Bilan des études méthodologiques 2007 pour le projet d'analyse des risques de mortalité d'huîtres en baie de Quiberon

(subtidal on-bottom rearings), has been the year of the gestation for the RISCO-QB project (Risks in shellfish farming, in baie de Quiberon). Discussions with various potential partners have resulted in the project drafting with 3 main objectives : - estimation of the trophic capacity of the bay and adjustment of the rearing biomass, - impact of sediment nearness upon on-bottom technique and adjustment of the rearing practices, - appraisal of the impact of these 2 factors (trophic capacity and sediment nearness) on the budget of the farming companies and their consequences in the management of the mortality risk. Concurrently with the project writing, pre-studies, mainly methodological, have been conducted in the bay since 2007 in order to investigate the specific methodologies required by the subtidal on-bottom rearing technique and to provide basic data to the several-years study (2008-2012) of the RISCO-QB project : - Sampling of sediment (Nov. 2007) for granulometric and chemical (organic matter) analysis, - Physical and phytoplanctonical monitoring, in situ (probes), - Potential use of spatail remote detection for the seawater monitoring, - Comparative monitoring of mortality and growth of on-bottom and off-bottom oysters, - Investigations for a specific technique of stock sampling for the subtidal culture, - Setting-up of the project co-management.L'année 2007, faisant suite à de fortes mortalités d'huîtres creuses (Crassostrea gigas) en baie de Quiberon (élevage au sol en eau profonde), a été l'année de gestation du projet RISCO-QB (Risques Conchylicoles en baie de Quiberon). Des discussions avec les différents partenaires potentiels ont eu lieu tout au long de l'année 2007 pour aboutir à la rédaction quasi-définitive du projet début 2008 qui vise 3 objectifs principaux : - l'estimation de la capacité trophique de la baie et l'adaptation de la biomasse en élevage, - l'impact du sédiment sur l'élevage au sol et l'adaptation des pratiques d'élevage, - l'évaluation de l'impact de ces 2 facteurs (trophique et sédimentaire) sur les entreprises ostréicoles de la baie et de leur conséquence en matière de gestion des risques de mortalités. Parallèlement à la définition du projet, des pré-études, essentiellement méthodologiques, ont été mises en place en baie de Quiberon dès 2007 permettant de cerner les méthodologies particulières au contexte d'eau profonde et d'approvisionner en données de base l'étude pluriannuelle 2008-2012 du projet RISCO-QB : - Campagne de prélèvement de sédiment (nov 2007) pour analyse granulométrique et chimie de base (matière organique), - Suivi physique et phytoplanctonique du milieu, in situ (sondes), - Apport possible de la télédétection spatiale au suivi du milieu, - Suivi comparé de la mortalité et de la croissance des huîtres, au sol et en surélevé, - Recherche d'une méthode spécifique d'échantillonnage des stocks en élevage subtidal, - Mise en place du co-pilotage du projet

Les risques conchylicoles en Baie de Quiberon. Première partie : le risque de mortalité virale du naissain d’huître creuse Crassostra gigas. Rapport final du projet Risco 2010-2013

This study (“Risco”), implicating both industry, socio-economic experts and biologists, was funded by the Regional Council of Brittany, for 3 years (2010-2013), to investigate upon the origin of oysters (Crassostrea gigas) mortalities in the bay of Quiberon (South Brittany, France). Specific mortalities of adult oysters were recorded in this bay in 2006, whereas mortalities of one year old spat were observed since in 2008 in this bay as at a national scale. The experimental protocol in 2010, including a monthly survey of oyster batches at 15 experimental stations, allowed to assess the risk for one-year oysters, due to viral disease. A clear spatial distribution of this risk was evidenced, with a western area spared from contamination and mortality, and a central and north-east sector strongly affected. The virus analysis clearly demonstrate the responsibility of the OsHV-1 virus in the mortalities. The oysters on the bottom with a lower growth appear less sensitive to the viral disease than the surelevated ones. In order to interpret this spatial distribution, an epidemiological model has been tested : it is based on emission of virus from the stock of spat in surrounding farming areas, dispersion by the hydrodynamic conditions, and inactivation of the virus by solar radiation. The resulting simulations suggest that the contamination would be endogenous to the bay (from contaminated stocks of spat seeded nearby). A decrease of densities for rearing spat, as well as the seeding of non contaminated spat may be recommended.L’étude « Risco », labellisée Pôle Mer et financée par la Région Bretagne, mobilise à la fois des socio-économistes, des biologistes et des professionnels. Elle vise à comprendre et gérer les facteurs de mortalités massives d’huîtres creuses (Crassostrea gigas) enregistrées par les concessionnaires de baie de Quiberon (France, 56), à partir de 2006 sur les huîtres adultes et 2008 sur le naissain. Le protocole engagé en 2010, avec un volet expérimental basé sur le suivi mensuel de lots d’huîtres en 15 stations et des analyses pathologiques, a permis d’éclairer notamment le risque épizootique sur le naissain. Une spatialisation très marquée de ce risque a été mise en évidence, avec une zone à l’ouest relativement épargnée et une zone au centre et à l’est très affectée. Les analyses virales mettent clairement en évidence la responsabilité du virus OsHV-1 dans ces mortalités. Les huîtres élevées au sol, moins poussantes, seraient aussi moins sensibles à la mortalité virale que les huîtres élevées en surélévation. L’existence d’une zone quasi-indemne de contamination et de mortalité à cette échelle est inédite parmi les secteurs ostréicoles français, depuis 2008. Pour interpréter cette distribution spatiale de la contamination et des mortalités, un modèle épidémiologique a été testé : il s’appuie sur une émission de virus à partir des stocks de naissain estimés en 2010 (estran et eau profonde), une dispersion par les courants, et une inactivation du virus en fonction du rayonnement solaire. Avec le taux d’abattement viral retenu, les simulations suggèrent que la contamination serait majoritairement endogène à la baie (à partir de semis de naissain en place, contaminés). Les recommandations qui en découlent sont notamment d’introduire en baie du naissain non contaminé et de diminuer les densités de naissain

