Estrutura genética de uma população selecionada e Pinus taeda linnaeus

Resumo: Espécies florestais de rápido crescimento suprem de forma sustentável a demanda por biomassa lenhosa, reduzindo a pressão sobre as florestas naturais. No entanto, reflorestamentos com Pinus vêm produzindo madeira juvenil de baixa qualidade. Assim, o melhoramento genético para características relacionadas à qualidade da madeira ou outras de difícil mensuração, torna-se prioritário aos programa de melhoramento florestal. Fortes expectativas têm sido direcionadas aos estudos de genética de associação, via genes candidatos, para estimar a correlação genética e fenotípica entre os alelos polimórficos e as características de interesse. Tal estratégia representaria uma possibilidade de predizer ganhos a partir da implantação de um programa baseado em seleção assistida por marcadores. Contudo, a existência de estrutura genética espúria é apontada na literatura como uma das maiores causas de viés estatístico nos estudos de mapeamento de associação. Um dos maiores desafios, mesmo com o avanço de todas as tecnologias genômicas e analíticas, é a definição de quais são os verdadeiros grupos genéticos existentes dentro de uma determinada população. Definir os grupos genéticos em uma população artificial torna-se ainda mais desafiador, uma vez que não se sabe ao certo o histórico da origem dos indivíduos que compõem essas populações. A presente pesquisa parte da hipótese que, definindo o número de K (ou de grupos genéticos) mais provável para representar a população, e, apontando quais indivíduos da população fazem parte de cada grupo, seja a estratégia mais eficiente para conter o viés estatístico em estudo de mapeamento de associação. Partindo-se dessa hipótese, o objetivo foi caracterizar a estrutura genética de uma população selecionada de Pinus taeda em busca do K mais provável, com o propósito de prepará-la para um estudo de mapeamento de associação. A população foi formada por 1130 indivíduos com 12 anos de idade, que representam 120 famílias de polinização aberta, e que haviam sido selecionados para melhor desempenho em volume de madeira produzida. Para definir o polimorfismo genético da população foram genotipados em eletroforese capilar 15 loci microssatélites, usando uma plataforma de sequenciador automatizado em sistema multiplex. O primeiro capítulo do estudo apresenta e discute os métodos usados para caracterizar, detectar e validar o polimorfismo microssatélite da população. Os resultados detectaram erros de tipagem alélica e permitiram concluir que a melhor forma de detectá-los foi obtida com o estudo da segregação alélica de cada locus dentro das progênies. Esse estudo também permitiu a inferência dos genótipos de 120 ancestrais maternos. O capítulo seguinte apresenta o resultado das análises de agrupamento multilocus usando algoritmo bayesiano para definir o número mais provável de grupos genéticos existentes na população selecionada e os parâmetros genéticos que melhor definem a estrutura genética. Essas análises foram efetuadas sob dois critérios: admitindo-se equilíbrio de Hardy-Weinberg e admitindo-se endogamia. Também foram utilizadas estatísticas ad hoc para determinar o K mais provável. Concluiu-se ao final do estudo que existam cinco grupos genéticos prováveis, os quais não obtiveram a coincidência esperada com às chamadas Florestas Plantadas (FPs) - plantações onde foram selecionados os indivíduos que geraram a população selecionada. O quê os resultados sugerem é que esses cinco grupos foram gerados pela pressão de seleção dentro de progênies para características de volume de madeira produzida, e ainda pela ocorrência de acasalamentos preferenciais entre três origens genéticas distintas. Os valores de endogamia FST (coeficiente de endogamia de Wright) detectados foram de 0,194 a 0,384, e são relativamente superiores ao que seria esperado para uma população inicial de seleção de uma espécie de polinização aberta. Esses resultados, apesar de terem como alvo o preparo dessa população para um estudo de genética de associação, podem ser de grande valor prático para os próprios programas de melhoramento, uma vez que o conhecimento da dinâmica da estrutura genética permite monitorar o nível de endogamia a cada geração de seleção e assim, prolongar a vida útil do programa de melhoramento

