Оценка коллатеральной активности CRISPR/Cas13a-рибонуклеазы на биоанализаторе Agilent 2100

The paper describes an original technique for detecting the collateral activity of CRISPR/Cas 13a ribonuclease based on the assessment of ribosomal RNA degradation. The Agilent 2100 bioanalyzer is used as an analyzing device. This approach is an alternative to existing detection methods and has a number of advantages over them in the case when a quantitative assessment of activity is not required. On the example of the test sample, the optimal concentrations and ratios of the components of the reaction mixture, which are necessary to obtain the most indicative result, were determined. The proposed technique can be used for qualitative assessment of the activity of recombinant ribonuclease Cas13a preparations obtained under different conditions of heterologous protein expression and purification, as well as for testing guide RNAs.В работе описывается оригинальная методика детекции коллатеральной активности CRISPR/Cas13a-рибонуклеазы, основанная на оценке деградации рибосомальной РНК. В качестве анализирующего прибора используется биоанализатор Agilent 2100. Данный подход является альтернативой существующим методам детекции и имеет ряд преимуществ по сравнению с ними в том случае, когда не требуется количественная оценка активности. На примере тестового образца определены оптимальные концентрации и соотношения компонентов реакционной смеси, необходимые для получения наиболее показательного результата. Предлагаемая методика может быть использована для качественной оценки активности препаратов рекомбинантной рибонуклеазы Cas13а, полученных при разных условиях гетерологической экспрессии белка и его очистки, а также для тестирования направляющих РНК

Перспективы использования секвенаторов третьего поколения для количественного профилирования транскриптома

Transcriptome profiling is widely employed to analyze transcriptome dynamics when studying various biological processes at the cell and tissue levels. Unlike the second generation sequencers, which sequence relatively short fragments of nucleic acids, the third generation DNA/RNA sequencers developed by biotechnology companies “PacBio” and “Oxford Nanopore Technologies” allow one to sequence transcripts as single molecules and may be considered as potential molecular counters capable to measure the number of copies of each transcript with high throughput, sensitivity, and specificity. In the present review, the features of single molecule sequencing technologies offered by “PacBio” and “Oxford Nanopore Technologies” are considered alongside with their utility for transcriptome analysis, including the analysis of transcript isoforms. The prospects and limitations of the single molecule sequencing technology in application to quantitative transcriptome profiling are also discussed.Транскриптомное профилирование широко используется для анализа динамики транскриптома при исследовании различных биологических процессов на клеточном и тканевом уровне. В отличие от секвенаторов второго поколения, которые секвенируют относительно короткие фрагменты нуклеиновых кислот, ДНК/РНК секвенаторы третьего поколения, разработанные биотехнологическими компаниями “PacBio” и “Oxford Nanopore Technologies”, позволяют секвенировать транскрипты как единичные молекулы и могут рассматриваться как потенциальные молекулярные счётчики, способные измерять количество копий каждого транскрипта с высокой производительностью, чувствительностью и специфичностью. В данном обзоре рассмотрены особенности технологий одномолекулярного секвенирования, предлагаемых компаниями “PacBio” и “Oxford Nanopore Technologies”, и применение технологий одномолекулярного секвенирования для целей транскриптомного анализа, включая анализ изоформ транкриптов. Также обсуждаются перспективы и ограничения их использования для количественного профилирования транскриптома

Structural Properties of Magnesium Oxide Thin Films Deposited by Spray Pyrolysis Technique

In this work, structural properties of magnesium oxide films have studied by X-ray diffraction methods. MgO obtained by spray pyrolysis technique at the different substrate temperatures on the glass substrates. The 0.2 M magnesium chloride hexahydrate aqueous solution was selected as a precursor in the solution. The influence of substrate temperature on the phase composition, texture quality, coherent scattering domain size and lattice constant of the material was investigated. When you are citing the document, use the following link http://essuir.sumdu.edu.ua/handle/123456789/3710

Національна доповідь про стан і перспективи розвитку освіти в Україні: монографія (До 30-річчя незалежності України)

