Bacterial Genomics and Epidemiology

Innovative technologies for Whole-Genome Sequencing (WGS) help to improve our understanding of the epidemiology and pathogenesis of bacterial infectious diseases and are becoming affordable for most microbiological laboratories [...

Salmonella enterica 4,5,12:b:- serotipo berriaren karakterizazioa eta etxeko dortokekin erlazionatutako arriskua

Salmonellosis, is one of the most common toxinfection caused by bacteria of the genus Salmonella in developed countries. In general, human salmonellosis is associated with contaminated food. However, contact with animals can be an important transmission route for Salmonella. Turtles have been shown to be reservoirs of different Salmonella serotypes. Considering that these reptiles are very common domestic pets, they can be a risk for public health, especially among children. In this work, a new monophasic serotype with the antigenic formula 4,5,12:b:- has been characterized. Most of the isolates analyzed have been isolated from children under 5 years of age in different regions of Spain. By means of different molecular techniques, it has been confirmed that 4,5,12:b:- isolates are genetically related to the biphasic isolates of Paratyphi B Java and that this serotype is their possible ancestor. The great homogeneity between the studied strains suggests that the origin of the turtles infected by these strains is closely related and that in Spain turtle shops have a common distribution point that contributes to the spread of this pathogen.; Salmonelosia, herrialde garatuetako toxiinfekzio ohikoenetariko bat da, Salmonella generoko bakterioek eragindakoa. Oro har, giza salmonelosia elikagai kutsatuekin lotzen da. Hala ere, animaliekin izandako kontaktua Salmonella generoaren transmisio bide garrantzitsua izan daiteke. Dortokak Salmonella serotipo desberdinen gordailuak direla frogatu da. Narrasti hauek etxeko maskota oso ohikoak direla kontuan izanda, osasun publikorako arriskutsuak izan daitezke, batez ere haurren artean. Horregatik, lan honetan 4,5,12:b:- formula antigenikoa duen serotipo monofasiko berri bat karakterizatu da. Aztertutako isolatu gehienak 5 urtetik beherako haurretan isolatu dira, Espainiako eskualde desberdinetan. Teknika molekular ezberdinen bidez, baieztatu da 4,5,12:b:- isolatuak Paratyphi B Javako iso- latu bifasikoekin genetikoki erlazionatuta daudela eta serotipo hori dela haren arbaso posiblea. Aztertutako anduien arteko homogeneotasun handiak iradokitzen du, andui horietaz infektatutako dortoken jatorria estuki lotuta dagoela, Espainian dortoken saltokiek banaketa-puntu komuna dutela, eta horrek patogeno honen sakabanaketan laguntzen duela

Genetic characterization and biofilm formation of potentially pathogenic foodborne Arcobacter isolates

Various species of the genus Arcobacter are regarded as emerging food pathogens and can be cause of human gastroenteric illness, among others. In order to gain knowledge on the risk associated with the presence of arcobacters in retail foods, this study aimed to determine their presence in a variety of products; to evaluate the genetic diversity and the occurrence of virulence and biofilm-associated genes in the isolated strains; and to assess their biofilm activity on polystyrene, borosilicate and stainless steel. Arcobacters were detected in the 22.3% of the analysed samples and the 83 recovered isolates were identified as A. butzleri (n = 53), A. cryaerophilus (n = 24), A. skirrowii (n = 2), A. thereius (n = 3) and A. vitoriensis (n = 1). They were isolated from virtually all tested food types, but mostly from squids and turkey meat (contamination levels of 60% and 40%, respectively). MLST differentiated 68 STs, most of which were novel (89.7%) and represented by a single strain (86.9%). Five novel STs were detected in various isolates derived from seafood, and the statistical analysis revealed their potential association with that type of food product (p < 0,001). All the isolates except one harboured virulence-associated genes and the highest incidence was noted for A. butzleri. Nineteen isolates (23.5%) were able to form biofilms on the different surfaces tested and, of note; glass enhanced the adhesion ability of the majority of them (84.2%). The results highlight the role that common food products can have in the transmission of Arcobacter spp., the pathogenic potential of the different species, and the survival and growth ability of several of them on different food contact surfaces. Therefore, the study provides interesting information regarding the risk arcoThis work was supported by the Spanish Ministry of Economy and Competitiveness [project number AGL2014-56179-P, co-financed with FEDER funds]; the University of the Basque Country [grant number PPG17/27]; and by the Basque Government [Project number PA20/03]

