Plastic architecture of bacterial genome revealed by comparative genomics of Photorhabdus variants

Background: The phenotypic consequences of large genomic architecture modifications within a clonal bacterial population are rarely evaluated because of the difficulties associated with using molecular approaches in a mixed population. Bacterial variants frequently arise among Photorhabdus luminescens, a nematode-symbiotic and insect-pathogenic bacterium. We therefore studied genome plasticity within Photorhabdus variants. Results: We used a combination of macrorestriction and DNA microarray experiments to perform a comparative genomic study of different P. luminescens TT01 variants. Prolonged culturing of TT01 strain and a genomic variant, collected from the laboratory-maintained symbiotic nematode, generated bacterial lineages composed of primary and secondary phenotypic variants and colonial variants. The primary phenotypic variants exhibit several characteristics that are absent from the secondary forms. We identify substantial plasticity of the genome architecture of some variants, mediated mainly by deletions in the 'flexible' gene pool of the TT01 reference genome and also by genomic amplification. We show that the primary or secondary phenotypic variant status is independent from global genomic architecture and that the bacterial lineages are genomic lineages. We focused on two unusual genomic changes: a deletion at a new recombination hotspot composed of long approximate repeats; and a 275 kilobase single block duplication belonging to a new class of genomic duplications. Conclusion: Our findings demonstrate that major genomic variations occur in Photorhabdus clonal populations. The phenotypic consequences of these genomic changes are cryptic. This study provides insight into the field of bacterial genome architecture and further elucidates the role played by clonal genomic variation in bacterial genome evolutio

Draft genome sequence and annotation of the entomopathogenic bacterium Xenorhabdus nematophila strain F1

We report the 4.3-Mb genome sequence of Xenorhabdus nematophila strain F1, a Gram-negative bacterium that is a symbiont of the entomopathogenic nematode Steinernema carpocapsae and pathogenic by direct injection for a wide variety of insects

Schematic representation of DNA microarray data as a circular map of the TT01genome

Circle 1 (from outside to inside): scale marked in megabases. Circle 2: location of transposases (red) and phage-related genes (green) location. Circles 3, 4, and 5: DNA microarray data comparing TT01and TT01αgenomes (circle 3), TT01and VAR* genomes (circle 5), and synthesis from both experiments (circle 4). Deleted genes are represented by bars inside the circle. Amplified genes are represented by bars outside the circle. Deleted and amplified regions are circled in blue. Circle 6: GC bias (G-C/G+C). Circle 7: GC content with 53.6% G+C in dark yellow.<p><b>Copyright information:</b></p><p>Taken from "Plastic architecture of bacterial genome revealed by comparative genomics of variants"</p><p>http://genomebiology.com/2008/9/7/R117</p><p>Genome Biology 2008;9(7):R117-R117.</p><p>Published online 22 Jul 2008</p><p>PMCID:PMC2530875.</p><p></p

Lire-écrire de l'enfance à l'âge adulte

La langue assure la transversalité de toutes les disciplines scolaires et constitue un vecteur incontournable de tout apprentissage. Son appropriation, tant sur le plan oral que sur le plan écrit, constitue un enjeu décisif de l'insertion scolaire de l'élève, qu'il soit enfant ou adolescent. Mais elle conditionne également, à plus long terme, l'insertion sociale et professionnelle du futur adulte qu'il est appelé à devenir. S'agissant plus particulièrement du rapport à l'écrit, et malgré le passage obligé par une scolarisation jusqu'à 16 ans, une maîtrise insuffisante de la lecture et de l'écriture est une cause d'exclusion sociale et culturelle. Faute de pouvoir user de ces codes langagiers, et en dépit des efforts d'adaptation qu'ils sont amenés à déployer, un nombre important d'adultes dits « en situations d'illettrisme » se trouvent ainsi renvoyés aux marges des territoires institutionnels et professionnels où leur appropriation est requise pour y prendre place. De telles situations, diverses et singulières, interpellent de nombreuses institutions : l'école, la formation professionnelle, l'entreprise, le milieu associatif… Comment peuvent-elles être prises en compte, repérées, évaluées, analysées ; et quelles réponses, préventives ou curatives, peut-on y apporter au regard de leurs différentes dimensions ? Le livre se décline en cinq grandes thématiques : la compréhension des processus d'acquisition de la langue écrite et de ses dysfonctionnements ; le rôle de l'école dans la prévention de l'illettrisme ; le travail auprès d'adultes en difficulté avec la langue écrite ; le développement des compétences langagières chez l'enfant ; la formation et l'insertion des adultes en difficulté. Cet ouvrage reprend et enrichit les communications prononcées lors du colloque qui s'est tenu les 25-26 octobre 2004 à l'université d'Angers et à l'université catholique de l'Ouest, dans le cadre du programme de recherche angevin des Humanités, des sciences de l'Homme et de la société (2H2S), soutenu par le contrat plan État-Région des Pays de la Loire. Il est le fruit des travaux de l'une de ses unités productives : À la rencontre des situations d'illettrisme : constats, analyses, propositions