12 research outputs found

    Variabilidade genética de populações naturais de caroá por meio de marcadores RAPD

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    The objective of this work was to quantify the genetic variability within and among populations of caroá (Neoglaziovia variegata) using (RAPD) markers. One hundred eighty caroá genotypes from Guanambi, Juazeiro and Valente counties in the state of Bahia, Brazil, were analyzed. A high polymorphism was observed among the caroá populations. The genetic dissimilarities among all genotypes ranged from 0.08 to 0.95 with an average of 0.44. The molecular variance showed that 56% of the total variation was explained by the differences among individuals within locations. The differences among counties explained 17% of the total variation, while the differences among places within counties explained 26% of the variation.O objetivo deste trabalho foi quantificar a variabilidade genética entre e dentro de populações de caroá (Neoglaziovia variegata), por meio de marcadores "random amplified polymorphic DNA" (RAPD). Foram analisados 180 genótipos de caroá, provenientes dos municípios de Guanambi, Juazeiro e Valente, no Estado da Bahia. Foi observado elevado polimorfismo entre as populações de caroá. As dissimilaridades genéticas entre os genótipos variaram de 0,08 a 0,95, com média de 0,44. A variância molecular mostrou que 56% da variação total foi explicada pelas diferenças entre indivíduos dentro de locais. As diferenças entre municípios explicaram 17% da variação total, enquanto as diferenças entre locais dentro dos municípios explicaram 26% da variação

    Genetic integrated map and genome wide selection for resistance of the rust Coffea arabica L.

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    A obtenção de cultivares de cafeeiros resistentes e produtivos, assim como de informações detalhadas sobre o genoma dessa espécie, demanda uso de ferramentas de análise genética refinada. Por isso, a identificação de marcadores moleculares associados a genes de resistência à ferrugem em mapa genético de ligação tem sido estratégia proposta para incorporar a Seleção Assistida por Marcadores no melhoramento de Coffea arabica. Neste trabalho, foi caracterizada a herança da resistência do Híbrido de Timor UFV 443-03 às raças I e II e ao patótipo 001 de Hemileia vastatrix, assim como localizados em mapa genético de ligação parcial do cafeeiro os genes/QTLs identificados. O mapa genético construído foi integrado em outro mapa parcial pré-existente visando obter um mapa saturado, de referência para a espécie. Nesse mapa, composto por 191 marcadores, cobrindo 1.421,32 cM do genoma, foram identificados dois QTLs associados à raça II de H. vastatrix. Esses marcadores moleculares associados aos QTLs identificados podem ser utilizados para seleção de cafeeiros resistentes à ferrugem. Além dessa estratégia de melhoramento molecular, foi também proposta a seleção genômica com o objetivo de predizer a performance fenotípica dos indivíduos e identificar marcadores moleculares associados à característica de resistência à ferrugem. Neste estudo foram utilizados 245 indivíduos F2, resultantes do cruzamento da cv suscetível Catuaí Amarelo IAC 64 (UFV 2148-57) e da fonte de resistência Híbrido de Timor UFV 443-03, genotipados com 137 marcadores moleculares (74 AFLP, 58 SSR, 4 RAPD e 1 primer-específico). As estimativas dos parâmetros genéticos foram obtidas via BLASSO. A capacidade preditiva (CP) foi medida utilizando todos os indivíduos da população como população de treinamento e validação. Além disso, a população foi dividida aleatoriamente em 200 indivíduos para treinamento e 45 indivíduos para validação. No primeiro caso, a maior CP preditiva foi para o patótipo 001 (0,78) e, no segundo caso, para a raça I (0,49). Quando se utilizaram apenas os marcadores de maiores efeitos para cada isolado, a maior CP na população de validação foi para o patótipo 001 (0,49). Ainda foi possível observar que as herdabilidades estimadas por meio dos marcadores moleculares para a resistência aos três isolados foram inferiores às obtidas a partir de dados fenotípicos. Isso demonstra maior predição dos valores genômicos dos indivíduos na seleção genômica em comparação com a fenotípica. A maioria dos marcadores identificados associados aos QTLs no mapa genético de ligação foi também identificada pela GWS, confirmando a acurácia da metodologia utilizada. Além disso, a GWS permitiu predizer, com sucesso, os valores genômicos dos indivíduos.The obtaining of coffee cultivars resistant and productive, as well as detailed information about the genome of this species demand use of refined genetic analysis tools. Therefore, the identification of molecular markers linked to rust resistance genes in the genetic linkage map has been proposed a strategy to incorporate marker- assisted selection in the improvement of Coffea arabica. In this study, was characterized the resistance inheritance of the Híbrido de Timor UFV 443-03 to races I, II and pathotype 001 of Hemileia vastatrix as well as located in the partial genetic linkage map of coffee identified genes/QTLs. The integrated genetic map was constructed into other pre-existing partial map in order to obtain a saturated map reference for the species. In this map, composed of 191 markers, covering 1421.32 cM genome, QTL associated with race II were identified in H. vastatrix. These molecular markers associated with QTLs identified, could be used for selection of rust-resistant coffee. In addition to this molecular breeding strategy was also proposed to genomic selection in order to predict the phenotypic performance of individuals and to identify molecular markers associated with the trait of resistance to rust. In this study 245 F2 individuals, resulting from the crossing of the susceptible cv. Catuaí Amarelo IAC 64 (UFV 2148-57) and the resistance source of Híbrido de Timor UFV 443-03, genotyped with 137 molecular markers (74 AFLP, 58 SSR, 4 RAPD and 1 specific primer). Estimates of genetic parameters were obtained by BLASSO. The predictive capacity (CP) was measured using all individuals in the population as population training and validation. Moreover, the population was randomly divided into 200 individuals for training and 45 individuals for validation. In the first case, the CP was most predictive for the pathotype 001 (0.78), and in the second case for the race I (0.49). When using only the markers for each single greatest effect, the greater the CP validation population for the pathotype was 001 (0.49). Although it was observed that the estimated heritabilities through molecular markers for resistance to three isolates were lower than those obtained from phenotypic data. This demonstrates a higher prediction genomic values individuals in the genomic selection of compared to the phenotype. Most of the identified markers associated with QTLs in the genetic linkage map was also identified by the GWS, confirming the accuracy of the methodology used. Additionally, the GWS possible to predict successfully genomic values of individuals.Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológic

