Germline genetic findings which may impact therapeutic decisions in families with a presumed predisposition for hereditary breast and ovarian cancer

In this study, we aim to gain insight in the germline mutation spectrum of ATM, BARD1, BRIP1, ERCC4, PALB2, RAD51C and RAD51D in breast and ovarian cancer families from Spain. We have selected 180 index cases in whom a germline mutation in BRCA1 and BRCA2 was previously ruled out. The importance of disease-causing variants in these genes lies in the fact that they may have possible therapeutic implications according to clinical guidelines. All variants were assessed by combined annotation dependent depletion (CADD) for scoring their deleteriousness. In addition, we used the cancer genome interpreter to explore the implications of some variants in drug response. Finally, we compiled and evaluated the family history to assess whether carrying a pathogenic mutation was associated with age at diagnosis, tumour diversity of the pedigree and total number of cancer cases in the family. Eight unequivocal pathogenic mutations were found and another fourteen were prioritized as possible causal variants. Some of these molecular results could contribute to cancer diagnosis, treatment selection and prevention. We found a statistically significant association between tumour diversity in the family and carrying a variant with a high score predicting pathogenicity (p = 0.0003)

Role of age and comorbidities in mortality of patients with infective endocarditis

[Purpose]: The aim of this study was to analyse the characteristics of patients with IE in three groups of age and to assess the ability of age and the Charlson Comorbidity Index (CCI) to predict mortality. [Methods]: Prospective cohort study of all patients with IE included in the GAMES Spanish database between 2008 and 2015.Patients were stratified into three age groups:<65 years,65 to 80 years,and ≥ 80 years.The area under the receiver-operating characteristic (AUROC) curve was calculated to quantify the diagnostic accuracy of the CCI to predict mortality risk. [Results]: A total of 3120 patients with IE (1327 < 65 years;1291 65-80 years;502 ≥ 80 years) were enrolled.Fever and heart failure were the most common presentations of IE, with no differences among age groups.Patients ≥80 years who underwent surgery were significantly lower compared with other age groups (14.3%,65 years; 20.5%,65-79 years; 31.3%,≥80 years). In-hospital mortality was lower in the <65-year group (20.3%,<65 years;30.1%,65-79 years;34.7%,≥80 years;p < 0.001) as well as 1-year mortality (3.2%, <65 years; 5.5%, 65-80 years;7.6%,≥80 years; p = 0.003).Independent predictors of mortality were age ≥ 80 years (hazard ratio [HR]:2.78;95% confidence interval [CI]:2.32–3.34), CCI ≥ 3 (HR:1.62; 95% CI:1.39–1.88),and non-performed surgery (HR:1.64;95% CI:11.16–1.58).When the three age groups were compared,the AUROC curve for CCI was significantly larger for patients aged <65 years(p < 0.001) for both in-hospital and 1-year mortality. [Conclusion]: There were no differences in the clinical presentation of IE between the groups. Age ≥ 80 years, high comorbidity (measured by CCI),and non-performance of surgery were independent predictors of mortality in patients with IE.CCI could help to identify those patients with IE and surgical indication who present a lower risk of in-hospital and 1-year mortality after surgery, especially in the <65-year group

Increased Co-Occurrence of Pathogenic Variants in Hereditary Breast and Ovarian Cancer and Lynch Syndromes: A Consequence of Multigene Panel Genetic Testing?

The probability of carrying two pathogenic variants (PVs) in dominant cancer-predisposing genes for hereditary breast and ovarian cancer and lynch syndromes in the same patient is uncommon, except in populations where founder effects exist. Two breast cancer women that are double heterozygotes (DH) for both BRCA1/BRCA2, one ovarian cancer case DH for BRCA1/RAD51C, and another breast and colorectal cancer who is DH for BRCA2/PMS2 were identified in our cohort. Ages at diagnosis and severity of disease in BRCA1/BRCA2 DH resembled BRCA1 single-carrier features. Similarly, the co-existence of the BRCA2 and PMS2 mutations prompted the development of breast and colorectal cancer in the same patient. The first BRCA1/BRCA2 DH was identified by HA-based and Sanger sequencing (1 of 623 families with BRCA PVs). However, this ratio has increased up to 2.9% (1 DH carrier vs. 103 single PV carriers) since using a custom 35-cancer gene on-demand panel. The type of cancer developed in each DH patient was consistent with the independently inherited condition, and the clinical outcome was no worse than in patients with single BRCA1 mutations. Therefore, the clinical impact, especially in patients with two hereditary syndromes, lies in genetic counseling tailor-made for each family based on the clinical guidelines for each syndrome. The number of DH is expected to be increased in the future as a result of next generation sequencing routines

