Gene-Based Methods to Detect Gene-Gene Interaction in R: The GeneGeneInteR Package

GeneGeneInteR is an R package dedicated to the detection of an association between a case-control phenotype and the interaction between two sets of biallelic markers (single nucleotide polymorphisms or SNPs) in case-control genome-wide associations studies. The development of statistical procedures for searching gene-gene interaction at the SNP-set level has indeed recently grown in popularity as these methods confer advantage in both statistical power and biological interpretation. However, all these methods have been implemented in home made softwares that are for most of them available only on request to the authors and at best have a web interface. Since the implementation of these methods is not straightforward, there is a need for a user-friendly tool to perform gene-based genegene interaction. The purpose of GeneGeneInteR is to propose a collection of tools for all the steps involved in gene-based gene-gene interaction testing in case-control association studies. Illustrated by an example of a dataset related to rheumatoid arthritis, this paper details the implementation of the functions available in GeneGeneInteR to perform an analysis of a collection of SNP sets. Such an analysis aims at addressing the complete statistical pipeline going from data importation to the visualization of the results through data manipulation and statistical analysis

A transcriptome multi-tissue analysis identifies biological pathways and genes associated with variations in feed efficiency of growing pigs

International audienceBackground - Animal's efficiency in converting feed into lean gain is a critical issue for the profitability of meat industries. This study aimed to describe shared and specific molecular responses in different tissues of pigs divergently selected over eight generations for residual feed intake (RFI). Results - Pigs from the low RFI line had an improved gain-to-feed ratio during the test period and displayed higher leanness but similar adiposity when compared with pigs from the high RFI line at 132 days of age. Transcriptomics data were generated from longissimus muscle, liver and two adipose tissues using a porcine microarray and analyzed for the line effect (n = 24 pigs per line). The most apparent effect of the line was seen in muscle, whereas subcutaneous adipose tissue was the less affected tissue. Molecular data were analyzed by bioinformatics and subjected to multidimensional statistics to identify common biological processes across tissues and key genes participating to differences in the genetics of feed efficiency. Immune response, response to oxidative stress and protein metabolism were the main biological pathways shared by the four tissues that distinguished pigs from the low or high RFI lines. Many immune genes were under-expressed in the four tissues of the most efficient pigs. The main genes contributing to difference between pigs from the low vs high RFI lines were CD40, CTSC and NTN1. Different genes associated with energy use were modulated in a tissue-specific manner between the two lines. The gene expression program related to glycogen utilization was specifically up-regulated in muscle of pigs from the low RFI line (more efficient). Genes involved in fatty acid oxidation were down-regulated in muscle but were promoted in adipose tissues of the same pigs when compared with pigs from the high RFI line (less efficient). This underlined opposite line-associated strategies for energy use in skeletal muscle and adipose tissue. Genes related to cholesterol synthesis and efflux in liver and perirenal fat were also differentially regulated in pigs from the low vs high RFI lines. Conclusions - Non-productive functions such as immunity, defense against pathogens and oxidative stress contribute likely to inter-individual variations in feed efficiency

Modélisation économétrique des effets des instruments de soutien sur les marchés mondiaux des grandes cultures

Diffusion du document : INRA ESR Rennes Diplôme : Dr. d'UniversiteL'Accord Agricole de l'Uruguay Round (1994) a constitué un tournant dans la libéralisation des échanges agricoles. Les négociations se poursuivent et engendrent de nouvelles réformes de la Politique Agricole Commune et un ajustement des instruments utilisés aux Etats-Unis. Afin de quantifier les effets des instruments de politique agricole, un modèle économétrique mondial représentant les productions, les demandes, et les échanges de produits agricoles est construit. L'originalité de ce projet porte, en particulier, sur la représentation explicite des instruments de politique agricole. La modélisation des fonctions d'exportations et d'importations permet de distinguer les instruments à l’exportation (subventions, crédits, aide alimentaire) et à l’importation (droit de douane, quotas à l’importation). Des simulations de scénarii de politique agricole (libéralisation totale, partielle,…) sont réalisées

The impact on yields of arable crops of moving from price support to area payements: A Study of the 1992 CAP Reform: n° 423

The aim of the study is to measure the impact of the 1992 reform of the Common Agricultural Policy (CAP) on arable crop yields in the European Union (EU), and more specifically to quantify the impact that the introduction of compensatory area payments had on yields. The CAP reform in May 1992 consisted largely in reducing support prices and offsetting the ensuing loss of income with direct payments based on factors of production, i.e. acreage in the case of COP (cereal, oilseed and protein) crops