Descriptions of Mikrocytos veneroïdes n. sp. and Mikrocytos donaxi n. sp. (Ascetosporea: Mikrocytida: Mikrocytiidae), detected during important mortality events of the wedge clam Donax trunculus Linnaeus (Veneroida: Donacidae), in France between 2008 and 2011

Background: Microcell parasites are small intracellular protozoans mostly detected in molluscs and can be associated with mortalities. In 2010 and 2011, strong increases in mortality events were reported in different wild beds of the wedge clam Donax trunculus Linnaeus, along the Atlantic coast of France and the presence of potential pathogens, including microcells, was investigated. Methods: Clams collected in different beds showing mortality were examined by histology. Based on histological observations, confirmatory analyses were carried out, including transmission electron microscopy (TEM) and molecular characterization. Results: Histological analyses revealed the presence of small protozoans similar to microcell parasites in different tissues of Donax trunculus , particularly in muscular and connective tissues. TEM examination confirmed the intracellular localization of the protozoans. Moreover, the lack of haplosporosomes and mitochondria suggested that the observed parasites belong to the genus Mikrocytos Farley, Wolf & Elston,  1988. Mikrocytos genus-specific PCR and in situ hybridization results supported the microscopic observations. Sequence fragments of the 18S rRNA gene shared 75–83% identity with the different Mikrocytos spp.  described previously, including Mikrocytos mackini Farley, Wolf & Elston, 1988 and M. boweri Abbott, Meyer, Lowe, Kim & Johnson, 2014. Phylogenetic analyses confirmed that the microcell parasites observed in Donax trunculus in France belong to the genus Mikrocytos and suggest the existence of two distinct species. Conclusions: Based on morphological, ultrastructural, molecular data and host information, the two microcell parasites detected in Donax trunculus belong to the genus Mikrocytos and are distinct from previously described membersofthisgenus.This  is the first report of Mikrocytos spp. found in France and infecting the clam Donax trunculus. Mikrocytos veneroïdes n. sp. was detected in different wild beds and Mikrocytos donaxi n. sp. was detected only in Audierne Bay

Les risques conchylicoles en Baie de Quiberon. Troisième partie : le risque d’hypoxie pour l’huître creuse Crassostrea gigas. Rapport final du projet Risco 2010-2013

