Integrating sequence and array data to create an improved 1000 Genomes Project haplotype reference panel

A major use of the 1000 Genomes Project (1000GP) data is genotype imputation in genome-wide association studies (GWAS). Here we develop a method to estimate haplotypes from low-coverage sequencing data that can take advantage of single-nucleotide polymorphism (SNP) microarray genotypes on the same samples. First the SNP array data are phased to build a backbone (or 'scaffold') of haplotypes across each chromosome. We then phase the sequence data 'onto' this haplotype scaffold. This approach can take advantage of relatedness between sequenced and non-sequenced samples to improve accuracy. We use this method to create a new 1000GP haplotype reference set for use by the human genetic community. Using a set of validation genotypes at SNP and bi-allelic indels we show that these haplotypes have lower genotype discordance and improved imputation performance into downstream GWAS samples, especially at low-frequency variants. © 2014 Macmillan Publishers Limited. All rights reserved

Ribozymes: Analytical Solution of the One-substrate, Two-intermediate Reversible Scheme for Enzyme Reactions

The paper presents a kinetic analysis of a reversible enzymatic reaction S⇄P involving two intermediate compounds under the condition [E]0 ≫ [S]0 + [P]0. For the case of mono-exponential behavior, we derive an equation for kobs as a function of [E]0, which emphasizes the pitfalls of oversimplifying kinetic schemes (such as the Michaelis-Menten model) for ribozyme studies. This novel apparent rate constant, which has been arrived at through mechanistic considerations, is analyzed, and the characteristic parameters obtained. The equation, which seems to fit experimental data better than conventional approximations, is used to analyze a single turnover study on an ADC1 ribozyme drawn from hepatitis delta virus RNA. The microscopic kinetic constants for such enzyme are evaluated and its mono-exponential behavior verified

Micorrização e adubação de mudas micropropagadas de antúrio, cv. Eidibel: crescimento e aclimatização ex vitro

Para a formação de mudas, plântulas micropropagadas de antúrio são submetidas a uma das etapas mais críticas na cultura de tecidos de plantas que é da transferência in vitro para ex vitro. O emprego de fungos micorrízicos arbusculares (FMA) que possam promover maior crescimento e sobrevivência da plântula micropropagada pode ser promissor e viável para plantas produzidas em ambiente protegido. O objetivo foi monitorar as respostas fisiológicas das plântulas de antúrio cv. Eidibel sob influência de adubação N:P:K e/ou inoculação de Glomus intraradices. Em uma primeira fase, as plântulas in vitro foram transferidas para bandejas de polipropileno, contendo um substrato a base de casca de Pinus, realizando-se os tratamentos: controle, adubação (Osmocote 15:10:10), inoculação de FMA e adubação, e somente inoculação. As plântulas permaneceram durante 100 dias, quando foram transplantadas para vaso de 1 L, contendo o mesmo substrato. As plântulas do controle foram divididas nos tratamentos: controle/controle, controle/adubação, controle/adubação e inoculação e controle/inoculação, enquanto as plântulas dos demais tratamentos da primeira fase permaneceram da mesma forma. Nesta fase, permaneceram por 450 dias, determinando-se: matéria seca da parte aérea, da raiz, da folha e total, área foliar, relação parte aérea/raiz, relação matéria seca/matéria fresca total e colonização micorrízica. A micorrização das plântulas micropropagadas de antúrio, tanto na fase de aclimatização quanto de obtenção de mudas, não atingiu o mesmo efeito positivo da adubação N:P:K na promoção do crescimento