Anianabacter salinae gen. nov., sp. nov. ASV31T, a Facultative Alkaliphilic and Extremely Halotolerant Bacterium Isolated from Brine of a Millennial Continental Saltern

During a prokaryotic diversity study in Añana Salt Valley, a new Rhodobacteraceae member, designated ASV31T, was isolated from Santa Engracia spring water. It was extremely halotolerant, tolerating up to 23% NaCl, and facultatively alkaliphilic, growing at pH 6.5–9.5 (optimum at 7.0–9.5). The isolate was a Gram-negative, rod-shaped, aerobic and non-motile bacterium that formed beige-to-pink colonies on marine agar. According to a 16S rRNA gene-based phylogenetic analysis, strain ASV31T forms a distinct branch of the family Rhodobacteraceae, with Thioclava pacifica DSM 10166T being its closest type strain (95.3%). This was confirmed with a phylogenomic tree and the values of ANI (73.9%), dDDH (19.3%), AAI (63.5%) and POCP (56.0%), which were below the genus/species level boundary. Additionally, an ability to degrade aromatic compounds and biosynthesise secondary metabolites was suggested by the genome of strain ASV31T. Distinguishing fatty acid profiles and polar lipid content were also observed. The genome size was 3.6 Mbp, with a DNA G+C content of 65.7%. Based on the data obtained, it was considered that strain ASV31T (=CECT 30309T = LMG 32242T) represents a new species of a new genus in the family Rhodobacteraceae, for which the name Anianabacter salinae gen. nov., sp. nov. is proposed.This research was funded by the University of the Basque Country UPV/EHU (grant number US19/01) and the Añana Salt Valley Foundation (specific agreement between the Añana Salt Valley Foundation and the University of the Basque Country UPV/EHU)

Fungal Diversity and Composition of the Continental Solar Saltern in Añana Salt Valley (Spain)

The Añana Salt Valley in Spain is an active continental solar saltern formed 220 million years ago. To date, no fungal genomic studies of continental salterns have been published, although DNA metabarcoding has recently expanded researchers’ ability to study microbial community structures. Accordingly, the aim of this present study was to evaluate fungal diversity using the internal transcribed spacer (ITS) metabarcoding at different locations along the saltern (springs, ponds, and groundwater) to describe the fungal community of this saline environment. A total of 380 fungal genera were detected. The ubiquity of Saccharomyces was observed in the saltern, although other halotolerant and halophilic fungi like Wallemia, Cladosporium, and Trimmatostroma were also detected. Most of the fungi observed in the saltern were saprotrophs. The fungal distribution appeared to be influenced by surrounding conditions, such as the plant and soil contact, cereal fields, and vineyards of this agricultural region.This research was funded by the University of the Basque Country UPV/EHU grant number US19/01 and the Añana Salt Valley Foundation (Specific Agreement between the Añana Salt Valley Foundation and the University of the Basque Country UPV/EHU)

Clonal chromosomal mosaicism and loss of chromosome Y in elderly men increase vulnerability for SARS-CoV-2