Estrutura genética de uma população selecionada e Pinus taeda linnaeus

Resumo: Espécies florestais de rápido crescimento suprem de forma sustentável a demanda por biomassa lenhosa, reduzindo a pressão sobre as florestas naturais. No entanto, reflorestamentos com Pinus vêm produzindo madeira juvenil de baixa qualidade. Assim, o melhoramento genético para características relacionadas à qualidade da madeira ou outras de difícil mensuração, torna-se prioritário aos programa de melhoramento florestal. Fortes expectativas têm sido direcionadas aos estudos de genética de associação, via genes candidatos, para estimar a correlação genética e fenotípica entre os alelos polimórficos e as características de interesse. Tal estratégia representaria uma possibilidade de predizer ganhos a partir da implantação de um programa baseado em seleção assistida por marcadores. Contudo, a existência de estrutura genética espúria é apontada na literatura como uma das maiores causas de viés estatístico nos estudos de mapeamento de associação. Um dos maiores desafios, mesmo com o avanço de todas as tecnologias genômicas e analíticas, é a definição de quais são os verdadeiros grupos genéticos existentes dentro de uma determinada população. Definir os grupos genéticos em uma população artificial torna-se ainda mais desafiador, uma vez que não se sabe ao certo o histórico da origem dos indivíduos que compõem essas populações. A presente pesquisa parte da hipótese que, definindo o número de K (ou de grupos genéticos) mais provável para representar a população, e, apontando quais indivíduos da população fazem parte de cada grupo, seja a estratégia mais eficiente para conter o viés estatístico em estudo de mapeamento de associação. Partindo-se dessa hipótese, o objetivo foi caracterizar a estrutura genética de uma população selecionada de Pinus taeda em busca do K mais provável, com o propósito de prepará-la para um estudo de mapeamento de associação. A população foi formada por 1130 indivíduos com 12 anos de idade, que representam 120 famílias de polinização aberta, e que haviam sido selecionados para melhor desempenho em volume de madeira produzida. Para definir o polimorfismo genético da população foram genotipados em eletroforese capilar 15 loci microssatélites, usando uma plataforma de sequenciador automatizado em sistema multiplex. O primeiro capítulo do estudo apresenta e discute os métodos usados para caracterizar, detectar e validar o polimorfismo microssatélite da população. Os resultados detectaram erros de tipagem alélica e permitiram concluir que a melhor forma de detectá-los foi obtida com o estudo da segregação alélica de cada locus dentro das progênies. Esse estudo também permitiu a inferência dos genótipos de 120 ancestrais maternos. O capítulo seguinte apresenta o resultado das análises de agrupamento multilocus usando algoritmo bayesiano para definir o número mais provável de grupos genéticos existentes na população selecionada e os parâmetros genéticos que melhor definem a estrutura genética. Essas análises foram efetuadas sob dois critérios: admitindo-se equilíbrio de Hardy-Weinberg e admitindo-se endogamia. Também foram utilizadas estatísticas ad hoc para determinar o K mais provável. Concluiu-se ao final do estudo que existam cinco grupos genéticos prováveis, os quais não obtiveram a coincidência esperada com às chamadas Florestas Plantadas (FPs) - plantações onde foram selecionados os indivíduos que geraram a população selecionada. O quê os resultados sugerem é que esses cinco grupos foram gerados pela pressão de seleção dentro de progênies para características de volume de madeira produzida, e ainda pela ocorrência de acasalamentos preferenciais entre três origens genéticas distintas. Os valores de endogamia FST (coeficiente de endogamia de Wright) detectados foram de 0,194 a 0,384, e são relativamente superiores ao que seria esperado para uma população inicial de seleção de uma espécie de polinização aberta. Esses resultados, apesar de terem como alvo o preparo dessa população para um estudo de genética de associação, podem ser de grande valor prático para os próprios programas de melhoramento, uma vez que o conhecimento da dinâmica da estrutura genética permite monitorar o nível de endogamia a cada geração de seleção e assim, prolongar a vida útil do programa de melhoramento

