Molekulargenetische Assoziationsstudie zu Polymorphismen der Kandidatengene TGFα, TGFβ3 und FOXF2 bei nicht-syndromalen LKGS-Spalten

Lippen-Kiefer-Gaumen-(Segel)-Spalten (LKGS) zählen mit einer Inzidenz von 1:700 zu den häufigsten angeborenen Anomalien des Menschen. Bisher ist die Ätiologie noch weitgehend unverstanden. Man geht von einer multifaktoriellen Genese mit polygenen Risikofaktoren im Zusammenhang mit exogenen Einflüssen aus. Potenzielle Kandidatengene sind die Transforming Growth Factors TGFα und TGFβ3 sowie das Forkhead-Box Protein FOXF2. Assoziationsstudien und familienbasierte Untersuchungen zu Polymorphismen der TGF-Gene lieferten bisher sehr heterogene Ergebnisse. Vier dieser Polymorphismen wurden in der vorliegenden Arbeit mittels Fall-Kontroll-Studie an einem deutschen Kollektiv untersucht. Weiterhin wurde die codierende Sequenz des FOXF2-Gens auf Veränderungen geprüft. Dies stellt die erste Assoziationsanalyse zu FOXF2 in Verbindung mit nicht-syndromalen LKGS dar. Ziel war es anhand von 75 Spaltträgern und 105 Kontrollpersonen mögliche signifikante Häufungen von genetischen Varianten aufzudecken. Für die Analyse der drei Längenpolymorphismen wurde eine Multiplex-PCR etabliert. Ein SNP im TGFβ3-Gen sowie das FOXF2-Gen wurden mittels DNA-Sequenzierung untersucht. Grundlage hierfür war die Erstellung von adäquaten Methoden zur Amplifikation extrem GC-reicher DNA. Hinsichtlich der Allelverteilung in den Genen TGFα & TGFβ3 zeigte sich kein statistisch signifikanter Unterschied zwischen Patienten und Kontrollen und somit keine Assoziation. Für den Mikrosatelliten D2S443 wurde ein bisher nicht beschriebenes Allel ermittelt, welches ausschließlich im Patientenkollektiv auftrat. Für das FOXF2-Gen konnten neun Abweichungen zur Referenzsequenz ermittelt werden. Bei fünf dieser Veränderungen handelt es sich um Polymorphismen, welche mit >1% in der Gesamtpopulation auftreten. Zwei der vier seltenen Mutationen traten ausschließlich bei Patienten auf. Ob diese Varianten funktionelle Auswirkungen haben und einen veränderten Phänotyp hervorrufen, müsste durch Folgeuntersuchungen geklärt werden

Results of a collaborative study on DNA identification of aged bone samples

AimA collaborative exercise with several institutes was organized by the Forensic DNA Service (FDNAS) and the Institute of the Legal Medicine, 2nd Faculty of Medicine, Charles University in Prague, Czech Republic, with the aim to test performance of different laboratories carrying out DNA analysis of relatively old bone samples. MethodsEighteen laboratories participating in the collaborative exercise were asked to perform DNA typing of two samples of bone powder. Two bone samples provided by the National Museum and the Institute of Archaelogy in Prague, Czech Republic, came from archeological excavations and were estimated to be approximately 150 and 400 years old. The methods of genetic characterization including autosomal, gonosomal, and mitochondrial markers was selected solely at the discretion of the participating laboratory. ResultsAlthough the participating laboratories used different extraction and amplification strategies, concordant results were obtained from the relatively intact 150 years old bone sample. Typing was more problematic with the analysis of the 400 years old bone sample due to poorer quality. ConclusionThe laboratories performing identification DNA analysis of bone and teeth samples should regularly test their ability to correctly perform DNA-based identification on bone samples containing degraded DNA and potential inhibitors and demonstrate that risk of contamination is minimized