The project “Risco”, supported by the “Pôle Mer” and funded by the Regional Council of Brittany, deals with specific risks of mortality of oysters, Crassostrea gigas, cultivated on the bottom, in a subtidal bay of South Brittany : the bay of Quiberon (56, France). Massive mortalities of oysters were reported in summer 2006 in this bay, exclusively located in the deep muddy area with a positive gradient eastward. A validated biogeochemical model was applied in order to simulate the dissolved oxygen over 2000-2006 : it revealed several episodes of hypoxia, more or less intense according to years, but with the same spatial distribution. This approach proved 2006 to be the most hypoxic year since 2000. The hypoxia was due to a rare conjunction of 3 factors : (a) a local upwelling generated by north-west winds, during a neap tide; (b) an abnormal high temperature of coastal waters; (c) probably an intense phytoplankton bloom in summertime. Due to the stratification induced, oxygen consumption near the bottom exceeded its renewal. The hydrodynamism of Mor Bras, at a larger scale, excludes any import of hypoxic water from the nearby “Baie de Vilaine”, whatever the wind or tide regime. The simulated hypoxia area fitted fairly well to the 2006 mortalities. In 2010, experimental oysters deployed at 15 stations and monitored monthly, exhibited also a lower growth rate in the same area, in spite of higher chlorophyll concentration. The application of a Dynamic Energy Budget (DEB) model to growth data confirmed the responsibility of hypoxia in abnormally slow growth rates. So hypoxia may be considered as a stressful factor limiting growth prior to mortalities. It may be concluded from our study that hydro-climatic and trophic conditions have the capacity to deplete oxygen in bottom coastal zones with possible consequences on biotopes and cultivated species: farm yields may be severely affected. This study will allow to manage more closely the commercial risk of shellfish farming at spatial and temporal scale.L’étude « Risco », labellisée par le Pôle Mer et financée par la région Bretagne, a révélé un facteur insoupçonné d’altération des résultats d’élevage ostréicole en baie de Quiberon (France, 56): l’hypoxie. Elle a ainsi fourni une explication convaincante des mortalités anormales observées sur les huîtres adultes l’été 2006. Le modèle biogéochimique appliqué sur la période 2000-2006 a mis en évidence plusieurs épisodes d’hypoxie d’intensité variable selon les années, mais très géolocalisés. Parmi eux, celui de 2006 s’est avéré exceptionnel, tant par son emprise spatiale que par son intensité. L’hypoxie de 2006 résulte de la conjonction rare de plusieurs phénomènes : (a) un upwelling local généré par des vents de nord-ouest en période de morte-eau ; (b) des eaux côtières anormalement chaudes ; (c) probablement un fort bloom estival de phytoplancton. Du fait de la stratification induite, la consommation d’oxygène au niveau du fond excède alors son renouvellement. Le secteur profond et envasé, à l’est de la zone concédée, est particulièrement affecté en raison de la géomorphologie de la baie de Quiberon. L’analyse du fonctionnement hydrodynamique à l’échelle du Mor Bras montre par ailleurs qu’il n’y a pas d’importation d’eau hypoxique depuis la baie de Vilaine, ceci quel que soit le régime de vent et de marée. La diminution de la teneur en oxygène dissous apparaît responsable de ralentissements de croissance des huîtres même en année peu hypoxique (comme 2010). C’est probablement le facteur explicatif des déficits de croissance marqués chez les huîtres au sol (par rapport aux huîtres en surélévation). En situation d’hypoxie extrême (année 2006), les huîtres des deux classes d’âge subissent des mortalités. Les huîtres d’un an paraissent plus affectées par le déficit d’oxygène, tant en croissance qu’en mortalité (étude 2010). Cette étude permet d’évaluer le risque d’hypoxie (sa probabilité d’occurrence, sa répartition géographique) et d’orienter les mesures préventives applicables en conchyliculture telles que la répartition des stocks en élevage ou l’entretien des parcs. L’incidence sur les peuplements naturels et les ressources exploitées, peut également être mieux prise en compte, à l’échelle du Mor Bras. Plus généralement, une meilleure connaissance des effets de l’hypoxie fournit des arguments en faveur du contrôle de l’eutrophisation (limitation des apports en nutriments par les bassins versants…)

PERLE - Programme d'expérimentation et de recherche sur l'huître plate Ostrea edulis - Rapport final des sous-programmes 2 et 3

L’huître plate (Ostrea edulis) est une espèce endémique des côtes européennes, elle est présente depuis des millions d’années. Son aire de répartition est très vaste allant de la Norvège jusqu’au Maroc. Elle est également présente en mer Méditerranée, en mer Noire, mais également au Canada, aux Etats-Unis ou encore en Afrique du Sud, à la suite d'introductions pour des raisons aquacoles. En France, à partir de la fin des années 70, de fortes mortalités ont été constatées sur les bancs naturels et en élevage, faisant rapidement chuter la production de 20 000 tonnes à 2 000 tonnes. Ces mortalités ont été attribuées à deux maladies parasitaires : la marteiliose (due au parasite Marteilia refringens) et la bonamiose (due au parasite Bonamia ostreae). Trente ans après, les niveaux de production n’ont jamais rattrapé les niveaux des années 60 et stagnent autour de 1 500 tonnes par an. C’est dans ce contexte difficile pour l’huître plate additionné à la crise des mortalités massives sur la production de l’huître creuse (Crassostrea gigas) que le programme PERLE est né pour relancer une production viable d’huîtres plates dans un souci de diversification des activités conchylicoles dans le grand ouest, et la volonté de pérenniser une production ancestrale. PERLE a fédéré professionnels conchylicoles représentés par les CRC Bretagne-Nord et Pays de la Loire, scientifiques d’Ifremer, du CNRS et de l’IUEM ainsi que le centre technique du SMIDAP autour de la problématique de la restauration des bancs naturels d’huîtres plates

