Ancient Genomic Regulatory Blocks Are a Source for Regulatory Gene Deserts in Vertebrates after Whole-Genome Duplications

We investigated how the two rounds of whole genome duplication that occurred at the base of the vertebrate lineage have impacted ancient microsyntenic associations involving developmental regulators (known as genomic regulatory blocks, GRBs). We showed that the majority of GRBs identified in the last common ancestor of chordates have been maintained as a single copy in humans. We found evidence that dismantling of the duplicated GRB copies occurred early in vertebrate evolution often through the differential retention of the regulatory gene but loss of the bystander gene's exonic sequences. Despite the large evolutionary scale, the presence of duplicated highly conserved non-coding regions provided unambiguous proof for this scenario for multiple ancient GRBs. Remarkably, the dismantling of ancient GRB duplicates has contributed to the creation of large gene deserts associated with regulatory genes in vertebrates, providing a potentially widespread mechanism for the origin of these enigmatic genomic traits

Active DNA demethylation of developmental cis-regulatory regions predates vertebrate origins

DNA methylation [5-methylcytosine (5mC)] is a repressive gene-regulatory mark required for vertebrate embryogenesis. Genomic 5mC is tightly regulated through the action of DNA methyltransferases, which deposit 5mC, and ten-eleven translocation (TET) enzymes, which participate in its active removal through the formation of 5-hydroxymethylcytosine (5hmC). TET enzymes are essential for mammalian gastrulation and activation of vertebrate developmental enhancers; however, to date, a clear picture of 5hmC function, abundance, and genomic distribution in nonvertebrate lineages is lacking. By using base-resolution 5mC and 5hmC quantification during sea urchin and lancelet embryogenesis, we shed light on the roles of nonvertebrate 5hmC and TET enzymes. We find that these invertebrate deuterostomes use TET enzymes for targeted demethylation of regulatory regions associated with developmental genes and show that the complement of identified 5hmC-regulated genes is conserved to vertebrates. This work demonstrates that active 5mC removal from regulatory regions is a common feature of deuterostome embryogenesis suggestive of an unexpected deep conservation of a major gene-regulatory module

Developmental dynamics of sea urchin and sea star cis-regulation and the evolution of echinoderm genome organization

Trabajo presentado en EMBO Workshop The evolution of animal genomes, celebrado en modalidad virtual del 13 al 17 de septiembre de 2021

Innate lymphoid cells integrate stromal and immune signals to enhance antibody production by splenic marginal zone B cells

Innate lymphoid cells (ILCs) regulate stromal, epithelial and immune cells, but their impact on B cells remains unclear. We identified RORγt + ILCs nearby the marginal zone (MZ), a splenic compartment containing innate-like B cells that respond to circulating T cell-independent (TI) antigens. Spenic ILCs established a bidirectional crosstalk with MAdCAM-1 + marginal reticular cells by providing tumor necrosis factor (TNF) and lymphotoxin, and activated MZ B cells via BAFF, CD40 ligand and the Notch ligand, Delta-like 1. Splenic ILCs further helped MZ B cells and their plasma cell progeny by co-opting neutrophils through the release of GM-CSF. Consequently, ILC depletion impaired both pre- and post-immune TI antibody responses. Thus, ILCs integrate stromal and myeloid signals to orchestrate innate-like antibody production at the interface between the immune and circulatory systems

Spanish cohort of VEXAS syndrome : clinical manifestations, outcome of treatments and novel evidences about UBA1 mosaicism

The vacuoles, E1-enzyme, X linked, autoinflammatory and somatic (VEXAS) syndrome is an adult-onset autoinflammatory disease (AID) due to postzygotic UBA1 variants. To investigate the presence of VEXAS syndrome among patients with adult-onset undiagnosed AID. Additional studies evaluated the mosaicism distribution and the circulating cytokines. Gene analyses were performed by both Sanger and amplicon-based deep sequencing. Patients' data were collected from their medical charts. Cytokines were quantified by Luminex. Genetic analyses of enrolled patients (n=42) identified 30 patients carrying UBA1 pathogenic variants, with frequencies compatible for postzygotic variants. All patients were male individuals who presented with a late-onset disease (mean 67.5 years; median 67.0 years) characterised by cutaneous lesions (90%), fever (66.7%), pulmonary manifestations (66.7%) and arthritis (53.3%). Macrocytic anaemia and increased erythrocyte sedimentation rate and ferritin were the most relevant analytical abnormalities. Glucocorticoids ameliorated the inflammatory manifestations, but most patients became glucocorticoid-dependent. Positive responses were obtained when targeting the haematopoietic component of the disease with either decitabine or allogeneic haematopoietic stem cell transplantation. Additional analyses detected the UBA1 variants in both haematopoietic and non-haematopoietic tissues. Finally, analysis of circulating cytokines did not identify inflammatory mediators of the disease. Thirty patients with adult-onset AID were definitively diagnosed with VEXAS syndrome through genetic analyses. Despite minor interindividual differences, their main characteristics were in concordance with previous reports. We detected for the first time the UBA1 mosaicism in non-haematopoietic tissue, which questions the previous concept of myeloid-restricted mosaicism and may have conceptual consequences for the disease mechanisms

