Das Beteiligungsmodell von forschungsdaten.info

Die Informationsplattform forschungsdaten.info bietet Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern grundlegende Informationen zum Forschungsdatenmanagement (FDM). Um die vorliegenden Materialien aktuell halten zu können, bedarf es der langfristigen Mitarbeit verschiedener fachkundiger Akteure. Diese wird durch ein mehrstufiges Beteiligungsmodell geregelt, im Rahmen dessen FDM-Expertinnen und -Experten als Partner redaktionelle Verantwortung für Teilbereiche übernehmen können. Dieses Modell sichert die langfristige Bereitstellung von frei zugänglichen deutschsprachigen FDM-Ressourcen. Zentrale Aspekte für die nachhaltige Entwicklung und Betreuung eines solchen Projektes werden im Folgenden erläutert. Zusammenfassend scheinen folgende Punkte essentiell: Geteilte Verantwortung (z. B. über ein definiertes Beteiligungsmodell), solide Finanzierung, hohe Motivation der Beteiligten, deren intensive Kooperation, gesicherte Qualität, effektive Kommunikation und Offenheit

Das Beteiligungsmodell von forschungsdaten.info: Ein kleines ABC der Nachhaltigkeit

Die Informationsplattform forschungsdaten.info bietet Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern grundlegende Informationen zum Forschungsdatenmanagement (FDM). Um die vorliegenden Materialien aktuell halten zu können, bedarf es der langfristigen Mitarbeit verschiedener fachkundiger Akteure. Diese wird durch ein mehrstufiges Beteiligungsmodell geregelt, im Rahmen dessen FDM-Expertinnen und -Experten als Partner redaktionelle Verantwortung für Teilbereiche übernehmen können. Dieses Modell sichert die langfristige Bereitstellung von frei zugänglichen deutschsprachigen FDM-Ressourcen. Zentrale Aspekte für die nachhaltige Entwicklung und Betreuung eines solchen Projektes werden im Folgenden erläutert. Zusammenfassend scheinen folgende Punkte essentiell: Geteilte Verantwortung (z. B. über ein definiertes Beteiligungsmodell), solide Finanzierung, hohe Motivation der Beteiligten, deren intensive Kooperation, gesicherte Qualität, effektive Kommunikation und Offenheit

Koordiniertes Forschungsdatenmanagement in Baden-Württemberg: Die Projekte bwFDM-Info und bw2FDM

