Τα ανοιχτά δεδομένα ως αποτελεσματικός θεσμός της λειτουργίας της Δημόσιας Διοίκησης

Εθνικό Μετσόβιο Πολυτεχνείο--Μεταπτυχιακή Εργασία. Διεπιστημονικό-Διατμηματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Δ.Π.Μ.Σ.) “Εφαρμοσμένες Μαθηματικές Επιστήμες

The cys-loop ligand-gated ion channel gene superfamily of the nematode, Caenorhabditis elegans

The nematode, Caenorhabditis elegans, possesses the most extensive known superfamily of cys-loop ligand-gated ion channels (cys-loop LGICs) consisting of 102 subunit-encoding genes. Less than half of these genes have been functionally characterised which include cation-permeable channels gated by acetylcholine (ACh) and γ-aminobutyric acid (GABA) as well as anion-selective channels gated by ACh, GABA, glutamate and serotonin. Following the guidelines set for genetic nomenclature for C. elegans, we have designated unnamed subunits as lgc genes (ligand-gated ion channels of the cys-loop superfamily). Phylogenetic analysis shows that several of these lgc subunits form distinct groups which may represent novel cys-loop LGIC subtypes

Genetic Modifier Screens Reveal New Components that Interact with the Drosophila Dystroglycan-Dystrophin Complex

The Dystroglycan-Dystrophin (Dg-Dys) complex has a capacity to transmit information from the extracellular matrix to the cytoskeleton inside the cell. It is proposed that this interaction is under tight regulation; however the signaling/regulatory components of Dg-Dys complex remain elusive. Understanding the regulation of the complex is critical since defects in this complex cause muscular dystrophy in humans. To reveal new regulators of the Dg-Dys complex, we used a model organism Drosophila melanogaster and performed genetic interaction screens to identify modifiers of Dg and Dys mutants in Drosophila wing veins. These mutant screens revealed that the Dg-Dys complex interacts with genes involved in muscle function and components of Notch, TGF-β and EGFR signaling pathways. In addition, components of pathways that are required for cellular and/or axonal migration through cytoskeletal regulation, such as Semaphorin-Plexin, Frazzled-Netrin and Slit-Robo pathways show interactions with Dys and/or Dg. These data suggest that the Dg-Dys complex and the other pathways regulating extracellular information transfer to the cytoskeletal dynamics are more intercalated than previously thought

Upregulation of α7 Nicotinic Receptors by Acetylcholinesterase C-Terminal Peptides

BACKGROUND: The alpha-7 nicotinic acetylcholine receptor (alpha7-nAChR) is well known as a potent calcium ionophore that, in the brain, has been implicated in excitotoxicity and hence in the underlying mechanisms of neurodegenerative disorders such as Alzheimer's disease. Previous research implied that the activity of this receptor may be modified by exposure to a peptide fragment derived from the C-terminal region of the enzyme acetylcholinesterase. This investigation was undertaken to determine if the functional changes observed could be attributed to peptide binding interaction with the alpha7-nAChR, or peptide modulation of receptor expression. METHODOLOGY/PRINCIPAL FINDINGS: This study provides evidence that two peptides derived from the C-terminus of acetylcholinesterase, not only selectively displace specific bungarotoxin binding at the alpha7-nAChR, but also alter receptor binding properties for its familiar ligands, including the alternative endogenous agonist choline. Of more long-term significance, these peptides also induce upregulation of alpha7-nAChR mRNA and protein expression, as well as enhancing receptor trafficking to the plasma membrane. CONCLUSIONS/SIGNIFICANCE: The results reported here demonstrate a hitherto unknown relationship between the alpha7-nAChR and the non-enzymatic functions of acetylcholinesterase, mediated independently by its C-terminal domain. Such an interaction may prove valuable as a pharmacological tool, prompting new approaches for understanding, and combating, the process of neurodegeneration

Upregulation of α7 Nicotinic Receptors by Acetylcholinesterase C-Terminal Peptides