    Phenotypic and molecular characterization of the resistance of coffee Híbrido de Timor of the Hemileia vastatrix

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    Com o intuito de dar suporte aos programas de melhoramento do cafeeiro que visam à obtenção de cultivares resistentes à ferrugem (Hemileia vastatrix), neste trabalho objetivou-se estudar a herança da resistência do Híbrido de Timor UFV 443-03 e identificar marcadores moleculares ligados aos genes caracterizados. Para o estudo de herança foram avaliadas três populações originadas do cruzamento entre o progenitor resistente Híbrido de Timor UFV 443-03 e o cultivar suscetível Catuaí Amarelo (UFV 2148-57). Dessas plantas analisadas, 243 correspondem a uma população F2, 114 a retrocruzamento suscetível (RCs) e 87 a retrocruzamento resistente (RCr). A inoculação foi realizada com a suspensão de esporos (2 mg/mL) do isolado da Raça I de H. vastatrix, em discos foliares, com três repetições para as populações F2 e RCs e duas para RCr. As plantas do Catuaí Amarelo UFV 2148-57 foram suscetíveis em todas as inoculações, enquanto o Híbrido de Timor UFV 443-03, a planta F1 e as plantas do RCr foram resistentes. Pela análise de segregação das populações F2, obtiveram-se duas hipóteses significativas: uma de que a resistência do cafeeiro Híbrido de Timor UFV 443-03 a H. vastatrix era governada por dois genes dominantes e independentes (15:1; P = 63,10) e a outra de que era conferida por três genes, sendo dois dominantes e um recessivo (61:3; P = 8,87). Plantas do RCs foram utilizadas para a confirmação dos padrões de segregação e segregaram na proporção de 3:1 (P = 74,56), o que era esperado para dois e para três genes. Esse resultado indicou que a resistência desse Híbrido de Timor é condicionada por dois genes dominantes independentes ou três genes independentes (dois dominantes e um recessivo). Como a herança encontrada foi oligogênica (dois ou três genes), para a confirmação e identificação de marcadores moleculares ligados aos genes, estes foram tratados como QTL e, então, localizados em mapa genético de ligação. Para isso, os indivíduos da população F2 foram analisados com um total de 110 marcadores moleculares. Como 16 marcadores apresentaram distorção da razão de segregação mendeliana esperada, o mapa foi construído com 94 marcadores (62 AFLP, 28 SSR e 4 RAPD). Considerando um LOD score mínimo de 3 e máxima recombinação de 40%, os marcadores ficaram agrupados em 11 grupos de ligação, cobrindo uma distância de 964,31 cM do genoma, e 13 marcadores não se ligaram a nenhum dos grupos formados. O maior intervalo entre dois marcadores foi de 32,1 cM, e 68,57% dos marcadores não excederam 20 cM. A caracterização e identificação de QTLs foram realizadas com o auxílio de metodologias de marca simples e intervalo simples. Pela metodologia da marca simples foi possível identificar cinco marcadores associados aos QTLs pelos métodos da ANOVA, regressão e máxima verossimilhança. Esses QTLs foram confirmados pela metodologia de intervalo simples por meio da regressão e máxima verossimilhança. Dois QTLs foram identificados, um deles no grupo de ligação 2 a 0 cM do marcador 21a, explicando 9,6% da variação fenotípica. O outro ficou localizado no grupo de ligação 3 a 13 cM do marcador 43a, explicando 9,3% da variação fenotípica. Esses dois QTLs confirmam, em número e posição, que a resistência do cafeeiro Híbrido de Timor UFV 443-03 a H. vastatrix é governada por dois genes dominantes e independentes, mostrando, assim, a importância da genômica para a identificação destes genes. Cabe salientar que as informações deste trabalho são inéditas para o caso do cafeeiro e podem ser úteis em programas de melhoramento baseado em seleção assistida e na clonagem posicional do gene de resistência à ferrugem. Assim, os dados deste estudo deverão fornecer subsídios para futuros trabalhos de melhoramento visando à obtenção de populações mais resistentes e produtivas.In order to support the breeding programs coffee that to aim to obtain cultivars resistant to rust (Hemileia vastatrix), this work aimed to study the resistance inheritance of Híbrido de Timor UFV 443-03 and identify