Controladores de elite do HIV e o desenvolvimento de vacinas

O HIV é um vírus altamente mutante, por isso a dificuldade em produzir uma vacina protetora, tanto preventiva como terapêutica. Mesmo com os benefícios dos antirretrovirais, a AIDS persiste como problema de saúde pública, especialmente na África. A resposta imune ao HIV pode ser humoral ou celular. Os pacientes controladores de elite têm carga viral indetectável ou muito baixa sem o uso de medicamentos. Essa condição parece relacionada à resposta T CD8. Alguns alelos HLA são relacionados a essa condição na literatura, especialmente HLA-B*27:05, B*57:01, B*57:03 e B*58:01. A genética do HIV também tem influência, com alguns alelos sendo protetores para um determinado subtipo, mas não para outros. Mutações em determinados epítopos permitem o escape viral mesmo para alelos relacionados à proteção contra a doença. Existe também a possibilidade do mesmo alelo selecionar diferentes vias de escape em grupos étnicos diferentes. Neste trabalho geramos mapas com as frequências dos alelos HLAs relacionados a EC nos países africanos com essa informação disponível e os subtipos do HIV mais frequentes nestes locais. Foram modelados 7 epítopos, avaliando afinidade de ligação, transporte pela TAP, clivagem pelo proteossomo e ranking total de processamento. Foram testadas sequências de HIV depositadas no Uniprot para os subtipos mais frequentes. Algumas mutações afetam a ligação ao MHC, outras têm impacto no ranking de processamento global. O epítopo TW10 foi considerado um bom candidato para abordagens imunoterapêuticas, pois todas as mutações encontradas em sua sequência mantiveram ligação ao MHC e alto ranking de processamento. Com este trabalho desenvolvemos um modo de estimar qual o melhor epítopo a ser usado num país baseado no HLA mais frequente e no subtipo de HIV mais prevalente, com um enfoque de “geotargeting”, o que apresenta um potencial inovador a ser aplicado no desenvolvimento de novas abordagens vacinais.HIV is a highly mutated virus, that is why it is so difficult to find a vaccine, both preventive and therapeutics. Even with the benefits of HAART, AIDS persists as a public health problem, especially in Africa. The HIV immune response can be humoral or cellular. Elite controllers patients have an undetectable or very low viral load without the use of medication. This condition appears to be related to the T CD8 response. Some HLA alleles are related to this condition in the literature, especially HLA-B*27:05, B*57:01, B*57:03 and B*58:01. HIV genetics is also important, with some alleles being protective for a certain subtype but not for others. Mutations in certain epitopes allow viral escape even for alleles related to disease protection. The same allele can select different escape routes in different ethnic groups. Subsequently, we generated maps with the frequencies of HLA alleles related to EC in African countries where this information was available and with the most frequent HIV subtypes in these locations. Seven epitopes were modeled, evaluating binding affinity, transport by TAP, proteasome cleavage and global processing ranking. HIV sequences deposited in Uniprot for the most frequent subtypes were tested. Some mutations affect MHC binding, others impact global processing ranking. The TW10 epitope was considered a good candidate for immunotherapeutic approaches, as all mutations found maintained MHC binding and high processing ranking. With this work, we developed a way to estimate the best epitope to be used in a country based on the most frequent HLA and the most prevalent HIV subtype, with a “geotargeting” view, which presents an innovative potential to be applied in the development of new vaccine approaches

Uso do índice de celularidade no líquor para diagnóstico precoce de infecção no sistema nervoso central após drenagem ventricular externa

