The impact of hybrid capture-based comprehensive genomic profiling on treatment strategies in patients with solid tumors

Objective: The development of bioinformatics and comprehensive genomic profiling (CGP) has provided insights into the ap-plicability and functionality of the genomic alterations (GA). In this study, we evaluated the impact of CGP on the treatment plan and outcomes in a significant number of patients. Material and Methods: We carried out a retrospective case-control study on 164 adult patients with advanced solid tumors from 15 oncology centers in Türkiye. Results: In all cases, CGP was performed within 23.8 [standard deviation (SD)±32.1] months of initial diagnosis. Non-small cell lung carcinoma, breast cancer, unknown primary carcinoma, colorectal carcinoma, and sarcoma were among the most common tumor types, accounting for 61.5% of all cases. CGP was performed immediately after the diagnosis of advanced cancer in 13 patients (7.9%). In 158 patients (96.4%), at least one GA was found as per the CGP report. Also, in the reports, the average tumor mutational burden (TMB) and GAs were 7.3 (SD±8.7) mut/Mb and 3.5 (SD±2.0), respectively. According to CGP reports, 58 patients had 79 evidence-based drug suggestions for their particular tumor type, whereas 97 patients had 153 evidence-based drug suggestions for another tumor type. After the primary oncologist interpreted the CGP reports, significant changes were made to the treatment of 35 (21.3%) patients. Conclusion: We strongly believe that in the future, high-TMB or other tumor-agnostic biomarkers will become much more afford-able, and CGP will serve as one of the major decision-making tools for the treatment of patients along with pathological, radiological or lab-oratory tests

Pre-service social studies teachers’ perceptions of legal literacy

Bu çalışma Anadolu Üniversitesi tarafından Bilimsel Araştırma Projeleri kapsamında desteklenmiştir [Proje No: 1805E146, 2019].Hukuk, toplum yaşamını düzenleyen temel unsurlardan biridir. Hukuk okuryazarlığı ise hukuk sistemi, hukukla ilgili temel kavramlar ve hukuki sistemin işleyişi ile ilgili bilgi sahibi olarak bu bilgileri kullanmayı içeren çok boyutlu bir yapı sergilemektedir. Hukuk okuryazarlığı 2018 Sosyal Bilgiler Öğretim Programında yer alan temel becerilerden biridir. Bu çalışmanın amacı Sosyal Bilgiler öğretmen adaylarının hukuk okuryazarlığına ilişkin algılarını belirlemektir. Araştırmada nitel araştırma yöntemi kapsamında olgubilim deseni kullanılmıştır. Çalışmaya 2017-2018 öğretim yılında bir devlet üniversitesinde Eğitim Fakültesi Sosyal Bilgiler Öğretmenliği Programında öğrenim gören 12 öğretmen adayı katılmıştır. Araştırmada veri toplama aracı olarak yarı yapılandırılmış görüşme kullanılmıştır. Araştırmada elde edilen veriler tümevarım analizi yoluyla analiz edilmiştir. Araştırma sonuçlarına göre öğretmen adayları hukuk kavramını kurallar, hak ve düzen temaları çerçevesinde tanımlamaktadır. Araştırma sonuçları Sosyal Bilgiler öğretmen adaylarının hukuk okuryazarlığını hukukla ilgili temel kavramları bilme, hukuki işleyişi bilme ve haklarını kullanabilme biçiminde tanımladıklarını göstermektedir. Araştırma verileri Sosyal Bilgiler öğretmen adaylarının hukuk okuryazarlığı konusundaki görüşlerini biçimlendiren üç temel kaynak olduğunu göstermektedir. Bu kaynaklar öğretmen adaylarının öğrenim yaşamlarında aldıkları dersler, yaşam deneyimleri ve güncel olaylardır. Sosyal Bilgiler öğretmen adayları Sosyal Bilgiler dersinin öğrencilere hukuk okuryazarlığı becerilerinin kazandırılması açısından önemli bir rol oynadığını düşünmektedirler.Law is one of the basic elements that regulate social life. Legal literacy is a multidimensional concept that includes the basic concepts and information related to law and the legal system. Legal literacy is included as a skill in the 2018 Social Studies Curriculum. This study aims to understand pre-service social studies teachers’ perceptions of legal literacy. The research adopted a qualitative phenomenological design. 12 preservice teachers studying in the Social Studies Teacher Training Program of the Faculty of Education at a state university in the 2017-2018 academic year participated in the study. A semi-structured interview was used as a data collection tool in the research. Data were analyzed through inductive analysis. Findings showed that pre-service teachers defined the concept of law under the themes of rules, rights and order. Findings also revealed that preservice teachers defined legal literacy in the form of knowing basic information about law, knowing legal processes and exercising their rights. Three main sources were found that shaped the views of pre-service teachers about legal literacy. Specifically, courses, life experiences and current events. Pre-service social studies teachers thought that social studies course had a significant role in teaching legal literacy to students

