The ERCC6 Gene and Age-Related Macular Degeneration

Background: Age-related macular degeneration (AMD) is the leading cause of irreversible visual loss in the developed countries and is caused by both environmental and genetic factors. A recent study (Tuo et al., PNAS) reported an association between AMD and a single nucleotide polymorphism (SNP) (rs3793784) in the ERCC6 (NM_000124) gene. The risk allele also increased ERCC6 expression. ERCC6 is involved in DNA repair and mutations in ERCC6 cause Cockayne syndrome (CS). Amongst others, photosensitivity and pigmentary retinopathy are hallmarks of CS. Methodology/Principal Findings: Separate and combined data from three large AMD case-control studies and a prospective population-based study (The Rotterdam Study) were used to analyse the genetic association between ERCC6 and AMD (2682 AMD cases and 3152 controls). We also measured ERCC6 mRNA levels in retinal pigment epithelium (RPE) cells of healthy and early AMD affected human donor eyes. Rs3793784 conferred a small increase in risk for late AMD in the Dutch population (The Rotterdam and AMRO-NL study), but this was not replicated in two non-European studies (AREDS, Columbia University). In addition, the AMRO-NL study revealed no significant association for 9 other variants spanning ERCC6. Finally, we determined that ERCC6 expression in the human RPE did not depend on rs3793784 genotype, but, interestingly, on AMD status: Early AMD-affected donor eyes had a 50% lower ERCC6 expression than healthy donor eyes (P = 0.018). Conclusions/Significance: Our meta analysis of four Caucasian cohorts does not replicate the reported association between SNPs in ERCC6 and AMD. Nevertheless, our findings on ERCC6 expression in the RPE suggest that ERCC6 may be functionally involved in AMD. Combining our data with those of the literature, we hypothesize that the AMD-related reduced transcriptional activity of ERCC6 may be caused by diverse, small and heterogeneous genetic and/or environmental determinants

A new compliance checking level for nitrate in groundwater? Feasibility study on monitoring the upper five metres of groundwater.

Changing the compliance checking level for nitrate in groundwater in sandy regions from the upper metre to the upper five metres of groundwater has not proven to be to be expedient. The motivating factor for this change is the opportunity it would offer to comply with the objectives of the EU Nitrates Directive and the Water Framework Directive without unnecessary restriction of the total nitrogen application standards. This change in the compliance checking level lacked expediency because the current nitrate concentration in the upper five metres of groundwater in soils vulnerable to nitrate leaching failed to show a decrease. The nitrate concentrations decrease in depth in the upper five metres of groundwater in other soils. But the upper metre of groundwater also flows via run off and shallow subsurface flow (for example, via tile-drains) to surface waters, and transports nitrate and other nitrogen compounds. For this reason, water-quality objectives for surface waters have to be taken into consideration as well. For the other soils, nitrate concentrations decrease by 15 to 40% in the upper five metres of groundwater in moderately vulnerable sandy soils and 30 to 100% in slightly vulnerable sandy soils.Het verlagen van de toetsdiepte voor nitraat in het grondwater in zandgebieden van de bovenste meter van het grondwater naar de bovenste vijf meter, blijkt niet opportuun. Het verlagen van de toetsdiepte wordt gezien als mogelijkheid om aan de doelstellingen van de Nitraatrichtlijn en de Kaderrichtlijn Water te kunnen voldoen, zonder de landbouw onnodig scherpe gebruiksnormen op te leggen. Een verlaging is niet opportuun, omdat bij de nitraatuitspoelingsgevoelige ("droge") gronden, op basis van de beschikbare gegevens, geen afname van de nitraatconcentratie in de bovenste vijf meter van het grondwater kan worden aangetoond. Bij de overige gronden neemt de nitraatconcentratie wel af tussen een en vijf meter onder de grondwaterspiegel, maar is er meestal sprake van uit- en afspoeling van nitraat en andere stikstofverbindingen naar het oppervlaktewater. De kwaliteitsdoelstellingen voor het oppervlaktewater moeten daarom ook in beschouwing worden genomen. Voor de neutrale gronden (matige natte en matige droge gronden) bedraagt de afname van de nitraatconcentratie in de bovenste vijf meter van het grondwater 15 tot 40% en voor de natte gronden 30 tot 100%

Een nieuwe toetsdiepte voor nitraat in grondwater? Eindrapport van het onderzoek naar de mogelijkheden voor een toetsdieptemeetnet