The pandemic caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2, COVID-19) had an estimated overall case fatality ratio of 1.38% (pre-vaccination), being 53% higher in males and increasing exponentially with age. Among 9578 individuals diagnosed with COVID-19 in the SCOURGE study, we found 133 cases (1.42%) with detectable clonal mosaicism for chromosome alterations (mCA) and 226 males (5.08%) with acquired loss of chromosome Y (LOY). Individuals with clonal mosaic events (mCA and/or LOY) showed a 54% increase in the risk of COVID-19 lethality. LOY is associated with transcriptomic biomarkers of immune dysfunction, pro-coagulation activity and cardiovascular risk. Interferon-induced genes involved in the initial immune response to SARS-CoV-2 are also down-regulated in LOY. Thus, mCA and LOY underlie at least part of the sex-biased severity and mortality of COVID-19 in aging patients. Given its potential therapeutic and prognostic relevance, evaluation of clonal mosaicism should be implemented as biomarker of COVID-19 severity in elderly people. Among 9578 individuals diagnosed with COVID-19 in the SCOURGE study, individuals with clonal mosaic events (clonal mosaicism for chromosome alterations and/or loss of chromosome Y) showed an increased risk of COVID-19 lethality

Salmonella enterica-ren andui monofasikoen karakterizazio molekularra eta epidemiologikoa

