GPU accelerating distributed succinct de Bruijn graph construction

The research and methods in the field of computational biology have grown in the last decades, thanks to the availability of biological data. One of the applications in computational biology is genome sequencing or sequence alignment, a method to arrange sequences of, for example, DNA or RNA, to determine regions of similarity between these sequences. Sequence alignment applications include public health purposes, such as monitoring antimicrobial resistance. Demand for fast sequence alignment has led to the usage of data structures, such as the de Bruijn graph, to store a large amount of information efficiently. De Bruijn graphs are currently one of the top data structures used in indexing genome sequences, and different methods to represent them have been explored. One of these methods is the BOSS data structure, a special case of Wheeler graph index, which uses succinct data structures to represent a de Bruijn graph. As genomes can take a large amount of space, the construction of succinct de Bruijn graphs is slow. This has led to experimental research on using large-scale cluster engines such as Apache Spark and Graphic Processing Units (GPUs) in genome data processing. This thesis explores the use of Apache Spark and Spark RAPIDS, a GPU computing library for Apache Spark, in the construction of a succinct de Bruijn graph index from genome sequences. The experimental results indicate that Spark RAPIDS can provide up to 8 times speedups to specific operations, but for some other operations has severe limitations that limit its processing power in terms of succinct de Bruijn graph index construction

Farmers’ views about management of traditional forest pastures

Maatalouden tehostumisen seurauksena perinnebiotooppien käyttö laitumina on vähentynyt. Tällä hetkellä kaikki puustoiset perinnebiotooppityypit luokitellaan Suomessa uhanalaisiksi. Samoin moni niillä elävä laji on uhanalaistunut. Sen takia perinnebiotooppien kunnostuksen ja hoidon lisääntyminen on tärkeää. Viljelijöiden haettavissa oleva perinnebiotooppien hoidon tuki on eniten hoitoa edistävä tukimuoto. Viljelijät ovatkin tällä hetkellä merkittävin perinnebiotooppeja hoitava ryhmä, joten heidän halukkuuttaan hoitoon tulee lisätä. Viljelijöiden ympäristönhoitoon vaikuttavat lähinnä tiedot luonnosta ja maatalouden ympäristövaikutuksista, asenteet niitä kohtaan sekä tilan taloudellinen tilanne. Tässä tutkimuksessa selvitettiin, mitä ongelmia omistajat kohtaavat hoitaessaan puustoisia perinnebiotooppeja, miksi hoito lopetetaan ja miten tukea ja koko hoitokenttää tulisi viljelijöiden näkökulmasta parantaa. Tutkimus suoritettiin kyselytutkimuksena. Kyselyitä lähetettiin yhteensä 264 kappaletta Keski-Suomen, Satakunnan ja Varsinais-Suomen alueilla henkilöille, jotka saivat perinnebiotooppien hoidon tukea. Vastauksia saatiin 69 kappaletta. Suurimmiksi haasteiksi osoittautuivat työn määrä, mahdolliset sanktiot, lisärehun antamisen kielto, tuen määrä, kielto aidata perinneympäristöt yhteen kylvönurmien kanssa sekä hakupaperit. Mahdollisten sanktioiden pitäminen haasteena oli riippuvainen asuinmaakunnasta ja lisärehu- ja yhteisaitauskieltojen pitäminen haasteena laiduntavasta eläinlajista. Tärkeimmät syyt hoidon lopettamiseen olivat eläimistä/maatilasta luopuminen, viranomaiset/byrokratia ja liika työllistävyys. Yleisimmät parannusehdotukset taas olivat tuen lisäys, tukiehtojen lievennys, hoidon helpotus, hakupapereiden yksinkertaistaminen ja neuvonnan lisäys. Jotta tuesta ja näin ollen perinnebiotooppien kunnostuksesta ja hoidosta saataisiin viljelijöiden kannalta houkuttelevampaa, tulisi tämän tutkimuksen tietojen pohjalta tukisumman vastata paremmin työnmäärää, viranomaisten toimintaa parantaa ja yhtenäistää, helpottaa tuen hakua sekä harkita lisärehun antamisen ja yhteisaitauksen sallimista erityisluvalla.As farming has become more intensive, pasturing of traditional rural biotopes has decreased. At the moment all forest pastures are regarded as endangered biotope type in Finland. Currently many species living in them are also endangered. Therefore, restoration and management of traditional biotopes is important. There is special support payment scheme to the land owners for management of traditional rural biotopes which is the most important form encouraging this work. Farmers are the most significant group managing traditional biotopes, so their willingness for management should be increased. Knowledge about nature and farming, attitudes towards them and economic situation of the farm influence farmers’ environmental care. In this study we tried to find out, what problems owners face when managing traditional forest pastures, why do they stop applying for the support and how farmers would like the support scheme to be improved. For a survey we sent 264 questionnaires to land owners who receive the special support for managing traditional rural biotopes in Central Finland, Satakunta and Finland Proper. We received 69 answers. The biggest challenges turn out to be the amount of work, possible sanction, ban of extra fodder, amount of support, ban of fencing traditional biotopes with sown grassland and application process. How much a possible sanction was perceived as a challenge depended on a living region and a challenge of ban of extra fodder and co-fencing depended on a kind of grazing animals. Giving up farm/animals, authority/bureaucracy and too much work were the main reasons to quit management. Most common proposals for improvement were increase of support, moderation of terms of the support, easing of management, simplification of applying papers and increase of guidance. According to this study, the special support and therefore restoration and management of traditional biotopes can become more appealing for farmers if the amount of support would better reflect the amount of work, actions of the authorities would be more consistent, application process for the support would be easier and allowing extra fodder and co-fencing would be considered under special permissions

