Survival and biomarker analyses from the OpACIN-neo and OpACIN neoadjuvant immunotherapy trials in stage III melanoma

Neoadjuvant ipilimumab plus nivolumab showed high pathologic response rates (pRRs) in patients with macroscopic stage III melanoma in the phase 1b OpACIN () and phase 2 OpACIN-neo () studies(1,2). While the results are promising, data on the durability of these pathologic responses and baseline biomarkers for response and survival were lacking. After a median follow-up of 4 years, none of the patients with a pathologic response (n = 7/9 patients) in the OpACIN study had relapsed. In OpACIN-neo (n = 86), the 2-year estimated relapse-free survival was 84% for all patients, 97% for patients achieving a pathologic response and 36% for nonresponders (P < 0.001). High tumor mutational burden (TMB) and high interferon-gamma-related gene expression signature score (IFN-gamma score) were associated with pathologic response and low risk of relapse; pRR was 100% in patients with high IFN-gamma score/high TMB; patients with high IFN-gamma score/low TMB or low IFN-gamma score/high TMB had pRRs of 91% and 88%; while patients with low IFN-gamma score/low TMB had a pRR of only 39%. These data demonstrate long-term benefit in patients with a pathologic response and show the predictive potential of TMB and IFN-gamma score. Our findings provide a strong rationale for a randomized phase 3 study comparing neoadjuvant ipilimumab plus nivolumab versus standard adjuvant therapy with antibodies against the programmed cell death protein-1 (anti-PD-1) in macroscopic stage III melanoma

Verkenning archeologische randvoorwaarden ontwikkelingsplan 'Ruimte voor het Hart', centrum Den Burg (gemeente Texel)

Met lit. op

Regulation of the retinoblastoma protein-related p107 by G1 cyclin complexes

The orderly progression through the cell cycle is mediated by the sequential activation of several cyclin/cyclin-dependent kinase (cdk) complexes. These kinases phosphorylate a number of cellular substrates, among which is the product of the retinoblastoma gene, pRb. Phosphorylation of pRb in late G1 causes the release of the transcription factor E2F from pRb, resulting in the transcriptional activation of E2F-responsive genes. We show here that phosphorylation of the pRb-related p107 is also cell cycle regulated. p107 is first phosphorylated at 8 hr following serum stimulation of quiescent fibroblasts, which coincides with an increase in cyclin D1 protein levels. Consistent with this, we show that a cyclin D1/cdk4 complex, but not a cyclin E/cdk2 complex, can phosphorylate p107 in vivo. Furthermore, phosphorylation of p107 can be abolished by the overexpression of a dominant-negative form of cdk4. Phosphorylation of p107 results in the loss of the ability to associate with E2F-4, a transcription factor with growth-promoting and oncogenic activity. A p107-induced cell cycle block can be released by cyclin D1/cdk4 but not by cyclin E/cdk2. These data indicate that the activity of p107 is regulated by phosphorylation through D-type cyclins

Regulation of the retinoblastoma protein-related p107 by G1 cyclin complexes

The orderly progression through the cell cycle is mediated by the sequential activation of several cyclin/cyclin-dependent kinase (cdk) complexes. These kinases phosphorylate a number of cellular substrates, among which is the product of the retinoblastoma gene, pRb. Phosphorylation of pRb in late G1 causes the release of the transcription factor E2F from pRb, resulting in the transcriptional activation of E2F-responsive genes. We show here that phosphorylation of the pRb-related p107 is also cell cycle regulated. p107 is first phosphorylated at 8 hr following serum stimulation of quiescent fibroblasts, which coincides with an increase in cyclin D1 protein levels. Consistent with this, we show that a cyclin D1/cdk4 complex, but not a cyclin E/cdk2 complex, can phosphorylate p107 in vivo. Furthermore, phosphorylation of p107 can be abolished by the overexpression of a dominant-negative form of cdk4. Phosphorylation of p107 results in the loss of the ability to associate with E2F-4, a transcription factor with growth-promoting and oncogenic activity. A p107-induced cell cycle block can be released by cyclin D1/cdk4 but not by cyclin E/cdk2. These data indicate that the activity of p107 is regulated by phosphorylation through D-type cyclins