219 p.Salmonelosia, Salmonella generoko bakterioak eragindako janari intoxikazio ohikoenetariko bat da herrialde garatuetan eta gastroenteritis zorrotza da manifestazio nagusia. Salmonella enterica XIX mendetik ezaguna den patogeno bat da, eta gaur egun 2.500 serotipoak baino gehiago deskribatuta daude. Hala ere, guztiak ez dute garrantzi bera izan, eta lagin klinikoetan maiz isolatuak direnak izan dira kontrol eta segimendu epidemiologiko sakonagoa jaso dituztenak. Salmonella-ren birulentzia oso konplexua da eta ikaragarri aldatzen da serotipoen eta serotipo beraren barruan dauden anduien artean. Bariante monofasiko berrien agerpena azken urteen esklusiboa ez izan arren, gaur egun biologia molekularrean eskuragarri dauden erremintak erraztu dute aurrez karakterizatu gabe zeuden barianteen gehiagoren identifikazioa. Doktore-tesi honen lana oinarritu zen gure herrialdean zirkulatzaileak diren Typhimurium serotipoko 4,[5],12:i:- bariante monofasikoaren isolatuen karakterizazio molekularrean, baita azken urteetan garrantzi klinikoko beste isolamendu monofasikoena: 4,5,12:b:- eta 4,12:d:- isolatuena, bere jatorri ebolutibo posiblea identifikatzen saiatuz. Era berean eta bigarren helburu bezala ikerkuntza proiektu honetan zehar diseinatutako eta erabilitako erreminta epidemiologikoak eskaintzea bariante monofasiko berri hauen detekzioa, kontrola eta segimendua hobetzeko. Lan honetan karakterizatutako barianteen jatorria eta eboluzioa, mutazioen, hautespen-naturalaren eta isolamenduaren ondorioa dira, hain zuzen ere elementu genetiko mugikorren transposizioaz eraginda izan daitezkela. Elementu genetiko transposagarriak edo transposonak 70. hamarkadan aurkitu ziren eta IS1 izan zen identifikatutako lehenengo insertzio sekeuntzia, E. coli-n. Insertzio-sekuentziak Baketrio Gram-negatiboen kromosomaren edo plasmidoen osagai arruntak bezala agertzen ziren. Normalean IS-ak DNAren zonalde konkretuekiko preferentzia. Normalean IS-ek lehentasuna erakusten dute DNAko eskualde zehaztuetan txertatzeko, zeinek iradokitzen du IS-en mutur terminalek zenbait itu-sekuentzia ezagutu ditzaketela kromosoman zeharreko txertatze-prozesuan. Lan honetan 4,[5],12:i:-, 4,5,12:b:- eta 4,12:d:- formula antigenikoekiko lau isolatuten bildumak karakterizatu dira, fagotipifikazioaren, antibitipifikazioaren, PFGE-a, MLVA, PCR-a eta sekuentziazioaren bitartez. Lortutako datuekin 1 eta 2 bildumetako anduiak Salmonella Typhimurium-etik datozela ondorioztatu ahal izan da, hala ere haien artean lerro ebolutibo desberdinak bereizten dira. Lehen bilduma osatzen duen klonak, Salmonella Typhimurium U302 fagotipodun andui batetik dator, pU302L plasmidoarekin eta R-ACSuGSTSxT erresistentzia anitzetako profilarekin, bertan pU302L plasmidoko IS26-ren hirugarren kopiak kromosomaren sekuentzia ezagun bat detektatzean bigarren faseko flageloaren delezioa sortuko lukeen toki horretan txertatu ondoren eta gertaera hau gutxienez hiru aldi desberdinetan gertatuko zen baina delezioaren hasiera beti puntu berean izango zen. Antzemandako homogeneotasun altua sailkatzen ditu andui hauek klon bereko kideak bezala, eta beste egile batzuek klon espainiarra bezala izendatu dute. Bigarren bilduman beste bi lerroak bereizten dira, non bildumako