Seasonal and mesoscale variability of biological and chemical parameters related to the hydrodynamics of the Ibiza Channel (western Mediterranean)

Este trabajo está basado en el análisis tridimensional a mesoescala de la relación entre la hidrodinámica y la distribución espacial de los nutrientes (nitratos), el porcentaje de saturación de oxígeno y la concentración de clorofila a, de acuerdo con los resultados obtenidos en cuatro campañas llevadas a cabo en el canal de Ibiza en noviembre de 1990, marzo de 1991 y a principios y mediados de julio de 1992. El estudio comparado de estas cuatro campañas muestra una fenomenología diversa y cambiante, aunque puede ser descrita como variación de un patrón básico consistente en la generación de un sistema ciclónico y un frente originado por el agua entrante en el canal, de procedencia atlántica, situada sobre el agua residente que sale a través de él. Este fenómeno determina la fertilización por afloramiento producido por el sistema divergencia superficial - convergencia profunda asociado al sistema frontal y al torbellino ciclónico. La variabilidad espacial detectada a mesoescala está estrechamente relacionada con las distribuciones hidrográficas y la escasa duración de algunas estructuras de dimensiones reducidas. En consecuencia, este tipo de fenomenología puede ser considerada independiente de la época del año, que condiciona principalmente los gradientes verticales y la circulación general. De acuerdo con esto, en noviembre de 1990, las concentraciones relativamente bajas de clorofila a observadas pueden estar relacionadas con fenómenos de difusión y transporte debido a la intensidad de la corriente de agua de procedencia atlántica. Por el contrario, en la campaña efectuada en marzo de 1991, parece existir un fenómeno de confinamiento del material producido en una cuña ciclónica, que queda relativamente aislada y horizontalmente comprimida por una masa de agua situada al norte de la misma que, simultáneamente, obstaculiza el avance hacia el norte del agua de procedencia atlántica. Esto puede explicar, en parte, las elevadas concentraciones de clorofila observadas en el área ciclónica. La comparación de las campañas realizadas a primeros y mediados de julio de 1992 muestra cómo un simple desplazamiento hacia el sur del sistema ciclónico puede alterar, de manera importante, tanto los aportes de nutrientes como la distribución de los máximos de clorofila. En ambos casos las elevadas, aunque discontinuas, concentraciones de clorofila registradas pueden ser causadas por un mecanismo de acumulación que abarcaría conjuntamente procesos tales como un relativamente pequeño transporte advectivo y la disminución de la velocidad de sedimentación del fitoplancton a través de la picnoclina, así como la acumulación de nutrientes debida a la compresión vertical de los afloramientos que alcanzan la picnoclina, pudiendo permitir la producción fitoplanctónica cerca de los máximos de clorofila.The interactions between the hydrodynamics and the spatial distribution of nutrients (nitrates), percentage of oxygen saturation and chlorophyll-a concentration were studied by means of a 3-D mesoscale analysis. The data were obtained from four surveys carried out in the Ibiza Channel in November 1990, March 1991 and twice in July 1992. The comparative study of the data showed a high variability due to variations of a cyclonic eddy and a frontal system caused by the incoming modified Atlantic water, layered anta the resident water that flows out of the channel. This phenomenon determined fertilisation by upwelling, as a consequence of the surface-divergence/deep-convergence system associated with the front and the cyclonic gyre. Mesoscale spatial variability was closely related to hydrographic parameters. The short life of some small-scale structures can be considered independently of the season, which mainly causes vertical gradients and general circulation. In November 1990, the relatively low chlorophyll concentrations could be related to transport and diffusion phenomena caused by the intense inflow of the Modified Atlantic Water (MAW) mass. On the other hand, in March 1991, it seems that an enclosure phenomenon was found. The material produced was accumulated in a relatively isolated cyclonic area, horizontally compressed by a northern water mass, which also obstructed the normal inflow of the MAW. This could explain the high chlorophyll concentrations observed in the cyclonic area. The comparison between the surveys carried out in early and mid-July 1992 showed how a single southward displacement of the cyclonic system could have a great impact on the intensity of nutrient inputs and the location of chlorophyll maxima. In both cases, the very high, but patchy, chlorophyll concentrations observed might have been caused by an accumulation mechanism. This mechanism could be based on a joint process involving a slight advective transport and a drop in the phytoplankton's sinking rate through the pycnocline. Also, accumulation al nutrients due to vertical compression of upwelling phenomena reaching the pycnocline may lead to some phytoplankton production near the deep chlorophyll maxima.Instituto Español de Oceanografí