The impact on yields of arable crops of moving from price support to area payements: A Study of the 1992 CAP Reform: n° 423

The aim of the study is to measure the impact of the 1992 reform of the Common Agricultural Policy (CAP) on arable crop yields in the European Union (EU), and more specifically to quantify the impact thatthe introduction of compensatory area payments had on yields. The CAP reform in May 1992 consisted largely in reducing support prices and offsetting the ensuing loss of income with direct payments based on factors of production, i.e. acreage in the case of COP (cereal, oilseed and protein) crops

Sparse factor model for co-expression networks with an application using prior biological knowledge

International audienc

Les marchés mondiaux des céréales sous les propositions de la réforme de la politique agricole commune

International audienceLes précédentes évaluations quantitatives des impacts de la réforme de la politique agricole commune (notamment l'Agenda 2000) diffèrent selon les études empiriques. Les différences sont principalement dues à la représentation des instruments de politiques agricoles (modélisation explicite ou modélisation implicite des différents instruments i.e. utilisation d'équivalent ad valorem). L'objectif de l'article est d'évaluer empiriquement les impacts de la réforme de la politique agricole commune et les conséquences des propositions de la révision à mi-parcours sur les marchés mondiaux des céréales. Les auteurs développent un modèle économétrique dynamique d'équilibre partiel des marchés mondiaux des grandes cultures. Les principaux exportateurs et importateurs sont modélisés de façon séparée, les autres pays étant considérés dans un agrégat "reste du monde". Dans chaque modèle régional, un système d'offre, les équations de demande et les équations d'échanges sont estimés. L'originalité du modèle qu'ils développent porte sur plusieurs points : les paramètres estimés dans les équations de comportement (offre et demande) respectent la théorie économique sous-jacente et les instruments de politique agricole (en particulier la PAC) sont représentés explicitement. La section empirique se concentre sur le marché mondial des céréales. Les auteurs présentent les résultats de simulations jusqu'en 2009 selon trois scénarios : le scénario de référence et deux scénarios basés sur différentes hypothèses de l'évolution de politique agricole commune (le scénario de la révision à mi-parcours et le scénario de découplage). Les effets estimés du scénario de la révision à mi-parcours sur les prix des produits en Union européenne dépendent de la relation entre les prix de marchés mondiaux et européens

Volume 2 : résultats des estimations par pays [Rapport final]

Le rapport présente les résultats d'estimation actuellement disponibles pour les pays nouvellement intégrés dans le modèle WEMAC (Brésil, Chine, Afrique du Nord, Moyen Orient, Ukraine). De plus, les résultats d'estimation liés à la modélisation de la demande d'oléagineux sont présentés pour toutes les zones actuellement intégrées dans le modèle. Les auteurs présentent également les estimations des autres relations de comportement nécessaires à la modélisation des marchés mondiaux des oléagineux à savoir les relations de stocks et d'échanges

Les marchés mondiaux des céréales sous les propositions de la réforme de la politique agricole commune

International audienceLes précédentes évaluations quantitatives des impacts de la réforme de la politique agricole commune (notamment l'Agenda 2000) diffèrent selon les études empiriques. Les différences sont principalement dues à la représentation des instruments de politiques agricoles (modélisation explicite ou modélisation implicite des différents instruments i.e. utilisation d'équivalent ad valorem). L'objectif de l'article est d'évaluer empiriquement les impacts de la réforme de la politique agricole commune et les conséquences des propositions de la révision à mi-parcours sur les marchés mondiaux des céréales. Les auteurs développent un modèle économétrique dynamique d'équilibre partiel des marchés mondiaux des grandes cultures. Les principaux exportateurs et importateurs sont modélisés de façon séparée, les autres pays étant considérés dans un agrégat "reste du monde". Dans chaque modèle régional, un système d'offre, les équations de demande et les équations d'échanges sont estimés. L'originalité du modèle qu'ils développent porte sur plusieurs points : les paramètres estimés dans les équations de comportement (offre et demande) respectent la théorie économique sous-jacente et les instruments de politique agricole (en particulier la PAC) sont représentés explicitement. La section empirique se concentre sur le marché mondial des céréales. Les auteurs présentent les résultats de simulations jusqu'en 2009 selon trois scénarios : le scénario de référence et deux scénarios basés sur différentes hypothèses de l'évolution de politique agricole commune (le scénario de la révision à mi-parcours et le scénario de découplage). Les effets estimés du scénario de la révision à mi-parcours sur les prix des produits en Union européenne dépendent de la relation entre les prix de marchés mondiaux et européens