Maden Havzası Balıklarında Vücut Ağırlığı ile Ağır Metal Biyoakümülasyon İlişkileri: Emet Çayı Havzası

Bildirildiği gibi, farklı fizyolojik yapılara sahip değişik balık türleri, ağır metallere maruz kalma sürelerine ve maruz kalınan metalin çeşidine göre, ağır metalleri farklı dokularda farklı miktarlarda biriktirmektedirler. Balıkların yaşı, dolayısıyla yaşa paralel artış gösteren ağırlıkları, dokulardaki toksik element biyoakümülasyonlarında önemli bir faktördür. Bu çalışmada, ülkemizin en önemli maden yataklarının yer aldığı Emet Çayı üzerinde tespit edilen üç ve yine Emet Çayı Havzası’nda yer alan Dursunbey Çayı üzerinde tespit edilen bir istasyondan mevsimsel olarak, havza için en büyük önem arz eden Squalius cii, Capoeta tinca ve Barbus oligolepis türleri, gerekli miktarlarda toplanmıştır. Yakalanan balıkların kas, solungaç, karaciğer ve böbrek dokularında tespit edilen nikel, çinko, arsenik, bor, kadmiyum, bakır, mangan, kurşun, gümüş ve krom biyoakümülasyon seviyelerinin balık ağırlıkları ile ilişkileri araştırılmıştır. Elde edilen verilere, Pearson Korelasyon Analizi uygulanmış, yüksek korelasyon gösteren değişkenlerin üç boyutlu regresyon grafikleri çizilmiş ve regresyon katsayıları hesaplanmıştır. Çalışmamız sonucunda, özellikle nikel ve krom başta olmak üzere incelenen her 3 balık türünün de dokularında tespit edilen toksik element biyoakümülasyonları ile balıkların total ağırlık verileri arasında, p<0,05 ve p<0,01 düzeylerinde, istatistiki olarak anlamlı ilişkiler kaydedilmiştir

Meriç Nehri Deltası (Edirne) Balıklarında Ağır Metal Biyoakümülasyonları

Meriç Nehri Deltası,ülkemizin Trakya Bölgesi’nin en önemli sucul ekosistemidir vehavzada yürütülen yoğun tarımsal faaliyetlerden ve özellikle Ergene Nehri'nden kaynaklanan önemli derecede organik ve inorganik kirliliğe maruz kalmaktadır. Bu çalışmanın amacı, sistemin en önemli biyotik öğeleri olan balıkların içerdiği ağır metal seviyelerinin belirlenmesi ve değerlendirilmesidir Bu amaç için, Gala Gölü ve Meriç Nehri’nden yakalanan Cyprinus carpio, Silurus glanis, Scardinius erythrophthalmus, Esox lucius, Carassius gibelio, Perca fluviatilis, Sander lucioperca, Squalius orpheus balık türlerinin kas, solungaç ve karaciğer dokularında kadmiyum, kurşun, arsenik, bor, krom, nikel, çinko ve bakır biyoakümülasyonlarının tespit edilmiş ve elde edilen sonuçlar balık ve insan sağlığı açısından değerlendirilmiştir. Çalışmamız sonucunda elde edilen verilere göre, Gala Gölü ve Meriç Nehri balıklarının kas, solungaç ve karaciğer dokularında tespit edilen toksik element biyoakümülasyonlarının oldukça yüksek olduğu ve genel olarak kas dokularında tespit edilen kadmiyum, kurşun, nikel ve krom seviyelerinin insani tüketim sınırlarının oldukça üzerinde olduğu tespit edilmiştir