BACKGROUND: The alpha-7 nicotinic acetylcholine receptor (alpha7-nAChR) is well known as a potent calcium ionophore that, in the brain, has been implicated in excitotoxicity and hence in the underlying mechanisms of neurodegenerative disorders such as Alzheimer's disease. Previous research implied that the activity of this receptor may be modified by exposure to a peptide fragment derived from the C-terminal region of the enzyme acetylcholinesterase. This investigation was undertaken to determine if the functional changes observed could be attributed to peptide binding interaction with the alpha7-nAChR, or peptide modulation of receptor expression. METHODOLOGY/PRINCIPAL FINDINGS: This study provides evidence that two peptides derived from the C-terminus of acetylcholinesterase, not only selectively displace specific bungarotoxin binding at the alpha7-nAChR, but also alter receptor binding properties for its familiar ligands, including the alternative endogenous agonist choline. Of more long-term significance, these peptides also induce upregulation of alpha7-nAChR mRNA and protein expression, as well as enhancing receptor trafficking to the plasma membrane. CONCLUSIONS/SIGNIFICANCE: The results reported here demonstrate a hitherto unknown relationship between the alpha7-nAChR and the non-enzymatic functions of acetylcholinesterase, mediated independently by its C-terminal domain. Such an interaction may prove valuable as a pharmacological tool, prompting new approaches for understanding, and combating, the process of neurodegeneration