Degradation of E2F by the ubiquitin-proteasome pathway: regulation by retinoblastoma family proteins and adenovirus transforming proteins

E2F transcription factors are key regulators of transcription during the cell cycle. E2F activity is regulated at the level of transcription and DNA binding and by complex formation with the retinoblastoma pocket protein family. We show here that free E2F-1 and E2F-4 transcription factors are unstable and that their degradation is mediated by the ubiquitin-proteasome pathway. Both E2F-1 and E2F-4 are rendered unstable by an epitope in the carboxyl terminus of the proteins, in close proximity to their pocket protein interaction surface. We show that binding of E2F-1 to pRb or E2F-4 to p107 or p130 protects E2Fs from degradation, causing the complexes to be stable. The increased stability of E2F-4 pocket protein complexes may contribute to the maintenance of active transcriptional repression in quiescent cells. Surprisingly, adenovirus transforming proteins, which release pocket protein-E2F complexes, also inhibit breakdown of free E2F. These data reveal an additional level of regulation of E2F transcription factors by targeted proteolysis, which is inhibited by pocket protein binding and adenovirus early region 1 transforming proteins

E2F-4, a new member of the E2F gene family, has oncogenic activity and associates with p107 in vivo

The E2F family of transcription factors controls the expression of genes that are involved in cell cycle regulation. E2F DNA-binding activity is found in complex with the retinoblastoma protein, pRb, and with the pRb-related p107 and p130. To date, cDNAs for three members of the E2F gene family have been isolated. However, all three E2Fs associate in vivo exclusively with pRb. We report here the cloning and functional analysis of a fourth E2F family member. E2F-4 encodes a 413- amino-acid protein with significant homology to E2F-1. E2F-4 antibodies recognize a 60-kD protein in anti-p107 immunoprecipitates, indicating that E2F-4 associates with p107 in vivo. Like the other E2Fs, E2F-4 requires DP-1 for efficient DNA binding and transcriptional activation of E2F site-containing promoters. Increased expression of E2F-4 and DP- 1 in SaoS-2 osteosarcoma cells causes a shift from G1-phase cells to S and G2/M-phase cells, suggesting a role for E2F-4 in regulation of cell- cycle progression. We show that expression of E2F-4 and DP-1 together with an activated ras oncogene in rat embryo fibroblasts, causes transformation, indicating that E2F-4 has oncogenic activity

Distinct mechanisms of nuclear accumulation regulate the functional consequence of E2F transcription factors

Transcription factor E2F plays an important role in coordinating and integrating early cell cycle progression with the transcription apparatus. It is known that physiological E2F arises when a member of two families of proteins, E2F and DP, interact as E2F/DP heterodimers and that transcriptional activity is regulated through the physical association of pocket proteins such as pRb. However, little information is available regarding the mechanisms which control the levels of functional E2F. In this study, we have characterised one such mechanism which regulates the nuclear accumulation and activity of E2F. Specifically, we show that E2F proteins fall into two distinct categories according to their ability to accumulate in nuclei, one being exemplified by E2F-1 and the other by E2F-4 and -5. Thus, E2F-1 possesses an intrinsic nuclear localization signal whereas E2F-4 and -5 are devoid of such a signal. Furthermore, we find for E2F-4 and -5 that two distinct processes govern their nuclear accumulation whereby the nuclear localization signal is supplied in trans from either a DP heterodimer partner or a physically associated pocket protein. It is consistent with the role of pocket proteins in regulating nuclear accumulation that we find E2F-5 to be nuclear during early cell cycle progression with an increased cytoplasmic concentration in cycling cells. Our data show that the mechanism of nuclear accumulation determines the functional consequence of E2F on cell cycle progression: pocket protein-mediated accumulation impedes cell cycle progression, whereas DP-regulated nuclear accumulation promotes cell cycle progression. Moreover, the inactivation of pocket proteins by the adenovirus Ela protein, and subsequent release of E2F, failed to displace nuclear E2F. Our study identifies a new level of regulation in the control of E2F activity exerted at the level of nuclear accumulation where subunit composition and interaction with pocket proteins dictates the functional consequence on cell cycle progression

