Multivariate restricted maximum likelihood estimation of genetic parameters for production traits in three selected turkey strains

Genetic parameters related to growth, carcass composition and egg production were estimated on three (two female and one male) commercial strains of turkey using the method of restricted maximum likelihood (REML). In order to account for the sexual dimorphism in turkeys, body weight (BW, measured at 12 and 16 weeks of age) was considered as a sex-limited trait. As many as seven traits were analyzed simultaneously in one strain. Egg numbers were normalized using a Box-Cox transformation. Three different genetic models were used. The first one was a linear mixed model with a direct genetic effect. Model 2 accounted in addition for a dam’s environmental effect, while model 3 introduced a maternal genetic effect. The heritability estimates of BW were very high, especially for female traits (0.77 for female BW16 and 0.68 for male BW16 in strain B). Sexual dimorphism was less heritable (0.23, 0.16, and 0.14 for the 16 weeks body weight sex difference in the three strains considered). One of the female strains exhibited a strongly negative genetic correlation (-0.5) between female BW and egg number. The elevated values of the estimates probably originated from the method used, which accounted for the bias due to the sequential selection that had been carried out, and from the choice of the base population. Use of models 2 and 3 resulted in slightly lower heritability estimates than model 1, due to low maternal effects. The latter, however, offered a reasonable compromise between quality and computational cost of the evaluations.Les paramètres génétiques de caractères relatifs à la croissance (poids corporels à 12 et 16 semaines), la teneur en gras (mesure ultrasonique) et la ponte ont été estimés à l’aide de la méthode du maximum de la vraisemblance restreinte (REML) dans trois souches de dindes sélectionnées. Les caractères de poids ont été séparés selon les sexes, afin de rendre compte du dimorphisme sexuel important dans l’espèce et jusqu’à sept caractères ont ainsi été analysés simultanément dans une des souches. Les données de ponte ont été normalisées à l’aide d’une transformation de Box-Cox. Trois modèles génétiques différents ont été utilisés. Le premier est un modèle linéaire mixte incluant la valeur génétique additive individuelle comme effet aléatoire. Dans les autres on ajoute un effet maternel d’abord considéré comme un effet essentiellement de milieu (modèle 2) puis uniquement génétique (modèle 3). Les héritabilités sont très fortes pour les poids corporels, plus élevées pour les poids femelles que pour les poids mâles (0,77 pour les femelles à 16 semaines dans la lignée B contre 0,68 pour les mâles). Le dimorphisme sexuel est un caractère plus faiblement héritable (0,23; 0,16; et 0,14 pour la différence de poids entre mâles et femelles à 16 semaines dans les trois lignées). Dans une des lignées femelles, la corrélation génétique est fortement négative (-0,5) entre le poids des femelles et le nombre d’oeufs pondus. Les valeurs élevées des paramètres génétiques s’expliquent probablement par la méthode employée qui permet de prendre en compte le biais important lié à la sélection de type séquentiel. Le choix de la population de base permet également d’expliquer ces valeurs inhabituelles. Les modèles 2 et 3 donnent des estimées légèrement moins élevées pour les héritabilités que le modèle 1, à cause de la faiblesse des effets maternels. Le modèle 1 permet néanmoins un bon compromis entre simplicité des calculs et qualité de la description

Multivariate restricted maximum likelihood estimation of genetic parameters for production traits in three selected turkey strains

Genetic parameters related to growth, carcass composition and egg production were estimated on three (two female and one male) commercial strains of turkey using the method of restricted maximum likelihood (REML). In order to account for the sexual dimorphism in turkeys, body weight (BW, measured at 12 and 16 weeks of age) was considered as a sex-limited trait. As many as seven traits were analyzed simultaneously in one strain. Egg numbers were normalized using a Box-Cox transformation. Three different genetic models were used. The first one was a linear mixed model with a direct genetic effect. Model 2 accounted in addition for a dam’s environmental effect, while model 3 introduced a maternal genetic effect. The heritability estimates of BW were very high, especially for female traits (0.77 for female BW16 and 0.68 for male BW16 in strain B). Sexual dimorphism was less heritable (0.23, 0.16, and 0.14 for the 16 weeks body weight sex difference in the three strains considered). One of the female strains exhibited a strongly negative genetic correlation (-0.5) between female BW and egg number. The elevated values of the estimates probably originated from the method used, which accounted for the bias due to the sequential selection that had been carried out, and from the choice of the base population. Use of models 2 and 3 resulted in slightly lower heritability estimates than model 1, due to low maternal effects. The latter, however, offered a reasonable compromise between quality and computational cost of the evaluations.Les paramètres génétiques de caractères relatifs à la croissance (poids corporels à 12 et 16 semaines), la teneur en gras (mesure ultrasonique) et la ponte ont été estimés à l’aide de la méthode du maximum de la vraisemblance restreinte (REML) dans trois souches de dindes sélectionnées. Les caractères de poids ont été séparés selon les sexes, afin de rendre compte du dimorphisme sexuel important dans l’espèce et jusqu’à sept caractères ont ainsi été analysés simultanément dans une des souches. Les données de ponte ont été normalisées à l’aide d’une transformation de Box-Cox. Trois modèles génétiques différents ont été utilisés. Le premier est un modèle linéaire mixte incluant la valeur génétique additive individuelle comme effet aléatoire. Dans les autres on ajoute un effet maternel d’abord considéré comme un effet essentiellement de milieu (modèle 2) puis uniquement génétique (modèle 3). Les héritabilités sont très fortes pour les poids corporels, plus élevées pour les poids femelles que pour les poids mâles (0,77 pour les femelles à 16 semaines dans la lignée B contre 0,68 pour les mâles). Le dimorphisme sexuel est un caractère plus faiblement héritable (0,23; 0,16; et 0,14 pour la différence de poids entre mâles et femelles à 16 semaines dans les trois lignées). Dans une des lignées femelles, la corrélation génétique est fortement négative (-0,5) entre le poids des femelles et le nombre d’oeufs pondus. Les valeurs élevées des paramètres génétiques s’expliquent probablement par la méthode employée qui permet de prendre en compte le biais important lié à la sélection de type séquentiel. Le choix de la population de base permet également d’expliquer ces valeurs inhabituelles. Les modèles 2 et 3 donnent des estimées légèrement moins élevées pour les héritabilités que le modèle 1, à cause de la faiblesse des effets maternels. Le modèle 1 permet néanmoins un bon compromis entre simplicité des calculs et qualité de la description

