What Reference Genome Assemblies Tell Us and How to Detect the BestAvailable Version: A Case Study in Trout

Genomic studies have largely been accelerated by the advances of next generation sequencing technologies since the beginning of the millennium. This, in turn, has motivated the generation of more reference genome assemblies not only in model organisms but also in species of scientific interest. In the present study, we employed a comparison study between the two different reference genome assemblies available for the same species, Salmo trutta, in GenBank. The results indicated an overall 90% similarity index between the two assemblies. Furthermore, the inversion regions of which assembly needs corrections were detected. Taking into account the whole genome duplication origin of the Salmonidae family, both assemblies were of good quality. However, the updated version of the Wellcome Sanger Institute assembly (fSalTru_1.2) outperformed the Norwegian assembly and was detected as the best available reference genome assembly in Salmo trutta

Biyoteknolojinin Güncel Uygulamalarının Su Ürünleri Genetik Alanında Kullanılması: Yeni Nesil Dizileme Teknolojileri

Geride bıraktığımız elli yıllık süreçte DNA dizi bilgisinin belirlenmesine yönelik muazzam çaba gösterilmiştir. Geliştirilen teknikler sayesinde kısa oligonukleotidlerden milyonlarca nükleotidlik tüm genom dizilemelerini tek reaksiyonda okuyabilen platformlara geçilmiştir. Bu ilerlemeler, Yeni Nesil Dizileme (YND) teknolojilerinin piyasaya sürülmesi ile gerçekleşmiştir. Kullanılan yöntemler, temelde bir genomun indirgenmiş temsilini oluşturan rastgele kütüphaneler (RADseq, ddRADseq, 2bRADseq, CROPS ve RRL) ile belli bir bölgeyi hedef alan kütüphaneler (RNAseq) olmak üzere ikiye ayrılırlar. Örneklerin hazırlanma süreci kısaca, DNA dizisi çıkarılması hedeflenen türün genomunun restriksiyon ya da sonikasyon yöntemi ile parçalara ayrılarak bir DNA kütüphanesinin oluşturulması ve ardından yüksek üretim hacmine sahip dizileme ekipmanları ile yeni sentezlenen DNA parçalarının yüksek kapasitede (paralel olarak) dizilenmesi, takiben de tüm bu dizilerin bir araya getirilmesi (assembly making) şeklinde özetlenebilir. Bu derlemede, literatürde en fazla kullanılan ve restriksiyon temelli yöntemlerden olan RADseq ve ddRADseq yöntemleri odaklı örneklerin hazırlanması ve biyoinformatik analizleri ele alınmıştır. Ülkemizde potansiyeli henüz keşfedilmemiş olan YND teknolojilerinin su ürünleri genetik literatüründeki kullanım alanları: (i) referans genom haritaları oluşturma (fiziksel), (ii) genetik bağlantı haritalamaları (QTL haritalama), (iii) popülasyon genetiği ve filogeni, (iv) TNP chip dizaynında, (v) verifikasyon ve validasyon çalışmalarında, (vi) ıslah amaçlı genotipleme ile (vii) sürdürülebilir su ürünleri yetiştiriciliği ve çevresel etkinin en aza indirilmesi noktasında bilgilendirici genetik izlenebilirlik alt başlıklarında derlenmiştir

Brown trout phylogenetics: a persistent mirage towards (too) many species

International audienc

The trouts of the Marmara and Aegean Sea drainages in Türkiye, with the description of a new species (Teleostei, Salmonidae)

The taxonomic status of native trout species of the Marmara and Aegean Sea drainages is evaluated and three species, Salmo duhani, S. coruhensis and S. brunoi sp. nov., are recognized. Salmo brunoi, a new species, is described from the Nilüfer River, a tributary of the Susurluk River. It is distinguished by a general brownish body color in life; few black spots (fewer than 60) on the body, generally scattered on the back and the upper part of the flank, rarely in the median part; few (fewer than 40) and small (smaller than pupil) red spots on the body, scattered on the median part and lower half of the flank; a number of black and red spots not increasing with size in both sexes; a long adipose fin (adipose-fin height 8–9% SL); a short distance between adipose-fin and caudal-fin (12–14% SL); and a short anal fin (anal-fin height 12–15% SL). Salmo brunoi sp. nov. is separated from the rest of the Marmara and Aegean trouts of Anatolia based on genome-wide distributed 187.385 unlinked SNP markers. According to the best of the authors’ knowledge, whole genome data is used for the first time here to characterize a new species of trout

The trouts of the Marmara and Aegean Sea drainages in Türkiye, with the description of a new species (Teleostei, Salmonidae)

The taxonomic status of native trout species of the Marmara and Aegean Sea drainages is evaluated and three species, Salmo duhani, S. coruhensis and S. brunoi sp. nov., are recognized. Salmo brunoi, a new species, is described from the Nilüfer River, a tributary of the Susurluk River. It is distinguished by a general brownish body color in life; few black spots (fewer than 60) on the body, generally scattered on the back and the upper part of the flank, rarely in the median part; few (fewer than 40) and small (smaller than pupil) red spots on the body, scattered on the median part and lower half of the flank; a number of black and red spots not increasing with size in both sexes; a long adipose fin (adipose-fin height 8–9% SL); a short distance between adipose-fin and caudal-fin (12–14% SL); and a short anal fin (anal-fin height 12–15% SL). Salmo brunoi sp. nov. is separated from the rest of the Marmara and Aegean trouts of Anatolia based on genome-wide distributed 187.385 unlinked SNP markers. According to the best of the authors’ knowledge, whole genome data is used for the first time here to characterize a new species of trout