Vestigia V492

In opdracht van de gemeente Texel heeft Vestigia Archeologie & cultuurhistorie een archeologisch vooronderzoek uitgevoerd in het centrum van Den Burg (afbeelding 4, rode contour). Het onderzoek omvat een Bureauonderzoek (BO) en een Inventariserend Veldonderzoek (IVO). De gemeente Texel heeft, in een interactief proces, voor het centrum van Den Burg een ontwikkelingsvisie opgesteld, ‘Ruimte voor het Hart’ genaamd. Het plangebied omvat onder andere de Groeneplaats, Vismarkt en het Park (voormalige Wezentuin). Dit zijn de grootste onbebouwde ruimten in het centrum van Den Burg. In de ontwikkelingsvisie zijn een aantal ontwikkelingsmodellen uitgewerkt. Het voorkeursmodel behelst onder andere de bouw van patiowoningen (aan de Burgwal), appartementen (Parkstraat), centrumfuncties (Groeneplaats en Parkstraat), herinrichting van de open ruimten (Groeneplaats en het Park) en het aanpassen van het profiel van de Parkstraat. Gaafheid Het bureauonderzoek naar de fysieke gaafheid met betrekking tot het centrum van Den Burg en in het bijzonder het plangebied ‘Ruimte voor het Hart’ heeft het volgende opgeleverd. Op basis van 34 indexpunten, die zijn gedestilleerd uit het archeologische onderzoek in de afgelopen decennia, is een eerste indruk ontstaan van de opbouw van het centrumgebied. In de opbouw kunnen grofweg vier lagen worden onderscheiden. De eerste, bovenste laag betreft de recent verstoorde toplaag die in dikte varieert van 0,4 tot 2,00 m. Tussen de toplaag en de bodemkant van de diepst gelegen laag 4 (dekzand met bewoningssporen uit de prehistorie en later), liggen laag 2 en 3 die respectievelijk ophogingslagen en sporen bevatten uit de Late Middeleeuwen en de Vroege Middeleeuwen. Tot laag 2 hoort specifiek de laat-middeleeuwse omgrachting uit 1346. Tot laag 3 behoort specifiek de vroeg-middeleeuwse ringwal, die grotendeels binnen de omgrachting van 1346 is gelegen. Door de wisselende dikte van laag 2 en van laag 3 is het niet goed mogelijk een dikte voor beide lagen aan te geven. Beide pakketten zijn tezamen zo’n 1 tot 1,5 m dik. Het bodemarchief in het Park Het inventariserend veldonderzoek in het Park heeft aangetoond dat het bodemarchief ter plaatse in goede conditie is. Het verloop van de vroegmiddeleeuwse grachten is echter anders dan op basis van Woltering (2002) wordt verondersteld. Bovendien blijkt centraal over het burgterrein een gracht te hebben gelopen, waardoor de suggestie wordt gewekt dat het burgterrein in de Vroege Middeleeuwen op een bepaald moment uit twee omgrachte delen bestond, het terrein rond de kerk uit ca. 860, en het bijbehorende (?) hof ten zuiden daarvan. Op dit moment is het niet goed mogelijk een eenduidige conclusie te trekken over het verloop van de grachten. Een beter te interpreteren beeld kan alleen na voorgezet systematisch booronderzoek worden verkregen. Aantasting De aantasting van de gaafheid van het projectgebied is door middel van een bureauonderzoek en een beperkt inventariserend veldonderzoek verkend. De aantasting bestaat voornamelijk uit opgravingsputten en de fundering en onderkeldering van enkele subrecente gebouwen. Door de meestal gering funderingsdiepte van de voormalige bebouwing kan worden gesteld dat het bodemarchief op bijna alle plaatsen nog in de ondergrond aanwezig is. Beleidsruimte Kort samengevat is de beleidsruimte als volgt: - 1. Bij herontwikkeling van de locatie Gemeentehuis (+ een zone van 2 m rondom) hoeft geen archeologisch onderzoek plaats te vinden, waarbij er vanuit gegaan wordt dat de ‘koppen’ (zie bijlage 1) die mogelijk buiten de huidige onderkeldering van het gemeentehuis uitsteken (bijlage 1) niet worden onderkelderd of onderheid; - 2. Er zijn - onder voorwaarden – twee plaatsen aan te wijzen waar toeritten gerealiseerd kunnen worden met zo min mogelijke schade voor het bodemarchief; - 3. Kleinschalige woningbouw op een grotendeels zelfdragende fundering aan de oostzijde van het Park, langs de Burgwal, is historisch gezien goed verdedigbaar. In combinatie met een op de archeologie geïnspireerde herinrichting van het Park ontstaan kansen voor een cultuurhistorisch verantwoord plan. - 4. Voor planontwikkeling dieper dan 50 cm beneden maaiveld ter plaatse van de doorsteek tussen de Warmoesstraat en de Groeneplaats, op de Groeneplaats zelf en op de Vismarkt en langs de noordzijde van de Zwaanstraat (alle locaties gelegen buiten het monument), kan de gemeente zelf groen licht geven na (proportioneel, relatief eenvoudig) archeologisch onderzoek. Aan planontwikkeling ondieper dan 50 cm zijn geen voorwaarden verbonden. - 5. Ook voor eventuele planontwikkeling dieper dan 50 cm beneden maaiveld langs de noordzijde van de Parkstraat, voor zover gelegen buiten het monument, kan de gemeente zelf groen licht geven na (proportioneel) archeologisch onderzoek. Ook hier gelden geen voorwaarden bij planontwikkeling ondieper dan 50 cm