Das Poster stellt die Tätigkeiten und Entwicklung der baden-württembergischen Landesprojekte bwFDM-Info I und II vor sowie die Pläne für das künftige Projekt bw2FDM. Ziel des Projekts bwFDM-Info I war es, freies Material zum Forschungsdatenmanagement für Forschende auf einem Informationsportal zur Verfügung zu stellen. Sie sollten sich auf forschungsdaten.info über Forschungsdatenmanagement informieren und an Best Practices orientieren können. Das Angebot stützte sich dabei auf den im Landesprojekt bwFDM-Communities identifizierten Bedarfen. Im Nachfolgeprojekt bwFDM-Info II verschob sich der Fokus hin zum Bekanntmachen der Plattform und Etablieren ihres nachhaltigen Betriebs. Die Universitäten Heidelberg, Hohenheim, Konstanz, Tübingen und das Karlsruher Instituts für Technologie (KIT) vereinbarten, den langfristigen Betrieb der Plattform sicherzustellen. Im Rahmen eines Beteiligungsmodells konnten weitere institutionelle und individuelle Partner aus Hessen, Nordrhein-Westfalen, Niedersachsen, Thüringen und Sachsen gewonnen werden, die die Plattform inhaltlich und strukturell weiter ausgebaut haben. Daneben haben die Projektpartner eine Instanz des DMP-Tools Research Data Management Organiser (RDMO) eingerichtet und auf der Webseite integriert. Vernetzung und Outreach waren weitere wichtige Themen von bwFDM-Info I und II. Mit dem Arbeitskreis der Forschungsdatenverantwortlichen aller Universitäten im Land (AK FDM) wurde ein Gremium etabliert, in dem sich die Beteiligten regelmäßig über ihre jeweiligen FDM-Aktivitäten austauschen und offene Fragen klären. Die E-Science-Tage 2017 in Heidelberg haben als erfolgreiche Fachkonferenz maßgebliche FDM-Akteure bundesweit zusammengebracht. Mit der Koordination der baden-württembergischen E-Science-Projekte aus den Bereichen Forschungsdatenmanagement und Virtuelle Forschungsumgebungen hat das Projekt bwFDM-Info deren Austausch gefördert und Synergien in der Entwicklung geweckt. Dieses erfolgreiche Konzept soll 2019 bis 2023 mit dem neuen Projekt bw2FDM weiterentwickelt werden. Ein Hauptziel ist es, die Aufbauaktivitäten der baden-württembergischen Science Data Centers (SDC) koordinierend zu begleiten, deren Vernetzung untereinander zu intensivieren und ihre Sichtbarkeit für die Forschungscommunities im In- und Ausland zu steigern. Damit soll auch die Nachnutzung der von den SDCs entwickelten Produkten für die Forschungscommunity ermöglicht werden. Die Weiterentwicklung des Info-Portals sowie die Fortführung der Konferenzreihe „E-Science-Tage“ werden Fachkompetenzen zum Forschungsdatenmanagement auf nationaler Ebene weiter bündeln. Die Projekte zum Forschungsdatenmanagement bwFDM-Info I und II sowie bw2FDM wurden bzw. werden gefördert vom Ministerium für Wissenschaft, Forschung und Kunst Baden-Württemberg

Koordiniertes Forschungsdatenmanagement in Baden-Württemberg: Die Projekte bwFDM-Info und bw2FDM

Das Poster stellt die Tätigkeiten und Entwicklung der baden-württembergischen Landesprojekte bwFDM-Info I und II vor sowie die Pläne für das künftige Projekt bw2FDM. Ziel des Projekts bwFDM-Info I war es, freies Material zum Forschungsdatenmanagement für Forschende auf einem Informationsportal zur Verfügung zu stellen. Sie sollten sich auf forschungsdaten.info über Forschungsdatenmanagement informieren und an Best Practices orientieren können. Das Angebot stützte sich dabei auf den im Landesprojekt bwFDM-Communities identifizierten Bedarfen. Im Nachfolgeprojekt bwFDM-Info II verschob sich der Fokus hin zum Bekanntmachen der Plattform und Etablieren ihres nachhaltigen Betriebs. Die Universitäten Heidelberg, Hohenheim, Konstanz, Tübingen und das Karlsruher Instituts für Technologie (KIT) vereinbarten, den langfristigen Betrieb der Plattform sicherzustellen. Im Rahmen eines Beteiligungsmodells konnten weitere institutionelle und individuelle Partner aus Hessen, Nordrhein-Westfalen, Niedersachsen, Thüringen und Sachsen gewonnen werden, die die Plattform inhaltlich und strukturell weiter ausgebaut haben. Daneben haben die Projektpartner eine Instanz des DMP-Tools Research Data Management Organiser (RDMO) eingerichtet und auf der Webseite integriert. Vernetzung und Outreach waren weitere wichtige Themen von bwFDM-Info I und II. Mit dem Arbeitskreis der Forschungsdatenverantwortlichen aller Universitäten im Land (AK FDM) wurde ein Gremium etabliert, in dem sich die Beteiligten regelmäßig über ihre jeweiligen FDM-Aktivitäten austauschen und offene Fragen klären. Die E-Science-Tage 2017 in Heidelberg haben als erfolgreiche Fachkonferenz maßgebliche FDM-Akteure bundesweit zusammengebracht. Mit der Koordination der baden-württembergischen E-Science-Projekte aus den Bereichen Forschungsdatenmanagement und Virtuelle Forschungsumgebungen hat das Projekt bwFDM-Info deren Austausch gefördert und Synergien in der Entwicklung geweckt. Dieses erfolgreiche Konzept soll 2019 bis 2023 mit dem neuen Projekt bw2FDM weiterentwickelt werden. Ein Hauptziel ist es, die Aufbauaktivitäten der baden-württembergischen Science Data Centers (SDC) koordinierend zu begleiten, deren Vernetzung untereinander zu intensivieren und ihre Sichtbarkeit für die Forschungscommunities im In- und Ausland zu steigern. Damit soll auch die Nachnutzung der von den SDCs entwickelten Produkten für die Forschungscommunity ermöglicht werden. Die Weiterentwicklung des Info-Portals sowie die Fortführung der Konferenzreihe „E-Science-Tage“ werden Fachkompetenzen zum Forschungsdatenmanagement auf nationaler Ebene weiter bündeln. Die Projekte zum Forschungsdatenmanagement bwFDM-Info I und II sowie bw2FDM wurden bzw. werden gefördert vom Ministerium für Wissenschaft, Forschung und Kunst Baden-Württemberg