lehenengo hiru anduiak oso antzekoak diren Estatu Batuetan deskribatutako anduiekin eta berriz, jatorria edo andui monofasiko amerikarrekiko arbaso komuna seinalatuz, eta gure herriko gainerako anduietatik diferentziatuz. Bigarren bilduman tamaina txikiagoko delezioekin karakterizatutako gainerako anduiek, haien artean bakarrik dute komunean tetraerresistentzia-profila eta IS26 sekuentziaren txertaketaren amaiera-puntua, klon europarraren ezaugarri nagusiak seinalatuz. Hala ere PFGE-ak, MLVA-k eta delezioaren PCR-ak erakutsitako desberdintasunek, adierazten dute ez dutela denbora hurbilean jatorri komuna, baina haien artean badaude hertsikiago erlazionatuta deskribatutako beste bi lerroekin baino. Bilduma honetan hiru isolatu monofasiko detektatu dira eta formula antigenikoan bigarren faseko flageloaren gabezia seinalatzen da, baina PCRren eta sekuentziazioaren bidez egiaztatu da fljB genea oraindik mantentzen dutela hainbat IS26 sekuentziaz jarraituta, andui hauek bildumaren barianteek eboluzionatuko luketen arbasoaren antzekoak izan litezke. Salmonella enterica-ko 4,5,12:b:- anduiak lan honen hirugarren bilduman analizatuta, Salmonella Paratyphi B dT(+)-ren hirugarren lerro klonaletik datozten bariante monofasikoak dira eta antibiotikoekiko aurkako erresistentziarik gabe. Dena den, salbuespena, tartratoa metabolizatzeko gaitasuna ez duen anduia (dT-) Salmonella Paratyphi B dT(-)-tik etorriko litzateke. Delezioa isolatu gehienetan karakterizatu arren, ez dira datu nahikorik lortu delezioan inplikatutako gertaera genetikoa ezagutzeko. Isolatuen gehiengoak fljB genearen alboko 27 generen delezioa aurkezten dute. Delezioa transposasa batek eragin ahal izan zuen, baina geroago bere egituraren zati bat galdu zuen 281 bp-eko zati erabilezina utziz. PFGE-ak bariante honetako anduien arteko aniztasun handia erakusten du. Hala ere A pultsotipo barruan, anduiek homologia altua aurkeztu dute eta gainera deskribatutako delezioa aurkeztu zutenak dira. Beste lau pultsotipoen artean biltzen dira karakterizatu gabeko delezioa zuten anduiak. Ondorioztatu genuen beraz, 10 andui hauek lerro ebolutibo desberdinetakoak izan litezkeela eta ondorioz, bigarren faseko flageloaren sintesian inplikatutako generen delezioaren mota desberdinak aurkeztea. Salmonella enterica-ko 4,12:d:- anduiak laugarren bilduma osatzen dutenak Salmonella Schwarzengrund-etik datozten bariante monofasikoak dira eta oso homogeneoak direnez, klon bera osatu lezakete. Delezionatu diren hamaika generen artean bigarren faseko flageloaren sintesian inplikatutako geneak aurkitzen dira eta delezioa IS30 batek sortu zuen. Bariante hau homogeneotasun altua erakutsi du PFGE zein antibiograma-datuetan, baita karakterizatutako delezio motan ere. Beste aldetik, IS30-aren txertatzearen amaiera muturra klon europarraren anduietan deskribatutako nukleotido berarekin bat dator. Azkenik, lan honen konklusio bezala baiezta dezakegu bigarren faseko flageloaren sintesiaren zonaldea insertzio-sekuentzien edo transposonen txertaketarako puntu beroa dela eta Salmonella enterica-ko anduietan bigarren faseko flagelinaren sintesi-ahalmenean eragiten dutela. Hala ere, huts honek ez du desabantaila ebolutiboa ekarri bariante-mota hauetarako.UPV/EH