The publication provides a comprehensive analysis of the state and development of national education over the 30 years of Ukraine’s independence, identifies current problems in education, ascertains the causes of their emergence, offers scientifically reasoned ways to modernise domestic education in the context of globalisation, European integration, innovative development, and national self-identification. Designed for legislators, state officials, education institutions leaders, teaching and academic staff, the general public, all those who seek to increase the competitiveness of Ukrainian education in the context of civilisation changes.У виданні здійснено всебічний аналіз стану і розвитку національної освіти за 30-річний період незалежності України, визначено актуальні проблеми освітньої сфери, виявлено причини їх виникнення, запропоновано науково обґрунтовані шляхи модернізації вітчизняної освіти в умовах глобалізації, європейської інтеграції, інноваційного розвитку та національної самоідентифікації. Розраховано на законодавців, державних управлінців, керівників закладів освіти, педагогічних і науково-педагогічних працівників, широку громадськість, усіх, хто прагне підвищення конкурентоспроможності української освіти в контексті цивілізаційних змін

CG tephra from 536 volcanic event published in Loveluck et al., Antiquity, 2018

CG tephra from 536 volcanic event published in Loveluck et al., Antiquity, 2018 as SI: "Data on Colle Gnifetti tephra from AD 536 volcanic event

Prehistoric tsunamis and large earthquakes on the Kamchatskiy Peninsula, Kamchatka, based on tephrochronological data

For the first time in Kamchatka, tephrochronology has been used to date paleoseismo-dislocations, tsunami deposits, and episodes of seismotectonic uplift that had occurred on the Kamchatskiy Peninsula for the past 2000 years. Four tephra markers have been used: three of the 1964, ~1260, and ~650 A.D. eruptions at Shiveluch Volcano and one of the ~250 A.D. caldera-forming eruption at Ksudach. The deposits of two 13th century and one 7th century tsunamis have been identified and dated. It has been found that Cape Kamchatskiy and Afrika were formed by two large seismotectonic landslides at the beginning of the Christian Era, simultaneously with an uplift of at least 35-40-km of the southeastern coast between the two capes

Ebeko volcano, Kuril Islands: eruptive history and potential volcanic hazards. Part I

The eruptive history of Ebeko Volcano is described since its origin about 2400 years ago until the beginning of the 17th century. Six stages of increased activity each lasting 200-300 years were separated by repose periods of the same duration. The eruption of juvenile material (lava and pyroclastics) took place at the first stage only (420-200 B.C.). All eruptions that followed were phreatic events of varying vigor. It is shown that, except for the first eruptive stage, the main volcanic hazard for the Ebeko area and the town of Severo-Kurilsk near by comes from large lahars and tephra fallout. -from Journal summar

Стандартизация препаратов рекомбинантной CRISPR/Cas13a-нуклеазы с использованием РНКазы А с известной активностью

The approach to characterize preparations of recombinant Cas13a-nuclease in terms of specific collateral activity has been proposed for standardization of enzyme preparations. The standardization of Cas13a preparations by the specific activity may benefit both the development of assays employing Cas13a collateral ribonuclease activity and the optimization of ribonuclease expression, purification, and storage. The approach is based on measurement of the initial rate of a cleavage of specially designed commercially available RNA molecules (“reporters” labelled with a fluorophore and a quencher) by a preparation of recombinant Cas13a-nuclease and commercial RNase A of known activity. This requires the optimization of a molar ratio for the formation of Cas13a complexes with guide RNA as well as the optimization of amount of the RNA target. The use of a synthetic RNA target appears preferable compared with total RNA preparations.Предложен подход к характеризации препаратов рекомбинантной Cas13a-нуклеазы в терминах удельной коллатеральной активности для их стандартизации. Стандартизация препаратов Cas13a-нуклеазы по удельной активности будет полезна как при разработке тестов, использующих коллатеральную рибонуклеазную активность Cas13a, так и для оптимизации процедур экспрессии, очистки и хранения рибонуклеазы. Подход основан на измерении начальной скорости расщепления специально созданных и коммерчески доступных образцов молекул РНК (FQ-репортеров, меченных флуорофором и химическим соединением – гасителем флуоресценции) препаратом рекомбинантной Cas13a-нуклеазы и коммерческой РНКазой А с известной активностью. В качестве предварительного условия необходимо найти оптимальное молярное соотношение для образования комплексов Cas13a с направляющей РНК (нРНК), а также оптимальное количество РНК-мишени. Использование синтетической РНК-мишени представляется предпочтительным по сравнению с препаратами суммарной РНК