Koordiniertes Forschungsdatenmanagement in Baden-Württemberg: Die Projekte bwFDM-Info und bw2FDM

Das Poster stellt die Tätigkeiten und Entwicklung der baden-württembergischen Landesprojekte bwFDM-Info I und II vor sowie die Pläne für das künftige Projekt bw2FDM. Ziel des Projekts bwFDM-Info I war es, freies Material zum Forschungsdatenmanagement für Forschende auf einem Informationsportal zur Verfügung zu stellen. Sie sollten sich auf forschungsdaten.info über Forschungsdatenmanagement informieren und an Best Practices orientieren können. Das Angebot stützte sich dabei auf den im Landesprojekt bwFDM-Communities identifizierten Bedarfen. Im Nachfolgeprojekt bwFDM-Info II verschob sich der Fokus hin zum Bekanntmachen der Plattform und Etablieren ihres nachhaltigen Betriebs. Die Universitäten Heidelberg, Hohenheim, Konstanz, Tübingen und das Karlsruher Instituts für Technologie (KIT) vereinbarten, den langfristigen Betrieb der Plattform sicherzustellen. Im Rahmen eines Beteiligungsmodells konnten weitere institutionelle und individuelle Partner aus Hessen, Nordrhein-Westfalen, Niedersachsen, Thüringen und Sachsen gewonnen werden, die die Plattform inhaltlich und strukturell weiter ausgebaut haben. Daneben haben die Projektpartner eine Instanz des DMP-Tools Research Data Management Organiser (RDMO) eingerichtet und auf der Webseite integriert. Vernetzung und Outreach waren weitere wichtige Themen von bwFDM-Info I und II. Mit dem Arbeitskreis der Forschungsdatenverantwortlichen aller Universitäten im Land (AK FDM) wurde ein Gremium etabliert, in dem sich die Beteiligten regelmäßig über ihre jeweiligen FDM-Aktivitäten austauschen und offene Fragen klären. Die E-Science-Tage 2017 in Heidelberg haben als erfolgreiche Fachkonferenz maßgebliche FDM-Akteure bundesweit zusammengebracht. Mit der Koordination der baden-württembergischen E-Science-Projekte aus den Bereichen Forschungsdatenmanagement und Virtuelle Forschungsumgebungen hat das Projekt bwFDM-Info deren Austausch gefördert und Synergien in der Entwicklung geweckt. Dieses erfolgreiche Konzept soll 2019 bis 2023 mit dem neuen Projekt bw2FDM weiterentwickelt werden. Ein Hauptziel ist es, die Aufbauaktivitäten der baden-württembergischen Science Data Centers (SDC) koordinierend zu begleiten, deren Vernetzung untereinander zu intensivieren und ihre Sichtbarkeit für die Forschungscommunities im In- und Ausland zu steigern. Damit soll auch die Nachnutzung der von den SDCs entwickelten Produkten für die Forschungscommunity ermöglicht werden. Die Weiterentwicklung des Info-Portals sowie die Fortführung der Konferenzreihe „E-Science-Tage“ werden Fachkompetenzen zum Forschungsdatenmanagement auf nationaler Ebene weiter bündeln. Die Projekte zum Forschungsdatenmanagement bwFDM-Info I und II sowie bw2FDM wurden bzw. werden gefördert vom Ministerium für Wissenschaft, Forschung und Kunst Baden-Württemberg