Future software organizations – agile goals and roles

Peer reviewe

Stationaaristen ARMA(p,q)-prosessien bootstrap

Only abstract. Paper copies of master’s theses are listed in the Helka database (http://www.helsinki.fi/helka). Electronic copies of master’s theses are either available as open access or only on thesis terminals in the Helsinki University Library.Vain tiivistelmä. Sidottujen gradujen saatavuuden voit tarkistaa Helka-tietokannasta (http://www.helsinki.fi/helka). Digitaaliset gradut voivat olla luettavissa avoimesti verkossa tai rajoitetusti kirjaston opinnäytekioskeilla.Endast sammandrag. Inbundna avhandlingar kan sökas i Helka-databasen (http://www.helsinki.fi/helka). Elektroniska kopior av avhandlingar finns antingen öppet på nätet eller endast tillgängliga i bibliotekets avhandlingsterminaler.Bootstrap on, jolla estimoidaan alkuperäistä aineistoa hyväksi käyttäen populaation parametrien estimaattorien jakaumia. Aikasarjakontekstissa tulee erityistä huomiota bootstrapin suorittamisessa kiinnittää siihen, että se säilyttää mahdollisimman hyvin alkuperäisen aikasarjan riippuvuusrakenteen. Parametrisessa bootstrapissa oletetaan alkuperäisen aikasarjan taustalla oleva todellinen prosessi tunnetuksi. Tällöin bootstrap voidaan suorittaa samaan tapaan kuin poikkileikkausaineistoissa, jossa prosessin residuaalit oletetaan toisistaan riippumattomiksi ja samoin jakautuneiksi. Parametrinen menetelmä on kuitenkin haavoittuvainen oikeasta mallin määrityksestä, minkä takia se ei ole paljon käytetty. Toinen vaihtoehto aikasarjan bootstrapiksi on parametrittomien menetelmien käyttäminen. Ne eivät oleta todellista prosessia tunnetuksi vaan pyrkivät muuten matkimaan alkuperäisen aikasarjan havaintojen riippuvuusrakennetta. Lohko-bootstrapissa alkuperäinen aineisto jaetaan lohkoihin, joita satunnaistamalla rakennetaan uusia boostrap-aikasarjoja. Seula-bootstrap perustuu seulamenetelmän avulla estimoitavan seulan avulla muodostettaviin uusiin bootstrap-aikasarjoihin. Bootstrap-aikasarjoista laskettujen estimaattien avulla voidaan muodostaa parametrien estimaattoreiden bootstrap-jakaumia vaihtoehtoina niiden asymptoottisten jakaumien käyttämiselle. Bootstrap-jakaumien avulla voidaan asymptoottisten jakaumien tavoin muodostaa parametrien luottamusvälejä ja suorittaa testaamista. Bootstrapilla voidaan, ainakin teoreettisissa tarkasteluissa, saavuttaa asymptoottisessa mielessä parannusta päätelmien tekoon parametreista. Parannusten saavuttaminen vaatii kuitenkin aikasarja-analyysissa käytettävältä bootstrap-menetelmältä onnistuneen säätöparametrin valintaa. Osoittautuu, että parametrittomista menetelmistä seula-bootstrap ei ole suorituskykynsä suhteen niin riippuvainen säätöparametristaan kuin lohko-bootstrap. Teoriassa ja monissa simulointikokeissa on lisäksi osoitettu seula-bootstrapin toimivuus menetelmänä paremmaksi kuin lohko-bootstrapin. Seula-bootstrapia voikin suoritella ARMA(p,q)-prosessien parametreista tehtävien päätelmien käyttämiseen rinnan perinteiseen asymptotiikkaan perustuvien menetelmien kanssa

Agility is responsiveness to change: An essential definition

There is some ambiguity of what agile means in both research and practice. Authors have suggested a diversity of different definitions, through which it is difficult to interpret what agile really is. The concept, however, exists in its implementation through agile practices. In this vision paper, we argue that adopting an agile approach boils down to being more responsive to change. To support this claim, we relate agile principles, practices, the agile manifesto, and our own experiences to this core definition. We envision that agile transformations would be, and are, much easier using this definition and contextualizing its implications

Finnish Enterprise Agile Transformations : A Survey Study

Peer reviewe

Industrial Agile Transformations Lacking Business Emphasis: Results from a Nordic Survey Study

Peer reviewe

Agile in the Era of Digitalization : A Finnish Survey Study

This paper was a Candidate for the Best Full Paper.Peer reviewe

SAFe Adoptions in Finland : A Survey Research

https://www.agilealliance.org/xp2019/Peer reviewe