Retrospective studies on rabbit haemorrhagic disease outbreaks caused by RHDV GI.2 virus on farms in France from 2013 to 2018

[EN] Rabbit haemorrhagic disease (RHD) is a critical health threat to the rabbit industry in Europe. In 2018, the French rabbit industry adopted a voluntary control plan against this disease. In this context, two epidemiological studies were conducted on RHD outbreaks that occurred between 2013 and 2018 in France. The objectives were to describe the spread of RHD due to the new genotype RHDV GI.2 (rabbit haemorrhagic disease virus GI.2) and to identify rearing factors influencing the occurrence of the disease in order to guide the prevention measures recommended in the control plan. An analysis of cases on 295 farms between 2013 and 2017 showed that 32% of farms were affected at least once; the incidence of the disease increased in 2016-2017 compared to 2013-2015. Farms already affected in 2013-2015 had a higher risk of being infected in 2016-2017 than those that remained unaffected until 2015 (Relative Risk and 95% Confident Interval 1.7 [1.1-2.7]). A case-control study carried out between 2016 and 2018 on 37 outbreaks and 32 control farms revealed variability in biosecurity and decontamination practices between farms. The risk of being infected tends to be linked to these practices, but certain structural factors (e.g. the manure disposal system, transfer of rabbits at weaning) could also influence the risk of virus introduction into farms. In the context of a limited vaccination coverage of the farms (only females are vaccinated), these hypotheses will be studied further, using information from the RHD outbreak monitoring system implemented at the same time as the control plan in 2018.This study was founded by the French Ministry of Agriculture (2017-430 / 170274).Huneau-Salaün, A.; Boucher, S.; Fontaine, J.; Le Normand, B.; Lopez, S.; Maurice, T.; Nouvel, L.... (2021). Retrospective studies on rabbit haemorrhagic disease outbreaks caused by RHDV GI.2 virus on farms in France from 2013 to 2018. World Rabbit Science. 29(2):87-98. https://doi.org/10.4995/wrs.2021.12800OJS8798292Abrantes J., Van der Loo W., Le Pendu J., Esteves P.J. 2012. Rabbit haemorrhagic disease (RHD) and rabbit haemorrhagic disease virus (RHDV): a review. Vet. Res., 43: 12.https://doi.org/10.1186/1297-9716-43-12Capucci L., Cavadini P., Schiavitto M., Lombardi G., Lavazza A. 2017. Increased pathogenicity in rabbit haemorrhagic disease virus type 2 (RHDV2). Vet. Record., 180: 426. https://doi.org/10.1136/vr.104132Carvalho C.L., Leclerc Duarte E., Monteiro J.M., Afonso C., Pacheco J., Carvalho P., Mendonça P., Botelho A., Albuquerque T., Themudo P., Fevereiro M., Henriques A.M., Santos Barros S., Dias Duarte M. 2017. Progression of rabbit haemorrhagic disease virus 2 upon vaccination in anindustrial rabbitry: a laboratorial approach. World Rabbit Sci., 25: 73-85. https://doi.org/10.4995/wrs.2017.5708Cooke B.D., Fenner F. 2002. Rabbit haemorrhagic disease and the biological control of wild rabbits, Oryctolagus Cuniculus, in Australia and New Zealand. Wildlife Res., 29: 689-706. https://doi.org/10.1071/WR02010Dalton K.P., Balseiro A., Juste R.A., Podadera A., Nicieza I., del Llano D., González R., Martin Alonso J.M., Prieto J.M., Parra F., Casais R. 2018. Clinical course and pathogenicity of variant rabbit haemorrhagic disease virus in experimentally infected adult and kit rabbits: Significance towards control and spread. Vet. Microbiol., 220: 24-32. https://doi.org/10.1016/j.vetmic.2018.04.033Dohoo I., Martin W., Stryhn H. 2003. Measures of disease frequency. In: Veterinary Epidemiologic Research, First Edition, AVC Inc., Charlottetown, Canada, 65-84.Hall R.N., Huang N., Roberts J., Strive T. 2019. Carrion flies as sentinels for monitoring lagovirus activity in Australia. Transboundary Emerg. Dis., 66: 2025-2032. https://doi.org/10.1111/tbed.13250Henning J., Meers J., Davies R., Morris R.S. 2005. Survival of rabbit haemorrhagic disease virus (RHDV) in the environment. Epidemiol. Infect., 133: 719-730. https://doi.org/10.1017/S0950268805003766Hurand J. 2016. L'élevage de lapins de chair en France, résultats technico-économiques 2015. Tema, 40.ITAVI. 