molecular markers linked characterized genes. To study the inheritance were evaluated three populations originated from cross the Híbrido de Timor UFV 443-03 resistant parent and Catuaí Amarelo (UFV 2148-57) susceptible cultivar. These plants analyzed, 243 correspond to an F2 population of 114 susceptible backcrossing (BCs) and 87 resistant backcrossing (BCr). Inoculation was performed with a spore suspension (2mg/mL) isolated from the Race I of H. vastatrix in leaf discs, with three replicates for the F2 and RCs, and two for RCr. Plants of the Catuaí Amarelo UFV 2148-57 were susceptible in all inoculations, while the Híbrido de Timor UFV 443-03, the plant F1 and the BCr plants were resistant. Segregation analysis of F2 populations obtained two significant cases, the resistance of a coffee Híbrido de Timor UFV 443-03 the H. vastatrix was governed by two independent and dominant genes (15:1, P = 63.10) and the other three genes is conferred by two dominant and one recessive (61:3, P = 8.87). Plants of the BCs were used to confirm the segregation patterns, which segregated in a rate of 3:1 (P = 74.56), expected segregation for two and three genes. This result demonstrate that the resistance of the Híbrido de Timor is conditioned by two dominant independent genes or three independent genes (two dominant and one recessive). As was found oligogenic inheritance (two or three genes), for confirmation and identification of molecular markers linked to genes, they were treated as QTL, and then located in link genetic map. For this, subjects in the F2 population were analyzed with a total of 110 molecular markers. As 16 markers showed distortion of Mendelian segregation expected rate, the map was constructed with 94 markers (62 AFLP, 28 SSR and 4 RAPD). Whereas a LOD score minimum of three and of 40% recombination maximum, the markers were grouped into 11 linkage groups covering a distance 964.31 cM of the genome, with 13 markers not in any of the linkage groups formed. The longest interval between two markers was 32.1 cM and 68.57% of the markers did not exceed 20 cM. The characterization and identification of QTLs were performed by simple mark and simple interval methods. Methodology of the simple mark was possible to identify markers five associated with QTLs by the methods of ANOVA, regression and maximum likelihood. These QTLs were confirmed by simple interval methodology by means of regression and maximum likelihood. Two QTLs were identified in a 2 linkage group the 0 cM marker 21a, explaining 9.6% of the phenotypic variation. The other was located in 3 linkage group to 13 cM marker 43a, explaining 9.3% of the phenotypic variation. These two QTLs confirm the number and position in the coffee resistance Híbrido de Timor UFV 443-03 H. vastatrix is governed by two independent and dominant genes, thus demonstrating the importance of genomics to identify them. It should be noted that the information obtained in this study are unique to coffee, which may be useful in breeding programs based on assisted selection and positional cloning of the gene for rust resistance. So, should provide support for future breeding populations to obtain more productive and resistance.Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológic

    Diferenciação molecular de cultivares elites de bananeira

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    Este trabalho teve como objetivo caracterizar molecularmente genótipos elite, e recomendados, de bananeira, por meio de marcadores RAPD e microssatélites. Foram utilizados 47 primers de RAPD e 34 primers de microssatélites. Foi também conduzido um ensaio de contaminação, utilizando-se o primer AGMI 24-25, cuja variedade Tropical foi considerada a amostra-padrão, e as cultivares Caipira e Prata Graúda como contaminantes. Os marcadores permitiram separar as cultivares de acordo com a origem e a constituição genômica e definiram padrões moleculares para algumas cultivares avaliadas. As cultivares Garantida, Preciosa e Pacovan Ken apresentaram alta similaridade genética com ambos marcadores. O primer AGMI 24-25 demonstrou alta capacidade discriminatória de genótipos em ensaios de contaminação