O uso de Derivação Ventricular Externa (DVE) é necessário para o tratamento de muitas doenças, como Traumatismo Cranioencefálico (TCE) e Hemorragia Subaracnoide (HSA). As meningites e ventriculites são complicações frequentes desse uso. Neste trabalho buscamos determinar sensibilidade, especificidade e ponto de corte para o Índice de Celularidade (IC) em pacientes com TCE, HSA e acidente vascular cerebral hemorrágico (AVCh). Nossa população de estudo foi composta por pacientes com diferentes doenças de base e poucos resultados de cultura de líquor positiva. Para diagnóstico das infecções foram utilizados os critérios do CDC. A análise global do IC mostrou uma área sob a curva de 0,982. O ponto de corte geral do IC com o valor de 2,9 tem uma sensibilidade de 95% e uma especificidade de 92,9%. Nos pacientes com HSA obtivemos uma área sob a curva de 1,0 com o IC de 2,7. A sensibilidade e especificidade foram de 100%. Também foi analisada a variação relativa do IC. Para esta análise, a área sob a curva foi de 0,882 e um aumento de 4,33 vezes no IC demonstrou ser indicativo de infecção (p=0,002), dados estes semelhantes aos da literatura. Também foi feito Heatmap do IC, mostrando que ele dificilmente volta ao normal em pacientes com meningite, mesmo após o tratamento. Logo, o IC mostrou-se valioso para diagnóstico de infecção e inadequado para o acompanhamento do tratamento. Esperamos utilizar em nossa instituição o novo ponto de corte proposto por este trabalho com o intuito de melhorar desfechos clínicos.The use of an external ventricular drain (EVD) is required for the treatment of many diseases, such as traumatic brain injury (TBI) and subarachnoid hemorrhage (SAH). Meningitis and ventriculitis are frequent complications arising from the use of EVD therapy. This study aimed to determine the sensitivity, specificity, and cutoff point for cellularity index (CI) in patients with TBI, SAH, and hemorrhagic stroke. Our study population consisted of patients with different underlying diseases and few culture-positive CSF samples. The diagnosis of infections was based on CDC criteria. Overall CI analysis showed an area under the curve (AUC) of 0.982. The cutoff of 2.9 for overall CI provided a sensitivity of 95% and a specificity of 92.9%. In patients with SAH, the AUC was 1.0 for a CI of 2.7; furthermore, sensitivity and specificity were 100%. The relative variation of the CI was also assessed. This analysis revealed an AUC of 0.882, and a 4.33-fold increase was found be indicative of infection (p=0.002), findings similar to those of the literature. Additionally, a heatmap analysis demonstrated that the CI is unlike to return to normal in patients with meningitis, even after treatment. Therefore, this index showed to be valuable for the diagnosis of infection, but was inadequate for monitoring treatment. We hope to use the new cutoff point proposed by this study in our institution to improve patient clinical outcomes

Distribution of filamentous fungi causing invasive fungal disease at the Haematological Unit, Hospital de Clínicas de Porto Alegre, Brazil

AbstractVery limited data are available in the literature to elucidate the aetiology of invasive mould infections in Latin America. Here we report that Aspergillus species caused only half of such cases in a cohort study conducted over 21 months in a university hospital in Porto Alegre, Southern Brazil. Fusarium spp. were the second most prevalent moulds (20.7%), followed by Zygomycetes (13.8%). The importance of obtaining local epidemiological data for adequately guiding empirical antifungal therapy is reinforced

Distribution of filamentous fungi causing invasive fungal disease at the Haematological Unit, Hospital de Clínicas de Porto Alegre, Brazil

AbstractVery limited data are available in the literature to elucidate the aetiology of invasive mould infections in Latin America. Here we report that Aspergillus species caused only half of such cases in a cohort study conducted over 21 months in a university hospital in Porto Alegre, Southern Brazil. Fusarium spp. were the second most prevalent moulds (20.7%), followed by Zygomycetes (13.8%). The importance of obtaining local epidemiological data for adequately guiding empirical antifungal therapy is reinforced

Uso do índice de celularidade no líquor para diagnóstico precoce de infecção no sistema nervoso central após drenagem ventricular externa