Testing the Bell Inequality at Experiments of High Energy Physics

Besides using the laser beam, it is very tempting to directly testify the Bell inequality at high energy experiments where the spin correlation is exactly what the original Bell inequality investigates. In this work, we follow the proposal raised in literature and use the successive decays $J/\psi\to\gamma\eta_c\to \Lambda\bar\Lambda\to p\pi^-\bar p\pi^+$ to testify the Bell inequality. Our goal is twofold, namely, we first make a Monte-Carlo simulation of the processes based on the quantum field theory (QFT). Since the underlying theory is QFT, it implies that we pre-admit the validity of quantum picture. Even though the QFT is true, we need to find how big the database should be, so that we can clearly show deviations of the correlation from the Bell inequality determined by the local hidden variable theory. There have been some critiques on the proposed method, so in the second part, we suggest some improvements which may help to remedy the ambiguities indicated by the critiques. It may be realized at an updated facility of high energy physics, such as BES III.Comment: 16 pages, 5 figure

Search for Direct CP Violation in Non-Leptonic Decays of Charged Ξ\Xi and Λ\Lambda Hyperons

A search for direct CP violation in the non-leptonic decays of hyperons has been performed. In comparing the product of the decay parameters, $\alpha_{\Xi}\alpha_{\Lambda}$, in terms of an asymmetry parameter, $A_{\Xi\Lambda}$, between hyperons and anti-hyperons in the charged $\Xi \to \Lambda \pi$ and $\Lambda \to p \pi$ decay sequence, we found no evidence of direct CP violations. The parameter $A_{\Xi\Lambda}$ was measured to be $0.012 \pm 0.014$.Comment: Submitted for publication; RevTex, 13 pages, 4 figure

Measurement of Decay Parameters for Ξ−→Λπ−\Xi^{-} \to \Lambda \pi^{-} Decay

Based on 1.35 million polarized $\Xi^{-}$ events, we measure the parameter $\phi_{\Xi}$ to be $-1.61^{\circ} \pm 2.66^{\circ} \pm 0.37^{\circ}$ for $\Xi^{-} \to \Lambda \pi^{-}$ decay. New results for the parameters $\beta_{\Xi}$ and $\gamma_{\Xi}$ are also presented. Assuming that the CP-violating phase-shift difference is negligible, we deduce the strong phase-shift difference between the P-wave and S-wave amplitudes of the $\Lambda\pi$ final state to be $3.17^{\circ} \pm 5.28^{\circ} \pm 0.73^{\circ}$. This strong phase-shift difference reduces the theoretical uncertainty in estimating the level of CP violation in $\Xi$-hyperon decay.Comment: To be published in Physical Review Letter

The impact of predation by marine mammals on Patagonian toothfish longline fisheries

Predatory interaction of marine mammals with longline fisheries is observed globally, leading to partial or complete loss of the catch and in some parts of the world to considerable financial loss. Depredation can also create additional unrecorded fishing mortality of a stock and has the potential to introduce bias to stock assessments. Here we aim to characterise depredation in the Patagonian toothfish (Dissostichus eleginoides) fishery around South Georgia focusing on the spatio-temporal component of these interactions. Antarctic fur seals (Arctocephalus gazella), sperm whales (Physeter macrocephalus), and orcas (Orcinus orca) frequently feed on fish hooked on longlines around South Georgia. A third of longlines encounter sperm whales, but loss of catch due to sperm whales is insignificant when compared to that due to orcas, which interact with only 5% of longlines but can take more than half of the catch in some cases. Orca depredation around South Georgia is spatially limited and focused in areas of putative migration routes, and the impact is compounded as a result of the fishery also concentrating in those areas at those times. Understanding the seasonal behaviour of orcas and the spatial and temporal distribution of “depredation hot spots” can reduce marine mammal interactions, will improve assessment and management of the stock and contribute to increased operational efficiency of the fishery. Such information is valuable in the effort to resolve the human-mammal conflict for resources