Retelling the recent evolution of genetic diversity for Guzerá: Inferences from LD decay, runs of homozygosity and Ne over the generations

[EN] Genetic diversity is the one of the most important issues in conservation studies of livestock breeds or endangered species. In the present study, we tested the feasibility of describing the recent evolution in genetic diversity through genome-wide SNP genotyping and estimates of linkage disequilibrium decay patterns, effective population size, inbreeding coefficient based on runs of homozygosity and population structure. We choose the bovine indicine breed Guzerá because it has suffered recent bottlenecks which have been registered historically. A sample of 1036 females was genotyped using Illumina BovineSNP50. A resampling strategy was applied to correct for sampling biases caused by the population structure in herds, and by the extensive use of some sires for artificial reproduction. A subsample of 210 animals and 32,806 markers with MAF > 0.01 was used. Very low linkage disequilibrium was detected for distances greater than 120 Kb between two markers. Furthermore, three points of decrease in effective population size between generations were detected, which coincide with the historically registered bottlenecks. The inbreeding coefficient, based on runs of homozygosity, confirmed a strong contribution of the last 20–30 generations to current inbreeding. In the population structure analysis, the most probable number of sub-populations is 2, reflecting selection purpose (beef or dual-purpose). Taken together, these results allow a retelling of the recent evolution of this breed. The strategy described here will be useful for other breeds or even species for which a careful historical registry is not available for conservation proposals.SIWe thank to the farmers, who allowed the development of this project in their farms. We thank to Mr. Peter Laspina for reviewing language review and valuable comments. This study was supported by Fundação de Amparo a Pesquisa de Minas Gerais (FAPEMIG), Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq), Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) and Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (Embrapa). Marcos V. B. Silva was supported by the Embrapa – SEG 02.09.07.008.00.00 “Genomic Selection in Dairy Cattle in Brazil”, CNPq PVE 407246/2013-4 “Genomic Selection in Dairy Gyr and Girolando Breeds”, and FAPEMIG CVZ PPM 00395/14 “Genomic Selection in Brazilian Dairy Breeds” appropriated projects. MRSC has a fellowship from the CNPq – 307975/2010-0 and was supported by CNPq – 505338/2008-A and 481018/2008-5 projects. MGCDP, RVV, MAM have fellowships from FAPEMIG. PASF, FCS and ICR have CAPES fellowships

Pesos econômicos para seleção de gado de leite

RESUMO - Os pesos econômicos para características de importância econômica dentro do "Sistema de Produção de Leite" da Fazenda Experimental Santa Rita, pertencente à EPAMIG e localizada no município de Prudente de Moraes (MG), foram calculados. Os pesos econômicos foram definidos como a derivada parcial do lucro com respeito a cada característica (1) e como a derivada parcial da razão receita/despesa com respeito a cada característica (2), avaliadas no valor médio das outras características. Os pesos econômicos expressos em equivalente litro de leite para produção de leite com 3,1% de gordura, produção de gordura acima de 3,1%, mamite, fluxo lácteo, número de serviços por concepção, idade ao primeiro parto, vida útil e peso metabólico da vaca seca foram 31,73/kg, -23,92/kg, -3341,90/caso, 1531,26/kg/min, -1005,08/serviço, -22,30/dia, 2184,38/ano e -368,33/kg, respectivamente, para o primeiro método, e 1,52/kg, -1,76/kg, -179,50/caso, 82,23/kg/min, -53,97/serviço, -1,25/dia, 117,30/ano, -29,00/kg, multiplicados por 10-4, respectivamente, para o segundo método. Como esperado, os pesos econômicos relativos foram muito semelhantes em ambos os métodos, mas os pesos absolutos foram muito diferentes

Ajustamento para heterogeneidade de variância para produção de leite entre rebanhos da raça Holandesa no Brasil

