de la semiótica, recorrido siempre más por los arqueológos, donde los esquemas iconográficos encuentran nuevas alternativas de interpretación bajo su cobijo. El ensayo de Terry Stocker y Kate Howe sobre el elemento triobulado resalta su carácter polisémico y de valor cambiante entre símbolo e icono, dependiendo de la asociación contextual y de la cronología. En el trabajo de Socorro de la Vega y Miguel A. Balcázar, a partir de premisas explícitas de carácter teórico-metodológico, se propone una lectura diferente de la cerámica azteca, intentando un acercamiento simbólico y de múltiples significados a sus formas y decoraciones. Por último, María Rosa Avilez comparte con nosotros sus reflexiones, desde la perspectiva del sujeto-arqueológo, sobre los materiales que recuperamos como producto y objeto de la investigación. Nos hace patente los problemas más elementales de tipo operativo y los cuestionamientos éticos; nos invita a asumir la parte de responsabilidad que nos corresponde y reivindica la necesidad de argumentaciones y soluciones de tipo académico. Como de costumbre, complementamos este número con las secciones Noticias, Archivo técnico y Reseñas.  </p

. 27. Arqueología

La revista Arqueología cumple doce años; doce años de difundir los avances de nuestra disciplina en México, de establecer vínculos entre especialistas, así como de impulsar la discusión académica nacional y extranjera. En sus orígenes constituyó un reto editorial lanzado por un pequeño grupo de arqueólogos visionarios, pero con el paso del tiempo se ha ido convirtiendo en la publicación científica más importante del país, en su disciplina. Sus páginas han sido foro abierto a todo especialista que pueda y quiera enriquecer el discurso arqueológico nacional, desde sus muy particulares y variadas perspectivas. Su periodicidad y la calidad de sus contenidos han alimentado el entusiasmo y participación de los colaboradores, y sobre todo la dedicación de los editores, quienes han sido sostén principal en la construcción de la revista. Con pesar anunciamos el cambio del equipo editorial formado por la doctora Alba Guadalupe Mastache y el ingeniero Joaquín García-Bárcena, quienes imprimieron a esta tarea un sello especial hasta el número 26 de la publicación, conciliando la necesidad de mantener la continuidad y el nivel de calidad de la revista, con la salvaguarda de la pluralidad en las contribuciones, respetando en todo momento la libertad académica de los colaboradores. A ellos va nuestro más profundo reconocimiento por su inigualable labor, que lo mismo enfrentó problemas mayores de política editorial, que los detalles más pequeños de redacción. Desde ahora el compromiso ineludible del nuevo equipo editorial, tal como lo fue el anterior, será preservar la calidad de la revista y garantizar su continuidad, por lo que aseguramos nuestra mejor disposición para recibir y discutir trabajos, colaboraciones y observaciones. A partir del número 28 se abrirá un pequeño espacio de comentarios, debates y aclaraciones. Aunque en el pasado ha habido aportaciones de este tipo, éstas han sido circunstanciales y no han permitido establecer un ámbito permanente de debate científico, tan necesario para la construcción crítica denuestra disciplina. Esperamos que esta sección, lejos de la polémica estéril, contribuya a precisar datos y planteamientos, además de obligarnos a abrir públicamente nuestros comentarios académicos. Asimismo, estimularemos con mayor amplitud y profundidad las propuestas de trabajos que reporten avances de investigación y enfrenten al mismo tiempo la discusión de los problemas teóricos relacionados.</p