Variabilidad estacional y a mesoescala de algunos parámetros biológicos y químicos en relación con la hidrodinámica del canal de Ibiza (Mediterráneo occidental)

Este trabajo está basado en el análisis tridimensional a mesoescala de la relación entre la hidrodinámica y la distribución espacial de los nutrientes (nitratos), el porcentaje de saturación de oxígeno y la concentración de clorofila a, de acuerdo con los resultados obtenidos en cuatro campañas llevadas a cabo en el canal de Ibiza en noviembre de 1990, marzo de 1991 y a principios y mediados de julio de 1992. El estudio comparado de estas cuatro campañas muestra una fenomenología diversa y cambiante, aunque puede ser descrita como variación de un patrón básico consistente en la generación de un sistema ciclónico y un frente originado por el agua entrante en el canal, de procedencia atlántica, situada sobre el agua residente que sale a través de él. Este fenómeno determina la fertilización por afloramiento producido por el sistema divergencia superficial - convergencia profunda asociado al sistema frontal y al torbellino ciclónico. La variabilidad espacial detectada a mesoescala está estrechamente relacionada con las distribuciones hidrográficas y la escasa duración de algunas estructuras de dimensiones reducidas. En consecuencia, este tipo de fenomenología puede ser considerada independiente de la época del año, que condiciona principalmente los gradientes verticales y la circulación general. De acuerdo con esto, en noviembre de 1990, las concentraciones relativamente bajas de clorofila a observadas pueden estar relacionadas con fenómenos de difusión y transporte debido a la intensidad de la corriente de agua de procedencia atlántica. Por el contrario, en la campaña efectuada en marzo de 1991, parece existir un fenómeno de confinamiento del material producido en una cuña ciclónica, que queda relativamente aislada y horizontalmente comprimida por una masa de agua situada al norte de la misma que, simultáneamente, obstaculiza el avance hacia el norte del agua de procedencia atlántica. Esto puede explicar, en parte, las elevadas concentraciones de clorofila observadas en el área ciclónica. La comparación de las campañas realizadas a primeros y mediados de julio de 1992 muestra cómo un simple desplazamiento hacia el sur del sistema ciclónico puede alterar, de manera importante, tanto los aportes de nutrientes como la distribución de los máximos de clorofila. En ambos casos las elevadas, aunque discontinuas, concentraciones de clorofila registradas pueden ser causadas por un mecanismo de acumulación que abarcaría conjuntamente procesos tales como un relativamente pequeño transporte advectivo y la disminución de la velocidad de sedimentación del fitoplancton a través de la picnoclina, así como la acumulación de nutrientes debida a la compresión vertical de los afloramientos que alcanzan la picnoclina, pudiendo permitir la producción fitoplanctónica cerca de los máximos de clorofilaPublicado

Giardiasis en dos especies de múridos silvestres: Rattus rattus y R. norvegicus

Se realizó un estudio sobre la epidemiología de Ciardia muris en la provincia de Granada, y en una población total de 147 ratas silvestres pertenecientes a las especies Rattus rattus y R. norvegicus, así como un estudio biométrico del parásito. El índice de parasitación encontrado fue del 25.17 % en toda la población

Giardiasis en dos especies de múridos silvestres: Rattus rattus y R. norvegicus

Se realizó un estudio sobre la epidemiología de Ciardia muris en la provincia de Granada, y en una población total de 147 ratas silvestres pertenecientes a las especies Rattus rattus y R. norvegicus, así como un estudio biométrico del parásito. El índice de parasitación encontrado fue del 25.17 % en toda la población

Scientific dissemination in the Instituto Español de Oceanografía (IEO): Best practices in recent years