O uso de Derivação Ventricular Externa (DVE) é necessário para o tratamento de muitas doenças, como Traumatismo Cranioencefálico (TCE) e Hemorragia Subaracnoide (HSA). As meningites e ventriculites são complicações frequentes desse uso. Neste trabalho buscamos determinar sensibilidade, especificidade e ponto de corte para o Índice de Celularidade (IC) em pacientes com TCE, HSA e acidente vascular cerebral hemorrágico (AVCh). Nossa população de estudo foi composta por pacientes com diferentes doenças de base e poucos resultados de cultura de líquor positiva. Para diagnóstico das infecções foram utilizados os critérios do CDC. A análise global do IC mostrou uma área sob a curva de 0,982. O ponto de corte geral do IC com o valor de 2,9 tem uma sensibilidade de 95% e uma especificidade de 92,9%. Nos pacientes com HSA obtivemos uma área sob a curva de 1,0 com o IC de 2,7. A sensibilidade e especificidade foram de 100%. Também foi analisada a variação relativa do IC. Para esta análise, a área sob a curva foi de 0,882 e um aumento de 4,33 vezes no IC demonstrou ser indicativo de infecção (p=0,002), dados estes semelhantes aos da literatura. Também foi feito Heatmap do IC, mostrando que ele dificilmente volta ao normal em pacientes com meningite, mesmo após o tratamento. Logo, o IC mostrou-se valioso para diagnóstico de infecção e inadequado para o acompanhamento do tratamento. Esperamos utilizar em nossa instituição o novo ponto de corte proposto por este trabalho com o intuito de melhorar desfechos clínicos.The use of an external ventricular drain (EVD) is required for the treatment of many diseases, such as traumatic brain injury (TBI) and subarachnoid hemorrhage (SAH). Meningitis and ventriculitis are frequent complications arising from the use of EVD therapy. This study aimed to determine the sensitivity, specificity, and cutoff point for cellularity index (CI) in patients with TBI, SAH, and hemorrhagic stroke. Our study population consisted of patients with different underlying diseases and few culture-positive CSF samples. The diagnosis of infections was based on CDC criteria. Overall CI analysis showed an area under the curve (AUC) of 0.982. The cutoff of 2.9 for overall CI provided a sensitivity of 95% and a specificity of 92.9%. In patients with SAH, the AUC was 1.0 for a CI of 2.7; furthermore, sensitivity and specificity were 100%. The relative variation of the CI was also assessed. This analysis revealed an AUC of 0.882, and a 4.33-fold increase was found be indicative of infection (p=0.002), findings similar to those of the literature. Additionally, a heatmap analysis demonstrated that the CI is unlike to return to normal in patients with meningitis, even after treatment. Therefore, this index showed to be valuable for the diagnosis of infection, but was inadequate for monitoring treatment. We hope to use the new cutoff point proposed by this study in our institution to improve patient clinical outcomes

Prevalence, susceptibility profile for fluconazole and risk factors for candidemia in a tertiary care hospital in southern Brazil

Bloodstream infections caused by yeast, Candida spp, are quite important clinically and epidemiologically due to a high mortality rate and an increasing number of non-albicans species with a more resistant (differentiated susceptibility) profile. We examined species prevalence and susceptibility profile for fluconazole and the risk for nosocomial infections by Candida spp at the Hospital de Clínicas de Porto Alegre, a general tertiary care hospital in southern Brazilian, through a retrospective study, beginning with positive cultures of hospitalized patients. The distribution by species in 131 documented episodes was as follows: Candida albicans (45%), C. parapsilosis (24.4%), C. tropicalis (15.3%), C. glabrata (6.9%), C. krusei (4.6%) and 3.8% other species (C. pelicullosa, C. guilliermondii, C. lusitaniae and C. kefyr). The vast majority of samples (121– 92.4%) were susceptible to fluconazole; the resistant or dose-dependent sensitive samples included only C. krusei and C. glabrata. Blood diseases (leukemia, lymphoma), or neoplasias (solid tumors), were found in 35.0% of the candidemia episodes. We noted the previous use of antibiotics in 128 (97.7%) patients, with 79.7% using three or more antibiotics before the candidemia episode. Other risk factors included a central venous catheter in 94 (71.8%) and abdominal surgery in 32 (24.4%) patients. The overall mortality rate was 51.9%, which varied according to the underlying disease. We found that C. albicans was the most prevalent species, although the non-albicans species predominated. However, in vitro resistance to fluconazole was detected only among the species (C. glabrata and C. krusei) that tend to be resistant to the azolic compounds. Previous use of antibiotic and the use of a central venous catheter were the main risk factors among patients with candidemia