Unraveling the molecular effect of a rare missense mutation in BRIP1 associated with inherited breast cancer

BRIP1 is a component of the Fanconi Anemia/BRCA pathway responsible for DNA reparation via helicase activity. Some heterozygous variants in BRIP1 could contribute to Hereditary Breast Cancer through a defective DNA repair. The clinical utility of BRIP1 mutations in a familial cancer context is compromised by the conflicting interpretation of “variants of uncertain significance” (VUS). Defining the clinical significance of variants identified in genetic tests is a major challenge; therefore, studies that evaluate the biological effect of these variants are definitely necessary. To contribute to this purpose, we have characterized the variant c.550G>T of BRIP1, a missense mutation with little evidence about its pathogenicity. Since Human Splicing FinderTM predicts the creation of a new exonic splicing enhancer site we decided to perform cDNA analysis revealing that the c.550G>T mutation located in exon 6 led to an aberrant transcript causing exon 5 skipping. Our results demonstrate that the c.550G>T BRIP1 variant disrupts normal splicing, causing exon 5 skipping. Considering that the exon 5 encodes the helicase domain of BRIP1, it is expected an alteration of the function. This finding enhances the interpretation of this VUS, suggesting a potential pathogenic effect.This work was supported by the University of Valladolid, Valladolid (Spain) and The Regional Government of Castilla y León.Peer reviewe

De la informalidad a la academia ; un direccionamiento de las prácticas literarias juveniles

Este trabajo titulado, De la informalidad a la academia; un direccionamiento de las prácticas literarias juveniles, tiene como propósito el estudio y análisis de la relación entre jóvenes y literatura y la observación de los fenómenos de lectura que subyacen en su intimidad. Se entiende y concibe la realización de lecturas de textos literarios por parte de los jóvenes fuera de un ámbito académico, el cual, se caracteriza por su función netamente de entretenimiento. Se parte de la visión y conceptualización de los lectores postmodernos, los cyber-lectores y el fenómeno del conectivismo que los envuelve en una dinámica y confluencia constante de información e interacción social. Así mismo, se analizan los fenómenos e interacciones sociales que se presentan y detectan en la población en torno a la lectura de textos, los cuales, desde la visión de un docente de literatura se hace complejo de percibir. Teniendo en cuenta dichos aspectos, la investigación expone un ejercicio de una investigación acción participativa (IAP) donde en un primer momento la base de todo proviene de la información dada por los jóvenes y las observaciones dadas por el investigador para en un segundo momento, realizar intervenciones por parte de quienes componen dicha investigación. Para el desarrollo de la misma se propone un plan de ejecución en conjunto con unas estrategias de investigación e instrumentos de intervención, se realiza una descripción de categorías de análisis nacientes de los fenómenos y situaciones presentadas en torno a lo observado.This work entitled "From informality to academia; an address of the juvenile literary practices "this has as purpose the study and analysis of the relationship between young people and literature and the observation of the reading phenomena that underlie their intimacy. It is understood and conceived the realization of readings of literary texts by young people outside of an academic environment, which is characterized by its purely entertainment function. The part of the vision and conceptualization of postmodern readers, cybernetic readers and the phenomenon of connectivism that involves a dynamic and constant confluence of information and social interaction. Likewise, it is analyzed the social phenomena and interactions that are presented and detected in the population around the reading of the texts, which, since the vision of literature teacher has been complex to perceive. Taking into account these aspects, the research exposes an exercise of a participatory action research (PAR) where at first the basis of all the results of the information given by the young people and the observations by the researcher for a second time, perform interventions by those who make up this research. To develop it, an execution plan is proposed in conjunction with research strategies and intervention instruments, a description of the categories of analysis of the phenomena and situations in the same place is made