Two E2F Sites Control Growth-regulated and Cell Cycle-regulated Transcription of the Htf9-a/RanBP1 Gene through Functionally Distinct Mechanisms

The gene encoding Ran-binding protein 1 (RanBP1) is transcribed in a cell cycle-dependent manner. The RanBP1 promoter contains two binding sites for E2F factors, named E2F-c, located proximal to the transcription start, and E2F-b, falling in a more distal promoter region. We have now induced site-directed mutagenesis in both sites. We have found that the distal E2F-b site, together with a neighboring Sp1 element, actively controls up-regulation of transcription in S phase. The proximal E2F-c site plays no apparent role in cycling cells yet is required for transcriptional repression upon growth arrest. Protein binding studies suggest that each E2F site mediates specific interactions with individual E2F family members. In addition, transient expression assays with mutagenized promoter constructs indicate that the functional role of each site is also dependent on its position relative to other regulatory elements in the promoter context. Thus, the two E2F sites play opposite genetic functions and control RanBP1 transcription through distinct molecular mechanisms

The Deubiquitinating Enzyme USP1 Regulates the Fanconi Anemia Pathway

Protein ubiquitination and deubiquitination are dynamic processes implicated in the regulation of numerous cellular pathways. Monoubiquitination of the Fanconi anemia (FA) protein FANCD2 appears to be critical in the repair of DNA damage because many of the proteins that are mutated in FA are required for FANCD2 ubiquitination. By screening a gene family RNAi library, we identify the deubiquitinating enzyme USP1 as a novel component of the Fanconi anemia pathway. Inhibition of USP1 leads to hyperaccumulation of monoubiquitinated FANCD2. Furthermore, USP1 physically associates with FANCD2, and the proteins colocalize in chromatin after DNA damage. Finally, analysis of crosslinker-induced chromosomal aberrations in USP1 knockdown cells suggests a role in DNA repair. We propose that USP1 deubiquitinates FANCD2 when cells exit S phase or recommence cycling after a DNA damage insult and may play a critical role in the FA pathway by recycling FANCD2