    Diferenciação molecular de cultivares elites de bananeira

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    The objective of this work was to characaterize elite banana genotypes, and those recommended, using RAPD and microsatellites. Forty-seven RAPD primers and 34 microsatellites primers were used. A contamination essay using the AGMI 24-25 primer was also carried out. Tropical variety was considered the standard sample and the Caipira and Prata Graúda, contaminants. Markers were able to separate the cultivars according to their origin and genomic constitution as well as defined molecular profiles for some of the cultivars evaluated. Garantida, Preciosa and Pacovan Ken cultivars presented genetic similarity with both markers. The AGMI 24-25 primer demonstrated high capacity to discriminate the genotypes in the contamination essay.Este trabalho teve como objetivo caracterizar molecularmente genótipos elite, e recomendados, de bananeira, por meio de marcadores RAPD e microssatélites. Foram utilizados 47 primers de RAPD e 34 primers de microssatélites. Foi também conduzido um ensaio de contaminação, utilizando-se o primer AGMI 24-25, cuja variedade Tropical foi considerada a amostra-padrão, e as cultivares Caipira e Prata Graúda como contaminantes. Os marcadores permitiram separar as cultivares de acordo com a origem e a constituição genômica e definiram padrões moleculares para algumas cultivares avaliadas. As cultivares Garantida, Preciosa e Pacovan Ken apresentaram alta similaridade genética com ambos marcadores. O primer AGMI 24-25 demonstrou alta capacidade discriminatória de genótipos em ensaios de contaminação

    Evidence of Correlation between Pathogenicity, Avirulence Genes, and Aggressiveness of <i>Fusarium oxysporum</i> f. sp. <i>cubense</i> in Banana “Cavendish” and “Prata” Subgroups

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    Fusarium wilt caused by Fusarium oxysporum f. sp. cubense (Foc) is one of the most destructive diseases in banana farming worldwide. Knowledge of the factors of genetic diversity and virulence of the pathogen contributes to the development of resistant cultivars and management strategies based on exclusion. In this study, phenotypic traits such as virulence and aggressiveness in a sample of 52 Foc isolates were analyzed and their relationship to the presence of putative effectors of gene SIX (Secreted in Xylem) pathogenicity homologs was verified. The similarity matrix revealed three isolates that were closest to the standard Foc race 1 strain. Isolates 229A and 218A were selected according to their aggressiveness profile in ‘Grand Naine’ and ‘Prata-Anã’, respectively, to replace the standard isolate of race 1 in the resistance screening process carried out by the breeding program. Two homologs of the SIX8 gene, SIX8a and SIX8b, are present in isolates of Foc from Brazil, and the SIX8b gene correlates with avirulence in the cultivar ‘Grand Naine’ (Cavendish). These results are important to support the banana genetic breeding program by identifying sources of resistance to Foc and contributing to the establishment of the function of SIX effector proteins

    Genomic prediction of leaf rust resistance to Arabica coffee using machine learning algorithms

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    Genomic selection (GS) emphasizes the simultaneous prediction of the genetic effects of thousands of scattered markers over the genome. Several statistical methodologies have been used in GS for the prediction of genetic merit. In general, such methodologies require certain assumptions about the data, such as the normality of the distribution of phenotypic values. To circumvent the non-normality of phenotypic values, the literature suggests the use of Bayesian Generalized Linear Regression (GBLASSO). Another alternative is the models based on machine learning, represented by methodologies such as Artificial Neural Networks (ANN), Decision Trees (DT) and related possible refinements such as Bagging, Random Forest and Boosting. This study aimed to use DT and its refinements for predicting resistance to orange rust in Arabica coffee. Additionally, DT and its refinements were used to identify the importance of markers related to the characteristic of interest. The results were compared with those from GBLASSO and ANN. Data on coffee rust resistance of 245 Arabica coffee plants genotyped for 137 markers were used. The DT refinements presented equal or inferior values of Apparent Error Rate compared to those obtained by DT, GBLASSO, and ANN. Moreover, DT refinements were able to identify important markers for the characteristic of interest. Out of 14 of the most important markers analyzed in each methodology, 9.3 markers on average were in regions of quantitative trait loci (QTLs) related to resistance to disease listed in the literature
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