Guías Argentinas de Vasculitis

La arteritis de células gigantes (ACG) es una vasculitis sistémica que afecta a personas adultas; compromete vasos arteriales de mediano y gran calibre, con potenciales complicaciones de gravedad, como la ceguera, y es considerada una emergencia médica. El objetivo de estas guías fue desarrollar las primeras recomendaciones argentinas para su tratamiento, basadas en la revisión de la literatura mediante metodología GRADE. Un panel de expertos en vasculitis elaboró las preguntas en formato PICO (población, intervención, comparador y outcomes), y luego un panel de expertos en metodología efectuó la revisión de la bibliografía con la extracción de la evidencia para cada una de las preguntas. Se realizó un focus group de pacientes para conocer sus preferencias y experiencias. Finalmente, con la información recabada, el panel de expertos en vasculitis procedió a la votación de las recomendaciones que a continuación se presentan

Recomendaciones de la Sociedad Argentina de Reumatología en el manejo de la arteritis de células gigantes

La arteritis de células gigantes (ACG) es una vasculitis sistémica que afecta a personas adultas; compromete vasos arteriales de mediano y gran calibre, con potenciales complicaciones de gravedad, como la ceguera, y es considerada una emergencia médica. El objetivo de estas guías fue desarrollar las primeras recomendaciones argentinas para su tratamiento, basadas en la revisión de la literatura mediante metodología GRADE. Un panel de expertos en vasculitis elaboró las preguntas en formato PICO (población, intervención, comparador y outcomes), y luego un panel de expertos en metodología efectuó la revisión de la bibliografía con la extracción de la evidencia para cada una de las preguntas. Se realizó un focus group de pacientes para conocer sus preferencias y experiencias. Finalmente, con la información recabada, el panel de expertos en vasculitis procedió a la votación de las recomendaciones que a continuación se presentan

Recomendaciones de la Sociedad Argentina de Reumatología para el tratamiento de las vasculitis asociadas a ANCA

Las vasculitis asociadas a ANCA representan un grupo de enfermedades autoinmunes, multisistémicas, que afectan principalmente a los vasos de pequeño calibre, pudiendo comprometer el tracto respiratorio superior e inferior, el aparato otorrinolaringológico, riñón y piel, aunque eventualmente cualquier órgano puede estar involucrado. Son enfermedades con potencial y severo compromiso de órganos y elevada morbimortalidad. El objetivo de estas guías fue desarrollar las primeras recomendaciones argentinas para su tratamiento, basadas en la revisión de la literatura mediante metodología GRADE. Un panel de expertos en vasculitis elaboró las preguntas en formato PICO (población, intervención, comparador y outcomes), y luego un panel de expertos en metodología efectuó la revisión de la bibliografía con la extracción de la evidencia para cada una de las preguntas. Se realizó un focus group de pacientes para conocer sus preferencias y experiencias. Finalmente, con la información recabada, el panel de expertos en vasculitis procedió a la votación de las recomendaciones que a continuación se presentan

Recomendaciones de la Sociedad Argentina de Reumatología en el manejo de la arteritis de células gigantes

La arteritis de células gigantes (ACG) es una vasculitis sistémica que afecta a personas adultas; compromete vasos arteriales de mediano y gran calibre, con potenciales complicaciones de gravedad, como la ceguera, y es considerada una emergencia médica. El objetivo de estas guías fue desarrollar las primeras recomendaciones argentinas para su tratamiento, basadas en la revisión de la literatura mediante metodología GRADE. Un panel de expertos en vasculitis elaboró las preguntas en formato PICO (población, intervención, comparador y outcomes), y luego un panel de expertos en metodología efectuó la revisión de la bibliografía con la extracción de la evidencia para cada una de las preguntas. Se realizó un focus group de pacientes para conocer sus preferencias y experiencias. Finalmente, con la información recabada, el panel de expertos en vasculitis procedió a la votación de las recomendaciones que a continuación se presentan