Caracterización Molecular Y Epidemiológica de Cepas Monofásicas de Salmonella Enterica

225 p.La salmonelosis, producida por bacterias del género Salmonella, es una de las intoxicaciones alimentarias más comunes en los países desarrollados siendo la principal manifestación la gastroenteritis aguda. Salmonella enterica es un patógeno conocido desde el siglo XIX y en la actualidad hay descritos más de 2.500 serotipos. Sin embargo no todos han tenido la misma relevancia y por tanto, son los más frecuentemente aislados en muestras clínicas los que han recibido un control y seguimiento epidemiológico más exhaustivo. La virulencia de Salmonella es muy compleja y varía enormemente entre serotipos y cepas dentro de un mismo serotipo. Si bien es cierto que la aparición de nuevas variantes monofásicas no es un evento exclusivo de los últimos años, las herramientas disponibles actualmente en biología molecular han facilitado la identificación de un mayor número de variantes no caracterizadas previamente. El trabajo de esta tesis doctoral se centró en la caracterización molecular de aislamientos de la variante monofásica 4,[5],12:i:- del serotipo Typhimurium circulantes en nuestro país así como de otros aislamientos monofásicos con importancia clínica en los últimos años: 4,5,12:b:- y 4,12:d:-, tratando de identificar su posible origen evolutivo. Del mismo modo y como segundo objetivo se planteó el ofrecer las herramientas epidemiológicas diseñadas y utilizadas en el transcurso de este proyecto de investigación para favorecer la detección, control y seguimiento de estas nuevas variantes monofásicas. El origen y posterior evolución de las variantes caracterizadas en este trabajo son el resultado de la evolución biológica fundamentada en las mutaciones espontáneas, la selección y el aislamiento en las que puede verse implicada la transposición de elementos genéticos móviles. Los elementos genéticos transponibles o transposones, se descubrieron por primera vez en la década de los 70 siendo la primera secuencia de inserción identificada la IS1 en E. coli. Las secuencias de inserción aparecían como constituyentes normales del cromosoma o de los plásmidos de las bacterias Gram-negativas. Habitualmente las IS muestran una preferencia en la inserción en determinadas regiones del ADN, lo cual sugiere que los extremos terminales de las IS pueden reconocer determinadas secuencias diana presentes en el cromosoma durante el proceso de inserción. En este trabajo se han caracterizado cuatro colecciones de aislados con las fórmulas antigénicas 4,[5],12:i:-, 4,5,12:b:- y 4,12:d:-, mediante fagotipificación, antibiotipificación, PFGE, MLVA, PCR y secuenciación. Con los datos obtenidos se ha podido concluir que las cepas de las colecciones 1 y 2 provienen de Salmonella Typhimurium, sin embargo entre ellas se diferencian diferentes líneas evolutivas. La primera colección está configurada por un clon procedente de una cepa de Salmonella Typhimurium U302 con plásmido pU302L y con perfil de multirresistencia R- ACSuGSTSxT, donde la tercera copia de IS26 del plásmido pU302L al reconocer una secuencia en el cromosoma originaría la deleción del flagelo de segunda fase y este evento habría ocurrido al menos en tres ocasiones diferentes comenzando siempre la deleción en el mismo punto. La alta homogeneidad detectada las clasifica como pertenecientes a un mismo clon denominado por otros autores cómo clon español. En la segunda colección se diferencian las otras dos líneas, dónde las tres primeras cepas de la colección son muy similares a las cepas descritas en Estados Unidos y a su vez diferenciables del resto de aislados de nuestro país, señalando un origen o ancestro común con las cepas monofásicas americanas. El resto de cepas caracterizadas en la segunda colección con deleciones de menor tamaño, únicamente comparten entre ellas el perfil de tetrarresistencia y el punto final de inserción de la secuencia IS26 señalando las características principales del clon europeo. Sin embargo las diferencias mostradas por el PFGE, MLVA y PCR de la deleción muestran que no comparten un origen común próximo en el tiempo pero si están más estrechamente relacionadas entre ellas que con las otras dos líneas descritas. En esta colección se han detectado tres aislados monofásicos cuya fórmula antigénica señala la falta del flagelo de segunda fase, pero por PCR y secuenciación se comprobó que aún conservan el gen fljB seguido de varias secuencias IS26, estas cepas podrían ser similares al ancestro del que evolucionarían las variantes de la colección. Las cepas de Salmonella enterica 4,5,12:b:- analizadas en la tercera colección de este trabajo, son variantes monofásicas provenientes de una tercera línea clonal de Salmonella Paratyphi B dT(+) sin resistencias a antimicrobianos, con la excepción de una cepa que no es capaz de metabolizar el tartrato (dT-), que provendría de Salmonella Paratyphi B dT(-). A pesar de haber caracterizado la deleción en la mayoría de los aislados no se han obtenido suficientes datos que permitan conocer el evento genético implicado en la misma. La mayoría presentan una deleción de 27 genes adyacentes al gen fljB, la cual pudo ser ocasionada por una transposasa, pero que posteriormente perdió parte de su estructura dejando un fragmento inservible de 281 pb. El PFGE muestra una elevada diversidad entre las cepas de esta variante. Sin embargo dentro del pulsotipo A, las cepas presentaron una alta homología e incluso son las que presentaron la deleción descrita. Entre los otros cuatro pulsotipos se engloban las cepas cuya deleción no se pudo caracterizar, por lo que nos llevó a concluir que estas 10 cepas podrían pertenecer a diferentes líneas evolutivas y por lo tanto presentar diferentes tipos de deleciones de los genes implicados en la síntesis del flagelo de segunda fase. Las cepas de Salmonella enterica 4,12:d:- que configuran la cuarta colección son variantes monofásicas provenientes de Salmonella Schwarzengrund, altamente homogéneas por lo que podrían configurar un mismo clon y en cuyo caso la deleción de once genes entre los que se encuentran los genes implicados en la síntesis del flagelo de segunda fase, fue originada por una IS30. Esta variante mostro una alta homogeneidad tanto en los datos de PFGE, como antibiograma y como en el tipo de deleción caracterizada. El final de la inserción de la IS30 coincide en el mismo nucleótido que el final de la inserción descrito en las cepas del clon europeo. Finalmente como conclusión a este trabajo podemos afirmar que la zona de síntesis del flagelo de segunda fase supone un punto caliente para las inserciones de secuencias de inserción o transposones afectando a la capacidad de síntesis de la flagelina de segunda fase en cepas de Salmonella enterica. Sin embargo, esta deficiencia, no ha supuesto una desventaja evolutiva para este tipo de variantes.UPV/EH

Caracterización Molecular Y Epidemiológica de Cepas Monofásicas de Salmonella Enterica