Markierungsfreie Online-Detektion der Hybridisierung auf einem DNA-Chip : Detektionsmethode für den Gensensor

Die Genomforschung hat sich in den letzten Jahren verstärkt in Richtung neuer analytischer Methoden orientiert, um der großen Anzahl an notwendigen Experimenten durch parallele Ansätze zu begegnen. Der größte Entwicklungsschritt ist hierbei die Verwendung von sogenannten DNA-Chips, womit flächige Arrays aus immobilisierten DNA-Fragmenten beschrieben werden, die zu Anwendungen von der Expressionsanalytik (high density arrays) bis hin zu diagnostischen Chips (low density arrays) herangezogen werden. Die Detektion auf Arrays erfolgt in kommerziellen Geräten in der Regel fast ausschließlich durch Fluoreszenzemission von farbstoffmarkierten Oligonukleotiden an der Oberfläche. In mehreren Beispielen wurde bereits die Detektion der Hybridisierung auf markierungsfreien Biosensoren, jedoch nur in Einkanalmessungen, gezeigt, wie z.B. auf SPR (Biacore), Gitterkoppler oder RIfS (Reflektometrische Interferenzspektroskopie). Diese oberflächenbasierten Detektionsmethoden erfordern keinerlei Markierung der zu detektierenden Komponenten, d.h. es kann im Einzelfall direkt mit Extrakten oder Amplifikaten aus komplexen Matrices heraus gearbeitet werden. Der Schritt der Farbstoffmarkierung entfällt und damit entfällt auch die mögliche Beeinflussung der Wechselwirkung durch die Markierung, genauso wie die Beeinflussung der Fluoreszenzintensität an der Oberfläche durch unspezifische Quenchingefffekte oder auch Photobleaching. Im Bremer Forschungs- und Entwicklungsverbund Gensensorik wird mit dem Ziel einer industriellen Umsetzung des Gensensorik Konzeptes an einer Integration der DNA-Chiptechnologie in ein Gesamtkonzept aus Bioinformatik, biochemischer Fragestellung, Oberflächenchemie, Chipproduktion, Detektion und Datenauswertung/-bewertung gearbeitet. Im Rahmen dieses FuE Verbundeses wird die parallele und zeitaufgelöste Detektion von Hybridisierungsreaktionen an der Oberfläche mittels Reflektometrischer Interferenzspektroskopie auf das Chipformat übertragen

Microbes, macrofauna, and methane: a novel seep community fueled by aerobic methanotrophy

During the discovery and description of seven New Zealand methane seep sites, an infaunal assemblage dominated by ampharetid polychaetes was found in association with high seabed methane emission. This ampharetid-bed assemblage had a mean density of 57,000 ± 7800 macrofaunal individuals m−2 and a maximum wet biomass of 274 g m−2, both being among the greatest recorded from deep-sea methane seeps. We investigated these questions: Does the species assemblage present within these ampharetid beds form a distinct seep community on the New Zealand margin? and What type of chemoautotrophic microbes fuel this heterotrophic community? Unlike the other macro-infaunal assemblages, the ampharetid-bed assemblage composition was homogeneous, independent of location. Based on a mixing model of species-specific mass and isotopic composition, combined with published respiration measurements, we estimated that this community consumes 29–90 mmol C m−2 d−1 of methane-fueled biomass; this is > 290 times the carbon fixed by anaerobic methane oxidizers in these ampharetid beds. A fatty acid biomarker approach supported the finding that this community, unlike those previously known, consumes primarily aerobic methanotrophic bacteria. Due to the novel microbial fueling and high methane flux rates, New Zealand's ampharetid beds provide a model system to study the influence of metazoan grazing on microbially mediated biogeochemical cycles, including those that involve greenhouse gas emission