Molecular and cellular mechanisms of aCaMKII

EThOS - Electronic Theses Online ServiceGBUnited Kingdo

A lexicological and typological approach of Greek psych verbs

In my dissertation I attempt to give a lexicological and typological analysis of Greek psychological verbs (also known as psych verbs), that is verbs denoting emotion. I focus my attention on verbs whose first and literal meaning in their lexical entry in the dictionary refers to an emotion or a psychological state. I extract all these verbs from the Greek dictionaries and define their basic characteristics, as these are recorded in the previous literature concerning psych verbs in Greek and cross linguistically and as they arise from the observation of Modern Greek data. My examination of Greek psychological verbs is empirically based and is realized from various perspectives and in particular, from a typological, morphological, semantic and syntactic point of view. More specifically, in the first chapter the topic of the dissertation, the research questions, the aims of the study and the general theoretical background are given and there is also information about the structure of the dissertation and the methodology of the research. In chapter 2, I start by giving an introduction of the meaning of emotion and the typology of emotions and I continue by focusing on the study of the vocabulary of emotions and, especially, of psych verbs. Also, I define psych verbs, I present some classifications that have been proposed for psych verbs in Modern Greek and in other languages and then I focus on Greek psych verbs. After that, I discuss the peculiarities that these verbs present in Greek as far as the syntactic realization of their arguments is concerned in the context of Generative Grammar and I attempt a full theoretical review of psych verbs. In chapter 3, I collect all the morphological, semantic and syntactic characteristics of psych verbs from the observation of the Greek data and from the theoretical background and describe them in detail. These characteristics constitute the parameters which are examined in the corpus with relation to psych verbs. For each parameter the following are mentioned: a) its type (qualitative or quantitative), b) its categories, if it has any, c) the theoretical study/ studies in which it is introduced or discussed and d) the purpose of its examination in the corpus. In chapter 4, I present in detail the methodology of my research. Initially, I describe the process of collecting all of the Greek psych verbs from the printed or online dictionaries of Modern Greek that I use for the purposes of this dissertation. Next, I present the methodological tool that I use in order to examine psych verbs empirically, which is the corpus available by the Sketch Engine software. After that, I describe the process of collecting the data from the corpus for each of the parameters defined in chapter 3. Finally, I present the process of performing the statistical analysis of the data collected from the corpus .In the fifth and last chapter of this dissertation, I present in detail the results that arise from the observation and statistical analysis of the data collected from elTenTen14 for all the parameters concerning psych verbs. My aim in this chapter is to give a full description of how psych verbs behave syntactically, morphologically and semantically in the corpus. Moreover, I present the results of the statistical analysis of the data that have to do with the choice of syntactic structure in psych verbs and the choice of a particular reading in each syntactic structure. My aim here is to collect the specific characteristics of psych verbs that have to do with each of the two syntactic structures that these verbs form and the particular characteristics for each of the three readings that each psych structure can have. In this chapter I attempt to describe a) how psych verbs are used in the corpus, b) which are the specific characteristics of each psych syntactic structure and each reading a psych structure can have and c) how we can relate the results from the analysis of the data from elTenTen14 with the theoretical analyses for psych verbs. In this research, my main goal has been to give a complete, to the extent that this is possible, record and description of psych verbs in Modern Greek, aiming at contributing to the general discussion about the vocabulary of emotions and, especially, about Greek psych verbs.