Bilan 2013 du réseau Repamo - Réseau national de surveillance de la santé des mollusques marins

Créé en 1992, le réseau Repamo (REseau de PAthologie des MOllusques) est un réseau de surveillance de la santé des mollusques marins du littoral français. Son activité s’inscrit dans le cadre de la Directive Européenne 2006/88/CE. Repamo a pour objectif de détecter précocement les infections dues à des organismes pathogènes exotiques et émergents affectant les mollusques marins sauvages et d’élevage. L’étude des hausses de mortalités a été poursuivie avec 52 interventions complètes ayant conduit au recueil de commémoratifs et à la collecte d’échantillons de mollusques marins pour analyses en pathologie. Des hausses de mortalités d’huîtres creuses (Crassostrea gigas) (44 interventions) ont été recensées dans la majorité des bassins de production de mai à août pour le naissain (< 1 an), d’avril à septembre pour les juvéniles (1-2 ans) et toute l’année surtout en juillet-août pour les huîtres creuses adultes. Aucun agent réglementé n’a été détecté dans les lots d’huîtres creuses prélevés et analysés. Des agents viraux (herpès virus OsHV-1 dans 68 % des lots analysés) et bactériens (Vibrio aestuarianus dans 77 % des lots analysés) ont été détectés seuls ou en association dans de nombreux échantillons prélevés au cours des épisodes de mortalité 2013 chez des huîtres creuses prélevées chez les producteurs. Les analyses en biologie moléculaire pour la recherche de l’herpès virus OsHV-1 et de la bactérie Vibrio aestuarianus sur les échantillons d’huîtres creuses prélevés au cours des épisodes de mortalité 2013 ont été réalisées par neuf laboratoires agréés et les analyses en histo-cytopathologie ont été réalisées par l’unité technique du Laboratoire de Génétique et de Pathologie des Mollusques Marins (LGMM). Des hausses de mortalités ont également affecté d’autres espèces de mollusques : moules d’élevage (Mytilus edulis) à Oye-Plage [ZIR 001] ; praires sauvages (Venus verrucosa) au large de Granville [ZIR 018] ; flions tronqués sauvages (Donax trunculus) en baie de Douarnenez [ZIR 040] et en baie de Quiberon [ZIR 055], des palourdes (Ruditapes philippinarum) d’élevage en rivière d’Auray [ZIR 060], aux traicts du Croisic [ZIR 068] et sauvages sur des gisements en baie du Mont Saint-Michel [ZIR 020] et à l’île d’Oléron [ZIR080]. Le protozoaire du genre Mikrocytos sp a été à nouveau détecté chez des flions tronqués prélevés en baie de Douarnenez en août 2013 et en baie de Quiberon en septembre 2013. Un protozoaire à déclaration obligatoire a été détecté sur une palourde aux Traicts du Croisic

Observer, Analyser et Gérer la variabilité de la reproduction et du recrutement de l’huître creuse en France : Le Réseau Velyger. Rapport annuel 2013