HLA-DRB3/4/5 Matching Improves Outcome of Unrelated Hematopoietic Stem Cell Transplantation

The HLA-DRB3/4/5 loci are closely linked to the HLA-DRB1 gene. Mismatches in these loci occur with a frequency of about 8%–12% in otherwise 10/10 HLA-matched transplant pairs. There is preliminary evidence that these disparities may associate with increased acute graft-versus-host disease (GvHD) rates. The aim of this study was to analyze a large cohort of German patients and their donors for HLA-DRB3/4/5 compatibility and to correlate the HLA-DRB3/4/5 matching status with the outcome of unrelated hematopoietic stem cell transplantation (uHSCT). To this end, 3,410 patients and their respective donors were HLA-DRB3/4/5 and HLA-DPB1 typed by amplicon-based nextgeneration sequencing (NGS). All patients included received their first allogeneic transplant for malignant hematologic diseases between 2000 and 2014. Mismatches in the antigen recognition domain (ARD) of HLA-DRB3/4/5 genes were correlated with clinical outcome. HLA-DRB3/4/5 incompatibility was seen in 12.5% (n = 296) and 17.8% (n = 185) of the 10/10 and 9/10 HLA-matched cases, respectively. HLA-DRB3/4/5 mismatches in the ARD associated with a worse overall survival (OS), as shown in univariate (5-year OS: 46.1% vs. 39.8%, log-rank p = 0.038) and multivariate analyses [hazard ratio (HR) 1.25, 95% CI 1.02–1.54, p = 0.034] in the otherwise 10/10 HLAmatched subgroup. The worse outcome was mainly driven by a significantly higher nonrelapse mortality (HR 1.35, 95% CI 1.05–1.73, p = 0.017). In the 9/10 HLA-matched cases, the effect was not statistically significant. Our study results suggest that mismatches within the ARD of HLA-DRB3/4/5 genes significantly impact the outcome of otherwise fully matched uHSCT and support their consideration upon donor selection in the future

HLA-DRB3/4/5 Matching Improves Outcome of Unrelated Hematopoietic Stem Cell Transplantation

The HLA-DRB3/4/5 loci are closely linked to the HLA-DRB1 gene. Mismatches in these loci occur with a frequency of about 8%–12% in otherwise 10/10 HLA-matched transplant pairs. There is preliminary evidence that these disparities may associate with increased acute graft-versus-host disease (GvHD) rates. The aim of this study was to analyze a large cohort of German patients and their donors for HLA-DRB3/4/5 compatibility and to correlate the HLA-DRB3/4/5 matching status with the outcome of unrelated hematopoietic stem cell transplantation (uHSCT). To this end, 3,410 patients and their respective donors were HLA-DRB3/4/5 and HLA-DPB1 typed by amplicon-based nextgeneration sequencing (NGS). All patients included received their first allogeneic transplant for malignant hematologic diseases between 2000 and 2014. Mismatches in the antigen recognition domain (ARD) of HLA-DRB3/4/5 genes were correlated with clinical outcome. HLA-DRB3/4/5 incompatibility was seen in 12.5% (n = 296) and 17.8% (n = 185) of the 10/10 and 9/10 HLA-matched cases, respectively. HLA-DRB3/4/5 mismatches in the ARD associated with a worse overall survival (OS), as shown in univariate (5-year OS: 46.1% vs. 39.8%, log-rank p = 0.038) and multivariate analyses [hazard ratio (HR) 1.25, 95% CI 1.02–1.54, p = 0.034] in the otherwise 10/10 HLAmatched subgroup. The worse outcome was mainly driven by a significantly higher nonrelapse mortality (HR 1.35, 95% CI 1.05–1.73, p = 0.017). In the 9/10 HLA-matched cases, the effect was not statistically significant. Our study results suggest that mismatches within the ARD of HLA-DRB3/4/5 genes significantly impact the outcome of otherwise fully matched uHSCT and support their consideration upon donor selection in the future