Στη διδακτορική μου διατριβή επιχειρώ μια λεξικολογική και τυπολογική προσέγγιση των ρημάτων ψυχικού πάθους της Νέας Ελληνικής, δηλαδή των ρημάτων που δηλώνουν συναίσθημα. Ασχολούμαι με τα ρήματα που φέρουν το ψυχικό πάθος ως πρωτεύουσα και κυριολεκτική σημασία με βάση τον ορισμό τους στα λεξικά της Νέας Ελληνικής. Καταγράφω αυτά τα ρήματα και προσδιορίζω τα κυριότερα χαρακτηριστικά γνωρίσματά τους, έτσι όπως προκύπτουν από την προηγούμενη βιβλιογραφία αλλά και από την παρατήρηση των δεδομένων της Νέας Ελληνικής για τις δομές που τα ρήματα αυτά σχηματίζουν. Εξετάζω αυτά τα ρήματα σε εμπειρικό επίπεδο από διάφορες οπτικές ανάλυσης και συγκεκριμένα, από τυπολογική, μορφολογική, σημασιολογική και συντακτική σκοπιά. Αναλυτικότερα, στο πρώτο κεφάλαιο παρατίθενται το θέμα της διατριβής, τα ερευνητικά ερωτήματα, οι στόχοι της διατριβής, το γενικό θεωρητικό υπόβαθρο και περιέχονται πληροφορίες για τη διάρθρωση της διατριβής και τη μεθοδολογία που ακολουθώ. Στο δεύτερο κεφάλαιο ξεκινώ κάνοντας μια εισαγωγή στην έννοια του συναισθήματος και στην τυπολογία των συναισθημάτων και συνεχίζω εστιάζοντας στη μελέτη του λεξιλογίου των συναισθημάτων και συγκεκριμένα των ρημάτων ψυχικού πάθους στη βιβλιογραφία. Πιο συγκεκριμένα, ορίζω τα ρήματα ψυχικού πάθους, παρουσιάζω ορισμένες ταξινομήσεις που έχουν προταθεί για τα ρήματα αυτά στη Νέα Ελληνική και σε άλλες γλώσσες, και στη συνέχεια, εστιάζω περισσότερο στα ρήματα ψυχικού πάθους της Νέας Ελληνικής. Συζητώ τις ιδιαιτερότητες που εμφανίζουν τα ρήματα αυτά αναφορικά με τη συντακτική πραγμάτωση των ορισμάτων τους στο πλαίσιο της Γενετικής Γραμματικής και πραγματοποιώ μια λεπτομερή βιβλιογραφική ανασκόπηση. Στο τρίτο κεφάλαιο συγκεντρώνω και περιγράφω αναλυτικά όλα τα μορφολογικά, σημασιολογικά και συντακτικά στοιχεία που χαρακτηρίζουν τα ρήματα ψυχικού πάθους που έχουν προκύψει από την παρατήρηση των δεδομένων της Νέας Ελληνικής και την ανασκόπηση των θεωρητικών μελετών που παρουσιάστηκαν στο κεφάλαιο 2. Τα στοιχεία αυτά θα αποτελέσουν τις παραμέτρους τις οποίες θα διερευνήσω για κάθε ρήμα μέσα στο σώμα κειμένων. Για κάθε παράμετρο αναφέρω τα εξής: α) το είδος της (ποιοτική ή ποσοτική), β) τις κατηγορίες που μπορεί να διαθέτει, αν διαθέτει κατηγορίες, γ) τις θεωρητικές έρευνες στις οποίες μνημονεύεται ή από τις οποίες προκύπτει και δ) τη σκοπιμότητα διερεύνησης της συγκεκριμένης παραμέτρου στην παρούσα διατριβή. Στο τέταρτο κεφάλαιο κάνω μια λεπτομερή και εμπεριστατωμένη παρουσίαση της μεθοδολογίας που ακολουθώ κατά τη διάρκεια της έρευνας. Αρχικά, παρουσιάζω τη μέθοδο συλλογής του γλωσσικού υλικού που αποτελεί αντικείμενο μελέτης της παρούσας διατριβής. Πιο συγκεκριμένα, περιγράφω τον τρόπο αποδελτίωσης των ρημάτων ψυχικού πάθους από τις έντυπες και ηλεκτρονικές λεξικογραφικές πηγές που έχω στη διάθεσή μου. Ακολούθως, ασχολούμαι με την περιγραφή των μεθοδολογικών μέσων που χρησιμοποιώ για να ελέγξω το γλωσσικό υλικό που έχω συλλέξει. Τα μέσα αυτά είναι τα σώματα κειμένων (corpora) και συγκεκριμένα ένα από τα σώματα κειμένων που διατίθενται από το λογισμικό Sketch Engine. Έπειτα, περιγράφω αναλυτικά την ερευνητική διαδικασία που ακολουθώ για να συλλέξω τα δεδομένα προς διερεύνηση. Πιο συγκεκριμένα, παρουσιάζω λεπτομερώς τον τρόπο αναζήτησης των παραμέτρων μέσα στα κείμενα του σώματος κειμένων με βάση τα μεθοδολογικά μέσα που έχω στη διάθεσή μου. Τέλος, παρουσιάζω τη μέθοδο στατιστικής ανάλυσης με βάση την οποία αναλύω τα δεδομένα που έχω συλλέξει από το σώμα κειμένων.Στο πέμπτο και τελευταίο κεφάλαιο παρουσιάζω αναλυτικά τα αποτελέσματα που προκύπτουν από την παρατήρηση και στατιστική ανάλυση των δεδομένων από το elTenTen14 για τις παραμέτρους που αφορούν τα ρήματα ψυχικού πάθους. Στόχος μου στο κεφάλαιο αυτό είναι να πραγματοποιήσω μια πλήρη περιγραφή της συντακτικής, μορφολογικής και σημασιολογικής συμπεριφοράς των ρημάτων ψυχικού πάθους στο σώμα κειμένων elTenTen14 του Sketch Engine. Επιπλέον, παρουσιάζω τα αποτελέσματα της στατιστικής ανάλυσης των δεδομένων που αφορούν την επιλογή συντακτικής δομής στα ρήματα ψυχικού πάθους και την επιλογή ερμηνείας σε κάθε συντακτική δομή. Στόχος μου είναι να συγκεντρώσω τα χαρακτηριστικά γνωρίσματα των ρημάτων ψυχικού πάθους που σχετίζονται με καθεμία από τις δύο συντακτικές δομές που μπορούν να σχηματίζουν αυτά τα ρήματα και καθεμία από τις τρείς ερμηνείες που συνδέονται με τις δομές ψυχικού πάθους. Σε αυτό το κεφάλαιο επιχειρώ να περιγράψω α) πώς χρησιμοποιούνται τα ρήματα ψυχικού πάθους στο σώμα κειμένων που αξιοποιώ σε αυτή τη διατριβή και πώς συμπεριφέρονται συντακτικά, μορφολογικά και σημασιολογικά, β) ποια είναι τα χαρακτηριστικά γνωρίσματα καθεμιάς από τις δύο βασικές συντακτικές δομές στις οποίες συμμετέχουν τα ρήματα ψυχικού πάθους και καθεμιάς από τις ερμηνείες που λαμβάνουν οι δομές αυτές, έτσι όπως προκύπτουν από τα δεδομένα του σώματος κειμένων και γ) πώς σχετίζονται τα αποτελέσματα από την αναζήτηση στο σώμα κειμένων με τα πορίσματα των θεωρητικών μελετών για τη συντακτική συμπεριφορά των ρημάτων αυτών και την ερμηνεία των δομών στις οποίες συμμετέχουν. Για ορισμένες παραμέτρους αξιοποιώ επικουρικά και ένα άλλο σώμα κειμένων της Νέας Ελληνικής, δηλαδή τον Εθνικό Θησαυρό της Ελληνικής Γλώσσας (ΕΘΕΓ) για λόγους πληρότητας.Απώτερος στόχος μου με την έρευνα αυτή υπήρξε να δώσω μια όσο το δυνατόν πληρέστερη καταγραφή και περιγραφή των ρημάτων ψυχικού πάθους στα ελληνικά, με σκοπό να συμβάλλω στη γενικότερη συζήτηση γύρω από το θέμα του λεξιλογίου των συναισθημάτων και ειδικότερα των ρημάτων ψυχικού πάθους της Νέας Ελληνικής