A PALB2 truncating mutation: Implication in cancer prevention and therapy of Hereditary Breast and Ovarian Cancer

Explaining genetic predisposition in Hereditary Breast and Ovarian Cancer (HBOC) families without BRCA mutations is crucial. Germline PALB2 inactivating mutations were associated with an increased risk of HBOC due to its role in DNA repair through cooperation with BRCA proteins. The prevalence and penetrance of PALB2 mutations in Spanish HBOC patients remains unexplained. PALB2 mutation screening has been conducted in 160 high-risk BRCA-negative patients and 320 controls. We evaluated four predicted splicing disruption variants and large genomic rearrangements by multiplex ligation-dependent probe amplification. We have found a frameshift mutation which segregates in an early onset cancer family; and four rare missense variants. None of the variants tested for a predicted splicing disruption showed an aberrant transcript pattern. No large genomic rearrangements were detected. Although PALB2 truncating mutations are rarely identified, segregation analysis and early onset cancer suggest a significant contribution to HBOC susceptibility in the Spanish population. PALB2 screening may improve genetic counselling through prevention measures, pedigree management and PARP inhibitor therapy selection.This work has been supported by the Regional Government of Castile & Leon to the University of Valladolid, Valladolid (Spain). Carolina Velázquez was supported by a predoctoral fellowship from the Regional Government of Castile & Leon (ORDEN EDU/1083/2013).Peer reviewe

Caracterización clínica y molecular de familias con poliposis atenuada familiar (PAF). Defectos en genes de ruta BER. Correlación genotipo-fenotipo

Resumen del trabajo presentado al I Congreso Interdisciplinar en Genética Humana, celebrado en Madrid del 25 al 28 de abril de 2017.[Objetivos]: La PAF es una forma menos severa de Poliposis, con presencia de 10-99 pólipos, y riesgo de desarrollar cáncer colorrectal del 70% a los 80 años. Las rutas de carcinogénesis en este síndrome no están claras y por ello se necesitan más estudios. Alteraciones en genes implicados en la ruta BER (base excision repair) pueden explicar algunos de los casos. [Material y Método]: Se han analizado los genes MYH y OGG1 en 62 muestras de ADN pertenecientes a 48 familias diferentes, así como la Inmunohistoquímica, la Inestabilidad de microsatélites y el gen Kras en las muestras tumorales disponibles. El análisis molecular se realizó mediante secuenciación Sanger. [Resultados]: Se han detectado 32 familias con variantes en el gen MYH, identificándose 15 cambios diferentes; la variante más frecuente es la c.1014G>C; p.Gln338His. 11 familias portaban dos variantes: 4 eran dobles mutantes, 6 portaban una variante más p.Gln338His y 1 familia presentaba esta variante en homocigosis. 23 familias portaban una sola variante. Respecto al gen OGG1 se encontraron 19 variantes distintas en 39 muestras. 7 de las variantes están descritas, una de ellas como patogénica y 12 eran nuevas. En el estudio de variantes en el codón 12 y 13 del gen KRAS en las muestras tumorales hemos detectado 5 variantes diferentes en 11 muestras. El análisis conjunto nos dice que 12 familias no presentan variantes en ninguno de los genes, 4 familias presentan una poliposis asociada a MYH, 8 familias presentan una variante en MYH y otra en OGG1, 6 familias no presentan variante en MYH pero presentan más de una variante en OGG1 y 5 familias tienen únicamente una variante en OGG1. Un caso con variante en los tres genes. [Conclusiones]: Una correlación genotipo-fenotipo: edad de diagnóstico, número de pólipos y la presencia o no de manifestaciones extracolónicas es posible.Peer reviewe

Caracterización de variantes de Splicing en RNA de Pacientes con Cáncer Hereditario no tipificado