225 p.La salmonelosis, producida por bacterias del género Salmonella, es una de las intoxicaciones alimentarias más comunes en los países desarrollados siendo la principal manifestación la gastroenteritis aguda. Salmonella enterica es un patógeno conocido desde el siglo XIX y en la actualidad hay descritos más de 2.500 serotipos. Sin embargo no todos han tenido la misma relevancia y por tanto, son los más frecuentemente aislados en muestras clínicas los que han recibido un control y seguimiento epidemiológico más exhaustivo. La virulencia de Salmonella es muy compleja y varía enormemente entre serotipos y cepas dentro de un mismo serotipo. Si bien es cierto que la aparición de nuevas variantes monofásicas no es un evento exclusivo de los últimos años, las herramientas disponibles actualmente en biología molecular han facilitado la identificación de un mayor número de variantes no caracterizadas previamente. El trabajo de esta tesis doctoral se centró en la caracterización molecular de aislamientos de la variante monofásica 4,[5],12:i:- del serotipo Typhimurium circulantes en nuestro país así como de otros aislamientos monofásicos con importancia clínica en los últimos años: 4,5,12:b:- y 4,12:d:-, tratando de identificar su posible origen evolutivo. Del mismo modo y como segundo objetivo se planteó el ofrecer las herramientas epidemiológicas diseñadas y utilizadas en el transcurso de este proyecto de investigación para favorecer la detección, control y seguimiento de estas nuevas variantes monofásicas. El origen y posterior evolución de las variantes caracterizadas en este trabajo son el resultado de la evolución biológica fundamentada en las mutaciones espontáneas, la selección y el aislamiento en las que puede verse implicada la transposición de elementos genéticos móviles. Los elementos genéticos transponibles o transposones, se descubrieron por primera vez en la década de los 70 siendo la primera secuencia de inserción identificada la IS1 en E. coli. Las secuencias de inserción aparecían como constituyentes normales del cromosoma o de los plásmidos de las bacterias Gram-negativas. Habitualmente las IS muestran una preferencia en la inserción en determinadas regiones del ADN, lo cual sugiere que los extremos terminales de las IS pueden reconocer determinadas secuencias diana presentes en el cromosoma durante el proceso de inserción. En este trabajo se han caracterizado cuatro colecciones de aislados con las fórmulas antigénicas 4,[5],12:i:-, 4,5,12:b:- y 4,12:d:-, mediante fagotipificación, antibiotipificación, PFGE, MLVA, PCR y secuenciación. Con los datos obtenidos se ha podido concluir que las cepas de las colecciones 1 y 2 provienen de Salmonella Typhimurium, sin embargo entre ellas se diferencian diferentes líneas evolutivas. La primera colección está configurada por un clon procedente de una cepa de Salmonella Typhimurium U302 con plásmido pU302L y con perfil de multirresistencia R- ACSuGSTSxT, donde la tercera copia de IS26 del plásmido pU302L al reconocer una secuencia en el cromosoma originaría la deleción del flagelo de segunda fase y este evento habría ocurrido al menos en tres ocasiones diferentes comenzando siempre la deleción en el mismo punto. La alta homogeneidad detectada las clasifica como pertenecientes a un mismo clon denominado por otros autores cómo clon español. En la segunda colección se diferencian las otras dos líneas, dónde las tres primeras cepas de la colección son muy similares a las cepas descritas en Estados Unidos y a su vez diferenciables del resto de aislados de nuestro país, señalando un origen o ancestro común con las cepas monofásicas americanas. El resto de cepas caracterizadas en la segunda colección con deleciones de menor tamaño, únicamente comparten entre ellas el perfil de tetrarresistencia y el punto final de inserción de la secuencia IS26 señalando las características principales del clon europeo. Sin embargo las diferencias mostradas por el PFGE, MLVA y PCR de la deleción muestran que no comparten un origen común próximo en el tiempo pero si están más estrechamente relacionadas entre ellas que con las otras dos líneas descritas. En esta colección se han detectado tres aislados monofásicos cuya fórmula antigénica señala la falta del flagelo de segunda fase, pero por PCR y secuenciación se comprobó que aún conservan el gen fljB seguido de varias secuencias IS26, estas cepas podrían ser similares al ancestro del que evolucionarían las variantes de la colección. Las cepas de Salmonella enterica 4,5,12:b:- analizadas en la tercera colección de este trabajo, son variantes monofásicas provenientes de una tercera línea clonal de Salmonella Paratyphi B dT(+) sin resistencias a antimicrobianos, con la excepción de una cepa que no es capaz de metabolizar el tartrato (dT-), que provendría de Salmonella Paratyphi B dT(-). A pesar de haber caracterizado la deleción en la mayoría de los aislados no se han obtenido suficientes datos que permitan conocer el evento genético implicado en la misma. La mayoría presentan una deleción de 27 genes adyacentes al gen fljB, la cual pudo ser ocasionada por una transposasa, pero que posteriormente perdió parte de su estructura dejando un fragmento inservible de 281 pb. El PFGE muestra una elevada diversidad entre las cepas de esta variante. Sin embargo dentro del pulsotipo A, las cepas presentaron una alta homología e incluso son las que presentaron la deleción descrita. Entre los otros cuatro pulsotipos se engloban las cepas cuya deleción no se pudo caracterizar, por lo que nos llevó a concluir que estas 10 cepas podrían pertenecer a diferentes líneas evolutivas y por lo tanto presentar diferentes tipos de deleciones de los genes implicados en la síntesis del flagelo de segunda fase. Las cepas de Salmonella enterica 4,12:d:- que configuran la cuarta colección son variantes monofásicas provenientes de Salmonella Schwarzengrund, altamente homogéneas por lo que podrían configurar un mismo clon y en cuyo caso la deleción de once genes entre los que se encuentran los genes implicados en la síntesis del flagelo de segunda fase, fue originada por una IS30. Esta variante mostro una alta homogeneidad tanto en los datos de PFGE, como antibiograma y como en el tipo de deleción caracterizada. El final de la inserción de la IS30 coincide en el mismo nucleótido que el final de la inserción descrito en las cepas del clon europeo. Finalmente como conclusión a este trabajo podemos afirmar que la zona de síntesis del flagelo de segunda fase supone un punto caliente para las inserciones de secuencias de inserción o transposones afectando a la capacidad de síntesis de la flagelina de segunda fase en cepas de Salmonella enterica. Sin embargo, esta deficiencia, no ha supuesto una desventaja evolutiva para este tipo de variantes.UPV/EH