Fever-range hyperthermia vs. hypothermia effect on cancer cell viability, proliferation and HSP90 expression.

PURPOSE:The current study examines the effect of fever-range hyperthermia and mild hypothermia on human cancer cells focusing on cell viability, proliferation and HSP90 expression. MATERIALS AND METHODS:A549 and H1299 lung carcinoma, MCF7 breast adenocarcinoma, U87MG and T98G glioblastoma, DU145 and PC3 prostate carcinoma and MRC5 normal fetal lung fibroblasts cell lines were studied. After 3-day exposure to 34°C, 37°C and 40°C, cell viability was determined. Cell proliferation (ki67 index), apoptosis (Caspase 9) and HSP90 expression was studied by confocal microscopy. RESULTS:Viability/proliferation experiments demonstrated that MRC5 fibroblasts were extremely sensitive to hyperthermia, while they were the most resistant to hypothermia. T98G and A549 were thermo-tolerant, the remaining being thermo-sensitive to a varying degree. Nonetheless, as a universal effect, hypothermia reduced viability/proliferation in all cell lines. Hyperthermia sharply induced Caspase 9 in the U87MG most thermo-sensitive cell line. In T98G and A549 thermo-tolerant cell lines, the levels of Caspase 9 declined. Moreover, hyperthermia strongly induced the HSP90 levels in T98G, whilst a sharp decrease was recorded in the thermo-sensitive PC3 and U87MG cell lines. Hyperthermia sensitized thermo-sensitive cancer cell lines to cisplatin and temozolomide, whilst its sensitizing effect was diminished in thermo-tolerant cell lines. CONCLUSIONS:The existence of thermo-tolerant and thermo-sensitive cancer cell lines was confirmed, which further encourages research to classify human tumor thermic predilection for patient stratification in clinical trials. Of interest, mild hypothermia had a universal suppressing effect on cancer cell proliferation, further supporting the radio-sensitization hypothesis through reduction of oxygen and metabolic demands

Confocal immunofluorescent microscopy and western blot images of HSP90.

<p>4a: Representative confocal microcopy images showing cytoplasmic HSP90 expression changing intensity after exposure to hypothermia (34°C) or hyperthermia (40°C) compared to normothermia (37°C) (magnification x60). 4b,c: Densitometry performed on confocal microcopy images of HSP90 immunostaining. 4d: Western blot images of HSP90 expression in the thermo-tolerant T98G and the thermo-sensitive U87MG cell lines.</p