Engelse vertaling van rapport 680100005Het verlagen van de toetsdiepte voor nitraat in het grondwater in zandgebieden van de bovenste meter van het grondwater naar de bovenste vijf meter, blijkt niet opportuun. Het verlagen van de toetsdiepte wordt gezien als mogelijkheid om aan de doelstellingen van de Nitraatrichtlijn en de Kaderrichtlijn Water te kunnen voldoen, zonder de landbouw onnodig scherpe gebruiksnormen op te leggen. Een verlaging is niet opportuun, omdat bij de nitraatuitspoelingsgevoelige ("droge") gronden, op basis van de beschikbare gegevens, geen afname van de nitraatconcentratie in de bovenste vijf meter van het grondwater kan worden aangetoond. Bij de overige gronden neemt de nitraatconcentratie wel af tussen een en vijf meter onder de grondwaterspiegel, maar is er meestal sprake van uit- en afspoeling van nitraat en andere stikstofverbindingen naar het oppervlaktewater. De kwaliteitsdoelstellingen voor het oppervlaktewater moeten daarom ook in beschouwing worden genomen. Voor de neutrale gronden (matige natte en matige droge gronden) bedraagt de afname van de nitraatconcentratie in de bovenste vijf meter van het grondwater 15 tot 40% en voor de natte gronden 30 tot 100%.Changing the compliance checking level for nitrate in groundwater in sand region from the upper metre to the upper five metres of groundwater has not proven to be to be expedient. The motivating factor for this change is the opportunity it would offer to comply with the objectives of the EU Nitrates Directive and the Water Framework Directive without unnecessary restriction of the total nitrogen application standards. This change in the compliance checking level lacked expediency because the current nitrate concentration in the upper five metres of groundwater in soils vulnerable to nitrate leaching failed to show a decrease. The nitrate concentrations decrease in depth in the upper five metres of groundwater in other soils. But the upper metre of groundwater also flows via run off and shallow subsurface flow (for example, via tile-drains) to surface waters, and transports nitrate and other nitrogen compounds. For this reason, water-quality objectives for surface waters have to be taken into consideration as well. For the other soils, nitrate concentrations decrease by 15 to 40% in the upper five metres of groundwater in moderately vulnerable sandy soils and 30 to 100% in slightly vulnerable sandy soils.VROM-BW

A new compliance checking level for nitrate in groundwater? Feasibility study on monitoring the upper five metres of groundwater.

In het engels verschenen met rapportnummer 680100006Het verlagen van de toetsdiepte voor nitraat in het grondwater in zandgebieden van de bovenste meter van het grondwater naar de bovenste vijf meter, blijkt niet opportuun. Het verlagen van de toetsdiepte wordt gezien als mogelijkheid om aan de doelstellingen van de Nitraatrichtlijn en de Kaderrichtlijn Water te kunnen voldoen, zonder de landbouw onnodig scherpe gebruiksnormen op te leggen. Een verlaging is niet opportuun, omdat bij de nitraatuitspoelingsgevoelige ("droge") gronden, op basis van de beschikbare gegevens, geen afname van de nitraatconcentratie in de bovenste vijf meter van het grondwater kan worden aangetoond. Bij de overige gronden neemt de nitraatconcentratie wel af tussen een en vijf meter onder de grondwaterspiegel, maar is er meestal sprake van uit- en afspoeling van nitraat en andere stikstofverbindingen naar het oppervlaktewater. De kwaliteitsdoelstellingen voor het oppervlaktewater moeten daarom ook in beschouwing worden genomen. Voor de neutrale gronden (matige natte en matige droge gronden) bedraagt de afname van de nitraatconcentratie in de bovenste vijf meter van het grondwater 15 tot 40% en voor de natte gronden 30 tot 100%.Changing the compliance checking level for nitrate in groundwater in sandy regions from the upper metre to the upper five metres of groundwater has not proven to be to be expedient. The motivating factor for this change is the opportunity it would offer to comply with the objectives of the EU Nitrates Directive and the Water Framework Directive without unnecessary restriction of the total nitrogen application standards. This change in the compliance checking level lacked expediency because the current nitrate concentration in the upper five metres of groundwater in soils vulnerable to nitrate leaching failed to show a decrease. The nitrate concentrations decrease in depth in the upper five metres of groundwater in other soils. But the upper metre of groundwater also flows via run off and shallow subsurface flow (for example, via tile-drains) to surface waters, and transports nitrate and other nitrogen compounds. For this reason, water-quality objectives for surface waters have to be taken into consideration as well. For the other soils, nitrate concentrations decrease by 15 to 40% in the upper five metres of groundwater in moderately vulnerable sandy soils and 30 to 100% in slightly vulnerable sandy soils.VROM-BWLLNV-D

Genome-wide association meta-analysis highlights light-induced signaling as a driver for refractive error.

Refractive errors, including myopia, are the most frequent eye disorders worldwide and an increasingly common cause of blindness. This genome-wide association meta-analysis in 160,420 participants and replication in 95,505 participants increased the number of established independent signals from 37 to 161 and showed high genetic correlation between Europeans and Asians (>0.78). Expression experiments and comprehensive in silico analyses identified retinal cell physiology and light processing as prominent mechanisms, and also identified functional contributions to refractive-error development in all cell types of the neurosensory retina, retinal pigment epithelium, vascular endothelium and extracellular matrix. Newly identified genes implicate novel mechanisms such as rod-and-cone bipolar synaptic neurotransmission, anterior-segment morphology and angiogenesis. Thirty-one loci resided in or near regions transcribing small RNAs, thus suggesting a role for post-transcriptional regulation. Our results support the notion that refractive errors are caused by a light-dependent retina-to-sclera signaling cascade and delineate potential pathobiological molecular drivers