There is a growing interest and obligations to bring the results of scientific research closer to society. In this sense, the Instituto Español de Oceanografía (IEO, CSIC) has acquired in recent years an institutional commitment with the scientific dissemination, carrying out some projects on this topic. The objective of these projects is to visualize and value their research and results in different formats increasing the scientific culture of society that demand and financed most of public research. In the present work four successful initiatives or projects are presented. Diversimar project is a citizen science tool for the observation of the marine and fishing biodiversity of Galicia and the Cantabrian Sea. Mar interior project brings activity of IEO to society with face-to-face conferences and workshops. Planet Tuna project combines science with art through an online platform to enhance the scientific knowledge of tuna and other big pelagics for their sustainability. To end, the interactive book “45 days on the Flemish Cap Bank” spreads the technical and human effort of an oceanographic survey that remains behind the fisheries management developed by the IEO. The objective of the present study is to make visible and put in value these projects and serve as inspiration.Versión del edito

Variación anual e interanual de los factores físico-químico-biológicos generales del medio pelágico de la Bahía de Palma (Islas Baleares, España) desde mayo de 1988 hasta mayo de 1992

Publicado

Simplifying the detection of MUTYH mutations by high resolution melting analysis

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p><it>MUTYH</it>-associated polyposis (MAP) is a disorder caused by bi-allelic germline <it>MUTYH </it>mutation, characterized by multiple colorectal adenomas. In order to identify mutations in <it>MUTYH </it>gene we applied High Resolution Melting (HRM) genotyping. HRM analysis is extensively employed as a scanning method for the detection of heterozygous mutations. Therefore, we applied HRM to show effectiveness in detecting homozygous mutations for these clinically important and frequent patients.</p> <p>Methods</p> <p>In this study, we analyzed phenotype and genotype data from 82 patients, with multiple (>= 10) synchronous (19/82) or metachronous (63/82) adenomas and negative <it>APC </it>study (except one case). Analysis was performed by HRM-PCR and direct sequencing, in order to identify mutations in <it>MUTYH </it>exons 7, 12 and 13, where the most prevalent mutations are located. In monoallelic mutation carriers, we evaluated entire <it>MUTYH </it>gene in search of another possible alteration. HRM-PCR was performed with strict conditions in several rounds: the first one to discriminate the heteroduplex patterns and homoduplex patterns and the next ones, in order to refine and confirm parameters. The genotypes obtained were correlated to phenotypic features (number of adenomas (synchronous or metachronous), colorectal cancer (CRC) and family history).</p> <p>Results</p> <p><it>MUTYH </it>germline mutations were found in 15.8% (13/82) of patients. The hot spots, Y179C (exon 7) and G396D (exon 13), were readily identified and other mutations were also detected. Each mutation had a reproducible melting profile by HRM, both heterozygous mutations and homozygous mutations. In our study of 82 patients, biallelic mutation is associated with being a carrier of ≥10 synchronous polyps (p = 0.05) and there is no association between biallelic mutation and CRC (p = 0.39) nor family history (p = 0.63). G338H non-pathogenic polymorphism (exon 12) was found in 23.1% (19/82) of patients. In all cases there was concordance between HRM (first and subsequent rounds) and sequencing data.</p> <p>Conclusions</p> <p>Here, we describe a screening method, HRM, for the detection of both heterozygous and homozygous mutations in the gene encoding <it>MUTYH </it>in selected samples of patients with phenotype of MAP. We refine the capabilities of HRM-PCR and apply it to a gene not yet analyzed by this tool. As clinical decisions will increasingly rely on molecular medicine, the power of identifying germline mutations must be continuously evaluated and improved.</p

The RADMED monitoring program as a tool for MSFD implementation: toward an ecosystem based approach

In the western Mediterranean Sea, the RADMED monitoring programme is already conducting several of the evaluations required under the Marine Strategy Framework Directive (MFSD) along the Spanish Mediterranean coast. The different aspects of the ecosystem that are regularly sampled under this monitoring programme are the physical environment and the chemical and biological variables of the water column, together with the planktonic communities, biomass and structure. Moreover, determinations of some anthropogenic stressors on the marine environment, such as contaminants and microplastics, are under development. Data are managed and stored at the Instituto Español de Oceanografía (IEO) Data Centre that works under the Sea- DataNet infrastructure, and are also stored in the IBAMar database. In combination with remote sensing data, they are used to address open questions on the ecosystems in the western Mediterranean Sea.Postprint2,293

Sméagol: un projecte de desenvolupament de programari per introduir el treball col.laboratiu entre els TIC de la UPC

Projecte presentat al 3r Premi a la Qualitat de la Gestió Universitària, convocat pel Consell Social de la UP