Trabajo presentado en el II Congreso Interdisciplinar de Genética Humana, celebrado en Madrid (España) del 3 al 5 de abril de 2019.[Objetivos]: El uso de paneles de secuenciación masiva en familias con sospecha de Cáncer Hereditario ha dado lugar a un incremento de variantes detectadas, muchas de las cuales tienen significado desconocido (VSD). Potencialmente, estas VSD pueden afectar al correcto procesamiento del ARNm bien por afectar a sitios canónicos de splicing o a sus elementos reguladores. El objetivo es identificar VSD que pueden provocar una modificación en el splicing y comprobar en ARN de pacientes y controles la alteración del mismo que permita considerar o no su relevancia clínica.[Material y Método]: Partimos de una cohorte de 32 pacientes con cáncer de mama y/o ovario cuyas familias no cumplían criterios estrictos para Síndrome de Cáncer de Mama y Ovario Hereditario o Síndrome de Lynch. Fueron analizadas mediante un panel de Secuenciación Masiva con 35 genes implicados en cáncer hereditario. Se identificaron in silico las variantes que afectaban a sitios canónicos de splicing y se caracterizaron mediante RT-PCR en el RNA de pacientes y controles.[Resultados]: Tres de las seis mutaciones potencialmente patogénicas detectadas en el panel, afectaban a sitios canónicos de splicing: una mutación en ATM (c.4776+2T>C) y dos en BRIP1 (c.206-2A>G y c.1140+1G>C). Las mutaciones c.4776+2T>C de ATM y c.1140+1G>C de BRIP1 destruyen el sitio donador provocando la exclusión in-frame de los exones 31 y 8 para cada gen respectivamente. La mutación c.1140+1G>C no ha sido descrita previamente, aunque sí está descrito en ClinVar el cambio G>A en la misma posición. La mutación c.206-2A>G de BRIP1 altera el sitio aceptor situado en el exón 4. [Conclusiones]: Se confirma una alteración del splicing para las tres VSD en las que in silico se sugiere un defecto en el reconocimiento de sitios consenso o elementos reguladores de splicing, demostrando la utilidad de comprobar in vitro en RNA las predicciones informáticas para apoyar o no su clasificación como patogénicas

Una mutación missense de BRIP1 altera el splicing y provoca la exclusión del exón anterior. Implicaciones en el consejo genético al paciente

Resumen del trabajo presentado al I Congreso Interdisciplinar en Genética Humana, celebrado en Madrid del 25 al 28 de abril de 2017.[Objetivos]: La ruta Anemia Fanconi/BRCA es necesaria para una reparación eficiente del ADN. BRIP1 es un gen de esta ruta que codifica para una helicasa que interacciona con BRCA1. Mutaciones en heterocigosis en este gen pueden contribuir a la predisposición al cáncer de mama y ovario hereditario (CMOH). La introducción de la tecnología de secuenciación masiva en el diagnóstico clínico del CMOH genera una gran cantidad de variantes posiblemente relacionadas con la predisposición a esta enfermedad. Lamentablemente, se identifica una proporción elevada de variantes de significado incierto. La discriminación inequívoca entre variantes neutrales y deletéreas es un reto para el asesoramiento genético en la era genómica. Nuestro objetivo ha sido caracterizar la variante c.550G>T en el exón 6 de BRIP1 encontrada en una familia estudiada por un panel de genes de predisposición al CMOH. [Material y Método]: El análisis de esta variante mediante Human Splicing Finder predice la creación de un nuevo sitio donador y la rotura de un sitio de unión a un enhancer exónico de splicing. El ARN de la muestra fue amplificado mediante RT-PCR para obtener cDNA. Posteriormente se obtuvo un fragmento correspondiente a los exones 4 a 7 de BRIP1 mediante PCR. [Resultados]: El producto amplificado mostró un patrón de splicing aberrante en agarosa. Curiosamente, la secuenciación de ambas bandas evidenció la ausencia del exón 5. El análisis bioinformático predice un cambio conformacional de la proteína y una funcionalidad alterada ya que el exón 5 codifica para el dominio helicasa. [Conclusiones]: Hemos elucidado el efecto molecular de la variante c.550G>T de BRIP1. La predicción in silico y confirmación en el ARN de una alteración del splicing demuestran una alteración en la proteína y en su funcionalidad. Este hallazgo contribuye a un mejor consejo genético: estableciendo medidas de prevención y posiblemente tratamiento con inhibidores de PARP.Peer reviewe