2019. Situation de la filière cunicole. Novembre 2019. 6 p. Available athttps://www.itavi.asso.fr/content/note-deconjoncture-lapins-7Accessed December 2019.Le Gall-Reculé G., Zwingelstein F., Boucher S., Le Normand B., Plassiart G., Portejoie Y., Decors A., Bertagnoli S., Guérin J.L., Marchandeau S. 2011. Detection of a new variant of rabbit haemorrhagic disease virus in France. Vet. Rec., 168: 137- 138. https://doi.org/10.1136/vr.d697Le Gall-Reculé G., Lavazza A., Marchandeau S., Bertagnoli S., Zwingelstein F., Cavadini P., Martinelli N., Lombardi G., Guérin J.L., Lemaitre E., Decors A., Boucher S., Le Normand B., Capucci L. 2013. Emergence of a new lagovirus related to Rabbit haemorrhagic disease virus. Vet. Res., 44:81. https://doi.org/10.1186/1297-9716-44-81Le Gall-Reculé G., Boucher S. 2017. Connaissances et actualités sur la maladie hémorragique du lapin. In Proc.: 17èmes Journées de la Recherche Cunicole, 21-22 November, 2017. Le Mans, France. 97-109.Le Minor O., Joudou L., Le Moullec T., Beilvert F. 2017. Innocuité et efficacité de la vaccination à 2 et 3 semaines d'âge contre le virus RHDV2 de la maladie hémorragique virale du lapin (VHD). In Proc.:17èmes Journées de la Recherche Cunicole, 21-22 November, 2017. Le Mans, France. 127-130.Le Minor O., Boucher S., Joudou L., Mellet R., Sourice M., Le Moullec T., Nicoler A., Beilvert F., Sigognault-Flochlay A. 2019. Rabbit haemorrhagic disease: experimental study of a recent highly pathogenic GI.2/RJDV2/b strain and evaluation of vaccine efficacy. World Rabbit Sci., 27: 143-156.https://doi.org/10.4995/wrs.2019.11082Le Pendu J., Abrantes J., Bertagnoli S., Guitton J.S., Le Gall-Reculé G., Lopes A.M., Marchandeau S., Alda F., Almeida T., Célio A. C., Barcena J., Burmakina G., Blanco E., Calvete C., Cavadini P., Cooke B., Dalton K., Mateos M.D., Deptula W., Eden J.S., Wang F., Ferreira C.C., Ferreira P., Foronda P., Gonçalves D., Gavier-Widén D., Hall R., Hukowska-Szematowicz B., Kerr P., Kovaliski J., Lavazza A., Mahar J., Malogolovkin A., Marques R.M., Marques S., Martin-Alonso A., Monterroso P., MorenoS., Mutze G., Naimanis A., Niedzwiedzka-Rystwej P., Peacock D., Parra F., Rocchi M., Rouco C., Ruvoën-Clouet N., Silva E., Silvério D., Strive T., Thompson G., Tokarz-Deptula B., Esteves P. 2017. Proposal for a unified classification system and nomenclature of lagoviruses. J. Gen. Virol., 98: 1658-1666. https://doi.org/10.1099/jgv.0.000840Matthaei M., Kerr P.J., Read A.J., Hick P., Haboury S., Wright J.D., Strive T. 2014. Comparative quantitative monitoring of rabbit haemorrhagic disease viruses in rabbit kittens. Virol. J., 11: 109. https://doi.org/10.1186/1743-422X-11-109Mc Coll K.A., Merchant J.C., Hardy J., Cooke B.D., Robinson A., Westbury H.A. 2002. Evidence for insect transmission of rabbit haemorrhagic disease virus. Epidemiol. Infect., 129: 655-663. https://doi.org/10.1017/S0950268802007756Neimanis A.S., Larsson Pettersson U., Huang N., Gavier-Widen D., Strive T. 2018. Elucidation of the pathology and tissue distribution of Lagovirus europaeus GI.2/RHDV2 (rabbit haemorrhagic disease virus 2) in young and adult rabbits (Oryctolagus cuniculus). Vet. Res., 49:46. https://doi.org/10.1186/s13567-018-0540-zRosell J.M., de la Fuente L.F., Parra F., Dalton K.P., Badiola Sáiz J.I., Pérez de Rozas A., Badiola Díez J.J., Fernández de Luco D., Casal J., Majó N., Casas J., Garriga R., Fernández Magariños X.M. 2019. Myxomatosis and Rabbit Haemorrhagic Disease: A 30-Year Study of the Occurrence on Commercial Farms in Spain. Animals, 9: 780. https://doi.org/10.3390/ani9100780Rouco C., Aguayo-Adán J.A., Santoro S., Abrantes J., Delibes-Mateos M. 2019. Worldwide rapid spread of the novel rabbit haemorrhagic disease virus (GI.2/RHDV2/b). Transboundary Emerg. Dis., 66: 1762-1764.https://doi.org/10.1111/tbed.1318

