Développement de la mobilité ionique pour la détection des sites de sumoylation des protéines

L’utilisation de High-Field Assymetric Waveform Ion Mobility (FAIMS) résulte en une diminution significative du bruit de fond en LC-MS. Grâce au fractionnement effectué, il est possible d’identifier des peptides de faible abondance par LCMS/ MS. La performance de FAIMS a été testée en comparant des analyses de digestats trypsiques de lysat de cellules HEK293 avec et sans FAIMS par LCMS/ MS. 8260 peptides ont été identifiés (1165 protéines) avec FAIMS et seulement 4820 peptides (734 protéines) sans FAIMS. Quand un nombre représentatif de peptides synthétiques SUMO ont été ajoutés dans un digestat de HEK293, les analyses nano-LC MS ont montré une limite de détection 18 fois plus faible lorsque FAIMS y est couplé. Finalement, la sumoylation est une des premières réponses cellulaires au stress thermique. Donc pour augmenter la concentration de protéines sumoylées, nous avons effectué un choc thermique (43°C) sur des cellules HEK293 exprimant SUMO3 mutante. Un enrichissement de SUMOIylation dans la fraction nucléaire a été observé après 60 min par immunobuvardage. Une analyse LC-FAIMS-MS/MS a donné une augmentation de 2 fois du nombre de peptides SUMOylés identifiés après choc thermique.SUMOylation is a post-translational modification of proteins that is involved in different cellular processes including mitosis, DNA replication and transcription. However its detection by liquid chromatography coupled to mass spectrometry (LC-MS) can be challenging due to its low abundance and dynamic regulation. High Field Asymmetric Waveform Ion Mobility Spectrometry (FAIMS) helps in eliminating background ions which allows to improve the limit of detection. FAIMS separation is based on the differential mobility of ions between low to high electric field. In a preliminary experiment performed on a tryptic digest of HEK293 proteins, we identified 8260 peptides (1165 proteins) with FAIMS compared to 4820 peptides (734 proteins) without FAIMS. The limit of detection was 12 fmol with FAIMS for synthetic SUMO peptides spiked in a complex tryptic digest and 183 fmol without FAIMS. A LC-MS analysis with FAIMS of a mutant SUMO3 HEK293 cell line resulted in a 3-fold increase in the identification of SUMO peptides

Entwicklung eines quantitativen CE Verfahrens zur Bestimmung von Zuckern, die zur Abschätzung der intestinalen Permeabilität von Patienten verwendet werden

Es soll ein quantitatives Kapillarelektrophorese- (CE) Verfahren zur simultanen Bestimmung von 3 nicht metabolisierenden Zuckern, die zur Abschätzung der intestinalen Permeabilität von Patienten verwendet werden, aus Urin entwickeltwerden. Dabei soll der Probenvorbereitungsaufwand so gering wie möglich gehalten warden und ein LOD von 6*10-6 M für Rhamnose und Xylose und von 3*10-6 M für Laktulose in Urin erreicht werden

Development of an analytical method usefull for the quantification of L-Glu & GlutaMAX during fermentation

The objectives of this work are to establish time and cost-efficient methods for the quantification of L-Glutamine and GlutamaxTM in different mediums containing serums. These methods have to be easy to perform and based on a purpose of daily basis analysis of mammalian cells cultures

Analyse des composés phénoliques dans les vins et dans les extraits de rafle par HPLC-DAD-MS

L’objectif du projet est d’établir une méthode analytique permettant de quantifier par DAD- FLD et potentiellement MS une partie des flavanols et des proanthocyanidines de type B et C présent dans les extraits de rafles et les vins

Estimation of protein concentration at high sensitivity using SDS-capillary gel electrophoresis-laser induced fluorescence detection with 3-(2-furoyl)quinoline-2-carboxaldehyde protein labeling

3-(2-furoyl)quinoline-2-carboxaldehyde (FQ) is a sensitive fluorogenic dye, used for derivatization of proteins for SDS-CGE with LIF detection (SDS-CGE-LIF) at silver staining sensitivity (ng/mL). FQ labels proteins at primary amines, found at lysines and N-termini, which vary in number and accessibility for different proteins. This work investigates the accuracy of estimation of protein concentration with SDS-CGE-LIF in real biological samples, where a different protein must be used as a standard. Sixteen purified proteins varying in molecular weight, structure, and sequence were labeled with FQ at constant mass concentration applying a commonly used procedure for SDS-CGE-LIF. The fluorescence of these proteins was measured using a spectrofluorometer and found to vary with a RSD of 36%. This compares favorably with other less sensitive methods for estimation of protein concentration such as SDS-CGE-UV and SDS-PAGE-Coomassie and is vastly superior to the equivalently sensitive silver stain. Investigation into the number of labels bound with UHPLC-ESI-QTOF-MS revealed large variations in the labeling efficiency (percentage of labels to the number of labeling sites given by the sequence) for different proteins (from 3 to 30%). This explains the observation that fluorescence per mole of protein was not proportional to the number of lysines in the sequence