Investigating the mechanisms responsible for the lack of surface energy balance closure in a central Amazonian tropical rainforest

This work investigates the diurnal and seasonal behavior of the energy balance residual (E) that results from the observed difference between available energy and the turbulent fluxes of sensible heat (H) and latent heat (LE) at the FLUXNET BR-Ma2 site located in the Brazilian central Amazon rainforest. The behavior of E is analyzed by extending the eddy covariance averaging length from 30 min to 4 h and by applying an Information Flow Dynamical Process Network to diagnose processes and conditions affecting E across different seasons. Results show that the seasonal turbulent flux dynamics and the Bowen ratio are primarily driven by net radiation (Rn), with substantial sub-seasonal variability. The Bowen ratio increased from 0.25 in April to 0.4 at the end of September. Extension of the averaging length from 0.5 (94.6% closure) to 4 h and thus inclusion of longer timescale eddies and mesoscale processes closes the energy balance and lead to an increase in the Bowen ratio, thus highlighting the importance of additional H to E. Information flow analysis reveals that the components of the energy balance explain between 25 and 40% of the total Shannon entropy with higher values during the wet season than the dry season. Dry season information flow from the buoyancy flux to E are 30–50% larger than that from H, indicating the potential importance of buoyancy fluxes to closing E. While the low closure highlights additional sources not captured in the flux data and random measurement errors contributing to E, the findings of the information flow and averaging length analysis are consistent with the impact of mesoscale circulations, which tend to transport more H than LE, on the lack of closure. © 2017 Elsevier B.V

Implicações do fungo Aspergillus niger var. niger sobre o crescimento de isolados de Aspergillus da seção Circumdati e produção de Ocratoxina a Implications of Aspergillus niger var. niger's mold, fungi upon growing Aspergillus's isolate of section Circumdati and Ochratoxin a

Buscando esclarecimento a respeito da inibição ou estímulo na produção de ocratoxina A (OTA) e no crescimento dos fungos ocratoxigênicos por fungos que também ocorrem naturalmente associados aos grãos de café, com o presente estudo avaliou-se o efeito inibitório do fungo Aspergillus niger var. niger EcoCentro 1181-01(“inibidor”) e seu filtrado, sobre o crescimento de isolados de Aspergillus da seção Circumdati e produção de ocratoxina A. O isolado atoxigênico do fungo “inibidor”, selecionado como possível antagonista para espécies toxigênicas do gênero Aspergillus da seção Circumdati, apresentou um efeito positivo inibidor sobre os índices de velocidade de crescimento micelial em relação aos demais isolados testados. A ação antagonista do fungo “inibidor” associado a grãos de café pode ser um dos fatores responsáveis pelos níveis reduzidos de OTA detectados nas amostras analisadas.<br>The present study evaluated the inhibitory effect of the fungus Aspergillus niger var. niger EcoCentro 1181T-01 (inhibitor) and its filtrate on the growth of an Aspergillus isolate of the section Circumdati and ochratoxin A (OTA) production. An atoxigenic isolate of the inhibitor fungus screened as possible antagonist for toxigenic species of the genus Aspergillus, section Circumdati,showed a positive inhibitory effect upon mycelial growth velocity indices comparing with the isolates tested. The antagonistic action of the inhibitor fungus associated with coffee beans may be one of the factors responsible for the reduced levels of OTA detected in the samples analyzed

Linking meteorology, turbulence, and air chemistry in the amazon rain forest

A field campaign reveals that the Amazon rain forest produces enough chemical species to undergo oxidation and generate aerosols, which can activate into cloud condensation nuclei and potentially influence cloud formation. © 2016 American Meteorological Society