A new dairy product fermented exclusively by dairy propionibacteria: a new tool to study probiotic potentialities in vivo

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Réduction de l’usage des antibiotiques en filières monogastriques : état d’avancement et perspectives

International audienceThe quantity of antimicrobials used in monogastric production (swine, poultry and rabbit) has dropped since the 2000s, and is now relatively stationary. The successive EcoAntibio plans have strengthened the momentum and contributed to drastically reducing the use of critically important antimicrobials. This results from the combined effect of regulatory changes, private voluntary actions implemented in the different sectors, as well as collective and individual professional approaches. Different preventive approaches have been implemented, based on a multifactorial approach of animal health, the refinement of diagnosis of health troubles, and analysis of the causes to define suitable preventive measures. The emphasis has been put on farm management, hygiene, biosecurity, vaccination, nutrition, and the use of alternative products. Antimicrobial prescription practices have also evolved, with establishment of consensual good treatment practice guidelines, generalization of bacteriological testing and antibiograms, correct compliance with dosage, and close health monitoring to tailor treatments. These changes rely on a good relationship between the farmer, the veterinarian and the technician, which has been reinforced through support and training of farmers. Further rationalization of antibimicrobial use needs to target “at-risk farms» and tailor-made actions.La quantité d’antibiotiques utilisés dans les filières monogastriques (porcs, volailles et lapins) a chuté fortement à partir des années 2000, et connaît une relative stabilisation depuis quelques années. Les plans EcoAntibio successifs ont renforcé la dynamique et contribué à réduire drastiquement l’usage des antibiotiques critiques. Cette évolution est la résultante combinée d’évolutions réglementaires, d’actions volontaires privées mises en œuvre dans les filières de production, et de démarches professionnelles collectives et individuelles. Différentes actions ont été mises en place, reposant sur une approche multifactorielle de la santé, l’établissement d’un diagnostic fin des troubles sanitaires de l’élevage, et un travail sur leurs causes sous-jacentes pour définir des mesures préventives adaptées. L’accent est mis sur la conduite d’élevage, l’assainissement vis à vis d’agents pathogènes particuliers, la biosécurité, la vaccination, la nutrition, et l’usage de substances alternatives. Les pratiques d’antibiothérapie ont aussi évolué, avec la mise en place de guides de bonnes pratiques consensuels, la généralisation de l’examen bactériologique et de l’antibiogramme, la bonne observance des posologies, et le suivi précis de la santé pour adapter les traitements. La mise en place de ces évolutions repose par ailleurs sur un bon rapport de confiance entre éleveur, vétérinaire et technicien d’élevage, l’accompagnement des éleveurs ayant aussi été renforcé via des dispositifs de sensibilisation et de formation. La poursuite de la rationalisation des usages reposera sur le ciblage des exploitations à risque au regard des usages d’antibiotiques et la mise en place d’actions sur-mesure

Resistome of pig and rabbit gut microbiota using high-troughput sequencing and qPCR approaches

Resistome of pig and rabbit gut microbiota using high-troughput sequencing and qPCR approaches. 6. Symposium on Antimicrobial Résistance in Animals and the Environment (ARAE