Salmonella enterica espeziearen andui monofasikoen karakterizazio molekularra eta epidemiologikoa

Salmonellosis, is one of the most common food-poisoning disease caused by bacteria of the genus Salmonella in developed countries. More than 2,500 serotypes of Salmonella enterica species are described today, but a few serotypes have been re-ceived a harbor epidemiological monitoring. On the first decade of the 21th century, thanks to advances in molecular biology techniques, the Spanish National Center of Microbiology detected an emergence and increase of monophasic variants of Salmo-nella enterica. Typification methods allow us the analysis and characterization of 4 monophasic variants. As a result, it has been possible to determine their evolutionary origin and provide epidemiological markers designed for their detection, monitoring and control to facilitate the work in epidemiology of the health authorities.; Salmonelosia, herrialde garatuetako toxiinfekzio ohikoenetariko bat da, Salmonella generoko bakterioek eragindako elikagaien bidezkoa. Salmonella ente-ricaespeziearen barruan 2.500 serotipo baino gehiago deskribatuta daude gaur egun, baina serotipo gutxi batzuk izan dira jarraipen epidemiologiko sakonagoa jaso dutenak. XXI. mendearen lehenengo hamarkadan, biologia molekularreko tekniken aurrerakun-tzei esker, Salmonella enterica espeziearen aldaera monofasikoen gehikuntza detek-tatu zen Espainiako Mikrobiologiako Zentru Nazionalean. Lan honetan, aldaera mo-nofasiko horietako 4 aztertu eta karakterizatu dira tipikazio metodoen bidez. Ondorioz, posible izan da lau aldaeren eboluzio-jatorri zehaztea eta euren detekziorako, jarraipe-nerako eta kontrolerako diseinatu diren markatzaile epidemiologikoak eskaintzen dira, osasun agintariei epidemiologia esparruan lana erraztearren