La conchyliculture, et principalement l’élevage de l’huître creuse, Crassostrea gigas, constitue la principale activité aquacole française. Cette activité repose, en grande partie, sur le recrutement naturel de l’espèce qui assure 70% des besoins en jeunes huîtres (naissain) : cette activité de collecte s’appelle le captage. Les deux principaux centres de captage en France sont les bassins d’Arcachon et de Marennes-Oléron. Or, depuis une dizaine d'années, sur le bassin d'Arcachon, le captage devient très variable: à des années de captage nul (par exemple les années 2002, 2005, 2007) ou faible (2009, 2010, 2011) succèdent des années excellentes voire pléthoriques (les années 2003, 2006, 2008, 2012, 2013). A Marennes-Oléron, cette variabilité existe, mais s’avère beaucoup moins marquée. En outre, à la faveur du lent réchauffement des eaux, le captage peut désormais se pratiquer de plus en plus vers le nord. Ainsi, la baie de Bourgneuf, mais aussi la rade de Brest sont devenues, depuis quelques années, des secteurs où un nombre croissant d’ostréiculteurs pratiquent avec succès le captage, mais avec, là aussi, des irrégularités dans le recrutement qu’il convient de comprendre. Enfin, depuis la crise des mortalités de 2008, il se développe aussi sur l’étang de Thau une volonté de pratiquer le captage. Afin de mieux comprendre les facteurs de variations du captage, l’Ifremer a mis en place, à la demande du Comité National de la Conchyliculture, un réseau national de suivi de la reproduction : le Réseau VELYGER. Créé en 2008 sur fonds européens et financé désormais par la Direction des Pêches Maritimes et de l’Aquaculture, ce réseau apporte, chaque année, sur les écosystèmes cités précédemment, une série d’indicateurs biologiques (maturation, fécondité, date de ponte, abondance et survie larvaire, intensité du recrutement, survie du naissain) dont l’analyse croisée avec des indicateurs hydrologiques et climatiques permet progressivement de mieux appréhender les causes de variabilité du recrutement de l’huître creuse en France, modèle biologique et espèce clé de la conchyliculture française. Ce rapport présente donc les résultats 2013 de ce réseau d’observation et fait appel, pour la partie hydro-climatique, à des observations acquises par d’autres réseaux régionaux et nationaux. Il détaille toutes les caractéristiques par secteur du cycle de reproduction de l’huitre creuse : maturation et fécondité des adultes, période de ponte, abondance et survie des larves, intensité du captage et mortalités précoces. Il fournit ensuite une interprétation et une synthèse des résultats 2013 par secteur et à la lueur des résultats des années antérieures. Ainsi, pour l’année 2013, on retiendra les faits majeurs suivants : • L’année 2013 a été très contrastée. Un printemps particulièrement frais et généralement humide (mois de juin inclus) a fait suite à un hiver tardif alors que l’été a été ensoleillé et plutôt chaud. Les concentrations en phytoplancton ont été dans les normes avec toujours l’existence d’un gradient Nord-Sud : elles sont plutôt élevées en rade de Brest, baie de Bourgneuf et bassin de Marennes Oléron et plutôt faible dans le bassin d’Arcachon et l’étang de Thau. En outre, tout au long du printemps et jusqu’au mois de juillet, les températures de l’eau ont été toujours inférieures aux normales (excepté dans l’étang de Thau). • Ces conditions hydro-climatiques ont imprimé un gradient dans la maturation et la fécondité des huitres adultes avec un indice de condition très élevé en rade de Brest, en baie de Bourgneuf, et dans le bassin de Marennes Oléron et plutôt faible dans le bassin d’Arcachon et l’étang de Thau. En outre, le déficit thermique marqué jusqu’en juillet s’est traduit par une ponte très tardive sur l’ensemble des écosystèmes de la côte atlantique : par exemple, elle est survenue au 25 août en baie de Bourgneuf, ce qui constitue une valeur record. Malgré tout, quelques pontes partielles et asynchrones ont été observées sur certains écosystèmes en juillet. • Grâce à des températures très favorables en juillet et favorables en août, la plupart des cohortes larvaires présentes à cette période (rade de Brest, bassin d’Arcachon et étang de Thau) ont eu une survie normale à bonne (e.g. 0.2 à plus de 1 %), ce qui s’est traduit par un captage bon à excellent, avec une forte variabilité dans l’étang de Thau (cf paragraphe ci-dessous). Par contre, pour la baie de Bourgneuf et les pertuis Charentais, l’arrivée trop tardive des larves à la fin août dans une eau fraiche (< 20°C) n’a pas permis une survie favorable (autour de 0.01 %) ce qui s’est traduit par un captage tout juste modéré, faible voir nul selon les secteurs. • En conséquence, l’année 2013, se caractérise par un captage très variable géographiquement : « bon voire excellent » en rade de Brest (de 138 à 245 naissains/coupelle) et dans le bassin d’Arcachon (de 177 à 429 naissains/coupelle), modéré dans le bassin de Marennes-Oléron (de 25 à 52 naissains/coupelle) et faible en baie de Bourgneuf (< 5 naissains/coupelle). Ce rapport montre aussi que l’étang de Thau joue un rôle d’exception. Malgré une ponte d’intensité normale, des abondances de larves élevées et une bonne survie des cohortes, le captage 2013 y est très variable ce qui positionne l’étang de Thau en dehors du modèle de fonctionnement admis pour le cycle de reproduction de l’huître creuse sur la façade atlantique. Il semble que, sur ce site, la métamorphose constitue un verrou biologique qui peut être levé en utilisant des pratiques zootechniques adaptées à ce site particulier. Cette optimisation des pratiques zootechniques fait l’objet d’un projet régional : le projet PRONAMED