Dados de 36.755 primeiras lactações de vacas holandesas, filhas de 866 reprodutores, distribuídas em diferentes estados no período de 1980 a 1993, foram estratificados em rebanhos de acordo com o desvio-padrão fenotípico da produção de leite ajustada para idade adulta, em três níveis: baixo (11.713 lactações), médio (12.764 lactações) e alto (12.278 lactações). A produção total de leite ajustada para idade adulta e ajustada para idade adulta e 305 dias de lactação, dentro de cada classe, e as transformações logaritmo na base 10, raiz quadrada, padronização e divisão pelo desvio-padrão fenotípico da classe foram analisadas. As médias de produção de leite e os componentes de variância genética, residual e fenotípica elevaram-se com o aumento do desvio-padrão médio da classe. As herdabilidades não tiveram o mesmo comportamento, sendo que as herdabilidades da classe com alto desvio-padrão foram semelhantes às da classe com baixo desvio-padrão, e ambas foram menores que as da classe com médio desvio-padrão, embora o componente de variância genética aditiva tenha sido maior. As transformações usadas não corrigiram a heterogeneidade de variância existente entre as classes. As herdabilidades das características não transformadas variaram de 0,25 a 0,35

Estudo das associações genéticas entre perímetro escrotal e características reprodutivas de fêmeas Nelore Genetic association among scrotal circumference and female reproductive traits in Nellore

Os objetivos deste trabalho foram estimar parâmetros genéticos para as características perímetro escrotal (PE), medido aos 12 (PE12, n = 652) e 18 (PE18, n = 607) meses de idade, idade ao primeiro parto (IPP, n = 1582), datas do primeiro (DPP, n = 1582) e segundo partos (DSP, n = 644) e primeiro intervalo de partos (PIP, n = 644) de animais da raça Nelore. Os parâmetros foram estimados pelo método da máxima verossimilhança restrita, usando-se um modelo animal e incorporando 15.648 informações de pedigree. As estimativas de herdabilidade das análises incluindo somente uma variável foram 0,24±0,10; 0,31±0,10; 0,01±0,03; 0,11±0,05; 0,07±0,08; e 0,10±0,10, respectivamente, para PE12, PE18, IPP, DPP, DSP e PIP. Estas estimativas foram semelhantes às obtidas nas análises em que foram incluídas duas variáveis, com exceção da análise incluindo os dois PE (0,68 e 0,61 para PE12 e PE18, respectivamente). As estimativas de correlações genéticas entre PE12 e IPP, DPP, DSP e PIP foram, respectivamente, -1,00; -0,08; -0,71; e -0,37. Por outro lado, as correlações genéticas entre PE18 e as características observadas nas fêmeas foram, na mesma ordem, -1,00; 0,21; -0,35; e -0,44. A seleção para o PE12 seria mais efetiva que a seleção para o PE18, quando se deseja obter melhorias relacionadas às características reprodutivas das fêmeas.<br>The objectives of this work were to estimate of genetic parameters for scrotal circumference (SC) at 12 (SC12, n = 652) and 18 (SC18, n = 607) months of age, age at first calving (AFC, n = 1,582), first (FCD, n = 1,582) and second (SCD, n = 644) calving dates and first calving interval (FCI, n = 644) in Nellore cattle. Parameters were estimated using REML methodology, with animal models and considering the relations among 15,648 animals. Heritability estimates from univariate analyses were .24±.10, .31±.10, .01±.03, .11±.05, .07±.08 and .10±.10, respectively, for SC12, SC18, AFC, FCD, SCD and FCI. These values were close to the estimates from bivariate analyses, except for the analysis including both SC (heritability estimates of .61 and .68, respectively, for SC12 and SC18). Genetic correlation estimates between SC12 and, respectively, AFC, FCD, SCD and FCI were --1.00, -.08, -.71, and -.37. In the same order, genetic correlation between SC18 and female reproductive traits were --1.00, .21, -.35 and -.44. The selection for SC12 would be more effective than selection for SC18 when trying to improve the reproductive traits of the females