Beadlet anemone: A novel bio-indicator of microplastic pollution in the marine environment

Extensive usage of plastic in different industries and household usage has degraded to microplastic due to environmental conditions over the last year. While several researchers conducted the determination of microplastic (MP) bioaccumulation from rivers to stormwater, except for some filter-feeding species used as a bioindicator, to achieve a holistic approach to the fate of MPs in the marine system, sea anemone was used as an indicator. Microplastics were extracted from surface seawater, sediment, and sea anemones from the same sampling area and characterized. The extracted MPs were confirmed by confocal micro-Raman spectroscopy, and the morphology of the MPs was investigated by scanning electron microscopy (SEM). The results showed that the accumulation of microplastics and the type of polymer, shape, colour, and size of these persistent pollutants varied in sediment, surface water, and sea anemone. The abundance of MPs was different, and grey-coloured MPs were detected at a relatively higher level in sea anemones, from 8.7 to 13.3%, and more minor MPs (less than 0.5 mm) at 43.4–56.8% were detected in sea anemones among the sampling stations. In terms of polymer type, there are relatively more types of polymers classified in sea anemones among the sampling stations (six different types of polymers). These results indicated that the utilization of sea anemones as a bioindicator for MPs could be a critical factor in a better understanding of their pathway in the marine ecosystem. This study proved that analysing sea anemones as an indicator could offer a reliable, fast, and time-saving approach for detecting microplastic accumulation in marine systems

Mechanical thrombectomy in acute stroke patients during covid-19; comparison of pre-pandemic and pandemic data

Aim: To evaluate the reflection of the pandemic, on the mechanical thrombectomy (MT) management of acutestrokeMethod: We retrospectively evaluated 100 acute ischemic stroke patients between March 1, 2019- Februray 29,2020, and between March 1, 2020 - March 1, 2021, who underwent MT at our institute. Patients were divided intotwo groups as those who underwent MT before the Covid 19 pandemic (group 1) and those who underwent MTduring the period of Covid 19 pandemic (group 2). All the diagnosis of stroke patients was confirmed by MRI and CT.Demographics, clinical and laboratory data were recorded. National Institutes of Health Stroke Scale (NIHSS) scoreon pre-hospitalization and at discharge, ASPECT score, occluded vessel location, use of preprocedural lyticmedication, modified Rankin scores (mRS), procedure times (onset to groin puncture, door to needle, groin punctureto recanalization), device pass counts until successful recanalization or last angiogram if recanalization failed,Thrombolysis in Cerebral İnfarction (TICI) scales, early neurological improvements, post-procedure hemorrhage,decompression surgery, type of anesthesia during procedure and periprocedural complications were analyzedbetween groups. TOAST classification was used for stroke etiology.MT findings; symptom onset to groin puncture and recanalization times, first pass effect defined with single devicepass with TICI 2b/3 recanalization and final recanalization, admission and NIHHS scores and 3rd month mRS scores,postprocedural hemorrage rates were compared between groups.The SPSS version 26.0 was used for statistical analysis. The distribution of variables was assessed by theKolmogorov- Smirnov test. Categorical variable was evaluated using Chi-square test or Fisher’s exact test. Mann-Whitney U test or independent t-test was used for comparing continuous variables.Result: A total of 100 patients, 50 before and 50 after the pandemic, were included in the study. No statisticallysignificant difference was observed between the groups in terms of demographic data and risk factors. The timefrom symptom onset to groin puncture wassignificantly longer during the pandemic period than before (p=0.001). No significant difference was observed in thetime from groin puncture to recanalization (p=0.251), recanalization rates (p=0.806) and the number of passes(p=0.889). There was no difference between the pre-pandemic and post-pandemic groups in terms of the frequencyof intracranial hemorrhage (p=0.501), complication (p=0.153) and decompression (p=0.538) after MT. The mRSscores at 3 months were similar (p=0.316).Conclusion: As a result, the time from symptom to procedure is prolonged in acute ischemic stroke patients whounderwent MT in our center during the pandemic period.İn the respect of procedural findings and outcomes of MTbefore and during pandemic, there had been no significant change at our center.</div

Determine the impact of hybrid capture-based comprehensive genomic profiling (CGP) on the treatment strategies in patients with solid tumors: A national, multicenter, retrospective study

..