First rabbit gut microbial gene catalog and metagenomic insights into the resistome : links with antibiotic use

International audienc

First microbial gene catalog and antibiotic resistome of rabbit gut microbiota established by metagenomic sequencing

National audienc

Etat des lieux de l'antibiorésistance en élevage cunicole français et application du concept d'exclusion compétitive pour limiter la transmission d'un microbiote maternal antibiorésistant

National audienceIn order to fight against antibiotic resistance in livestock, we need to know which antibiotic resistance genes (ARGs) are relevant in France and then lower their abundance. Out of the 102 ARGs identified by metagenomics across 30 French rabbit husbandries, 5 genes leading to tetracycline resistance belonged to the 10 most abundant ARGs. Quantitative PCR on tetO confirmed that the abundance using metagenomics is relevant. To lower ARGs abundance in kits, a control group was raised in standard conditions (n=5), a NF group had the maternal feces removed from the nest (n=4) and 3 groups were inoculated regularly with suspensions of fecal bacteria originating from farms using less antibiotics. The proportion of enterobacteria resistant to tetracyline was lower in the inoculated groups (45%, 48% and 10%) than in the control group (94%). This trend has to be confirmed in a second trial but competitive exclusion opens interesting means to fight against antibiotic resistant bacteria in livestock.Afin de proposer un système de maîtrise de l'antibiorésistance microbienne en élevage cunicole, nous avons identifié les gènes d'antibiorésistance stratégiques en France et testé une solution potentielle pour limiter le niveau d’antibiorésistance dans la flore digestive des lapins d’élevage. 102 gènes d’antibiorésistance ont été identifiés par analyse métagénomique des gènes microbiens issus de fèces de 30 lapines provenant d’élevages différents. Cinq des 10 gènes d’antibiorésistance les plus abondants confèrent une résistance à la tétracycline, antibiotique le plus utilisé dans le panel d’élevages. Les gènes de résistance aux tétracyclines sont plus abondants dans les échantillons issus d’élevages consommateurs d’antibiotiques. Les résultats de la PCR quantitative du gène tetO sont cohérents avec l’analyse métagénomique. Nous avons utilisé l'exclusion compétitive pour limiter la transmission d’antibiorésistance. Les lapereaux de 24 mères traitées à la tétracycline ont été utilisés dans les conditions standards d’élevage (n=5), dans des conditions de retrait des fèces maternelles (n=4) et dans le cas d’inoculation de 3 suspensions fécales pauvres en bactéries résistantes (n=5, 5 et 5). Le taux d’entérobactéries résistantes à la tétracycline dans les fèces de lapereaux après sevrage est moindre (45%, 48% et 10%) dans les lapereaux inoculés que dans le groupe contrôle (94%). Cette tendance doit être confirmée à l’aide d’un deuxième essai. L’exclusion compétitive appliquée pour limiter le niveau de résistance aux antibiotiques de la flore fécale ouvre des perspectives d’action en termes de techniques d’élevages reposant sur la coprophagie

Sélection génétique pour la résistance aux maladies : projets et avancées

National audienc

Premiers résultats du projet RELAPA : génomique pour la résistance génétique des lapins à la pasteurellose

Session : GénétiqueParticipation à cette étude : Plateforme d'Infectiologie Expérimentale (PFIE) UE 1277 - Nouzilly Centre Inra Val de LoireLa pasteurellose est la première cause de mortalité des femelles en élevage cunicole. Le projet RELAPA (Génomique pour la REsistance génétique des LApins à la PAsteurellose) a pour objectif de mettre en évidence des régions du génome associées à la réponse à la pasteurellose. Pour ce faire, 955 lapins ont été inoculés à 6 semaines d’âge avec une souche de Pasteurella multocida pyogène et suivis pendant 14 jours. La réponse des animaux était très variable, avec 7% de lapins résistants (sans aucun symptôme de pasteurellose et sans Pasteurella multocida détectée dans les organes) et 11% d’animaux très sensibles (morts ou euthanasiés pendant l’essai avec des Pasteurella multocida détectées). L’effet du père sur les caractères mesurés est très significatif, ce qui laisse présager l’existence d’une variabilité génétique importante dans la résistance à la pasteurellose